BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336I01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 3,585,921 - 3,742,322
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC223278
Upstream geneLOC674207, LOC666163, EG666167, Sepp1, LOC100039139, Ghr
Downstream geneFbxo4, AW549877, LOC100039196, Oxct1, Plcxd3, C6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336I01.bB6Ng01-336I01.g
ACCGA121405GA121406
length1,146283
definitionB6Ng01-336I01.b B6Ng01-336I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,741,171 - 3,742,322)(3,585,921 - 3,586,203)
sequence
gaattcatcaattagtgcagcttattaatcctataatgcttatatctcct
accaaaaacccaggagctatcgagtatatattaaagtgaagcaaatatat
cataaaagattcatcaacaattatgtatgtttgtctgtaaaatgttaaag
gataatagcagcttatatttactgacccctggctatgtgatacttcattt
tcattgtcaaccttggttataatcctatgaactggacatcctcattttca
tttgacaagtaaggaaactaagaattagttgattaattttccatggctat
acagaaggacagaactctaagttgtaatctgacctattccaaacttgtaa
ttttagtgttcattttaaataaaaagaaccatgattacattttattcaca
tatgaatccccagtgagtgcctagtgtgttagctgatgacttagaattaa
tgggagcactgctgagcaagcttgtcaacacctgtgattccagatgatgg
aaatttctttcaaaaatttccaaagcaataatctctcatcctttgctttc
tgatatgctcatggctttgttttgtgattcttgtgtgctaatgtacctat
ttgctgcaacagaattcactgtttcctggaattggatgttaggacattcg
tatgttagctcagagctctgagctaatacgatatttgtccaaaaggtttt
ggttatttcctcgagaatgagcactttgtagtattatcctgggcttgttc
aatgtcagtcttgtttctatactacacaaaagcctactgtcaaagtgcat
ctgtaatatctgagccctttatcattagctctgccctgtagtcaggtgac
tctgtggttcctcacattcaaccagacctccagatcaagcataagacatt
gaggaaactttcacatacttgcttaccctgtaaccttaagctctgatcca
ggttgcctctcccactgtacctttttgcctattaacatttctccttagta
ttttgggctgctgaaacaaaatgacttaagctttgtagcctataaataac
ataaactatttttcctgtaattccaagatgagatgctagcgaattatcac
ctattaggacctattgttctatccgaatggaccctatttgtgctct
aagtgactggtaccttggggttaactttttttggtattttttttgggggg
gatagagttgatggaaaataaaagttttcatttagaccagttagaggaaa
gactgaagaaagacgatgtcatctgactattcctaattgttcatatctga
gtcaatgtttcaagagagtggatcattctgtttaaaataaaatgttgcta
aagtagttttcaaagtccaaataatgagtgccatgttgtcactttcttta
taaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_3741171_3742322
seq2: B6Ng01-336I01.b_44_1189 (reverse)

seq1  AGAGCACAAATAGGTCCCATTTCGGGGATAG-ACATTAGGTCCTTAATAG  49
      ||||||||||||||  |||||    |||||| ||| ||||||| ||||||
seq2  AGAGCACAAATAGGGTCCATT---CGGATAGAACAATAGGTCC-TAATAG  46

seq1  GTGATAAATCTGCTAGCATCTTCATCTTGGAATTTACAGG-AAAATAGTT  98
      ||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GTGATAATTC-GCTAGCATC-TCATCTTGGAA-TTACAGGAAAAATAGTT  93

seq1  TATGTTATTTATAGGCTACAAAGCTTAAGTCATTTTGTTTCAGCAGCCCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTATTTATAGGCTACAAAGCTTAAGTCATTTTGTTTCAGCAGCCCA  143

seq1  AAATAACTAAGGAGAAATGTTAATAGGCAAAAAGGTACAGTGGGAGAGGC  198
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAT-ACTAAGGAGAAATGTTAATAGGCAAAAAGGTACAGTGGGAGAGGC  192

seq1  AACCTGGATCAGAGCTTAAGGTTACAGGGTAAGCAAGTATGTGAAAGTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGATCAGAGCTTAAGGTTACAGGGTAAGCAAGTATGTGAAAGTTT  242

seq1  CCTCAATGTCTTATGCTTGATCTGGAGGTCTGGTTGAATGTGAGGAACCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGTCTTATGCTTGATCTGGAGGTCTGGTTGAATGTGAGGAACCA  292

seq1  CAGAGTCACCTGACTACAGGGCAGAGCTAATGATAAAGGGCTCAGATATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCACCTGACTACAGGGCAGAGCTAATGATAAAGGGCTCAGATATT  342

seq1  ACAGATGCACTTTGACAGTAGGCTTTTGTGTAGTATAGAAACAAGACTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCACTTTGACAGTAGGCTTTTGTGTAGTATAGAAACAAGACTGA  392

seq1  CATTGAACAAGCCCAGGATAATACTACAAAGTGCTCATTCTCGAGGAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACAAGCCCAGGATAATACTACAAAGTGCTCATTCTCGAGGAAAT  442

seq1  AACCAAAACCTTTTGGACAAATATCGTATTAGCTCAGAGCTCTGAGCTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAACCTTTTGGACAAATATCGTATTAGCTCAGAGCTCTGAGCTAA  492

seq1  CATACGAATGTCCTAACATCCAATTCCAGGAAACAGTGAATTCTGTTGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGAATGTCCTAACATCCAATTCCAGGAAACAGTGAATTCTGTTGCA  542

seq1  GCAAATAGGTACATTAGCACACAAGAATCACAAAACAAAGCCATGAGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGGTACATTAGCACACAAGAATCACAAAACAAAGCCATGAGCAT  592

seq1  ATCAGAAAGCAAAGGATGAGAGATTATTGCTTTGGAAATTTTTGAAAGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAAGCAAAGGATGAGAGATTATTGCTTTGGAAATTTTTGAAAGAA  642

seq1  ATTTCCATCATCTGGAATCACAGGTGTTGACAAGCTTGCTCAGCAGTGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATCATCTGGAATCACAGGTGTTGACAAGCTTGCTCAGCAGTGCT  692

seq1  CCCATTAATTCTAAGTCATCAGCTAACACACTAGGCACTCACTGGGGATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAATTCTAAGTCATCAGCTAACACACTAGGCACTCACTGGGGATT  742

seq1  CATATGTGAATAAAATGTAATCATGGTTCTTTTTATTTAAAATGAACACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGAATAAAATGTAATCATGGTTCTTTTTATTTAAAATGAACACT  792

seq1  AAAATTACAAGTTTGGAATAGGTCAGATTACAACTTAGAGTTCTGTCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACAAGTTTGGAATAGGTCAGATTACAACTTAGAGTTCTGTCCTT  842

seq1  CTGTATAGCCATGGAAAATTAATCAACTAATTCTTAGTTTCCTTACTTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATAGCCATGGAAAATTAATCAACTAATTCTTAGTTTCCTTACTTGT  892

seq1  CAAATGAAAATGAGGATGTCCAGTTCATAGGATTATAACCAAGGTTGACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAAATGAGGATGTCCAGTTCATAGGATTATAACCAAGGTTGACA  942

seq1  ATGAAAATGAAGTATCACATAGCCAGGGGTCAGTAAATATAAGCTGCTAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATGAAGTATCACATAGCCAGGGGTCAGTAAATATAAGCTGCTAT  992

seq1  TATCCTTTAACATTTTACAGACAAACATACATAATTGTTGATGAATCTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTAACATTTTACAGACAAACATACATAATTGTTGATGAATCTTT  1042

seq1  TATGATATATTTGCTTCACTTTAATATATACTCGATAGCTCCTGGGTTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATATTTGCTTCACTTTAATATATACTCGATAGCTCCTGGGTTTT  1092

seq1  TGGTAGGAGATATAAGCATTATAGGATTAATAAGCTGCACTAATTGATGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGAGATATAAGCATTATAGGATTAATAAGCTGCACTAATTGATGA  1142

seq1  ATTC  1152
      ||||
seq2  ATTC  1146

seq1: chr15_3585921_3586203
seq2: B6Ng01-336I01.g_70_352

seq1  AAGTGACTGGTACCTTGGGGTTAACTTTTTTTGGTATTTTTTTTGGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTGGTACCTTGGGGTTAACTTTTTTTGGTATTTTTTTTGGGGGG  50

seq1  GATAGAGTTGATGGAAAATAAAAGTTTTCATTTAGACCAGTTAGAGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGTTGATGGAAAATAAAAGTTTTCATTTAGACCAGTTAGAGGAAA  100

seq1  GACTGAAGAAAGACGATGTCATCTGACTATTCCTAATTGTTCATATCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGAAAGACGATGTCATCTGACTATTCCTAATTGTTCATATCTGA  150

seq1  GTCAATGTTTCAAGAGAGTGGATCATTCTGTTTAAAATAAAATGTTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGTTTCAAGAGAGTGGATCATTCTGTTTAAAATAAAATGTTGCTA  200

seq1  AAGTAGTTTTCAAAGTCCAAATAATGAGTGCCATGTTGTCACTTTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTTTTCAAAGTCCAAATAATGAGTGCCATGTTGTCACTTTCTTTA  250

seq1  TAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  283
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  283