BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309H21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 27,429,233 - 27,574,354
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnk, BC087945, LOC100040622
Upstream geneFbxl7, LOC622531, LOC625311
Downstream geneBC052328, Trio, LOC667126, Dnahc5, EG382974, LOC100040675, LOC100040689
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309H21.bB6Ng01-309H21.g
ACCGA101721GA101722
length970683
definitionB6Ng01-309H21.b B6Ng01-309H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,573,591 - 27,574,354)(27,429,233 - 27,429,915)
sequence
gaattccatgattgtgagattgtcccagactcaggctaaattataacagg
ctgccttccccaatagccattcattgtttacctctgtgtctaacctaact
tccaactacctggtaaaacttcaaatatgctaacttaacagactattagt
tagcatcaagtcaaaagctaagcatctagtcagctagcatctgagatctg
ttgctgaggctccctgctttgctgtaacttgcctctggcatatttggaaa
gtcgcttgacttacaaagtgtgtgtgtgggcctgaggtcaacttcggatg
cccttcctgaggaactacccatgttagtttatttgtatgcttgcttgttt
ggagacagagcccactaggatatggaattgctgattaggctgggctagaa
gggcagccagcccccagggatccatctctgccatcccaggtctggcacag
ggatcacgagcacgaacctccatgcctacctttctacatgggtgctgggg
accgaacagaagtcttctcacttacatgccaaacacatgaccaactgagc
tatctctctacaccatgccaccttctaattataaaagttaacctagccga
ttgcatactggaacatgaaaattgaggcacatgaattttcgttttcagga
catggtcactcatatttgactcagaaaggcagtggagtcacatgtactaa
caacccccttgcaacacacaacagtaagagcaaggctcatgttcattccg
tgtgtgtacaaaatgggtttctagtacttgacacgcagagtgagctttat
aaatgtcccttcattcacaaatgagttagagtatagacctagggctgacc
ttatgctgtctaaagtgtaatcactgagtgtctaccaaaaatgctctgga
caactctagatgcttaattttaagacatgtaacttatacggtatataaat
gtgggtacttttgtatttga

gaattctcactgtaatttctagtagagtcggcacacctagaatttcaaac
tggtgagaaatataaaactgggtatttcactgggcaaagatcctccttcc
atcccctttccaaaactggaaagttttaaaagtaaaatgtcttttgtaaa
gaatggatcttctctccttaagctccttaaggctctggatcttttctgct
aaatatttatgtttctccccatagatctgggttgttctcgactctgggta
gagaaccttcttttgtatggacaacgtcaagttatgtgtcttacaagtgg
tcaaggtgcaaacgtcagtgagtgtggaggacttggctctaagtgaggca
ttgttatcaaccttccagtcgaagtccagggaacatctgagaaaaagagg
cagaaaggatgtaagagctggagggagcctggaggatgactaaggaggat
ggggaggaggcctatgcaggctgaggaggaaggctgtggacgatgttctc
aggacatgacatagctagtgcacacttgaagttgcagttgtggttaccta
tataagacccatacaaaaatcaggctagcaagggtgggggaggggctcat
gagcgtccacgctagctacagagctattggcagttgatagctattggaag
agaatctattctgtcgggggtgtggggggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_27573591_27574354
seq2: B6Ng01-309H21.b_51_814 (reverse)

seq1  ATTTTGTACACACACGGAATGAACATGAGCCTTGCTCTTACTGTTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTACACACACGGAATGAACATGAGCCTTGCTCTTACTGTTGTGTG  50

seq1  TTGCAAGGGGGTTGTTAGTACATGTGACTCCACTGCCTTTCTGAGTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGGGGGTTGTTAGTACATGTGACTCCACTGCCTTTCTGAGTCAAA  100

seq1  TATGAGTGACCATGTCCTGAAAACGAAAATTCATGTGCCTCAATTTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGACCATGTCCTGAAAACGAAAATTCATGTGCCTCAATTTTCAT  150

seq1  GTTCCAGTATGCAATCGGCTAGGTTAACTTTTATAATTAGAAGGTGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTATGCAATCGGCTAGGTTAACTTTTATAATTAGAAGGTGGCAT  200

seq1  GGTGTAGAGAGATAGCTCAGTTGGTCATGTGTTTGGCATGTAAGTGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGAGAGATAGCTCAGTTGGTCATGTGTTTGGCATGTAAGTGAGAA  250

seq1  GACTTCTGTTCGGTCCCCAGCACCCATGTAGAAAGGTAGGCATGGAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGTTCGGTCCCCAGCACCCATGTAGAAAGGTAGGCATGGAGGTT  300

seq1  CGTGCTCGTGATCCCTGTGCCAGACCTGGGATGGCAGAGATGGATCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTCGTGATCCCTGTGCCAGACCTGGGATGGCAGAGATGGATCCCTG  350

seq1  GGGGCTGGCTGCCCTTCTAGCCCAGCCTAATCAGCAATTCCATATCCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGCTGCCCTTCTAGCCCAGCCTAATCAGCAATTCCATATCCTAG  400

seq1  TGGGCTCTGTCTCCAAACAAGCAAGCATACAAATAAACTAACATGGGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGTCTCCAAACAAGCAAGCATACAAATAAACTAACATGGGTAG  450

seq1  TTCCTCAGGAAGGGCATCCGAAGTTGACCTCAGGCCCACACACACACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGGAAGGGCATCCGAAGTTGACCTCAGGCCCACACACACACTTT  500

seq1  GTAAGTCAAGCGACTTTCCAAATATGCCAGAGGCAAGTTACAGCAAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTCAAGCGACTTTCCAAATATGCCAGAGGCAAGTTACAGCAAAGCA  550

seq1  GGGAGCCTCAGCAACAGATCTCAGATGCTAGCTGACTAGATGCTTAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCTCAGCAACAGATCTCAGATGCTAGCTGACTAGATGCTTAGCTT  600

seq1  TTGACTTGATGCTAACTAATAGTCTGTTAAGTTAGCATATTTGAAGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGATGCTAACTAATAGTCTGTTAAGTTAGCATATTTGAAGTTTT  650

seq1  ACCAGGTAGTTGGAAGTTAGGTTAGACACAGAGGTAAACAATGAATGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTAGTTGGAAGTTAGGTTAGACACAGAGGTAAACAATGAATGGCT  700

seq1  ATTGGGGAAGGCAGCCTGTTATAATTTAGCCTGAGTCTGGGACAATCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGAAGGCAGCCTGTTATAATTTAGCCTGAGTCTGGGACAATCTCA  750

seq1  CAATCATGGAATTC  764
      ||||||||||||||
seq2  CAATCATGGAATTC  764


seq1: chr15_27429233_27429915
seq2: B6Ng01-309H21.g_68_750

seq1  GAATTCTCACTGTAATTTCTAGTAGAGTCGGCACACCTAGAATTTCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTGTAATTTCTAGTAGAGTCGGCACACCTAGAATTTCAAAC  50

seq1  TGGTGAGAAATATAAAACTGGGTATTTCACTGGGCAAAGATCCTCCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGAAATATAAAACTGGGTATTTCACTGGGCAAAGATCCTCCTTCC  100

seq1  ATCCCCTTTCCAAAACTGGAAAGTTTTAAAAGTAAAATGTCTTTTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTTTCCAAAACTGGAAAGTTTTAAAAGTAAAATGTCTTTTGTAAA  150

seq1  GAATGGATCTTCTCTCCTTAAGCTCCTTAAGGCTCTGGATCTTTTCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATCTTCTCTCCTTAAGCTCCTTAAGGCTCTGGATCTTTTCTGCT  200

seq1  AAATATTTATGTTTCTCCCCATAGATCTGGGTTGTTCTCGACTCTGGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTATGTTTCTCCCCATAGATCTGGGTTGTTCTCGACTCTGGGTA  250

seq1  GAGAACCTTCTTTTGTATGGACAACGTCAAGTTATGTGTCTTACAAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTTCTTTTGTATGGACAACGTCAAGTTATGTGTCTTACAAGTGG  300

seq1  TCAAGGTGCAAACGTCAGTGAGTGTGGAGGACTTGGCTCTAAGTGAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTGCAAACGTCAGTGAGTGTGGAGGACTTGGCTCTAAGTGAGGCA  350

seq1  TTGTTATCAACCTTCCAGTCGAAGTCCAGGGAACATCTGAGAAAAAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATCAACCTTCCAGTCGAAGTCCAGGGAACATCTGAGAAAAAGAGG  400

seq1  CAGAAAGGATGTAAGAGCTGGAGGGAGCCTGGAGGATGACTAAGGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGATGTAAGAGCTGGAGGGAGCCTGGAGGATGACTAAGGAGGAT  450

seq1  GGGGAGGAGGCCTATGCAGGCTGAGGAGGAAGGCTGTGGACGATGTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAGGCCTATGCAGGCTGAGGAGGAAGGCTGTGGACGATGTTCTC  500

seq1  AGGACATGACATAGCTAGTGCACACTTGAAGTTGCAGTTGTGGTTACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGACATAGCTAGTGCACACTTGAAGTTGCAGTTGTGGTTACCTA  550

seq1  TATAAGACCCATACAAAAATCAGGCTAGCAAGGGTGGGGGAGGGGCTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACCCATACAAAAATCAGGCTAGCAAGGGTGGGGGAGGGGCTCAT  600

seq1  GAGCGTCCACGCTAGCTACAGAGCTATTGGCAGTTGATAGCTATTGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTCCACGCTAGCTACAGAGCTATTGGCAGTTGATAGCTATTGGAAG  650

seq1  AGAATCTATTCTGTCGGGGGTGTGGGGGGAGTG  683
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTATTCTGTCGGGGGTGTGGGGGGAGTG  683


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |