BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313E04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 60,719,021 - 60,855,895
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA1bg
Upstream geneLOC665602, EG632248, LOC665613, 4933412E24Rik, LOC100040266, LOC623048, LOC211832, LOC623094, EG632412, LOC100040311, D330050I23Rik, 9930014A18Rik
Downstream geneLOC100040323, Myc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313E04.bB6Ng01-313E04.g
ACCGA104524GA104525
length1,1651,146
definitionB6Ng01-313E04.b B6Ng01-313E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,854,716 - 60,855,895)(60,719,021 - 60,720,167)
sequence
gaattctttttcattcccccatactctccatctgaaaattagccaccatc
attgggattctataaagacaatgtttcttgaaacagtgtgtaattgattt
gacatccatagccaggctttaaaacttttatttttaattgacaatattac
ttagagaacaatgtaatattttaatccatgtttatattgcagaatgataa
ttacatctacctaataaatgtgtcatctcaaatacagccatgactttgtg
ctgaaacattcaaaagtctactcttgagaaatgttgaactgcatctttag
tgcgttgaggatgctgcaaagtcagtctctagaaccacttctctgtgtct
ggatggacctatgaagcctttgactaacactccgttgtttctattggaga
acagtgctattaatgttgcccttgatgtcccatggctatctaagatctgt
gcaaaatggaggactcccattctcccattcccatttcctttctctgactg
accatgtctggagagtgtgcttgaatatgggtaactggctttgtctgaaa
aattgcctggtacagagagagctctgcaagcactgcataactcagcacac
tggctacgaggaccaatcagtccttccaacctacatgatgttataaccaa
ttagccctttccagcgatacctctaaaagctcttatataccctatccctg
gaaaaataaagtagagtcatattgctgctgcagcagtctccggaagttct
tcctgacatattcacagttgtcacaaaccttctcacattttctgctccct
ttgtccttacaaacagggtcagaggccaaggacctccaagaagaaaggag
agccacacacttccttcctcctcaacaatttctcttcttccataaacgtt
atgaacatgacttttgtagacttttacatgttagtgagataatgtagaat
tgttcttctatcgcagttaattgtgcttaatataatgtccacaggcaaat
tcatatgtgtagggtgacaggtacaaagaacagcatgtgcatgacaacta
gagaaaatacaccagagaagagggtatcattgtgttactaacaaattggc
atactactaacagataataagagatggtagtcacttcaatctagctgact
tggagcctgtactcc

gaattcagatcaccagggataaagcaaacaaggtgagagattccaaccag
aaagaaccaagagagccgtgggacagggttctctgattttcagttgatgt
ctttgagctgccggcttagctttgagagaccagagaagatgaaagggtag
aggcagacatctagactcataagattcacatatggatcctaggggaaaag
gtctgaaagtttgtgcaggctaatgctcttgacgagaaagttggcatttt
gctgtggcaattggcagttttcagataaatgtcttagcaaagctaatgaa
gggagacaagccctttctggtagctaaactgggtccttcaacctagagga
gtgataaatgtttcatgtttctctcatggttgactctgtgaacattagta
aagtaaaggtctcagagcagagttcccacacactttcccaagctttcctg
gttactcttaagaacagagctatccagctcatggatttactaagattaag
ccaatgtcaaggggtgggaatctgtctatttttaatacatggaggctaaa
tgccacataaagggaatgtatgggcaagcctctgttgaggatgccatcaa
tctgttcattattttaaatatagcaattgttttgggaatattccttagaa
aaatcatgatttcaatattttaatttatgtaaatttatgattcctggaat
caggtcaggaggctttgaagattgtgcctctttgcgattttaaatgtctg
ttcttaatcttcgaatgagacttcagttaagctgcccacttctttgagga
gtgtgtgcagacatggatgtctttgcacatgggtataagtgtgtgcatga
gtgtgtgaaaaatgaactgatgcacggtgtttgtttgtttgtttttcaac
agctgacattttgagccacaactgtctcagatactctttgctaaagccta
atgtcttgtctcacatcccatttggattacagatatagatagtgcactct
agaggtgaagtatttttgctcactgctactgtccaccattgtaataactt
atttactgtctgccatcaagctttttgggcacctttcttgaaagaatagt
aatcatccatcaaccaatatttttaggtaatcaccttctgcaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_60854716_60855895
seq2: B6Ng01-313E04.b_44_1208 (reverse)

seq1  GGAGTAACAGCTCCCAGTCAGCTAGATATGAAAGTGACTACCATCTCTTA  50
      ||||||   ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACAGGCTCCAAGTCAGCTAGAT-TG-AAGTGACTACCATCTCTTA  48

seq1  TTAATCCTGTTAGTAGTAATGCCCATTTGTTAGTAACACAATGATAACCC  100
      |||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |
seq2  TTA--TCTGTTAGTAGT-ATGCCAATTTGTTAGTAACACAATGATA---C  92

seq1  TCTCTTCT-TGGTGTATTTTCTCTAGTTGTTCATGCACATGCTGTTCTTT  149
       ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTCTGGTGTATTTTCTCTAGTTG-TCATGCACATGCTGTTCTTT  141

seq1  GTACCTGTTCAACCCTAACAACAATATGAATTTGCCTGGTGGACATTATA  199
      ||||||||   ||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTACCTGT--CACCCT-ACA--CATATGAATTTGCCT-GTGGACATTATA  185

seq1  TTAAGCACAATTAACCTGCGATAGAAGAACAATTCTACATTATCTCACTA  249
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCACAATTAA-CTGCGATAGAAGAACAATTCTACATTATCTCACTA  234

seq1  ACATGTAAAAGTCTACAAAAGTCATGTTCATAACGTTTATGGAAGAAGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAAAGTCTACAAAAGTCATGTTCATAACGTTTATGGAAGAAGAG  284

seq1  AAATTGTTGAGGAGGAAGGAAGTGTGTGGCTCTCCTTTCTTCTTGGAGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTGAGGAGGAAGGAAGTGTGTGGCTCTCCTTTCTTCTTGGAGGT  334

seq1  CCTTGGCCTCTGACCCTGTTTGTAAGGACAAAGGGAGCAGAAAATGTGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCCTCTGACCCTGTTTGTAAGGACAAAGGGAGCAGAAAATGTGAG  384

seq1  AAGGTTTGTGACAACTGTGAATATGTCAGGAAGAACTTCCGGAGACTGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGTGACAACTGTGAATATGTCAGGAAGAACTTCCGGAGACTGCT  434

seq1  GCAGCAGCAATATGACTCTACTTTATTTTTCCAGGGATAGGGTATATAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCAATATGACTCTACTTTATTTTTCCAGGGATAGGGTATATAAG  484

seq1  AGCTTTTAGAGGTATCGCTGGAAAGGGCTAATTGGTTATAACATCATGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTAGAGGTATCGCTGGAAAGGGCTAATTGGTTATAACATCATGTA  534

seq1  GGTTGGAAGGACTGATTGGTCCTCGTAGCCAGTGTGCTGAGTTATGCAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAAGGACTGATTGGTCCTCGTAGCCAGTGTGCTGAGTTATGCAGT  584

seq1  GCTTGCAGAGCTCTCTCTGTACCAGGCAATTTTTCAGACAAAGCCAGTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGAGCTCTCTCTGTACCAGGCAATTTTTCAGACAAAGCCAGTTA  634

seq1  CCCATATTCAAGCACACTCTCCAGACATGGTCAGTCAGAGAAAGGAAATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATTCAAGCACACTCTCCAGACATGGTCAGTCAGAGAAAGGAAATG  684

seq1  GGAATGGGAGAATGGGAGTCCTCCATTTTGCACAGATCTTAGATAGCCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGGAGAATGGGAGTCCTCCATTTTGCACAGATCTTAGATAGCCAT  734

seq1  GGGACATCAAGGGCAACATTAATAGCACTGTTCTCCAATAGAAACAACGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATCAAGGGCAACATTAATAGCACTGTTCTCCAATAGAAACAACGG  784

seq1  AGTGTTAGTCAAAGGCTTCATAGGTCCATCCAGACACAGAGAAGTGGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAGTCAAAGGCTTCATAGGTCCATCCAGACACAGAGAAGTGGTTC  834

seq1  TAGAGACTGACTTTGCAGCATCCTCAACGCACTAAAGATGCAGTTCAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACTGACTTTGCAGCATCCTCAACGCACTAAAGATGCAGTTCAACA  884

seq1  TTTCTCAAGAGTAGACTTTTGAATGTTTCAGCACAAAGTCATGGCTGTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAAGAGTAGACTTTTGAATGTTTCAGCACAAAGTCATGGCTGTAT  934

seq1  TTGAGATGACACATTTATTAGGTAGATGTAATTATCATTCTGCAATATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGACACATTTATTAGGTAGATGTAATTATCATTCTGCAATATAA  984

seq1  ACATGGATTAAAATATTACATTGTTCTCTAAGTAATATTGTCAATTAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATTAAAATATTACATTGTTCTCTAAGTAATATTGTCAATTAAAA  1034

seq1  ATAAAAGTTTTAAAGCCTGGCTATGGATGTCAAATCAATTACACACTGTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTTTTAAAGCCTGGCTATGGATGTCAAATCAATTACACACTGTT  1084

seq1  TCAAGAAACATTGTCTTTATAGAATCCCAATGATGGTGGCTAATTTTCAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAACATTGTCTTTATAGAATCCCAATGATGGTGGCTAATTTTCAG  1134

seq1  ATGGAGAGTATGGGGGAATGAAAAAGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGTATGGGGGAATGAAAAAGAATTC  1165


seq1: chr15_60719021_60720167
seq2: B6Ng01-313E04.g_64_1209

seq1  GAATTCAGATCACCAGGGATAAAGCAAACAAGGTGAGAGATTCCAACCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCACCAGGGATAAAGCAAACAAGGTGAGAGATTCCAACCAG  50

seq1  AAAGAACCAAGAGAGCCGTGGGACAGGGTTCTCTGATTTTCAGTTGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCAAGAGAGCCGTGGGACAGGGTTCTCTGATTTTCAGTTGATGT  100

seq1  CTTTGAGCTGCCGGCTTAGCTTTGAGAGACCAGAGAAGATGAAAGGGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGCTGCCGGCTTAGCTTTGAGAGACCAGAGAAGATGAAAGGGTAG  150

seq1  AGGCAGACATCTAGACTCATAAGATTCACATATGGATCCTAGGGGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACATCTAGACTCATAAGATTCACATATGGATCCTAGGGGAAAAG  200

seq1  GTCTGAAAGTTTGTGCAGGCTAATGCTCTTGACGAGAAAGTTGGCATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAGTTTGTGCAGGCTAATGCTCTTGACGAGAAAGTTGGCATTTT  250

seq1  GCTGTGGCAATTGGCAGTTTTCAGATAAATGTCTTAGCAAAGCTAATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGCAATTGGCAGTTTTCAGATAAATGTCTTAGCAAAGCTAATGAA  300

seq1  GGGAGACAAGCCCTTTCTGGTAGCTAAACTGGGTCCTTCAACCTAGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAAGCCCTTTCTGGTAGCTAAACTGGGTCCTTCAACCTAGAGGA  350

seq1  GTGATAAATGTTTCATGTTTCTCTCATGGTTGACTCTGTGAACATTAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAATGTTTCATGTTTCTCTCATGGTTGACTCTGTGAACATTAGTA  400

seq1  AAGTAAAGGTCTCAGAGCAGAGTTCCCACACACTTTCCCAAGCTTTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGGTCTCAGAGCAGAGTTCCCACACACTTTCCCAAGCTTTCCTG  450

seq1  GTTACTCTTAAGAACAGAGCTATCCAGCTCATGGATTTACTAAGATTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCTTAAGAACAGAGCTATCCAGCTCATGGATTTACTAAGATTAAG  500

seq1  CCAATGTCAAGGGGTGGGAATCTGTCTATTTTTAATACATGGAGGCTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTCAAGGGGTGGGAATCTGTCTATTTTTAATACATGGAGGCTAAA  550

seq1  TGCCACATAAAGGGAATGTATGGGCAAGCCTCTGTTGAGGATGCCATCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACATAAAGGGAATGTATGGGCAAGCCTCTGTTGAGGATGCCATCAA  600

seq1  TCTGTTCATTATTTTAAATATAGCAATTGTTTTGGGAATATTCCTTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCATTATTTTAAATATAGCAATTGTTTTGGGAATATTCCTTAGAA  650

seq1  AAATCATGATTTCAATATTTTAATTTATGTAAATTTATGATTCCTGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGATTTCAATATTTTAATTTATGTAAATTTATGATTCCTGGAAT  700

seq1  CAGGTCAGGAGGCTTTGAAGATTGTGCCTCTTTGCGATTTTAAATGTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCAGGAGGCTTTGAAGATTGTGCCTCTTTGCGATTTTAAATGTCTG  750

seq1  TTCTTAATCTTCGAATGAGACTTCAGTTAAGCTGCCCACTTCTTTGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAATCTTCGAATGAGACTTCAGTTAAGCTGCCCACTTCTTTGAGGA  800

seq1  GTGTGTGCAGACATGGATGTCTTTGCACATGGGTATAAGTGTGTGCATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCAGACATGGATGTCTTTGCACATGGGTATAAGTGTGTGCATGA  850

seq1  GTGTGTGAAAAATGAACTGATGCACGGTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGTGAAAAATGAACTGATGCACGGTGTTTGTTTGTTTGTTTTTC-AA  899

seq1  CAGCTGACATTTTGAGCCACAACTGTCTCAGATACTCTTTGCTAAAGCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGACATTTTGAGCCACAACTGTCTCAGATACTCTTTGCTAAAGCCT  949

seq1  AATGTCTTGTCTCACAATCCCATTTGGATTACAAGATATAAGATAGTGCA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  AATGTCTTGTCTCAC-ATCCCATTTGGATTAC-AGATAT-AGATAGTGCA  996

seq1  CTCTAGAGGTGAAGTA-TTTTGCTCACTGCTACTGTCCACCATTGTTAAT  1049
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCTAGAGGTGAAGTATTTTTGCTCACTGCTACTGTCCACCATTG-TAAT  1045

seq1  AACTTATTTACTGTCTGCCATCAAAGCTTTTTTGGCACCTTTC-TGAAAG  1098
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AACTTATTTACTGTCTGCCATC-AAGCTTTTTGGGCACCTTTCTTGAAAG  1094

seq1  -ATAGTAATCATTCCATCAACAAATATTT---AGTTATCACCTTCTGCAA  1144
       |||||||||| ||||||||| |||||||    || ||||||||||||||
seq2  AATAGTAATCA-TCCATCAACCAATATTTTTAGGTAATCACCTTCTGCAA  1143

seq1  GCT  1147
      |||
seq2  GCT  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |