BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309A22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 56,890,801 - 57,000,552
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHba-ps3, Has2, EG594843, LOC435442, LOC100040067, LOC100039984
Downstream geneBC026439, Zhx2, Derl1, Wdr67, BC030396, 9130401M01Rik, Zhx1, Atad2, LOC665244, 2410187C16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309A22.bB6Ng01-309A22.g
ACCGA101392GA101393
length1,1651,090
definitionB6Ng01-309A22.b B6Ng01-309A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,890,801 - 56,891,974)(56,999,462 - 57,000,552)
sequence
gaattcctcatggccattacttcacatatgagaatcaattagcaatttaa
cctattgaatttatttcatgttcttttacaaaatttccccatagagatac
attaatgaggttttacataatggcaatctctgttttctataggaaaaaat
gagaaataccttgataattatatttggtccctgatacaattaatttagaa
gctgaaatgaagaaacccagtcccagggcattcatggcaattgtcaaaaa
ataaataaaacaatatactcaattaaccccatatcactcagaggataata
gcttgtctaaacttcaatcaccttgcccccttaaacctgctttgaaatct
ctgcttctggttctttcagaggcatctctatttgctatgtctctagactt
ctttctggcaaatagtgacaatcaagaataagacctttaaactgagattt
aaaacagcttgggctaactgcccagagctcctggtgtgggggaaaactga
atcatcttccaagaattctattaacaactactatgagaaagatgtcctga
gatacaatttgtaaaatcattttcagggggcttgtgacagtcatcaaatc
aagcgaaatcataaagaagacatataaaacaaagattccttgaactctca
cttgcatgaccacatgttttatattgtcccacaccctaaatcttagcttt
agcctggaaagtcatatgtgatgaagcctatttccaggaaaacttggcaa
acaccctgctccctgggcaagatgtgtatgtaaatctgttatgttgcaca
gatgtggcctcttagaagggattccccttcacttccaggtttaaggatcc
cagaagactgtcacagaaagagggcctggttttaacatctgcaaaattga
atctaagttttatagcttaccttcatttcctttggatttttgatgaatga
gaaagcacacacaaaaccatgcacacacacacacacacacacacacacac
acaaacacacacacgtccagggctttactcattcatctggttgcctacca
taaaaataatgttgacctaatgttgaaggtaacacacagttgttgtgtta
cgaggtagtcacctcagtgactgggtatcttcaacgtgcatcaagattcc
taagtgaactgcaga
gaattcataaacagtcccagagataaacgttccatttgtgactgattttt
cattaaaaacttgataaaacatagaatcatctaagggtatgtatctctag
gcatgaccggaaggatagttcagaaagaattgattaaaagaagactgacc
tcaaggtagggagcatcttccaaaaaagttgtcagatacaacaaggtaaa
tggaattggcagaatgcagcttcttgctttgcttcttgtttcatggagat
ctactgtgcgtactgacacccggctatccaacatagactccataccagag
actctctagcaatctctaggttttcagcagaagattgggattgctgtggt
actgagatttaagaaataagtagctaccagtttctcagtcgttccagcac
tgcagacacggtttttgttttttttaaaaattagcctataccttgcaatc
taatttaactttcatggttcacacatgagtgtctgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtctgtacatatctgtatatattttattattttgttca
gagttttgttcagagaatgttatgggaacaaatataggcacaacttagca
gggtaatatagtacagcaaattcaatgcagactggaaaataatggctgga
aaacttgagcttcacaaagtgtacaaaaacacacaactcttaacatcttt
aattgtcttactccatattgactgttcatttattcatatatttagtcagt
taatatatgactctaagtgtaaaatctctgccctcatagataacatgaga
taaaaggatatttaatttaaaatatccttgtgtcatgtgatgcagtgtgg
agactatgaaatcttttcaacctgctttactacagtgtcagagaaggttc
agtggcgaattgtcatgaaatccaaagatggattttgaagtagaggctga
gtgaagatataagggagagaggatcagaggccaagctcctgcagccaggc
caatcagagggatgaagcagattagttagtgaccatggtgacattgggat
ggagggagctgtggggcagagggatgccttaaatttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_56890801_56891974
seq2: B6Ng01-309A22.b_44_1208

seq1  GAATTCCTCATGGCCATTACTTCACATATGAGAATCAATTAGCAATTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATGGCCATTACTTCACATATGAGAATCAATTAGCAATTTAA  50

seq1  CCTATTGAATTTATTTCATGTTCTTTTACAAAATTTCCCCATAGAGATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGAATTTATTTCATGTTCTTTTACAAAATTTCCCCATAGAGATAC  100

seq1  ATTAATGAGGTTTTACATAATGGCAATCTCTGTTTTCTATAGGAAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGAGGTTTTACATAATGGCAATCTCTGTTTTCTATAGGAAAAAAT  150

seq1  GAGAAATACCTTGATAATTATATTTGGTCCCTGATACAATTAATTTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATACCTTGATAATTATATTTGGTCCCTGATACAATTAATTTAGAA  200

seq1  GCTGAAATGAAGAAACCCAGTCCCAGGGCATTCATGGCAATTGTCAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATGAAGAAACCCAGTCCCAGGGCATTCATGGCAATTGTCAAAAA  250

seq1  ATAAATAAAACAATATACTCAATTAACCCCATATCACTCAGAGGATAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAACAATATACTCAATTAACCCCATATCACTCAGAGGATAATA  300

seq1  GCTTGTCTAAACTTCAATCACCTTGCCCCCTTAAACCTGCTTTGAAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTAAACTTCAATCACCTTGCCCCCTTAAACCTGCTTTGAAATCT  350

seq1  CTGCTTCTGGTTCTTTCAGAGGCATCTCTATTTGCTATGTCTCTAGACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGGTTCTTTCAGAGGCATCTCTATTTGCTATGTCTCTAGACTT  400

seq1  CTTTCTGGCAAATAGTGACAATCAAGAATAAGACCTTTAAACTGAGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGCAAATAGTGACAATCAAGAATAAGACCTTTAAACTGAGATTT  450

seq1  AAAACAGCTTGGGCTAACTGCCCAGAGCTCCTGGTGTGGGGGAAAACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGCTTGGGCTAACTGCCCAGAGCTCCTGGTGTGGGGGAAAACTGA  500

seq1  ATCATCTTCCAAGAATTCTATTAACAACTACTATGAGAAAGATGTCCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTCCAAGAATTCTATTAACAACTACTATGAGAAAGATGTCCTGA  550

seq1  GATACAATTTGTAAAATCATTTTCAGGGGGCTTGTGACAGTCATCAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAATTTGTAAAATCATTTTCAGGGGGCTTGTGACAGTCATCAAATC  600

seq1  AAGCGAAATCATAAAGAAGACATATAAAACAAAGATTCCTTGAACTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGAAATCATAAAGAAGACATATAAAACAAAGATTCCTTGAACTCTCA  650

seq1  CTTGCATGACCACATGTTTTATATTGTCCCACACCCTAAATCTTAGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGACCACATGTTTTATATTGTCCCACACCCTAAATCTTAGCTTT  700

seq1  AGCCTGGAAAGTCATATGTGATGAAGCCTATTTCCAGGAAAACTTGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAAAGTCATATGTGATGAAGCCTATTTCCAGGAAAACTTGGCAA  750

seq1  ACACCCTGCTCCCTGGGCAAGATGTGTATGTAAATCTGTTATGTTGCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGCTCCCTGGGCAAGATGTGTATGTAAATCTGTTATGTTGCACA  800

seq1  GATGTGGCCTCTTAGAAGGGATTCCCCTTCACTTCCAGGTTTAAGGATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCCTCTTAGAAGGGATTCCCCTTCACTTCCAGGTTTAAGGATCC  850

seq1  CAGAAGACTGTCACAGAAAGAGGGCCTGGTTTTAACATCTGCAAAATTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACTGTCACAGAAAGAGGGCCTGGTTTTAACATCTGCAAAATTGA  900

seq1  ATCTAAGTTTTATAGCTTACCTTCATTTCCTTTGGATTTTTGATGAATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGTTTTATAGCTTACCTTCATTTCCTTTGGATTTTTGATGAATGA  950

seq1  GAAAGCACACACAAAACCATGCACACACACACACACACACACACACACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCACACACAAAACCATGCACACACACACACACACACACACACACAC  1000

seq1  ACAAACACACACACGTCCA-GGCTTTACTCCATTCATCTTGGTTGCCTAC  1049
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  ACAAACACACACACGTCCAGGGCTTTACT-CATTCATC-TGGTTGCCTAC  1048

seq1  CAT-AAAATAATGGTTTGACCCTAATGTTGAAGGTAACACACAGTTTGGT  1098
      ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  CATAAAAATAATG--TTGA-CCTAATGTTGAAGGTAACACACAGTT--GT  1093

seq1  TGTGTAACAGAGGTAAGTCAACCTCAAGTGACT-GGTATCTTCTACGTTG  1147
      ||||| || ||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||  
seq2  TGTGTTAC-GAGGT-AGTC-ACCTC-AGTGACTGGGTATCTTCAACGT--  1137

seq1  CCATCAAGATTTCATAGTG-ACTGCAGA  1174
       |||||||||| |  |||| ||||||||
seq2  GCATCAAGATTCCTAAGTGAACTGCAGA  1165

seq1: chr15_56999462_57000552
seq2: B6Ng01-309A22.g_65_1154 (reverse)

seq1  AAATAAATCT-AGGCATCCCTCTGCCCCACAGCTCCCT-CATCCCAAATG  48
      |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AAATAAATTTAAGGCATCCCTCTGCCCCACAGCTCCCTCCATCCC-AATG  49

seq1  TCACCAT-GTCACCTACTTATCTTGCTTCCATCCCTCTGATTGCCCTGGC  97
      ||||||| |||||  ||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TCACCATGGTCACTAACTAATC-TGCTT-CATCCCTCTGATTGGCCTGGC  97

seq1  TGCAGGAGCTTTGCCTCTGATCCTCTCTCCCTTATATCTTCACTCAGCCT  147
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGCTTGGCCTCTGATCCTCTCTCCCTTATATCTTCACTCAGCCT  147

seq1  CCTACTTCAAAATCCATCTTTGGATTTCATGACAATTCGCCACTGAACCT  197
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTACTTCAAAATCCATCTTTGGATTTCATGACAATTCGCCACTGAACCT  196

seq1  TCTCTGACACTGTAGTAAAGCAGGTTGAAAAGATTTCATAGTCTCCACAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACACTGTAGTAAAGCAGGTTGAAAAGATTTCATAGTCTCCACAC  246

seq1  TGCATCACATGACACAAGGATATTTTAAATTAAATATCCTTTTATCTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCACATGACACAAGGATATTTTAAATTAAATATCCTTTTATCTCAT  296

seq1  GTTATCTATGAGGGCAGAGATTTTACACTTAGAGTCATATATTAACTGAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTATGAGGGCAGAGATTTTACACTTAGAGTCATATATTAACTGAC  346

seq1  TAAATATATGAATAAATGAACAGTCAATATGGAGTAAGACAATTAAAGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATGAATAAATGAACAGTCAATATGGAGTAAGACAATTAAAGAT  396

seq1  GTTAAGAGTTGTGTGTTTTTGTACACTTTGTGAAGCTCAAGTTTTCCAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAGTTGTGTGTTTTTGTACACTTTGTGAAGCTCAAGTTTTCCAGC  446

seq1  CATTATTTTCCAGTCTGCATTGAATTTGCTGTACTATATTACCCTGCTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTTCCAGTCTGCATTGAATTTGCTGTACTATATTACCCTGCTAA  496

seq1  GTTGTGCCTATATTTGTTCCCATAACATTCTCTGAACAAAACTCTGAACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCCTATATTTGTTCCCATAACATTCTCTGAACAAAACTCTGAACA  546

seq1  AAATAATAAAATATATACAGATATGTACAGACACACACACACACACACAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAAAATATATACAGATATGTACAGACACACACACACACACACAC  596

seq1  ACACACACACAGACACTCATGTGTGAACCATGAAAGTTAAATTAGATTGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAGACACTCATGTGTGAACCATGAAAGTTAAATTAGATTGC  646

seq1  AAGGTATAGGCTAATTTTTAAAAAAAACAAAAACCGTGTCTGCAGTGCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATAGGCTAATTTTTAAAAAAAACAAAAACCGTGTCTGCAGTGCTG  696

seq1  GAACGACTGAGAAACTGGTAGCTACTTATTTCTTAAATCTCAGTACCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGACTGAGAAACTGGTAGCTACTTATTTCTTAAATCTCAGTACCACA  746

seq1  GCAATCCCAATCTTCTGCTGAAAACCTAGAGATTGCTAGAGAGTCTCTGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCCAATCTTCTGCTGAAAACCTAGAGATTGCTAGAGAGTCTCTGG  796

seq1  TATGGAGTCTATGTTGGATAGCCGGGTGTCAGTACGCACAGTAGATCTCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGTCTATGTTGGATAGCCGGGTGTCAGTACGCACAGTAGATCTCC  846

seq1  ATGAAACAAGAAGCAAAGCAAGAAGCTGCATTCTGCCAATTCCATTTACC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACAAGAAGCAAAGCAAGAAGCTGCATTCTGCCAATTCCATTTACC  896

seq1  TTGTTGTATCTGACAACTTTTTTGGAAGATGCTCCCTACCTTGAGGTCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTATCTGACAACTTTTTTGGAAGATGCTCCCTACCTTGAGGTCAG  946

seq1  TCTTCTTTTAATCAATTCTTTCTGAACTATCCTTCCGGTCATGCCTAGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTAATCAATTCTTTCTGAACTATCCTTCCGGTCATGCCTAGAG  996

seq1  ATACATACCCTTAGATGATTCTATGTTTTATCAAGTTTTTAATGAAAAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACCCTTAGATGATTCTATGTTTTATCAAGTTTTTAATGAAAAAT  1046

seq1  CAGTCACAAATGGAACGTTTATCTCTGGGACTGTTTATGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACAAATGGAACGTTTATCTCTGGGACTGTTTATGAATTC  1090