BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340M15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,860,462 - 68,981,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKhdrbs3
Upstream geneZfat1, LOC100041000, EG665945, EG633752
Downstream geneLOC383050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340M15.bB6Ng01-340M15.g
ACCGA124378GA124379
length1,0361,184
definitionB6Ng01-340M15.b B6Ng01-340M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,980,105 - 68,981,128)(68,860,462 - 68,861,657)
sequence
gaattcagcatagtgggttcagctgtgtatcctgaaagaaatatgtttgg
taccagtgattaacgacttattaatcttgtgtgacttttaacatgagggg
ggtaacctaaatctgatgactagtgtctttattaaacgaagagacagaga
cacatcagagaaggtcatgagaaggcaccagcagagcctgaggcaaagca
cctccatgactgtatgcaaaacttggagaaaaaaacctttccatcaatac
attttagttgtctagacacactaattactgactctgcgcctattaccatg
tgaattaatcttctttccccaggacttaaacctgataacactataccatc
tatatccttcatttgagggttggagatatggctcagctggccatggtgct
agctgccaagctatccacctgagttccaatctcggagggaggagagaatc
cacacttctcacctccatgtgtgtttatggtgcacgtgtgcgcacgcgtg
tgcacacacacatacacacacatgcacacacactaagctgatgagttatc
catatctatcacattatcaatgaagaagtgcctggtacacactaaaggac
aaatgaagtatatggataattcagtagtaccactttgataccgtttcttt
tttttttcccattttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgc
tataccaaaagtcccccatacccacccacccccactcccctacccaccca
ctcccccctttttggccctggcattcccctgtactggggcatacaaaagt
ttacatgtccaatgggccttctctttccaggtgatggcccgattaggcca
tcttttgttacatatgccagctagagtcaagagctccggggtactgggtc
agttcataatgttgttccacctatagggttgcagatcccttaagctcctt
gggttctttctctagcctctccattggggagccctgtgaatccatccatt
agctgactgtgagcaatcaacttctgtggttttgct

gaattcaaaagtataggatcagattcaaggctgcttggaactaagtcaga
atttcagctgtaaggaatgcaacatggggagatatgctattaagcagata
gctattaagctcgtccatgagtagactagaacactgtttctttcatattc
catttcaggttgcatttgaggaagtcagtcagttgaaaagtgattgccta
aaagtcctgagatggagttaccttttcatgtatcatctccatctgctcag
taagcttcgtaaggaagttcgcctcagtcaagaaaattaaaattccatat
tttttttgcagtgattagttttctttaccaattcagagtctcaggtatgg
cttgtagttaaggtaagagaaagaaatagaactgaaaaagtagtacagaa
gtgaagggactcattaagaatgtcaatgcataggattcttggtattgctt
ccttgttatcacaggtagaaaaaatgagaagtcaatagatggtcgtactg
aagggacttcaaaggaaagttgtcaagggcaatagtggcaggaatcagat
actggaagtaagatctcttactctactgtgctatgaagtactttgcacag
tttctaagaggttgcagttatcccagagtctctagaatcctgcttaatat
catctgtggctgctttgacttccacattctgaacttaacagaagtccatg
agaattgtctttttagggttttggcctagactgcccttcccatatcatct
gcttgcttttgctgcttttgtgtaggtcagctattgcaggagaacctcat
gggggcagctgccaaactcttgggcattacagctattgtcacagtcattc
tctcacataaactgaacatgcggatgggtgggcagggatgggccatcctc
agctcctttgacttagcagcgagcccttcatttatactcaacatgctgtt
gttttgaatcagattctttgtttgctgtcagcctctttgctctttttttc
atcacctaacattgctggttttcctgttcttatattctgtgaaactgaca
ggatggcatgccttgagttcttccacaaatgtgacctttccaaaggatag
gcaacaaatacaagaatgccttgtgacgttctctttgctatgtgcttgca
caagttattccccttgtgtttgagcttgacaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68980105_68981128
seq2: B6Ng01-340M15.b_49_1084 (reverse)

seq1  AGCAAA--CACAGAAGTGGA-TGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGA-TCA  46
      ||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCAAAACCACAGAAGTTGATTGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATTCA  50

seq1  CAGGGCT-CCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTAAAGGG  95
      ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGGGCTCCCCAATGGAGAGGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAGCTTAAGGG  100

seq1  ATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACT-AACCAGTACCCCG  144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  ATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTGACCCAGTACCCCG  150

seq1  GAGCTCTTGACTCTAGCT-GCATATGTAACAAAAGATGGCCTAATC-GGC  192
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGCTCTTGACTCTAGCTGGCATATGTAACAAAAGATGGCCTAATCGGGC  200

seq1  CATCA-CTGGAAAGAG-AGGCCCATTGGACATGTAAAC-TTTGTATGCCC  239
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATCACCTGGAAAGAGAAGGCCCATTGGACATGTAAACTTTTGTATGCCC  250

seq1  CAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAA-GGGGGAGTGGGTGGGTAGGGG  288
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGG  300

seq1  AGTGGGGGTGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGTGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTA  350

seq1  AATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGGAAAAAAAAAAGAAACGGTATC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGGAAAAAAAAAAGAAACGGTATC  400

seq1  AAAGTGGTACTACTGAATTATCCATATACTTCATTTGTCCTTTAGTGTGT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTACTACTGAATTATCCATATACTTCATTTGTCCTTTAGTGTGT  450

seq1  ACCAGGCACTTCTTCATTGATAATGTGATAGATATGGATAACTCATCAGC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCACTTCTTCATTGATAATGTGATAGATATGGATAACTCATCAGC  500

seq1  TTAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTATGTGTGTGTGCACACGCGTGCGCACA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTATGTGTGTGTGCACACGCGTGCGCACA  550

seq1  CGTGCACCATAAACACACATGGAGGTGAGAAGTGTGGATTCTCTCCTCCC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCACCATAAACACACATGGAGGTGAGAAGTGTGGATTCTCTCCTCCC  600

seq1  TCCGAGATTGGAACTCAGGTGGATAGCTTGGCAGCTAGCACCATGGCCAG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGATTGGAACTCAGGTGGATAGCTTGGCAGCTAGCACCATGGCCAG  650

seq1  CTGAGCCATATCTCCAACCCTCAAATGAAGGATATAGATGGTATAGTGTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCATATCTCCAACCCTCAAATGAAGGATATAGATGGTATAGTGTT  700

seq1  ATCAGGTTTAAGTCCTGGGGAAAGAAGATTAATTCACATGGTAATAGGCG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTTTAAGTCCTGGGGAAAGAAGATTAATTCACATGGTAATAGGCG  750

seq1  CAGAGTCAGTAATTAGTGTGTCTAGACAACTAAAATGTATTGATGGAAAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCAGTAATTAGTGTGTCTAGACAACTAAAATGTATTGATGGAAAG  800

seq1  GTTTTTTTCTCCAAGTTTTGCATACAGTCATGGAGGTGCTTTGCCTCAGG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTCTCCAAGTTTTGCATACAGTCATGGAGGTGCTTTGCCTCAGG  850

seq1  CTCTGCTGGTGCCTTCTCATGACCTTCTCTGATGTGTCTCTGTCTCTTCG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGGTGCCTTCTCATGACCTTCTCTGATGTGTCTCTGTCTCTTCG  900

seq1  TTTAATAAAGACACTAGTCATCAGATTTAGGTTACCCCCCTCATGTTAAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAAAGACACTAGTCATCAGATTTAGGTTACCCCCCTCATGTTAAA  950

seq1  AGTCACACAAGATTAATAAGTCGTTAATCACTGGTACCAAACATATTTCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACAAGATTAATAAGTCGTTAATCACTGGTACCAAACATATTTCT  1000

seq1  TTCAGGATACACAGCTGAACCCACTATGCTGAATTC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATACACAGCTGAACCCACTATGCTGAATTC  1036


seq1: chr15_68860462_68861657
seq2: B6Ng01-340M15.g_66_1249

seq1  GAATTCAAAAGTATAGGATCAGATTCAAGGCTGCTTGGAACTAAGTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGTATAGGATCAGATTCAAGGCTGCTTGGAACTAAGTCAGA  50

seq1  ATTTCAGCTGTAAGGAATGCAACATGGGGAGATATGCTATTAAGCAGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCTGTAAGGAATGCAACATGGGGAGATATGCTATTAAGCAGATA  100

seq1  GCTATTAAGCTCGTCCATGAGTAGACTAGAACACTGTTTCTTTCATATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAAGCTCGTCCATGAGTAGACTAGAACACTGTTTCTTTCATATTC  150

seq1  CATTTCAGGTTGCATTTGAGGAAGTCAGTCAGTTGAAAAGTGATTGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGGTTGCATTTGAGGAAGTCAGTCAGTTGAAAAGTGATTGCCTA  200

seq1  AAAGTCCTGAGATGGAGTTACCTTTTCATGTATCATCTCCATCTGCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTGAGATGGAGTTACCTTTTCATGTATCATCTCCATCTGCTCAG  250

seq1  TAAGCTTCGTAAGGAAGTTCGCCTCAGTCAAGAAAATTAAAATTCCATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTCGTAAGGAAGTTCGCCTCAGTCAAGAAAATTAAAATTCCATAT  300

seq1  TTTTTTTGCAGTGATTAGTTTTCTTTACCAATTCAGAGTCTCAGGTATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGCAGTGATTAGTTTTCTTTACCAATTCAGAGTCTCAGGTATGG  350

seq1  CTTGTAGTTAAGGTAAGAGAAAGAAATAGAACTGAAAAAGTAGTACAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGTTAAGGTAAGAGAAAGAAATAGAACTGAAAAAGTAGTACAGAA  400

seq1  GTGAAGGGACTCATTAAGAATGTCAATGCATAGGATTCTTGGTATTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGGACTCATTAAGAATGTCAATGCATAGGATTCTTGGTATTGCTT  450

seq1  CCTTGTTATCACAGGTAGAAAAAATGAGAAGTCAATAGATGGTCGTACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTATCACAGGTAGAAAAAATGAGAAGTCAATAGATGGTCGTACTG  500

seq1  AAGGGACTTCAAAGGAAAGTTGTCAAGGGCAATAGTGGCAGGAATCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTTCAAAGGAAAGTTGTCAAGGGCAATAGTGGCAGGAATCAGAT  550

seq1  ACTGGAAGTAAGATCTCTTACTCTACTGTGCTATGAAGTACTTTGCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAGTAAGATCTCTTACTCTACTGTGCTATGAAGTACTTTGCACAG  600

seq1  TTTCTAAGAGGTTGCAGTTATCCCAGAGTCTCTAGAATCCTGCTTAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAGAGGTTGCAGTTATCCCAGAGTCTCTAGAATCCTGCTTAATAT  650

seq1  CATCTGTGGCTGCTTTGACTTCCACATTCTGAACTTAACAGAAGTCCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGGCTGCTTTGACTTCCACATTCTGAACTTAACAGAAGTCCATG  700

seq1  AGAATTGTCTTTTTAGGGTTTTGGCCTAGACTGCCCTTCCCATATCATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTCTTTTTAGGGTTTTGGCCTAGACTGCCCTTCCCATATCATCT  750

seq1  GCTTGCTTTTGCTGCTTTTGTGTAGGTCAGCTATTGCAGGAGAACCTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTTTGCTGCTTTTGTGTAGGTCAGCTATTGCAGGAGAACCTCAT  800

seq1  GGGGGCAGCTGCCAAACTCTTGGGCATTACAGCTATTGTCACAGTCATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCAGCTGCCAAACTCTTGGGCATTACAGCTATTGTCACAGTCATTC  850

seq1  TCTCACATAAACTGAACATGCGGATGGGTGGGCAGGGATGGGCCATCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATAAACTGAACATGCGGATGGGTGGGCAGGGATGGGCCATCCTC  900

seq1  AGCTCCTTTGACTTAGCAGCGAGCCCTTCATTTATACTCAACATGCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTTGACTTAGCAGCGAGCCCTTCATTTATACTCAACATGCTGTT  950

seq1  GTTTTGAATCAGATTCTTTGTTTTGCTGTTCAGCCTCTTTGCTCTTTTTT  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAATCAGATTCTTTG-TTTGCTG-TCAGCCTCTTTGCTCTTTTTT  998

seq1  TCATCACCTAACATTGCTGGTTTTCCTGTTTTCTTATATTCTTGTGAAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  TCATCACCTAACATTGCTGGTTTTCCTG--TTCTTATATTC-TGTGAAAC  1045

seq1  TGACAGGGATGGCCATGCCTTGAGTTCTTCCACAAATGTTGACCCTTCCA  1100
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TGACA-GGATGG-CATGCCTTGAGTTCTTCCACAAATG-TGACCTTTCCA  1092

seq1  AAAGGAATAGGGGCAACAAATACAAAGAATG-CTGTTGACGTTCTTGTGG  1149
      ||  | |||  |||||||||||| ||||||| ||  |||||||||  | |
seq2  AA--GGATA--GGCAACAAATAC-AAGAATGCCTTGTGACGTTCTCTTTG  1137

seq1  CTATGTGCCATAGC-CACAGTATTCCCC-CCTGGTTTAGCTTGACAGGT  1196
      ||||||||  | || ||   ||||||||   || || ||||||||||||
seq2  CTATGTGC--TTGCACAAGTTATTCCCCTTGTGTTTGAGCTTGACAGGT  1184


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |