BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313J23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 86,613,092 - 86,726,528
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpara, 2210021J22Rik, Pkdrej, AW124722, Gtse1, Trmu, Celsr1, BC021523, Cerk, LOC100042300, Tbc1d22a
Downstream geneLOC100042309, AW049604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313J23.bB6Ng01-313J23.g
ACCGA104780GA104781
length1,139704
definitionB6Ng01-313J23.b B6Ng01-313J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,725,388 - 86,726,528)(86,613,092 - 86,613,795)
sequence
gaattcaagtggagccaggaatgaagtggcctagtgagccgtgaagaaca
ttctatacagaggagtacaactgtggaatggcttaatgaacaatgtgcct
agtgtttgagaaaaagctgcacagtcaaggttaatgtagactgagcaggg
tatggcagaaagaccccagagtgagaccctgagtccctgagtccacagca
agggtattaccctgctttgttctaatgggaagaagctcagtagatgtctt
agttgggattttattgccatgaagtgacattatgaccatggcaactctta
tttaaaaaacaacaacaacctttaattgggactggcttacagcttcagag
gtttagtccgttattgtcatggcaggaagcacagcagcgttcatgcagac
atggtgctgaagaaggagcttggagttctacatcttgatctgaaggaagc
caggtggattcgcttcatactgggcagagcttgatcatacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatgt
atgtatgtatgtatgcatatatatataattttaaagccctgcctccatag
agacacacttcatctaacaagaccacatcttctccaacctccaataaggc
cacacctcctaatagtgccactccctaaggccaagcattcaaacacatga
atctatgggggaaatactgattcaaaccaccacagcagacaaggcttaat
ttttgtatgttaggatatccctgtgagtcatagtgtgtaagggcagaagc
agaagcagaagcagagaggcactttcacaagttcagaaggaaactggtat
tagaaaggagcagagaaaacctcaaggaggttagtgtcaaagataagaac
aacagagggacatgatcagtgtgtggtgtatagtgacagaataagctaag
cagtgccaaggaacttcaaaggtcaccaagaaacccagcctgagtgacca
taagagagatgtcccattaatcatagagtacagtggttccttgttataca
ataacagcacatctgataaacacatcacaaactggaaagaatgtaaatca
aaaagcatagagttcccataccacgtcctctaactcatc
gaattcaaagtcctgccttccttgcaacaaggcaagggaggacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacgttgccagccaccagattt
tctaaggtcttgttccaggccacccagatggcacctactagtctattctg
cagccatgtttaggctgcagatgagggaggaggaacacagacacagacac
acacacagacacacacacagacacacacacacacacacacatattttttg
agacatggtcttatctagtagcctaggctgtcttgtaaatcagtgtgtag
ctcaggttagcttagagctcatgtcagtcttcctgccttagattcctaag
tggagaggattctcggagtgatccacacaccccacacccccaccaccaca
gtcttgttttggtttttttttttcatccatttgtctgtggaggatttttt
aggttgactctctgtcctggatcccatgactcctgaagcaacacatggga
gtaaagatgtcggattgtgataacttgaaacacccagactcatctttgga
gtctcagcgaggatagtgtgcatgtggaaatccctgcaaaagatattatt
agttgggttaattgacttgtgaaggcctgtacaattgcatggtccgggta
tatgagctagggagagagagggagaagaggaaggaggaatggagagggag
ggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_86725388_86726528
seq2: B6Ng01-313J23.b_48_1186 (reverse)

seq1  GATGAGTTAGGAGACGTGGTATGGGAACTCTATGCTTTTTTGATTTACCT  50
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GATGAGTTAGAGGACGTGGTATGGGAACTCTATGC-TTTTTGATTTACAT  49

seq1  TCTTTTCAGTTTGTGATGTGTTTACCAAGATGTGCCTGTATTGTAT-ACA  99
      ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||   |||||||| |||
seq2  TCTTTCCAGTTTGTGATGTGTTTATC-AGATGTGCTGTTATTGTATAACA  98

seq1  AGGACCACCTGTACTTCTTAATGATTAATGGGACATCTCTCTTATGGTCA  149
      |||| |  |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCACTGTAC-TCT--ATGATTAATGGGACATCTCTCTTATGGTCA  145

seq1  CTCAGGCTGGGTTTCTTGGTGACCTT--GAGTTCCTTGGCACTGCTTAGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTGGGTTTCTTGGTGACCTTTGAAGTTCCTTGGCACTGCTTAGC  195

seq1  TTATTCTGTCACTATACACCACACACTGATCATGTCCCTCTGTTGTTCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGTCACTATACACCACACACTGATCATGTCCCTCTGTTGTTCTT  245

seq1  ATCTTTGACACTAACCTCCTTGAGGTTTTCTCTGCTCCTTTCTAATACCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGACACTAACCTCCTTGAGGTTTTCTCTGCTCCTTTCTAATACCA  295

seq1  GTTTCCTTCTGAACTTGTGAAAGTGCCTCTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTCTGAACTTGTGAAAGTGCCTCTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCT  345

seq1  GCCCTTACACACTATGACTCACAGGGATATCCTAACATACAAAAATTAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTACACACTATGACTCACAGGGATATCCTAACATACAAAAATTAAG  395

seq1  CCTTGTCTGCTGTGGTGGTTTGAATCAGTATTTCCCCCATAGATTCATGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTGCTGTGGTGGTTTGAATCAGTATTTCCCCCATAGATTCATGT  445

seq1  GTTTGAATGCTTGGCCTTAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGGCCTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAATGCTTGGCCTTAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGGCCTTA  495

seq1  TTGGAGGTTGGAGAAGATGTGGTCTTGTTAGATGAAGTGTGTCTCTATGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTTGGAGAAGATGTGGTCTTGTTAGATGAAGTGTGTCTCTATGG  545

seq1  AGGCAGGGCTTTAAAATTATATATATATGCATACATACATACATACATAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGCTTTAAAATTATATATATATGCATACATACATACATACATAT  595

seq1  ATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  645

seq1  GTGTGTATGATCAAGCTCTGCCCAGTATGAAGCGAATCCACCTGGCTTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGATCAAGCTCTGCCCAGTATGAAGCGAATCCACCTGGCTTCC  695

seq1  TTCAGATCAAGATGTAGAACTCCAAGCTCCTTCTTCAGCACCATGTCTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATCAAGATGTAGAACTCCAAGCTCCTTCTTCAGCACCATGTCTGC  745

seq1  ATGAACGCTGCTGTGCTTCCTGCCATGACAATAACGGACTAAACCTCTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACGCTGCTGTGCTTCCTGCCATGACAATAACGGACTAAACCTCTGA  795

seq1  AGCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAAGGTTGTTGTTGTTTTTTAAATAAGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAAGGTTGTTGTTGTTTTTTAAATAAGAG  845

seq1  TTGCCATGGTCATAATGTCACTTCATGGCAATAAAATCCCAACTAAGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGGTCATAATGTCACTTCATGGCAATAAAATCCCAACTAAGACA  895

seq1  TCTACTGAGCTTCTTCCCATTAGAACAAAGCAGGGTAATACCCTTGCTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGAGCTTCTTCCCATTAGAACAAAGCAGGGTAATACCCTTGCTGT  945

seq1  GGACTCAGGGACTCAGGGTCTCACTCTGGGGTCTTTCTGCCATACCCTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAGGGACTCAGGGTCTCACTCTGGGGTCTTTCTGCCATACCCTGC  995

seq1  TCAGTCTACATTAACCTTGACTGTGCAGCTTTTTCTCAAACACTAGGCAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTACATTAACCTTGACTGTGCAGCTTTTTCTCAAACACTAGGCAC  1045

seq1  ATTGTTCATTAAGCCATTCCACAGTTGTACTCCTCTGTATAGAATGTTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCATTAAGCCATTCCACAGTTGTACTCCTCTGTATAGAATGTTCT  1095

seq1  TCACGGCTCACTAGGCCACTTCATTCCTGGCTCCACTTGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGCTCACTAGGCCACTTCATTCCTGGCTCCACTTGAATTC  1139

seq1: chr15_86613092_86613795
seq2: B6Ng01-313J23.g_68_771

seq1  GAATTCAAAGTCCTGCCTTCCTTGCAACAAGGCAAGGGAGGACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTCCTGCCTTCCTTGCAACAAGGCAAGGGAGGACACACACA  50

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACGTTGCCAGCCACCAGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACGTTGCCAGCCACCAGATTT  100

seq1  TCTAAGGTCTTGTTCCAGGCCACCCAGATGGCACCTACTAGTCTATTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTCTTGTTCCAGGCCACCCAGATGGCACCTACTAGTCTATTCTG  150

seq1  CAGCCATGTTTAGGCTGCAGATGAGGGAGGAGGAACACAGACACAGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATGTTTAGGCTGCAGATGAGGGAGGAGGAACACAGACACAGACAC  200

seq1  ACACACAGACACACACACAGACACACACACACACACACACATATTTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGACACACACACAGACACACACACACACACACACATATTTTTTG  250

seq1  AGACATGGTCTTATCTAGTAGCCTAGGCTGTCTTGTAAATCAGTGTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGTCTTATCTAGTAGCCTAGGCTGTCTTGTAAATCAGTGTGTAG  300

seq1  CTCAGGTTAGCTTAGAGCTCATGTCAGTCTTCCTGCCTTAGATTCCTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTTAGCTTAGAGCTCATGTCAGTCTTCCTGCCTTAGATTCCTAAG  350

seq1  TGGAGAGGATTCTCGGAGTGATCCACACACCCCACACCCCCACCACCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGATTCTCGGAGTGATCCACACACCCCACACCCCCACCACCACA  400

seq1  GTCTTGTTTTGGTTTTTTTTTTTCATCCATTTGTCTGTGGAGGATTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTTTTGGTTTTTTTTTTTCATCCATTTGTCTGTGGAGGATTTTTT  450

seq1  AGGTTGACTCTCTGTCCTGGATCCCATGACTCCTGAAGCAACACATGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGACTCTCTGTCCTGGATCCCATGACTCCTGAAGCAACACATGGGA  500

seq1  GTAAAGATGTCGGATTGTGATAACTTGAAACACCCAGACTCATCTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATGTCGGATTGTGATAACTTGAAACACCCAGACTCATCTTTGGA  550

seq1  GTCTCAGCGAGGATAGTGTGCATGTGGAAATCCCTGCAAAAGATATTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCGAGGATAGTGTGCATGTGGAAATCCCTGCAAAAGATATTATT  600

seq1  AGTTGGGTTAATTGACTTGTGAAGGCCTGTACAATTGCATGGTCCGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGTTAATTGACTTGTGAAGGCCTGTACAATTGCATGGTCCGGGTA  650

seq1  TATGAGCTAGGGAGAGAGAGGGAGAAGAGGAAGGAGGAATGGAGAGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCTAGGGAGAGAGAGGGAGAAGAGGAAGGAGGAATGGAGAGGGAG  700

seq1  GGAG  704
      ||||
seq2  GGAG  704