BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319L14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 72,198,452 - 72,331,966
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700010C24Rik, LOC100040847, Col22a1
Downstream geneKcnk9, 1810044A24Rik, LOC665621, Peg13, LOC100041120, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319L14.bB6Ng01-319L14.g
ACCGA109283GA109284
length1,182989
definitionB6Ng01-319L14.b B6Ng01-319L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,330,808 - 72,331,966)(72,198,452 - 72,199,437)
sequence
gaattcttccctcatccccactcatcaaaggccactccctttccagaggc
tcctgtggatggacttaaggactcttagcttacctctcccattcccaagc
tgacccctcccatggtgacagaagcaacagaaatccttgcaccctatcct
ctaccacattctttctagcatagcaggcaatgcatcttctcaaggctatt
aaggtttatattttcaccagggttgtgatggtctgaggtaagccagagaa
gcacatgcagccgatgatattcccagatatatccaccactcacatagcag
gggagtggttctgaagaggggagagcagttttctatactgagggatataa
gggactaaggtgatgaggtagctctgggatccatagtagcatgccactga
atgaaagtcacttgacatcctagctcctgttctccctctgtaccaatggg
aattccatcatcagaaatataaggaaggggggggcatttgacagcaaggt
ggagagttaaatacaactacaaacataataacatcaaataaaatatgagg
agatgaataaacaatacactggtttgtagacaggaagctgaagggaagcc
gcagaggaaatgtcagagtgattagcctcatggccataggcagccatgat
ggggccttgaaagaaagactagaccaatctgctcccttcagtttctggac
aattggaagtgatagtataacatgacagggacaggggacatccttcagtt
tctttctgttaggggaaggggagaacttaactccccgagagcctcaaagt
tacagcatattgtcttatcagccatgtcctgggaaagaatacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacaaatacacagagag
gggcggggagaatgctagataagccagtaagcacatggacaacaggagct
catggccgggttttggggtaagtgctttcccaagtgaataatgtggaatc
tctgaacagtgttttccatgaaactattccctctaagctgttttatcctc
agcccccaactgccagtgaaagatgcctaatgtaaccaaatgcccacgcc
atacataccacccaatgttccagaatccccgttccaccataccgtatagg
atttttctcagagctgctgtcagaaagaaact

gaattcaagagagaaatgtttaaaaagaattaattgaaatccaagtctgg
ttctttgagaagatcaatatactgataatctcctagatgaccaatcaggg
gctagaatcagtagataatatggtacctatttcttaatttataacttgtg
tctttcttcattttcttatccattcttatcagttgccagataataaaatg
cactggttatctttttaaaagaaaggtatgacaattcagaacaaagttgc
attgcaggggctgatgattcagtgggaattgggggtgtaaaggtctcaag
ggagtgtaaccaggtatcccagaccaattcttgggacctgtgctctcaag
gacattcgtgcaaagcaacatcaacaacaaatgcagcatcaattgctcac
tagctcagatatggaattcgcatgattgcccattagcagatgagtggata
acacaaatgtggcgtttatatgcagtgggatatgattccactttgaagaa
taaaatcacatcacttacagaaacatggttatactcaatgggcattgcgc
tacatgaaataaaccagacagaaaaagacaagagccatgtattctctctc
atacatggaagctaaagatgaaggtctatctgaacacattaatggttccc
agagactcagatagtagtgtaagtaaaagaagagtgggtttcattggtgc
catttaatgattcacaagtcactccaagtgccatccaaatacacaattca
tatatatgttactgaaagctaaaaaaaaataatttaattaaatctaactt
tatttaagattatatagcctgacccaatgggtttattcaagtaagcaaca
actgtataacattcaaaactcaatcacggtggaattattactggtttgat
acccatgcacataccagcagcacccaactggactcagtggtttaaagaat
aaaaagagtagatgtagttggtctgggggagagggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_72330808_72331966
seq2: B6Ng01-319L14.b_46_1227 (reverse)

seq1  AGTTTCTTCTGGACAGCAGACTCTGAG--AAATCCTATA--GTATGGTGG  46
      ||||||||   |||||||| |||||||  ||||||||||  |||||||||
seq2  AGTTTCTTTCTGACAGCAG-CTCTGAGAAAAATCCTATACGGTATGGTGG  49

seq1  AA-GGGGA-TCTGGAACAT--GGTGGTATGTAT-GCGTGGCCTTTTGGTT  91
      || ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| | |||||||
seq2  AACGGGGATTCTGGAACATTGGGTGGTATGTATGGCGTGGGCATTTGGTT  99

seq1  ACA-TAGGCATCTTTCACT-GCAGTT-GGGGCTGA-GAT-AAACAGCTTA  136
      ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||
seq2  ACATTAGGCATCTTTCACTGGCAGTTGGGGGCTGAGGATAAAACAGCTTA  149

seq1  GAGGG-ATAG-TTCATGGAAAACACTG-TCAGAGA-TCCACATTA-TCAC  181
      ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||
seq2  GAGGGAATAGTTTCATGGAAAACACTGTTCAGAGATTCCACATTATTCAC  199

seq1  TT-GGAAAGCACCTACCCCAAAACCCGG-CATGAGCT-CTG-TGTCCATG  227
      || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  TTGGGAAAGCACTTACCCCAAAACCCGGCCATGAGCTCCTGTTGTCCATG  249

seq1  TGCTTACTGGCTTATCTAGCATTCTCCCCG-CCCTCTCTGTGTATTTGTG  276
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACTGGCTTATCTAGCATTCTCCCCGCCCCTCTCTGTGTATTTGTG  299

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCTTT  326
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCTTT  349

seq1  CCCAGGACATGGCTGATAAGACAATATGCTGTAACTTTGAGGCTCTCGGG  376
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGACATGGCTGATAAGACAATATGCTGTAACTTTGAGGCTCTCGGG  399

seq1  GAGTTAAGTTCTCCCCTTCCCCTAACAGAAAGAAACTGAAGGATGTCCCC  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAGTTCTCCCCTTCCCCTAACAGAAAGAAACTGAAGGATGTCCCC  449

seq1  TGTCCCTGTCATGTTATACTATCACTTCCAATTGTCCAGAAACTGAAGGG  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGTCATGTTATACTATCACTTCCAATTGTCCAGAAACTGAAGGG  499

seq1  AGCAGATTGGTCTAGTCTTTCTTTCAAGGCCCCATCATGGCTGCCTATGG  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATTGGTCTAGTCTTTCTTTCAAGGCCCCATCATGGCTGCCTATGG  549

seq1  CCATGAGGCTAATCACTCTGACATTTCCTCTGCGGCTTCCCTTCAGCTTC  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGGCTAATCACTCTGACATTTCCTCTGCGGCTTCCCTTCAGCTTC  599

seq1  CTGTCTACAAACCAGTGTATTGTTTATTCATCTCCTCATATTTTATTTGA  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTACAAACCAGTGTATTGTTTATTCATCTCCTCATATTTTATTTGA  649

seq1  TGTTATTATGTTTGTAGTTGTATTTAACTCTCCACCTTGCTGTCAAATGC  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTATGTTTGTAGTTGTATTTAACTCTCCACCTTGCTGTCAAATGC  699

seq1  CCCCCCCTTCCTTATATTTCTGATGATGGAATTCCCATTGGTACAGAGGG  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCTTCCTTATATTTCTGATGATGGAATTCCCATTGGTACAGAGGG  749

seq1  AGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACTTTCATTCAGTGGCATGCTACTA  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACTTTCATTCAGTGGCATGCTACTA  799

seq1  TGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTAGTCCCTTATATCCCTCAGTATA  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTAGTCCCTTATATCCCTCAGTATA  849

seq1  GAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCACTCCCCTGCTATGTGAGTGGTG  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCACTCCCCTGCTATGTGAGTGGTG  899

seq1  GATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCATGTGCTTCTCTGGCTTACCTCA  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCATGTGCTTCTCTGGCTTACCTCA  949

seq1  GACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAAACCTTAATAGCCTTGAGAAGAT  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAAACCTTAATAGCCTTGAGAAGAT  999

seq1  GCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGTGGTAGAGGATAGGGTGCAAGGA  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGTGGTAGAGGATAGGGTGCAAGGA  1049

seq1  TTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGGGGTCAGCTTGGGAATGGGAGAG  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGGGGTCAGCTTGGGAATGGGAGAG  1099

seq1  GTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCACAGGAGCCTCTGGAAAGGGAGT  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCACAGGAGCCTCTGGAAAGGGAGT  1149

seq1  GGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAGAATTC  1182


seq1: chr15_72198452_72199437
seq2: B6Ng01-319L14.g_70_1058

seq1  GAATTCAAGAGAGAAATGTTTAAAAAGAATTAATTGAAATCCAAGTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGAGAAATGTTTAAAAAGAATTAATTGAAATCCAAGTCTGG  50

seq1  TTCTTTGAGAAGATCAATATACTGATAATCTCCTAGATGACCAATCAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGAGAAGATCAATATACTGATAATCTCCTAGATGACCAATCAGGG  100

seq1  GCTAGAATCAGTAGATAATATGGTACCTATTTCTTAATTTATAACTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAATCAGTAGATAATATGGTACCTATTTCTTAATTTATAACTTGTG  150

seq1  TCTTTCTTCATTTTCTTATCCATTCTTATCAGTTGCCAGATAATAAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCATTTTCTTATCCATTCTTATCAGTTGCCAGATAATAAAATG  200

seq1  CACTGGTTATCTTTTTAAAAGAAAGGTATGACAATTCAGAACAAAGTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTTATCTTTTTAAAAGAAAGGTATGACAATTCAGAACAAAGTTGC  250

seq1  ATTGCAGGGGCTGATGATTCAGTGGGAATTGGGGGTGTAAAGGTCTCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGGGCTGATGATTCAGTGGGAATTGGGGGTGTAAAGGTCTCAAG  300

seq1  GGAGTGTAACCAGGTATCCCAGACCAATTCTTGGGACCTGTGCTCTCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTAACCAGGTATCCCAGACCAATTCTTGGGACCTGTGCTCTCAAG  350

seq1  GACATTCGTGCAAAGCAACATCAACAACAAATGCAGCATCAATTGCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCGTGCAAAGCAACATCAACAACAAATGCAGCATCAATTGCTCAC  400

seq1  TAGCTCAGATATGGAATTCGCATGATTGCCCATTAGCAGATGAGTGGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAGATATGGAATTCGCATGATTGCCCATTAGCAGATGAGTGGATA  450

seq1  ACACAAATGTGGCGTTTATATGCAGTGGGATATGATTCCACTTTGAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATGTGGCGTTTATATGCAGTGGGATATGATTCCACTTTGAAGAA  500

seq1  TAAAATCACATCACTTACAGAAACATGGTTATACTCAATGGGCATTGCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCACATCACTTACAGAAACATGGTTATACTCAATGGGCATTGCGC  550

seq1  TACATGAAATAAACCAGACAGAAAAAGACAAGAGCCATGTATTCTCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAAATAAACCAGACAGAAAAAGACAAGAGCCATGTATTCTCTCTC  600

seq1  ATACATGGAAGCTAAAGATGAAGGTCTATCTGAACACATTAATGGTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGGAAGCTAAAGATGAAGGTCTATCTGAACACATTAATGGTTCCC  650

seq1  AGAGACTCAGATAGTAGTGTAAGTAAAAGAAGAGTGGGTTTCATTGGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCAGATAGTAGTGTAAGTAAAAGAAGAGTGGGTTTCATTGGTGC  700

seq1  CATTTAATGATTCACAAGTCACTCCAAGTGCCATCCAAATACACAATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATGATTCACAAGTCACTCCAAGTGCCATCCAAATACACAATTCA  750

seq1  TATATATGTTACTGAAAGCTAAAAAAAAATAATTTAATTAAATCTAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTTACTGAAAGCTAAAAAAAAATAATTTAATTAAATCTAACTT  800

seq1  TATTTAAGATTATATAGCCTGACCCAATGGGTTTATTCAAGTAAGCAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGATTATATAGCCTGACCCAATGGGTTTATTCAAGTAAGCAACA  850

seq1  ACTGTATAACATTCAAAACTCAATCACGGTGGAATTATTACTGGTTTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATAACATTCAAAACTCAATCACGGTGGAATTATTACTGGTTTGAT  900

seq1  ACCCATGCACATACCAGCAGCACCCAACTGGACTCAGTGGTTTAAAAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCCATGCACATACCAGCAGCACCCAACTGGACTCAGTGGTTT-AAAGAA  949

seq1  T-AAAAGAGTAGATGTAGTTGGTCTGGG---GAGGGAGGG  986
      | ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TAAAAAGAGTAGATGTAGTTGGTCTGGGGGAGAGGGAGGG  989


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |