BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335C18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 94,904,841 - 94,941,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem117, LOC100043315
Upstream geneD630010B17Rik, Adamts20, Pus7l, Irak4, Twf1
Downstream geneNell2, Dbx2, LOC100042684, LOC667849, EG629300, LOC667864, Tmem16f, LOC100043329, D030018L15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335C18.bB6Ng01-335C18.g
ACCGA120485GA120486
length1,1561,178
definitionB6Ng01-335C18.b B6Ng01-335C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,904,841 - 94,905,984)(94,940,681 - 94,941,877)
sequence
gaattcccacacttcatgggcgacgttgatgtgaatctccccgggttgca
cacgcctcacatgcagttcaagattcccttcttccagaagatcttcaagg
aggaataccgcattcacataacaggtatggtgtatgactttggacacctt
tgcatatttcctgtgaaaagtgaaccgctggtgaaaggtatgagtttaat
tttctcttattcattcatcgatgcaagatggctctaggtgggctggtgac
tccatgccacccctctcagctctaggtccacggttgcattgacaagggag
cacataggaatgaatagagagaagacagggataaagaaggctcgcctgtt
tcttacctgccttgaacacctcacctcagtcacagtccatcggcagtcac
taagagagcactgtacttaaagacaaggaacacatagcaacatcccctag
ttaggtactgcattgtcgagtcaagccttctggtatgtgataccaaaagg
tgggggacaaactctcttctataggacattattcctgccacacttcatgg
actattccacacggatcttatacatggggtggcttttccacggttcttgg
tgtataggttcaacatcaatacattccgtgtttctgcattgactgctaag
ataaagacaacgtgatctggaatcttcaattagtccatacgactttaaag
agttaggttactaactacttgatttcatagaacctacttctgtgtcctag
cacaaatttgtctcaagagattattttgtgaatctccaggtttttttttt
tactctgattttttttttaatgcgtctgaaatgaataacgtcttactcat
tctcatccccgagagatatcctgaagatacgttttatatcttttcttctt
ttgaacaataggcagacagctgaatgatcatagatacaaagggtagcgtt
cactcctaaactgtttcggatacagggcgcgaacgtgtgtgctttgagga
caatgggcctaggatcccacacctgctcctcatgaaaactgcagagaaat
tcttgtaccttacacctgtcgtctgtggtgctggataaaaatagccctga
gcgcagaaaacatgaccattctggatcactgagaaacctcctctgcttcc
aagcca

gaattctgttcctcatagacaccatatggggattacatgagccagcacat
gggaaggacttttcaaagagtgggtattgagaggggacttcctgtattag
gctgtcaaatcttctccttttcttctactagcccctcccttatatagcaa
acaagtattacccatgggctaacttgaaagtagagccctggtgcaagaaa
aactaattaacctgcccaataaagctagctcttttgcaaaagcaatttgg
ggttctggctcaccgagtcttgcactacagtggtagcagttgatacctag
caaggactttgctgtaggaattggtatatgacattaagaatcctcctggg
aaaaggagacttgtataatgtctctttattggttattttatttatttaca
tttcaaatgctatatcccttcctggtttctcctctgcacaccccctatca
catcccccctcagcctgctgctatgagggtgctcccccatatacccactc
actcctacctcattgcccttgtattcccctacactggggcatcaagccat
caccggaccaacggcctcccctcccattgatgccaggtaaggcaatcctc
tgctccatatgtggctggagacatgggtccctccatgtatactctttggt
tggtgtttcattcctgggagctctgtggggagggtctgtttggttgatat
tgttgttcttcctatgtggttgcaaaccccttcaggcccttcagtccttc
ccttaattcctccatagggtcccctgctcagtcctatggttgggttggat
ccaatgtgttaatattggtctctagaagaagaaatgggcttaagaggtcc
tgcatcaagggtccattcagttcatcattaaaacaaaaccaagggcccct
ggacctagaaccctggcctatatgatgcttggtatttcttagaggagctc
ctgccttatgagaacaaagcacagatatgcagcgtagaactcaggcacag
gacactttttaattctttataaatgtatgagagctgtcagttcagtgctg
tgagcacacacataatatgacttcatttaggaatgatcatatcccttaag
tctgcacatattcatcttgctatttaagttctgccttgctgcaactattc
tggcacttcgagagactctcttataata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_94904841_94905984
seq2: B6Ng01-335C18.b_46_1201

seq1  GAATTCCCACACTTCATGGGCGACGTTGATGTGAATCTCCCCGGGTTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACACTTCATGGGCGACGTTGATGTGAATCTCCCCGGGTTGCA  50

seq1  CACGCCTCACATGCAGTTCAAGATTCCCTTCTTCCAGAAGATCTTCAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTCACATGCAGTTCAAGATTCCCTTCTTCCAGAAGATCTTCAAGG  100

seq1  AGGAATACCGCATTCACATAACAGGTATGGTGTATGACTTTGGACACCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATACCGCATTCACATAACAGGTATGGTGTATGACTTTGGACACCTT  150

seq1  TGCATATTTCCTGTGAAAAGTGAACCGCTGGTGAAAGGTATGAGTTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTTCCTGTGAAAAGTGAACCGCTGGTGAAAGGTATGAGTTTAAT  200

seq1  TTTCTCTTATTCATTCATCGATGCAAGATGGCTCTAGGTGGGCTGGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTATTCATTCATCGATGCAAGATGGCTCTAGGTGGGCTGGTGAC  250

seq1  TCCATGCCACCCCTCTCAGCTCTAGGTCCACGGTTGCATTGACAAGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCCACCCCTCTCAGCTCTAGGTCCACGGTTGCATTGACAAGGGAG  300

seq1  CACATAGGAATGAATAGAGAGAAGACAGGGATAAAGAAGGCTCGCCTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGGAATGAATAGAGAGAAGACAGGGATAAAGAAGGCTCGCCTGTT  350

seq1  TCTTACCTGCCTTGAACACCTCACCTCAGTCACAGTCCATCGGCAGTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTGCCTTGAACACCTCACCTCAGTCACAGTCCATCGGCAGTCAC  400

seq1  TAAGAGAGCACTGTACTTAAAGACAAGGAACACATAGCAACATCCCCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAGCACTGTACTTAAAGACAAGGAACACATAGCAACATCCCCTAG  450

seq1  TTAGGTACTGCATTGTCGAGTCAAGCCTTCTGGTATGTGATACCAAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTACTGCATTGTCGAGTCAAGCCTTCTGGTATGTGATACCAAAAGG  500

seq1  TGGGGGACAAACTCTCTTCTATAGGACATTATTCCTGCCACACTTCATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGACAAACTCTCTTCTATAGGACATTATTCCTGCCACACTTCATGG  550

seq1  ACTATTCCACACGGATCTTATACATGGGGTGGCTTTTCCACGGTTCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCCACACGGATCTTATACATGGGGTGGCTTTTCCACGGTTCTTGG  600

seq1  TGTATAGGTTCAACATCAATACATTCCGTGTTTCTGCATTGACTGCTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGTTCAACATCAATACATTCCGTGTTTCTGCATTGACTGCTAAG  650

seq1  ATAAAGACAACGTGATCTGGAATCTTCAATTAGTCCATACGACTTTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACAACGTGATCTGGAATCTTCAATTAGTCCATACGACTTTAAAG  700

seq1  AGTTAGGTTACTAACTACTTGATTTCATAGAACCTACTTCTGTGTCCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGTTACTAACTACTTGATTTCATAGAACCTACTTCTGTGTCCTAG  750

seq1  CACAAATTTGTCTCAAGAGATTATTTTGTGAATCTCCAGGTTTTTTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTTGTCTCAAGAGATTATTTTGTGAATCTCCAGGTTTTTTTTTT  800

seq1  TACTCTGA-TTTTTTTTTAATGCGTCTGAAATGAATAACGTCTTACTCAT  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGATTTTTTTTTTAATGCGTCTGAAATGAATAACGTCTTACTCAT  850

seq1  TCTCATCCCCGAGAGATATCCTGAAGATACGTTTTATATCTTTTCTTCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCCCCGAGAGATATCCTGAAGATACGTTTTATATCTTTTCTTCTT  900

seq1  TTGAACAATAGGCAGACAGCTGAATGATCATAGATACAAAGGGTAGCGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACAATAGGCAGACAGCTGAATGATCATAGATACAAAGGGTAGCGTT  950

seq1  CACTCCTAAACTG-TTCGGATACAGGGCGCGAACGTGTGTGCTTTGAGGA  998
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTAAACTGTTTCGGATACAGGGCGCGAACGTGTGTGCTTTGAGGA  1000

seq1  CAAT-GGCCTAGGATCCCACACCTGCT-CTCATGAAAACTGCAGAAGAAA  1046
      |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || 
seq2  CAATGGGCCTAGGATCCCACACCTGCTCCTCATGAAAACTGCAGAGAAAT  1050

seq1  TC-TGTA-CTTACA-CTGTCGTCTGTGTGGCTGGATAAAAATAG-CCTGA  1092
      || |||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTGTACCTTACACCTGTCGTCTGTGGTGCTGGATAAAAATAGCCCTGA  1100

seq1  GCGCAGAAAACATTAACA-TCT-GAGCACTGAGAAAC--TCTCTGCTTCC  1138
      ||||||||||||| | || ||| || |||||||||||   ||||||||||
seq2  GCGCAGAAAACATGACCATTCTGGATCACTGAGAAACCTCCTCTGCTTCC  1150

seq1  CAGCCA  1144
       |||||
seq2  AAGCCA  1156


seq1: chr15_94940681_94941877
seq2: B6Ng01-335C18.g_66_1243 (reverse)

seq1  TATTATAGTAGTCTC-CTCGAAGTG-CAGAATAGTTGCAGCAAAAGACAG  48
      |||||||  ||  || ||||||||| |||||||||||||||  ||| |||
seq2  TATTATAAGAGAGTCTCTCGAAGTGCCAGAATAGTTGCAGC--AAGGCAG  48

seq1  GACTTAAAAATAGCAAGTATGAATATGTGCAAGGACCTTAAAGGGGATAT  98
       ||||  |||||||||| |||||||||||||  || |||||  |||||||
seq2  AACTT--AAATAGCAAG-ATGAATATGTGCA--GA-CTTAA--GGGATAT  90

seq1  GAATCAATTCCTTAATGAAGTTCATTAATTATGTGTGTTGCTTCACAGCA  148
      | ||| |||||| ||||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||||
seq2  G-ATC-ATTCCTAAATGAAG-TCAT--ATTATGTGTG-TGC-TCACAGCA  133

seq1  CTGAACTGACAGCTCTTCATACATTTAATAAAGAATTAAAAAGTGTCCTG  198
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTGACAGCTC-TCATACATTT-ATAAAGAATTAAAAAGTGTCCTG  181

seq1  TGCCTGAGTTCCTACGCTGCATATCTGTGCTTTGTTCTCATAAGGCAGGA  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAGTT-CTACGCTGCATATCTGTGCTTTGTTCTCATAAGGCAGGA  230

seq1  GCTCCTCCTAAGAAATACCAAGCATCATATAGGCCAGGGTTCTAGGTCCA  298
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCT-CTAAGAAATACCAAGCATCATATAGGCCAGGGTTCTAGGTCCA  279

seq1  GGGGCCCTTGGTTTTGTTTTAATGATGAACTGAATGGACCCTTGATGCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCTTGGTTTTGTTTTAATGATGAACTGAATGGACCCTTGATGCAG  329

seq1  GACCTCTTAAGCCCATTTCTTCTTCTAGAGACCAATATTAACACATTGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTTAAGCCCATTTCTTCTTCTAGAGACCAATATTAACACATTGGA  379

seq1  TCCAACCCAACCATAGGACTGAGCAGGGGACCCTATGGAGGAATTAAGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCCAACCATAGGACTGAGCAGGGGACCCTATGGAGGAATTAAGGG  429

seq1  AAGGACTGAAGGGCCTGAAGGGGTTTGCAACCACATAGGAAGAACAACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTGAAGGGCCTGAAGGGGTTTGCAACCACATAGGAAGAACAACAA  479

seq1  TATCAACCAAACAGACCCTCCCCACAGAGCTCCCAGGAATGAAACACCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACCAAACAGACCCTCCCCACAGAGCTCCCAGGAATGAAACACCAA  529

seq1  CCAAAGAGTATACATGGAGGGACCCATGTCTCCAGCCACATATGGAGCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGTATACATGGAGGGACCCATGTCTCCAGCCACATATGGAGCAG  579

seq1  AGGATTGCCTTACCTGGCATCAATGGGAGGGGAGGCCGTTGGTCCGGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGCCTTACCTGGCATCAATGGGAGGGGAGGCCGTTGGTCCGGTGA  629

seq1  TGGCTTGATGCCCCAGTGTAGGGGAATACAAGGGCAATGAGGTAGGAGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGATGCCCCAGTGTAGGGGAATACAAGGGCAATGAGGTAGGAGTG  679

seq1  AGTGGGTATATGGGGGAGCACCCTCATAGCAGCAGGCTGAGGGGGGATGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTATATGGGGGAGCACCCTCATAGCAGCAGGCTGAGGGGGGATGT  729

seq1  GATAGGGGGTGTGCAGAGGAGAAACCAGGAAGGGATATAGCATTTGAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGGGTGTGCAGAGGAGAAACCAGGAAGGGATATAGCATTTGAAAT  779

seq1  GTAAATAAATAAAATAACCAATAAAGAGACATTATACAAGTCTCCTTTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAATAAAATAACCAATAAAGAGACATTATACAAGTCTCCTTTTC  829

seq1  CCAGGAGGATTCTTAATGTCATATACCAATTCCTACAGCAAAGTCCTTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGATTCTTAATGTCATATACCAATTCCTACAGCAAAGTCCTTGC  879

seq1  TAGGTATCAACTGCTACCACTGTAGTGCAAGACTCGGTGAGCCAGAACCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATCAACTGCTACCACTGTAGTGCAAGACTCGGTGAGCCAGAACCC  929

seq1  CAAATTGCTTTTGCAAAAGAGCTAGCTTTATTGGGCAGGTTAATTAGTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGCTTTTGCAAAAGAGCTAGCTTTATTGGGCAGGTTAATTAGTTT  979

seq1  TTCTTGCACCAGGGCTCTACTTTCAAGTTAGCCCATGGGTAATACTTGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCACCAGGGCTCTACTTTCAAGTTAGCCCATGGGTAATACTTGTT  1029

seq1  TGCTATATAAGGGAGGGGCTAGTAGAAGAAAAGGAGAAGATTTGACAGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATATAAGGGAGGGGCTAGTAGAAGAAAAGGAGAAGATTTGACAGCC  1079

seq1  TAATACAGGAAGTCCCCTCTCAATACCCACTCTTTGAAAAGTCCTTCCCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAGGAAGTCCCCTCTCAATACCCACTCTTTGAAAAGTCCTTCCCA  1129

seq1  TGTGCTGGCTCATGTAATCCCCATATGGTGTCTATGAGGAACAGAATTC  1197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGCTCATGTAATCCCCATATGGTGTCTATGAGGAACAGAATTC  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |