BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338N10
Chromosome15 (Build37)
Map Location 32,419,652 - 32,552,225
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5a
Upstream geneMarch6, Cmbl, Cct5, A930016P21Rik, LOC667231, Tas2r119, 0610007N19Rik
Downstream geneLOC100040962, Sdc2, Pgcp, 1700084J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338N10.bB6Ng01-338N10.g
ACCGA123008GA123009
length1,0041,128
definitionB6Ng01-338N10.b B6Ng01-338N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,551,211 - 32,552,225)(32,419,652 - 32,420,801)
sequence
gaattcattgtattatttggaaataaaatcacaggtagttgtgagagaag
tagcaagtttttaaccatggatccatcccttcagctcctataagtactgt
ttttttttttttttatgactaaattgaagtcttaaatttttatctggaca
tcgtttcttcagaattactagatctccctttattttcaaggtcttttata
tctccatgcagtgactgcatgaaacaggatattggataagctccccagga
agttttgccttatgttatgacatcaatttaatatccaccctatgcttatc
tctccagatgaattataaggcaaggctgtacctttgcagaagactaagat
atagtcttgtgtagcctctagcagtctagtgaatagggacaatctgtatt
tagtgcctgtgacacgtaggggacatcccttcttaggtgcacgtttccac
atgtggggcccagaaagaaattctcatcacaacaaattctggtgccttga
tattgtgcattgttggcttccagaactgtgggtaatacatttctgtgctt
tataaaggactcagtgttgggtattctcctatagcatcacaagcaaggaa
aagcaggtgtcaaagatacacagtgtgagaagtttgagtggaacgtccct
gtaggaactcactggcaccacgtcacagaccccgagtcctttaaagacaa
gagttttaagttttagctatttgtatatgtgtatcagtgtgagcagaggt
gcaggtgcccatatgggccaggaggtgtcattaaggaagttgtgagcctc
ctaatatgggtggtagaaaccaaacttgggttctctgcaagagcactgca
tgttctctaactgctgccgcacctctccagtccctgacctagtgtttggg
gatttaggtttttttggtgggttcacacaagtgtgtctggggtgtcactt
cctgtcatatgtcttactaaatgactcatctataaggcatgttctcacat
atac
gaattcttaagatataaattcttgaatgaaaactaaaaagccagattgta
gaaactaggctgagtgaggagcactgctaggccctttatcccaggaaata
catcccaagtctccagtggacatctgacttgggtggacatctgattagca
aaagcattagggaagtaatacagttggttgacgagatggcccaactgcta
aagcaagttctgtacaaatgttaagacctggttttgatccccagactcca
tgttaaagttgggcttgtatacaagtacatgaccccaacacttggggttg
agtcagaaggatgcccggtcaaccaagttcagaataaaaaaccacaatat
gctggaaagtaacagaacaaggcatcggatattgacttctggccataatg
gtttcataccaccccccattccacatacacacagcactcctttatactta
tacccagatgagaattggacaattataagtataagctgtcataaatacat
atgaatcatgtgaatactgtctctacctttccaatgtaataggtaccccc
aaaccacctctctctatctcataactgagatgaatagtaagtaccttacg
gtttgagagaatacccccatgcatgtaggaggaacatgtcatccatagag
aaagcatggatttcatcattatgataatttagtgtgcttatccctgggga
agtctaattcctcttctatgagcatttgttaattgcctgtagatgaagac
cacctatcacctcgcctgatgcaattctctctgtccatgctggactgtca
gcattggaattgttcagatcttgtttgaccagtcatattcttgagatttt
gtggacagagctatgctgtcatatacagaagacacagtcttgcagcagac
ttatcggtcctaaaaaaataaacatacaagcaacacaaaatggctcagca
ggtttatatatgcattatgtaacatagtataatggccacaggtttgaaag
atcagaggagacacatggagggctgctgaagaggaggaatgatgtagtca
tattttactaaagtaagatgttttaaatttttaaagactcattcattttg
tattctggaagccttcatctatatattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_32551211_32552225
seq2: B6Ng01-338N10.b_45_1048 (reverse)

seq1  GTATATGTTGAAAGAACATGGCCTTATTAGATTGAGTTCATTTAGTTAAA  50
      ||||||||    ||||||| |||||| |||| |||| |||||||||  ||
seq2  GTATATGT---GAGAACAT-GCCTTA-TAGA-TGAG-TCATTTAGT--AA  41

seq1  GACATATTGACAGGAAGTGACACCCCAGACACACTTGTGTGAACCCACCA  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATA-TGACAGGAAGTGACACCCCAGACACACTTGTGTGAACCCACCA  90

seq1  AAAAAACCTAAATCCCCAAACACCTAGGTCAGGGACTGGAGAGGTGCGGC  150
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTAAATCCCCAAACA-CTAGGTCAGGGACTGGAGAGGTGCGGC  139

seq1  AGCAGTTAGAGAACATGCAGTGCTCTTGCAGAGAACCCAAGTTTGGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTAGAGAACATGCAGTGCTCTTGCAGAGAACCCAAGTTTGGTTTC  189

seq1  TACCACCCATATTAGGAGGCTCACAACTTCCTTAATGACACCTCCTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCATATTAGGAGGCTCACAACTTCCTTAATGACACCTCCTGGCC  239

seq1  CATATGGGCACCTGCACCTCTGCTCACACTGATACACATATACAAATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGGCACCTGCACCTCTGCTCACACTGATACACATATACAAATAGC  289

seq1  TAAAACTTAAAACTCTTGTCTTTAAAGGACTCGGGGTCTGTGACGTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTAAAACTCTTGTCTTTAAAGGACTCGGGGTCTGTGACGTGGTG  339

seq1  CCAGTGAGTTCCTACAGGGACGTTCCACTCAAACTTCTCACACTGTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGTTCCTACAGGGACGTTCCACTCAAACTTCTCACACTGTGTAT  389

seq1  CTTTGACACCTGCTTTTCCTTGCTTGTGATGCTATAGGAGAATACCCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACACCTGCTTTTCCTTGCTTGTGATGCTATAGGAGAATACCCAAC  439

seq1  ACTGAGTCCTTTATAAAGCACAGAAATGTATTACCCACAGTTCTGGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCCTTTATAAAGCACAGAAATGTATTACCCACAGTTCTGGAAGC  489

seq1  CAACAATGCACAATATCAAGGCACCAGAATTTGTTGTGATGAGAATTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGCACAATATCAAGGCACCAGAATTTGTTGTGATGAGAATTTCT  539

seq1  TTCTGGGCCCCACATGTGGAAACGTGCACCTAAGAAGGGATGTCCCCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCCCCACATGTGGAAACGTGCACCTAAGAAGGGATGTCCCCTAC  589

seq1  GTGTCACAGGCACTAAATACAGATTGTCCCTATTCACTAGACTGCTAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACAGGCACTAAATACAGATTGTCCCTATTCACTAGACTGCTAGAG  639

seq1  GCTACACAAGACTATATCTTAGTCTTCTGCAAAGGTACAGCCTTGCCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACAAGACTATATCTTAGTCTTCTGCAAAGGTACAGCCTTGCCTTA  689

seq1  TAATTCATCTGGAGAGATAAGCATAGGGTGGATATTAAATTGATGTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATCTGGAGAGATAAGCATAGGGTGGATATTAAATTGATGTCATA  739

seq1  ACATAAGGCAAAACTTCCTGGGGAGCTTATCCAATATCCTGTTTCATGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGCAAAACTTCCTGGGGAGCTTATCCAATATCCTGTTTCATGCA  789

seq1  GTCACTGCATGGAGATATAAAAGACCTTGAAAATAAAGGGAGATCTAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGCATGGAGATATAAAAGACCTTGAAAATAAAGGGAGATCTAGTA  839

seq1  ATTCTGAAGAAACGATGTCCAGATAAAAATTTAAGACTTCAATTTAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAAGAAACGATGTCCAGATAAAAATTTAAGACTTCAATTTAGTCA  889

seq1  TAAAAAAAAAAAAAAACAGTACTTATAGGAGCTGAAGGGATGGATCCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAAAAAAACAGTACTTATAGGAGCTGAAGGGATGGATCCATG  939

seq1  GTTAAAAACTTGCTACTTCTCTCACAACTACCTGTGATTTTATTTCCAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAACTTGCTACTTCTCTCACAACTACCTGTGATTTTATTTCCAAA  989

seq1  TAATACAATGAATTC  1015
      |||||||||||||||
seq2  TAATACAATGAATTC  1004

seq1: chr15_32419652_32420801
seq2: B6Ng01-338N10.g_65_1192

seq1  GAATTCTTAAGATATAAATTCTTGAATGAAAACTAAAAAGCCAGATTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGATATAAATTCTTGAATGAAAACTAAAAAGCCAGATTGTA  50

seq1  GAAACTAGGCTGAGTGAGGAGCACTGCTAGGCCCTTTATCCCAGGAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAGGCTGAGTGAGGAGCACTGCTAGGCCCTTTATCCCAGGAAATA  100

seq1  CATCCCAAGTCTCCAGTGGACATCTGACTTGGGTGGACATCTGATTAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAAGTCTCCAGTGGACATCTGACTTGGGTGGACATCTGATTAGCA  150

seq1  AAAGCATTAGGGAAGTAATACAGTTGGTTGACGAGATGGCCCAACTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTAGGGAAGTAATACAGTTGGTTGACGAGATGGCCCAACTGCTA  200

seq1  AAGCAAGTTCTGTACAAATGTTAAGACCTGGTTTTGATCCCCAGACTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTTCTGTACAAATGTTAAGACCTGGTTTTGATCCCCAGACTCCA  250

seq1  TGTTAAAGTTGGGCTTGTATACAAGTACATGACCCCAACACTTGGGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAGTTGGGCTTGTATACAAGTACATGACCCCAACACTTGGGGTTG  300

seq1  AGTCAGAAGGATGCCCGGTCAACCAAGTTCAGAATAAAAAACCACAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAAGGATGCCCGGTCAACCAAGTTCAGAATAAAAAACCACAATAT  350

seq1  GCTGGAAAGTAACAGAACAAGGCATCGGATATTGACTTCTGGCCATAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAAGTAACAGAACAAGGCATCGGATATTGACTTCTGGCCATAATG  400

seq1  GTTTCATACCACCCCCCATTCCACATACACACAGCACTCCTTTATACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATACCACCCCCCATTCCACATACACACAGCACTCCTTTATACTTA  450

seq1  TACCCAGATGAGAATTGGACAATTATAAGTATAAGCTGTCATAAATACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGATGAGAATTGGACAATTATAAGTATAAGCTGTCATAAATACAT  500

seq1  ATGAATCATGTGAATACTGTCTCTACCTTTCCAATGTAATAGGTACCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCATGTGAATACTGTCTCTACCTTTCCAATGTAATAGGTACCCCC  550

seq1  AAACCACCTCTCTCTATCTCATAACTGAGATGAATAGTAAGTACCTTACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCTCTCTCTATCTCATAACTGAGATGAATAGTAAGTACCTTACG  600

seq1  GTTTGAGAGAATACCCCCATGCATGTAGGAGGAACATGTCATCCATAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGAGAATACCCCCATGCATGTAGGAGGAACATGTCATCCATAGAG  650

seq1  AAAGCATGGATTTCATCATTATGATAATTTAGTGTGCTTATCCCTGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGGATTTCATCATTATGATAATTTAGTGTGCTTATCCCTGGGGA  700

seq1  AGTCTAATTCCTCTTCTATGAGCATTTGTTAATTGCCTGTAGATGAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATTCCTCTTCTATGAGCATTTGTTAATTGCCTGTAGATGAAGAC  750

seq1  CACCTATCACCTCGCCTGATGCAATTCTCTCTGTCCATGCTGGACTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATCACCTCGCCTGATGCAATTCTCTCTGTCCATGCTGGACTGTCA  800

seq1  GCATTGGAATTGTTCAGATCTTGTTTGACCAGTCATATTCTTGAGATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGGAATTGTTCAGATCTTGTTTGACCAGTCATATTCTTGAGATTTT  850

seq1  GTGGACAGAGCTATGCTGTCATATACAGAAGACACAGTCTTGCAGCAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAGAGCTATGCTGTCATATACAGAAGACACAGTCTTGCAGCAGAC  900

seq1  TTATCGGTCCT-AAAAAATAAACATACAAGCAACACAAAATGGCCTCAGC  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATCGGTCCTAAAAAAATAAACATACAAGCAACACAAAATGG-CTCAGC  949

seq1  AGGTTTATATATGCATTATGTAACAATAAGTATTAATGGCCACAGGTTTG  999
      |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||
seq2  AGGTTTATATATGCATTATGTAACA--TAGTA-TAATGGCCACAGGTTTG  996

seq1  AAAAGATCAGGAGGAAGACACATGGGAGGGGCTGCCTGGAGGAGGGAGGG  1049
       |||||||| |||| ||||||||||   |||||||   || ||||   ||
seq2  -AAAGATCA-GAGG-AGACACATGG--AGGGCTGC--TGAAGAGG--AGG  1037

seq1  AATGATGTAGTCATATTTTAACTTAAAAAGTAAAGATGTTTTTAAATTTT  1099
      ||||||||||||||||||| |||   ||||| |||||| |||||||||||
seq2  AATGATGTAGTCATATTTT-ACT---AAAGT-AAGATG-TTTTAAATTTT  1081

seq1  TTAAAAAGACTCATTCATTTTGTATTTCTGGAAGCTTTCCATCTA-ATAT  1148
      |   |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||
seq2  T---AAAGACTCATTCATTTTGTA-TTCTGGAAGCCTT-CATCTATATAT  1126

seq1  TT  1150
      ||
seq2  TT  1128