BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316E08
Chromosome15 (Build37)
Map Location 77,225,521 - 77,353,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApol3, BC020489, BC085284, LOC624454, EG666639, 9030421J09Rik, EG626615
Upstream geneBop1, Scx, Hsf1, Dgat1, Scrt1, LOC666497, EG666504, Fbxl6, Gpr172b, Adck5, Cpsf1, Slc39a4, Vps28, Nfkbil2, Cyhr1, Kifc2, Foxh1, Ppp1r16a, Gpt1, Mfsd3, Recql4, Lrrc14, Lrrc24, C030006K11Rik, D15Wsu169e, Zfp251, Zfp7, Commd5, Rpl8, Zfp647, 1110038F14Rik, Mb, Apol6, Rbm9, LOC100042318
Downstream gene2210421G13Rik, 9130218O11Rik, LOC666661, A330102K04Rik, EG545115, LOC666348, LOC666679, 2310016F22Rik, Apol2, Myh9, Txn2, Foxred2, Eif3s7, Cacng2, Rabl4, Pvalb, Ncf4, Csf2rb2, Csf2rb1, 1700061J05Rik, Tst, Mpst, Kctd17, Tmprss6, Il2rb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316E08.bB6Ng01-316E08.g
ACCGA106707GA106708
length1,162909
definitionB6Ng01-316E08.b B6Ng01-316E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,352,599 - 77,353,767)(77,225,521 - 77,226,429)
sequence
gaattcttcagttcaagttggggctgcactttgcaaagcactaaacaggt
ccaggccagagagcatgagatgatcctgggccctccagctctccgtgtac
ggcctgatcctttgctggccaggttttacacaatagcacattgcagggga
gtgggtgcagactgactttatcagaagccaaacatattgaggtcagcagc
gtcgaccaatttggggtcaagagccacatttttggcttggaaggactgct
gaaaggatgaagaggcagaaattggcagctactgtctcactggtcttaag
gatgtcaggtgtgtgtctaatactgacagcacagggtcctgtcgtaaggt
tccatgtgccactgaaatggcagggagcctgggccgaaagagcagggagg
gacatctaatggccattcttgatggctgcatctcaagattcctgcagtca
agccaagctggatccccacagtgacacactgagcctgtgttgtgtcagct
gactggctccctgagtaccagatatatgacttcccttcactgtgaacctg
cacccaggatgtcagggaactgagtcctccatggcctcctgtgcattcac
actgtctccctcagtcaggcactccctttggtctctgccatcttcagacc
acactggtacatggttgcaacccatgcctgtctggcctgacagggcacag
gggcattcctcagccatcatgcaaggccaggactggctaggctcagggga
ctctataaacgtttatgtaagggccagctgcagagggacaatgagagaca
gatccttctccagtctgctgtgggactccccttgactcatgcaagagctt
ccagtctgcaaactgatccctatccctctgtcctcccaaggagccgacag
tgctcagtgagttcttgagtgtctgacaccctgctggaggctcctcactg
tgtccctgtccatcagcccatgtttcctgggtggcctgcaatagactctg
agtgtcctgaaagtccagagccatgtcacctttagcgtcctctcatctga
tgacgtgttcactctgtccaaatgtcactgttcctacactacattttttt
ctgaatgtcccttagggccgggatgcatcgaaccgacctgctggttagta
tgaataatttta
gaattcaaatcccagcaaccacacagtcgctcacaaacatctgtaatggg
atcaaatgccctcttctggtgtgtctgaagacagagaccgtgtacacata
caataaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaataaataa
atctttagaaactctgaatgtttggttgaatgaatgaatgaatgaatgaa
tgaatgaatgatctatagaaccaacagaagaattttaaacatgaaaggag
cctggcatagtagtgcatgcttttaatccagcagttgagaggctggagcg
ggggggtctctgtgagtttgaggccaggcttcctatcagaatgagttcca
tcacacccatcaacctcagagacacccccagtgcattcatgagtccagca
gggcccacttgccatggtgcctccactcagtctgtgaacctctcattagc
gcaagcatttatgctctgattagatggagaagctccctcccaacctccca
gctcagggctactgaactcctagacatttattaatccagtgctgttgaaa
cttaggattaaaaactgaccattcccatattgaaggccccatttaagact
gaagaatggctcaggctggagacgggtaggcggcctcctcaaggactggg
ccccaggctcagctgataggaagccaccttgagaggagtagagctgtctg
cctgtaatttggctccctccttccctctttctcctcctggctgccatttt
tcaggctgggtattgaggaggcgactcctgggaatttacagaagacaaag
cgaggaaggagagccactgtgacctaggactgggaaactttgtgctcccc
ttgggcttctcatctgtatcttttttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_77352599_77353767
seq2: B6Ng01-316E08.b_46_1207 (reverse)

seq1  TAAAA-TATTCATACTACACAGCAGTTGGTGTCTGATGCACCCCGGCACC  49
      ||||| |||||||||||  |||||| | | ||  |||||| |||||| ||
seq2  TAAAATTATTCATACTAACCAGCAGGTCG-GTTCGATGCATCCCGGC-CC  48

seq1  TAGGGGACATTTCAG-AAAAAATGTAGTGTAGGAAACAGGTGACAATTGG  98
      || |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||
seq2  TAAGGGACA-TTCAGAAAAAAATGTAGTGTAGG-AACA-GTGACATTTGG  95

seq1  ACAAGAAGTGAAACACGTCATTCAGATGAGAGGACGCTAAAAGGTGACCA  148
      |||   |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  ACA--GAGTG-AACACGTCA-TCAGATGAGAGGACGCT-AAAGGTGA-CA  139

seq1  TGGCTCTGGAC-TTCAGGACACTCAGAGTCTATTGCAGGCCACCCAGG-A  196
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGCTCTGGACTTTCAGGACACTCAGAGTCTATTGCAGGCCACCCAGGAA  189

seq1  ACATGGGCTGATGGACAGGGACACAGTGAGGAGCCTCCAGCAGGGTGTCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGCTGATGGACAGGGACACAGTGAGGAGCCTCCAGCAGGGTGTCA  239

seq1  GACACTCAAGAACTCACTGAGCACTGTCGGCTCCTTGGGAGGACAGAGGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTCAAGAACTCACTGAGCACTGTCGGCTCCTTGGGAGGACAGAGGG  289

seq1  ATAGGGATCAGTTTGCAGACTGGAAGCTCTTGCATGAGTCAAGGGGAGTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGATCAGTTTGCAGACTGGAAGCTCTTGCATGAGTCAAGGGGAGTC  339

seq1  CCACAGCAGACTGGAGAAGGATCTGTCTCTCATTGTCCCTCTGCAGCTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCAGACTGGAGAAGGATCTGTCTCTCATTGTCCCTCTGCAGCTGG  389

seq1  CCCTTACATAAACGTTTATAGAGTCCCCTGAGCCTAGCCAGTCCTGGCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACATAAACGTTTATAGAGTCCCCTGAGCCTAGCCAGTCCTGGCCT  439

seq1  TGCATGATGGCTGAGGAATGCCCCTGTGCCCTGTCAGGCCAGACAGGCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGATGGCTGAGGAATGCCCCTGTGCCCTGTCAGGCCAGACAGGCAT  489

seq1  GGGTTGCAACCATGTACCAGTGTGGTCTGAAGATGGCAGAGACCAAAGGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGCAACCATGTACCAGTGTGGTCTGAAGATGGCAGAGACCAAAGGG  539

seq1  AGTGCCTGACTGAGGGAGACAGTGTGAATGCACAGGAGGCCATGGAGGAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTGACTGAGGGAGACAGTGTGAATGCACAGGAGGCCATGGAGGAC  589

seq1  TCAGTTCCCTGACATCCTGGGTGCAGGTTCACAGTGAAGGGAAGTCATAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCCTGACATCCTGGGTGCAGGTTCACAGTGAAGGGAAGTCATAT  639

seq1  ATCTGGTACTCAGGGAGCCAGTCAGCTGACACAACACAGGCTCAGTGTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTACTCAGGGAGCCAGTCAGCTGACACAACACAGGCTCAGTGTGT  689

seq1  CACTGTGGGGATCCAGCTTGGCTTGACTGCAGGAATCTTGAGATGCAGCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGGGATCCAGCTTGGCTTGACTGCAGGAATCTTGAGATGCAGCC  739

seq1  ATCAAGAATGGCCATTAGATGTCCCTCCCTGCTCTTTCGGCCCAGGCTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAATGGCCATTAGATGTCCCTCCCTGCTCTTTCGGCCCAGGCTCC  789

seq1  CTGCCATTTCAGTGGCACATGGAACCTTACGACAGGACCCTGTGCTGTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTTCAGTGGCACATGGAACCTTACGACAGGACCCTGTGCTGTCA  839

seq1  GTATTAGACACACACCTGACATCCTTAAGACCAGTGAGACAGTAGCTGCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGACACACACCTGACATCCTTAAGACCAGTGAGACAGTAGCTGCC  889

seq1  AATTTCTGCCTCTTCATCCTTTCAGCAGTCCTTCCAAGCCAAAAATGTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGCCTCTTCATCCTTTCAGCAGTCCTTCCAAGCCAAAAATGTGG  939

seq1  CTCTTGACCCCAAATTGGTCGACGCTGCTGACCTCAATATGTTTGGCTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGACCCCAAATTGGTCGACGCTGCTGACCTCAATATGTTTGGCTTC  989

seq1  TGATAAAGTCAGTCTGCACCCACTCCCCTGCAATGTGCTATTGTGTAAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAGTCAGTCTGCACCCACTCCCCTGCAATGTGCTATTGTGTAAAA  1039

seq1  CCTGGCCAGCAAAGGATCAGGCCGTACACGGAGAGCTGGAGGGCCCAGGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCAGCAAAGGATCAGGCCGTACACGGAGAGCTGGAGGGCCCAGGA  1089

seq1  TCATCTCATGCTCTCTGGCCTGGACCTGTTTAGTGCTTTGCAAAGTGCAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCATGCTCTCTGGCCTGGACCTGTTTAGTGCTTTGCAAAGTGCAG  1139

seq1  CCCCAACTTGAACTGAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTTGAACTGAAGAATTC  1162

seq1: chr15_77225521_77226429
seq2: B6Ng01-316E08.g_69_977

seq1  GAATTCAAATCCCAGCAACCACACAGTCGCTCACAAACATCTGTAATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCCCAGCAACCACACAGTCGCTCACAAACATCTGTAATGGG  50

seq1  ATCAAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGAGACCGTGTACACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGAGACCGTGTACACATA  100

seq1  CAATAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAATAA  150

seq1  ATCTTTAGAAACTCTGAATGTTTGGTTGAATGAATGAATGAATGAATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAGAAACTCTGAATGTTTGGTTGAATGAATGAATGAATGAATGAA  200

seq1  TGAATGAATGATCTATAGAACCAACAGAAGAATTTTAAACATGAAAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAATGATCTATAGAACCAACAGAAGAATTTTAAACATGAAAGGAG  250

seq1  CCTGGCATAGTAGTGCATGCTTTTAATCCAGCAGTTGAGAGGCTGGAGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATAGTAGTGCATGCTTTTAATCCAGCAGTTGAGAGGCTGGAGCG  300

seq1  GGGGGGTCTCTGTGAGTTTGAGGCCAGGCTTCCTATCAGAATGAGTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGTCTCTGTGAGTTTGAGGCCAGGCTTCCTATCAGAATGAGTTCCA  350

seq1  TCACACCCATCAACCTCAGAGACACCCCCAGTGCATTCATGAGTCCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACCCATCAACCTCAGAGACACCCCCAGTGCATTCATGAGTCCAGCA  400

seq1  GGGCCCACTTGCCATGGTGCCTCCACTCAGTCTGTGAACCTCTCATTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCACTTGCCATGGTGCCTCCACTCAGTCTGTGAACCTCTCATTAGC  450

seq1  GCAAGCATTTATGCTCTGATTAGATGGAGAAGCTCCCTCCCAACCTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATTTATGCTCTGATTAGATGGAGAAGCTCCCTCCCAACCTCCCA  500

seq1  GCTCAGGGCTACTGAACTCCTAGACATTTATTAATCCAGTGCTGTTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGGCTACTGAACTCCTAGACATTTATTAATCCAGTGCTGTTGAAA  550

seq1  CTTAGGATTAAAAACTGACCATTCCCATATTGAAGGCCCCATTTAAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGATTAAAAACTGACCATTCCCATATTGAAGGCCCCATTTAAGACT  600

seq1  GAAGAATGGCTCAGGCTGGAGACGGGTAGGCGGCCTCCTCAAGGACTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGGCTCAGGCTGGAGACGGGTAGGCGGCCTCCTCAAGGACTGGG  650

seq1  CCCCAGGCTCAGCTGATAGGAAGCCACCTTGAGAGGAGTAGAGCTGTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCTCAGCTGATAGGAAGCCACCTTGAGAGGAGTAGAGCTGTCTG  700

seq1  CCTGTAATTTGGCTCCCTCCTTCCCTCTTTCTCCTCCTGGCTGCCATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATTTGGCTCCCTCCTTCCCTCTTTCTCCTCCTGGCTGCCATTTT  750

seq1  TCAGGCTGGGTATTGAGGAGGCGACTCCTGGGAATTTACAGAAGACAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGGGTATTGAGGAGGCGACTCCTGGGAATTTACAGAAGACAAAG  800

seq1  CGAGGAAGGAGAGCCACTGTGACCTAGGACTGGGAAACTTTGTGCTCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAAGGAGAGCCACTGTGACCTAGGACTGGGAAACTTTGTGCTCCCC  850

seq1  TTGGGCTTCTCATCTGTATCTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCTCATCTGTATCTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  900

seq1  GTGTGTGTG  909
      |||||||||
seq2  GTGTGTGTG  909