BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322J21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 71,142,204 - 71,267,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383051
Downstream gene1700010C24Rik, LOC100040847, Col22a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322J21.bB6Ng01-322J21.g
ACCGA111413GA111414
length1,1301,087
definitionB6Ng01-322J21.b B6Ng01-322J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,266,080 - 71,267,226)(71,142,204 - 71,143,300)
sequence
gaattcttctctagaaacttgcaatctgtgtgatgtgtgagtgctggcac
ccctgagtggggcccggtggacaatgagggaggctgccaatctgtcctaa
atatatgagtgcccagaggagagaggaagagaagaggcaggagagagata
caggcttttggacagggacagtgggaagacaagatacaagtggcccccca
gtttagatggcgatgccaccaagattcaccaatggaagtttgatatttaa
tatggcttacaagattagggctctagttgttgagcccagtgattgaatta
cctgttgatcctgaaccaagtttgtgtgatgttttccttcacacagagac
tcaactgggttccatagagaaaggtacattggcaaagtctaggtttgcaa
aaagtgcaccccaaaagactatgggaatttgaagggtggggctggtgtgg
tagtgaccctccataggagctttgtgagctgggtgaagagattttggagc
tctgagtcagagtttccactagatgagaacaggccggatatgccgccact
gcctggccagcatagtgtgattttttttaagtaacgctacaactatgtct
gctggcatactgcttgacacaagatatgggatcctaggaaactagtagaa
tttggcccagaacagggcaatggctatttccccatctttatagaagtccc
cctgagtactggcaacctggcacctctcccatagtgacaatgggataatt
ggctactccagagctcctgacaattcctcattggtgcaaaaaaacaagca
atcaagaaagcaaacaacagccaggcagtggtggcacatgcctttaatcc
cagcacttgggaggcagaagcaggtggatttctgagttcaaggccagcct
ggtctacaaagtgagttccaagacagccaggctacacagagaaaccctgt
cttgaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacagcaacacatacacacacaa
atgcttactgctgtacattatactagatcagcacctcagagtctcagagt
ctgtttcccagcgtgtgactgcctccctcatctctcctgatcctagttcc
accagagattgaacttcatgagcatgagga

gaattcctaaccctcctgagtgctgagattgtcaagcactgcattatacc
tagctggtctcttgtcttgacttcctagatctttggctccttctgtctca
gaatgacggaaagcctgaagggaacctgaggactgaggtccttgccttcc
cagggtggccatgggacctcagaagcatttttgccaagagggcagaacct
gactgaaccccggatatcccctgtcttagtgggtctggcaaggtcttgtc
agtctttttctggttttgctcaagttgaagaatgtgtggagtgtcttctg
gtgagacatctgctgtccccggtctaatttccccacctgtaactgaggtt
aggaagagatgtgccctttcttcctcccagactttctcccctctgcttcc
tcgttacttttctttttgttctccctgggagtgttagctctctgggtcac
tggattgtttcatgtctatgtgtgattgtaccaaggaacttagcctcatg
tagcatgtacagtgttgtaatggtgacccagcagcgagctctctcccaat
gacttgttctgcatgtgtagtctcccttcccctcccccacctcccatccc
cccttttctccaattaagctgtttcccctgttcttaccctatataagttg
caaacaatatcgctgaacagaagggtgtgtggtagtttggggcagtctga
cttcactttagtgtatgatgtctgtaaccaatgggaacgtgaaatattgg
tgcgatcactgaaccaaagggattgtgttctgtgactttggtactttgtt
ttgcatttttgtttcatattaaatactttctttctgtttaaaaaaaacat
tgaaatgttcactcattttgtgtgtatgtgcataacatgtgcaccacaat
atatgtgtgtatataatgttatacacatacatgcatgccagtgtgcacac
gtacatgcacacataactgtaaattcattgatgtctgaagctttacatgt
gccgtaatctaaactctatattgcatgggttgttttcacaaatactttct
ctgtttaataggctgttaattgctaagattttgagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_71266080_71267226
seq2: B6Ng01-322J21.b_50_1179 (reverse)

seq1  TCCTCATTGGCTCATGGAG-TCCATCTCTGTGGGAACTAGGATCCAGGAG  49
      |||||||  ||||||| || || |||||||  ||||||||||| ||||||
seq2  TCCTCAT--GCTCATGAAGTTCAATCTCTGGTGGAACTAGGAT-CAGGAG  47

seq1  AGATGAGGGAGGCAGTCACCAACGCTGGGGAAACAGACTCCTGAGACTCC  99
      |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||| |
seq2  AGATGAGGGAGGCAGTCAC--ACGCT-GGGAAACAGACT-CTGAGACT-C  92

seq1  TGAGGTGCTGATCTAGTATATTGTACAGCAGTAAGCATTTTGTTGTTGTT  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||   |
seq2  TGAGGTGCTGATCTAGTATAATGTACAGCAGTAAGCATTTGTGTGTGTAT  142

seq1  GTTATTGTTGTTTGCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTCAAGACA  199
      ||         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GT--------GTTGCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG-TTTTTCAAGACA  183

seq1  GGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAG  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTCTGTGTAG-CCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAG  232

seq1  GCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGG  282

seq1  ATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCTGGCTGTTGTTTGCTTTCTTGATTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCTGGCTGTTGTTTGCTTTCTTGATTG  332

seq1  CTTGTTTTTTTGCACCAATGAGGAATTGTCAGGAGCTCTGGAGTAGCCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTTTTGCACCAATGAGGAATTGTCAGGAGCTCTGGAGTAGCCAA  382

seq1  TTATCCCATTGTCACTATGGGAGAGGTGCCAGGTTGCCAGTACTCAGGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCATTGTCACTATGGGAGAGGTGCCAGGTTGCCAGTACTCAGGGG  432

seq1  GACTTCTATAAAGATGGGGAAATAGCCATTGCCCTGTTCTGGGCCAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTATAAAGATGGGGAAATAGCCATTGCCCTGTTCTGGGCCAAATT  482

seq1  CTACTAGTTTCCTAGGATCCCATATCTTGTGTCAAGCAGTATGCCAGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTTTCCTAGGATCCCATATCTTGTGTCAAGCAGTATGCCAGCAG  532

seq1  ACATAGTTGTAGCGTTACTTAAAAAAAATCACACTATGCTGGCCAGGCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTTGTAGCGTTACTTAAAAAAAATCACACTATGCTGGCCAGGCAG  582

seq1  TGGCGGCATATCCGGCCTGTTCTCATCTAGTGGAAACTCTGACTCAGAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGCATATCCGGCCTGTTCTCATCTAGTGGAAACTCTGACTCAGAGC  632

seq1  TCCAAAATCTCTTCACCCAGCTCACAAAGCTCCTATGGAGGGTCACTACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATCTCTTCACCCAGCTCACAAAGCTCCTATGGAGGGTCACTACC  682

seq1  ACACCAGCCCCACCCTTCAAATTCCCATAGTCTTTTGGGGTGCACTTTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCCCCACCCTTCAAATTCCCATAGTCTTTTGGGGTGCACTTTTT  732

seq1  GCAAACCTAGACTTTGCCAATGTACCTTTCTCTATGGAACCCAGTTGAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCTAGACTTTGCCAATGTACCTTTCTCTATGGAACCCAGTTGAGT  782

seq1  CTCTGTGTGAAGGAAAACATCACACAAACTTGGTTCAGGATCAACAGGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTGAAGGAAAACATCACACAAACTTGGTTCAGGATCAACAGGTA  832

seq1  ATTCAATCACTGGGCTCAACAACTAGAGCCCTAATCTTGTAAGCCATATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATCACTGGGCTCAACAACTAGAGCCCTAATCTTGTAAGCCATATT  882

seq1  AAATATCAAACTTCCATTGGTGAATCTTGGTGGCATCGCCATCTAAACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAAACTTCCATTGGTGAATCTTGGTGGCATCGCCATCTAAACTG  932

seq1  GGGGGCCACTTGTATCTTGTCTTCCCACTGTCCCTGTCCAAAAGCCTGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCACTTGTATCTTGTCTTCCCACTGTCCCTGTCCAAAAGCCTGTA  982

seq1  TCTCTCTCCTGCCTCTTCTCTTCCTCTCTCCTCTGGGCACTCATATATTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCCTGCCTCTTCTCTTCCTCTCTCCTCTGGGCACTCATATATTT  1032

seq1  AGGACAGATTGGCAGCCTCCCTCATTGTCCACCGGGCCCCACTCAGGGGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGATTGGCAGCCTCCCTCATTGTCCACCGGGCCCCACTCAGGGGT  1082

seq1  GCCAGCACTCACACATCACACAGATTGCAAGTTTCTAGAGAAGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACTCACACATCACACAGATTGCAAGTTTCTAGAGAAGAATTC  1130


seq1: chr15_71142204_71143300
seq2: B6Ng01-322J21.g_64_1150

seq1  GAATTCCTAACCCTCCTGAGTGCTGAGATTGTCAAGCACTGCATTATACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACCCTCCTGAGTGCTGAGATTGTCAAGCACTGCATTATACC  50

seq1  TAGCTGGTCTCTTGTCTTGACTTCCTAGATCTTTGGCTCCTTCTGTCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGTCTCTTGTCTTGACTTCCTAGATCTTTGGCTCCTTCTGTCTCA  100

seq1  GAATGACGGAAAGCCTGAAGGGAACCTGAGGACTGAGGTCCTTGCCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACGGAAAGCCTGAAGGGAACCTGAGGACTGAGGTCCTTGCCTTCC  150

seq1  CAGGGTGGCCATGGGACCTCAGAAGCATTTTTGCCAAGAGGGCAGAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGGCCATGGGACCTCAGAAGCATTTTTGCCAAGAGGGCAGAACCT  200

seq1  GACTGAACCCCGGATATCCCCTGTCTTAGTGGGTCTGGCAAGGTCTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAACCCCGGATATCCCCTGTCTTAGTGGGTCTGGCAAGGTCTTGTC  250

seq1  AGTCTTTTTCTGGTTTTGCTCAAGTTGAAGAATGTGTGGAGTGTCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTTCTGGTTTTGCTCAAGTTGAAGAATGTGTGGAGTGTCTTCTG  300

seq1  GTGAGACATCTGCTGTCCCCGGTCTAATTTCCCCACCTGTAACTGAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACATCTGCTGTCCCCGGTCTAATTTCCCCACCTGTAACTGAGGTT  350

seq1  AGGAAGAGATGTGCCCTTTCTTCCTCCCAGACTTTCTCCCCTCTGCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGATGTGCCCTTTCTTCCTCCCAGACTTTCTCCCCTCTGCTTCC  400

seq1  TCGTTACTTTTCTTTTTGTTCTCCCTGGGAGTGTTAGCTCTCTGGGTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTACTTTTCTTTTTGTTCTCCCTGGGAGTGTTAGCTCTCTGGGTCAC  450

seq1  TGGATTGTTTCATGTCTATGTGTGATTGTACCAAGGAACTTAGCCTCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTTTCATGTCTATGTGTGATTGTACCAAGGAACTTAGCCTCATG  500

seq1  TAGCATGTACAGTGTTGTAATGGTGACCCAGCAGCGAGCTCTCTCCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGTACAGTGTTGTAATGGTGACCCAGCAGCGAGCTCTCTCCCAAT  550

seq1  GACTTGTTCTGCATGTGTAGTCTCCCTTCCCCTCCCCCACCTCCCATCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTTCTGCATGTGTAGTCTCCCTTCCCCTCCCCCACCTCCCATCCC  600

seq1  CCCTTTTCTCCAATTAAGCTGTTTCCCCTGTTCTTACCCTATATAAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTCTCCAATTAAGCTGTTTCCCCTGTTCTTACCCTATATAAGTTG  650

seq1  CAAACAATATCGCTGAACAGAAGGGTGTGTGGTAGTTTGGGGCAGTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATATCGCTGAACAGAAGGGTGTGTGGTAGTTTGGGGCAGTCTGA  700

seq1  CTTCACTTTAGTGTATGATGTCTGTAACCAATGGGAACGTGAAATATTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTTTAGTGTATGATGTCTGTAACCAATGGGAACGTGAAATATTGG  750

seq1  TGCGATCACTGAACCAAAGGGATTGTGTTCTGTGACTTTGGTACTTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGATCACTGAACCAAAGGGATTGTGTTCTGTGACTTTGGTACTTTGTT  800

seq1  TTGCATTTTTGTTTCATATTAAATACTTTCTTTCTGTTTAAAAAAAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTTTGTTTCATATTAAATACTTTCTTTCTGTTTAAAAAAAACAT  850

seq1  TGAAATGTTCACTCATTTTGTGTGTATGTGCATAACATGTGCACCACAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTTCACTCATTTTGTGTGTATGTGCATAACATGTGCACCACAAT  900

seq1  ATATGTGTGTATATAATGTTATACACATACATGCATGCCAGTGTGCACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGTATATAATGTTATACACATACATGCATGCCAGTGTGCACAC  950

seq1  GTACATGCACACATAACTGTAAAATTCATTGATGTCTTGAAGCTTTACAT  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTACATGCACACATAACTGT-AAATTCATTGATGTC-TGAAGCTTTACAT  998

seq1  GTGGCGTAATCCTAAACTCTAATATGCATGGGTTTGTTTTCCACCAAATA  1050
      ||| |||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||   ||||||
seq2  GTGCCGTAAT-CTAAACTCTATATTGCATGGG-TTGTTTTC--ACAAATA  1044

seq1  CTTTTCTCTGTTTTTAATAGGCTGTTATTTGCAAAGTATTTTGAGAC  1097
      | ||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||
seq2  C-TTTCTCTG--TTTAATAGGCTGTTAATTGCTAAG-ATTTTGAGAC  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |