BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317K22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 53,552,292 - 53,723,419
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd12, EG665097
Upstream geneThrap6, LOC100039745, Ext1
Downstream geneEG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10, Mal2, Nov, LOC665302, LOC100039816, Enpp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317K22.bB6Ng01-317K22.g
ACCGA107765GA107766
length1,094695
definitionB6Ng01-317K22.b B6Ng01-317K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,722,321 - 53,723,419)(53,552,292 - 53,552,986)
sequence
gaattccaggacaaccagaactacatagtgggaccttgtctcaaacaaac
aaacaaacaaacaacaagattcatgttttaaatataaaaaggaggccgtg
agagcaaactgcacactttctttgtatcagagcaagtgactaaaggtcac
tgtatgttttgttatgtaactacaattgaaaggttagtcctaatgtagac
aggcaaaagtcaaaaatgaaaacatagaagatgtggtggtttaaacgaga
aacacccctcatagtctcagcattggaacatttggtctccagttggtgtt
gctctttggagaggtttaggggttgcagtcttgctggaggaagtatgtca
ttgggtttggaaaatcatgaagttggtctgcaatagcttccttgagaggc
atgaatcatagatttttttcaagttagagtctgtggctcccaggtcaatg
tgagcctttcagtttctgggaaaccacagtactccctcaggcagtgaagt
gttcaggtcccccttctttcctctgtgtccctttgaggtcaatgaatcat
atagaaatttgacagggcagttagtcttaggcattgatcttgtgtacctt
gtatagcttgcaaacgtcattttatcctggaagctatcattataccctgt
ttctgataagtgtataaaaagtctgattgcttggcataaatttgtctcca
cctcagtcttgctgagaccccctccagcccatgtctgcttacgattcgtc
tctcactgatcatatcaggagaccttggcttgcactggcatttagaatga
tgaacttgttttgaggttaaataaacacaccacttccagttggctccccc
tgcttcatgcttatggtaaagggtgagagctctcagtttcctgttatggc
tgctatgtcttccacttccccactttgatggacccttattcctctagaac
tgtaagcccaaataactaactgtctttttcaataaattgacttggtctgg
tattttatcagagctacagaataatacataaaggtaatataagatatagt
catggggtgggggaatgacagaagacaggtgtttgaaatgtttt

gaattctttcaaataggttcattggtacagagatccggtcattattttct
tataacctgttagatttctttctttaaccggttagattaaggcaagggga
aggccctaaattggcagaagtgtgaattatatcttccaaacacttgttaa
cattttatttgtattttacagagaaagacttgcttcagttttagaacgtt
caacagaaaatagtaggtctagcatacaattattatttgtttacttatta
ttaacctttacttatggcaaagaaattatgagacaaaatatatttttata
tttttttgaaaaattgaattacttgcccactgtgtcccaattttaagaaa
aaaaaaagtattaagggagaacgatccagataattagatatttaccagga
aatggagagaagggaatatgcaacacttagatagcactttttattaatat
gcttttaattaaatgattccttgggtcatcacttacaaaataattacaaa
caaagtttttacttttaatttcgtaatgtgtgatgatttgaatgcaaaag
gctcccatagactcctccatttcaatccttggtccccaggtgggaaaact
acttgggaaggattagaaggtatggctttgtgaaggagatatgccattgg
gtgtgacttgagccatttcctctcctctcctctcctctcctctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53722321_53723419
seq2: B6Ng01-317K22.b_48_1141 (reverse)

seq1  AAAACATTTCTAACACCTGTCCTTCCTGTCCTTTCCCCCACCCCATGACT  50
      |||||||||| ||||||||||  | |||| | ||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTCAAACACCTGTC--TTCTGT-CATTCCCCCACCCCATGACT  47

seq1  ATTATCTTATTATTACC-TTATGTATTATTCTGTAGCTCTGATAAAATAC  99
      | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TATCTTA-TATTACCTTTATGTATTATTCTGTAGCTCTGATAAAATAC  95

seq1  CAAGACCAAGTCAATTTATTGAAAAAGACAGTTAGTTATTTGGGCTTACA  149
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AGACCAAGTCAATTTATTGAAAAAGACAGTTAGTTATTTGGGCTTACA  144

seq1  GTTCTAGAGGAATAAGGGTCCATCAAAGTGGGGAAGTGGAAGACATAGCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGAGGAATAAGGGTCCATCAAAGTGGGGAAGTGGAAGACATAGCA  194

seq1  GCCATAACAGGAAACTGAGAGCTCTCACCCTTTACCATAAGCATGAAGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAACAGGAAACTGAGAGCTCTCACCCTTTACCATAAGCATGAAGCA  244

seq1  GGGGGAGCCAACTGGAAGTGGTGTGTTTATTTAACCTCAAAACAAGTTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGCCAACTGGAAGTGGTGTGTTTATTTAACCTCAAAACAAGTTCA  294

seq1  TCATTCTAAATGCCAGTGCAAGCCAAGGTCTCCTGATATGATCAGTGAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTAAATGCCAGTGCAAGCCAAGGTCTCCTGATATGATCAGTGAGA  344

seq1  GACGAATCGTAAGCAGACATGGGCTGGAGGGGGTCTCAGCAAGACTGAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAATCGTAAGCAGACATGGGCTGGAGGGGGTCTCAGCAAGACTGAGG  394

seq1  TGGAGACAAATTTATGCCAAGCAATCAGACTTTTTATACACTTATCAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACAAATTTATGCCAAGCAATCAGACTTTTTATACACTTATCAGAA  444

seq1  ACAGGGTATAATGATAGCTTCCAGGATAAAATGACGTTTGCAAGCTATAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTATAATGATAGCTTCCAGGATAAAATGACGTTTGCAAGCTATAC  494

seq1  AAGGTACACAAGATCAATGCCTAAGACTAACTGCCCTGTCAAATTTCTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACACAAGATCAATGCCTAAGACTAACTGCCCTGTCAAATTTCTAT  544

seq1  ATGATTCATTGACCTCAAAGGGACACAGAGGAAAGAAGGGGGACCTGAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCATTGACCTCAAAGGGACACAGAGGAAAGAAGGGGGACCTGAAC  594

seq1  ACTTCACTGCCTGAGGGAGTACTGTGGTTTCCCAGAAACTGAAAGGCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTGCCTGAGGGAGTACTGTGGTTTCCCAGAAACTGAAAGGCTCA  644

seq1  CATTGACCTGGGAGCCACAGACTCTAACTTGAAAAAAATCTATGATTCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACCTGGGAGCCACAGACTCTAACTTGAAAAAAATCTATGATTCAT  694

seq1  GCCTCTCAAGGAAGCTATTGCAGACCAACTTCATGATTTTCCAAACCCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCAAGGAAGCTATTGCAGACCAACTTCATGATTTTCCAAACCCAA  744

seq1  TGACATACTTCCTCCAGCAAGACTGCAACCCCTAAACCTCTCCAAAGAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATACTTCCTCCAGCAAGACTGCAACCCCTAAACCTCTCCAAAGAGC  794

seq1  AACACCAACTGGAGACCAAATGTTCCAATGCTGAGACTATGAGGGGTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAACTGGAGACCAAATGTTCCAATGCTGAGACTATGAGGGGTGTT  844

seq1  TCTCGTTTAAACCACCACATCTTCTATGTTTTCATTTTTGACTTTTGCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTTTAAACCACCACATCTTCTATGTTTTCATTTTTGACTTTTGCCT  894

seq1  GTCTACATTAGGACTAACCTTTCAATTGTAGTTACATAACAAAACATACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACATTAGGACTAACCTTTCAATTGTAGTTACATAACAAAACATACA  944

seq1  GTGACCTTTAGTCACTTGCTCTGATACAAAGAAAGTGTGCAGTTTGCTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTTAGTCACTTGCTCTGATACAAAGAAAGTGTGCAGTTTGCTCT  994

seq1  CACGGCCTCCTTTTTATATTTAAAACATGAATCTTGTTGTTTGTTTGTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCCTCCTTTTTATATTTAAAACATGAATCTTGTTGTTTGTTTGTTT  1044

seq1  GTTTGTTTGAGACAAGGTCCCACTATGTAGTTCTGGTTGTCCTGGAATTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGAGACAAGGTCCCACTATGTAGTTCTGGTTGTCCTGGAATTC  1094


seq1: chr15_53552292_53552986
seq2: B6Ng01-317K22.g_68_762

seq1  GAATTCTTTCAAATAGGTTCATTGGTACAGAGATCCGGTCATTATTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAAATAGGTTCATTGGTACAGAGATCCGGTCATTATTTTCT  50

seq1  TATAACCTGTTAGATTTCTTTCTTTAACCGGTTAGATTAAGGCAAGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCTGTTAGATTTCTTTCTTTAACCGGTTAGATTAAGGCAAGGGGA  100

seq1  AGGCCCTAAATTGGCAGAAGTGTGAATTATATCTTCCAAACACTTGTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTAAATTGGCAGAAGTGTGAATTATATCTTCCAAACACTTGTTAA  150

seq1  CATTTTATTTGTATTTTACAGAGAAAGACTTGCTTCAGTTTTAGAACGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATTTGTATTTTACAGAGAAAGACTTGCTTCAGTTTTAGAACGTT  200

seq1  CAACAGAAAATAGTAGGTCTAGCATACAATTATTATTTGTTTACTTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAAAATAGTAGGTCTAGCATACAATTATTATTTGTTTACTTATTA  250

seq1  TTAACCTTTACTTATGGCAAAGAAATTATGAGACAAAATATATTTTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTTTACTTATGGCAAAGAAATTATGAGACAAAATATATTTTTATA  300

seq1  TTTTTTTGAAAAATTGAATTACTTGCCCACTGTGTCCCAATTTTAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGAAAAATTGAATTACTTGCCCACTGTGTCCCAATTTTAAGAAA  350

seq1  AAAAAAAGTATTAAGGGAGAACGATCCAGATAATTAGATATTTACCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTATTAAGGGAGAACGATCCAGATAATTAGATATTTACCAGGA  400

seq1  AATGGAGAGAAGGGAATATGCAACACTTAGATAGCACTTTTTATTAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAGAAGGGAATATGCAACACTTAGATAGCACTTTTTATTAATAT  450

seq1  GCTTTTAATTAAATGATTCCTTGGGTCATCACTTACAAAATAATTACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAATTAAATGATTCCTTGGGTCATCACTTACAAAATAATTACAAA  500

seq1  CAAAGTTTTTACTTTTAATTTCGTAATGTGTGATGATTTGAATGCAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTTTACTTTTAATTTCGTAATGTGTGATGATTTGAATGCAAAAG  550

seq1  GCTCCCATAGACTCCTCCATTTCAATCCTTGGTCCCCAGGTGGGAAAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCATAGACTCCTCCATTTCAATCCTTGGTCCCCAGGTGGGAAAACT  600

seq1  ACTTGGGAAGGATTAGAAGGTATGGCTTTGTGAAGGAGATATGCCATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGAAGGATTAGAAGGTATGGCTTTGTGAAGGAGATATGCCATTGG  650

seq1  GTGTGACTTGAGCCATTTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCC  695
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACTTGAGCCATTTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCC  695


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |