BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336F06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 13,029,606 - 13,170,088
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh6
Upstream geneZfr, LOC100040052, LOC100040066, Mtmr12, LOC100039846, Golph3, Pdzd2, LOC100040109, 6030458C11Rik, Rnasen
Downstream geneLOC100039907, LOC666686, LOC239338, LOC666708
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336F06.bB6Ng01-336F06.g
ACCGA121281GA121282
length1,0541,078
definitionB6Ng01-336F06.b B6Ng01-336F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,169,063 - 13,170,088)(13,029,606 - 13,030,535)
sequence
gaattcagaatccaggcaatataattaacagagaaatgtgtgaacctgag
gaaatactaagacacagggtcacatagtactatttaaaatctccaaggag
gaaagaattgaatacagctgtgacaaatattaatcctctgaaactgtgga
gcctgagagtatatatgtatatgtgtgtttgagtgtgcatgtgtgcatgc
acatgatttcttgtgtatgtatgtgtatgagtgtgtgtatgcatatgtaa
ctgtatgaaaatatatatgaatgtatgtgagggtgcacatatgaatgtgt
gtgtgtgatctgtacaacacaccattatatgtcctcagtagaaaaagcgt
ttcttgccttcactgcacagacagtgctcagagataggagagacttcaca
caggctccaaaacgtaatagtcaagtccacaagtaaatgtagtgcctagg
ctcagcaacacacattcatacacaggagccctttgtaacattgtccacag
tgacttgaataaatattgataaaacagcgctggcaacctcttcaacttat
gtcactatgaatgcatgaaaacttcatcttctggaataatgtccatcttc
ccttgagaagttcacaaaaccctttggaaagtggctcctcttgtcatgat
aaatttatttttcaaaatattataatgattttgcaatttatgccactgcc
atttaacatatacagccaacttctttatataataataatttagaaacaaa
acagttgacttacagcttgtcattaaagatttgctctagtttgcttttct
atttgctcttgataaaacacccctgactaaaaaccaactttgggaaagga
aggagtttatctaggcttctacttctaagttcacaagtctgcatctaaga
aaagtcatgattggaaccccaagctgttacttgagaaaaaagctataata
caagtgcactggactggttgaactcccactctggtttgctccctagggga
agggcttacctgcttttcttaaatagcctatgaatcacccggcctaaggg
atgg

gaattcattactgttgtttagcagcattgtgatggtaccaaactgcaatc
aaaatacagtttatacccgtagtcacatctactctcatccttaatgagag
aagctcctctttgcagtgaaagttggtgaatgtagctgctcctagctgct
caagatgcttagaataattaatagatgtgtgcttagccctaagcaggaca
tttatatcacttcccttgggtcacgtgataccatggaagagaaagcagag
cacatatgtatgagcctgaaggaagcaggactgtgaaatgccatctttcg
gacattaccaagctcttgcaaaaaggatctcacagcagctacaaatgctt
gctctgggcctgtagagactgggtctgtggacagccaatcatggattgat
gtgggcctctaatgaactattatggagtagtcgttgtcttaacttgtata
attcaagatagcccaccagagtccagtggatggttccaaacctgtgggca
caagtatggtcctggctaaaatcagtggggccaatgagagaaataaaaag
gtatgagaagagaacctgtggagagaagggaagataatagggaaaggtga
atgagagaggagaggaaacagaatatactgtatgtgtgtgaaattaccta
gtaacagatttaatcaatttaaggaataaaattttaaatcatgttaacct
tcaaaaatgagcagatccctatttctggactaagtctgcacctccgtggc
tctcacgtttacgtgcggagctgtagccctgccctctacagcaggaatag
ctggcttgccactgcgcctgattgcatccccctgtgacagcttacaccca
actatcatttgtcacctttcctttcatgaaaccacttgcaacattccctc
atgtagcttgcccggctctgaggggccttcaggcctgtgagccttgtctt
tctctacaaaacttactcatgcaaagaaaggaaagggaaagtattttaat
acttttaattagctgtcatggtgtgaatttgagtgtttctgaagcagacc
atatgtttagctacagaaatgtaatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_13169063_13170088
seq2: B6Ng01-336F06.b_46_1099 (reverse)

seq1  CCATCCC-TAGGCC-GGTGATTC-TAGGCTATTTAAGAAAGCTAGCTAAG  47
      ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||   || ||||
seq2  CCATCCCTTAGGCCGGGTGATTCATAGGCTATTTAAGAAAAGCAGGTAAG  50

seq1  CC--TTCCCTAGGGAGC-AACCAGAGTGGGAGT--CAGCAGT-CAGTGCA  91
      ||  | ||||||||||| |||||||||||||||   | |||| |||||||
seq2  CCCTTCCCCTAGGGAGCAAACCAGAGTGGGAGTTCAACCAGTCCAGTGCA  100

seq1  C-TCTTTTATGGCTTTTTTCTCAAGTAACTGCTT-GGGTTCC-ATCCTGA  138
      | | | |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||
seq2  CTTGTATTATAGCTTTTTTCTCAAGTAACAGCTTGGGGTTCCAATCATGA  150

seq1  CTTTTCTTAGTTGCAGAC-TGTG-ACTTAGAAGTAGAAGCCTA-ATAAAC  185
      |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTTTCTTAGATGCAGACTTGTGAACTTAGAAGTAGAAGCCTAGATAAAC  200

seq1  TCCTTCCTT--CCCAAGTTGG-TTTTAGTCA-GGGTGTTTTATC-AGAGC  230
      |||||||||  || ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TCCTTCCTTTCCCAAAGTTGGTTTTTAGTCAGGGGTGTTTTATCAAGAGC  250

seq1  -AATAG-AAAGCAAACTAGAGC-AATCTTT-ATGACAAGCTGTAAGTCAA  276
       ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAAGCAAACTAGAGCAAATCTTTAATGACAAGCTGTAAGTCAA  300

seq1  CTGTTTTGTTTCT-AATTATTATTATAT-AAGAAGTTGGCTGTATATGTT  324
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTTTCTAAATTATTATTATATAAAGAAGTTGGCTGTATATGTT  350

seq1  AAATGGCAGTGGCAT-AATTGCAAAATCATTATAATATTTTG-AAAATAA  372
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAATGGCAGTGGCATAAATTGCAAAATCATTATAATATTTTGAAAAATAA  400

seq1  ATTTATCATGACAAGAGGAGCCACTTTCCAAAGGGTTTTGTGAACTTCTC  422
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCATGACAAGAGGAGCCACTTTCCAAAGGGTTTTGTGAACTTCTC  450

seq1  AAGGGAAGATGGACATTATTCCAGAAGATGAAGTTTTCATGCATTCATAG  472
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGATGGACATTATTCCAGAAGATGAAGTTTTCATGCATTCATAG  500

seq1  TGACATAAGTTGAAGAGGTTGCCAGCGCTGTTTTATCAATATTTATTCAA  522
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAAGTTGAAGAGGTTGCCAGCGCTGTTTTATCAATATTTATTCAA  550

seq1  GTCACTGTGGACAATGTTACAAAGGGCTCCTGTGTATGAATGTGTGTTGC  572
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTGGACAATGTTACAAAGGGCTCCTGTGTATGAATGTGTGTTGC  600

seq1  TGAGCCTAGGCACTACATTTACTTGTGGACTTGACTATTACGTTTTGGAG  622
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTAGGCACTACATTTACTTGTGGACTTGACTATTACGTTTTGGAG  650

seq1  CCTGTGTGAAGTCTCTCCTATCTCTGAGCACTGTCTGTGCAGTGAAGGCA  672
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGAAGTCTCTCCTATCTCTGAGCACTGTCTGTGCAGTGAAGGCA  700

seq1  AGAAACGCTTTTTCTACTGAGGACATATAATGGTGTGTTGTACAGATCAC  722
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGCTTTTTCTACTGAGGACATATAATGGTGTGTTGTACAGATCAC  750

seq1  ACACACACATTCATATGTGCACCCTCACATACATTCATATATATTTTCAT  772
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATTCATATGTGCACCCTCACATACATTCATATATATTTTCAT  800

seq1  ACAGTTACATATGCATACACACACTCATACACATACATACACAAGAAATC  822
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTACATATGCATACACACACTCATACACATACATACACAAGAAATC  850

seq1  ATGTGCATGCACACATGCACACTCAAACACACATATACATATATACTCTC  872
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGCACACATGCACACTCAAACACACATATACATATATACTCTC  900

seq1  AGGCTCCACAGTTTCAGAGGATTAATATTTGTCACAGCTGTATTCAATTC  922
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCACAGTTTCAGAGGATTAATATTTGTCACAGCTGTATTCAATTC  950

seq1  TTTCCTCCTTGGAGATTTTAAATAGTACTATGTGACCCTGTGTCTTAGTA  972
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTTGGAGATTTTAAATAGTACTATGTGACCCTGTGTCTTAGTA  1000

seq1  TTTCCTCAGGTTCACACATTTCTCTGTTAATTATATTGCCTGGATTCTGA  1022
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCAGGTTCACACATTTCTCTGTTAATTATATTGCCTGGATTCTGA  1050

seq1  ATTC  1026
      ||||
seq2  ATTC  1054


seq1: chr15_13029606_13030535
seq2: B6Ng01-336F06.g_217_1144

seq1  CAAGATGCTTAGAATAATTAATAGATGTGTGCTTAGCCCTAAGCAGGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGCTTAGAATAATTAATAGATGTGTGCTTAGCCCTAAGCAGGACA  50

seq1  TTTATATCACTTCCCTTGGGTCACGTGATACCATGGAAGAGAAAGCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCACTTCCCTTGGGTCACGTGATACCATGGAAGAGAAAGCAGAG  100

seq1  CACATATGTATGAGCCTGAAGGAAGCAGGACTGTGAAATGCCATCTTTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGTATGAGCCTGAAGGAAGCAGGACTGTGAAATGCCATCTTTCG  150

seq1  GACATTACCAAGCTCTTGCAAAAAGGATCTCACAGCAGCTACAAATGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTACCAAGCTCTTGCAAAAAGGATCTCACAGCAGCTACAAATGCTT  200

seq1  GCTCTGGGCCTGTAGAGACTGGGTCTGTGGACAGCCAATCATGGATTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGCCTGTAGAGACTGGGTCTGTGGACAGCCAATCATGGATTGAT  250

seq1  GTGGGCCTCTAATGAACTATTATGGAGTAGTCGTTGTCTTAACTTGTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCTCTAATGAACTATTATGGAGTAGTCGTTGTCTTAACTTGTATA  300

seq1  ATTCAAGATAGCCCACCAGAGTCCAGTGGATGGTTCCAAACCTGTGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGATAGCCCACCAGAGTCCAGTGGATGGTTCCAAACCTGTGGGCA  350

seq1  CAAGTATGGTCCTGGCTAAAATCAGTGGGGCCAATGAGAGAAATAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATGGTCCTGGCTAAAATCAGTGGGGCCAATGAGAGAAATAAAAAG  400

seq1  GTATGAGAAGAGAACCTGTGGAGAGAAGGGAAGATAATAGGGAAAGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGAAGAGAACCTGTGGAGAGAAGGGAAGATAATAGGGAAAGGTGA  450

seq1  ATGAGAGAGGAGAGGAAACAGAATATACTGTATGTGTGTGAAATTACCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGAGGAGAGGAAACAGAATATACTGTATGTGTGTGAAATTACCTA  500

seq1  GTAACAGATTTAATCAATTTAAGGAATAAAATTTTAAATCATGTTAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGATTTAATCAATTTAAGGAATAAAATTTTAAATCATGTTAACCT  550

seq1  TCAAAAATGAGCAGATCCCTATTTCTGGACTAAGTCTGCACCTCCGTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATGAGCAGATCCCTATTTCTGGACTAAGTCTGCACCTCCGTGGC  600

seq1  TCTCACGTTTACGTGCGGAGCTGTAGCCCTGCCCTCTACAGCAGGAATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGTTTACGTGCGGAGCTGTAGCCCTGCCCTCTACAGCAGGAATAG  650

seq1  CTGGCTTGCCACTGCGCCTGATTGCATCCCCCTGTGACAGCTTACACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGCCACTGCGCCTGATTGCATCCCCCTGTGACAGCTTACACCCA  700

seq1  ACTATCATTTGTCACC-TTCCTTTCATGAAACCACTTGCAACATTCCCTC  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCATTTGTCACCTTTCCTTTCATGAAACCACTTGCAACATTCCCTC  750

seq1  ATGTAGCTTGCCCGGCTCTGAGGGGCCTTCAGGCCTGTGAGCCTTGTCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTTGCCCGGCTCTGAGGGGCCTTCAGGCCTGTGAGCCTTGTCTT  800

seq1  TCTCTACAAAAACTTACTCATGCAAAGAAAGGAAAAGGGAAAGTATTTT-  848
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TCTCTAC-AAAACTTACTCATGCAAAGAAAGG-AAAGGGAAAGTATTTTA  848

seq1  ATACTTTTAATTAGCTGTTCATGGTGTGAATTTTAAGTGTTTCTGAAGCA  898
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  ATACTTTTAATTAGCTG-TCATGGTGTGAA-TTTGAGTGTTTCTGAAGCA  896

seq1  GACCATATGTTTAGGCTACAGAAATGT-ATGAA  930
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GACCATATGTTTA-GCTACAGAAATGTAATGAA  928


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |