BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345E07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 19,632,881 - 19,745,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621884, LOC100040265
Upstream geneCdh10, EG666857, EG666875
Downstream geneAcot10, LOC100040302
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345E07.bB6Ng01-345E07.g
ACCGA127519GA127520
length1,154952
definitionB6Ng01-345E07.b B6Ng01-345E07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,744,090 - 19,745,235)(19,632,881 - 19,633,832)
sequence
gaattcataagtcatagactatcacattaattattatttctatgattttt
atttacaaaataatattttcaaagtattagagacctggcaaatggtcctt
ccagtaaaagaacatgctaatggccctaactgcttgtatttaatcatcag
agcaatattatccaaggatatcagctgttttcaattgtcttttgacatct
ctgtgtgtgttctggcacataggtaatcgtttggaaataacagagcaaaa
gcaattttaacattacttggttgattaatttgttttgagatatggcctca
gatatttctggctgtcatggagcttactatatatactgggctggcatcaa
gctcacagagatcaaactgcttttccacaaagcgcaggtttaagtacagt
ttttttcccaaatgctttattataatttataagagtttcaaatataaatt
taaaaaatgcaaaacaaatgatgtccactgtacgtgaataaatggaaagt
tggctatttacagagttggggagtttaaccacatgataattttatttgat
acatatgtatgtatatatatatacatgtatatatatatacatgaatatat
ttaaatgtacaaataattcaattaataaaaataacggctatatttaaatc
aacacaacacatatgtttttcagttctgatgtgtagattaatagggactc
gcttgtcatttctctagttaacttataataaggtaattacatatatctag
ttaaggcagtaggtatataaatgtcaatggtgtgagagagaaggttgtga
tataaaatattgtgtacaaggaccaagtagatgtattttcacaggaagat
aaatacatatgtgtgataagacctaagttgaatcacagcaatacaaatat
aaatcacttaccatgacattatccttatctctttcttactagcaacttaa
gctacatttagtataatctcaactcttaaaacagaaacactatcaaagta
aaatattaaagccacaccacactgaattcttctacaagtgttctcgtttt
ccaacccaaatctaacaagcttatttaggactcaatgagtaacttatgtt
tgaccttattagaaactaggtactttcaagcatgtcattgggggcacttt
taat

gaattcttgtttccagtgaattcccacatatcttgttgaggagaaatgta
aacatttattattgaagatagattcatcagttcaaaacactgagaaaacg
acaacatcctgtattcatgtcttgcaattaaggctgacattacctttact
tagtagttttaagatagcacgacattcaataatattaacaaatgagggac
atggatatcaccattaaaaacagacacagaatcactatgttatcaaacca
ttatcagggataatagatattaggagttcagagcagtcttggaagggaaa
cagtaaataaataatttgggaagagttagtttgattgacttggggaaaaa
atgttcttatgtctctaggctttctgttcccatgtaattatttcgtttgg
gtggcattaagacctgcaaatgatgtgtaacattcctggaattattatgc
ttatatgtgagatagctgggcaagtgcatgtgctgcaggtgcaagctagt
gacagtaggtcatattcccttagacttggagttgccagcagcttgaacca
catgctgtgcttctaagaaattgaaatttggacttctgcaagaatgatag
atgctcttaaactctgagccagctttttattatcttattttacatggcaa
attaaagaaaatttttacacctgtgaggccttcattacctaaagctggat
taatttagatttttatttttgaaatatgatgtgttcaaggatttgaggat
gataaattaggaattgaagagatatgtttcctgctgatgccttaattgga
gtgaggtgatctttctaagctgagggaataaagcataaggctagggaaat
tgagatctacagacaaggagtaaacctgaaaaggacattcagctaaaaat
ggaaatgaagcctttatgtatctgtgtggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_19744090_19745235
seq2: B6Ng01-345E07.b_46_1199 (reverse)

seq1  ATTAAAAGTGCCCCCATGGACATCCTGGAAAGTACTTAG-TTCTAATAA-  48
      ||||||||||||||||  ||||| || |||||||| ||| ||||||||| 
seq2  ATTAAAAGTGCCCCCAATGACATGCTTGAAAGTACCTAGTTTCTAATAAG  50

seq1  GTC-AACATA--GTACTCATTGAGTCCTAATAAAGCTTG-TAGATTTGGG  94
      ||| ||||||   |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||
seq2  GTCAAACATAAGTTACTCATTGAGTCCTAAATAAGCTTGTTAGATTTGGG  100

seq1  TTTGGAAAAGGAGAACACTTGTAG-AGAATTCAGTGT-GTGTGGCTTTAA  142
       |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  -TTGGAAAACGAGAACACTTGTAGAAGAATTCAGTGTGGTGTGGCTTTAA  149

seq1  TA-TTTACTTTGATAGTGTTTCTGTTTTAAGAGTTGAGATTATACTAAAT  191
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACTTTGATAGTGTTTCTGTTTTAAGAGTTGAGATTATACTAAAT  199

seq1  GTAGCTTAAGTTGCTAGTAAGAAAGAGATAAGGATAATGTCATGGTAAGT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTAAGTTGCTAGTAAGAAAGAGATAAGGATAATGTCATGGTAAGT  249

seq1  GATTTATATTTGTATTGCTGTGATTCAACTTAGGTCTTATCACACATATG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATATTTGTATTGCTGTGATTCAACTTAGGTCTTATCACACATATG  299

seq1  TATTTATCTTCCTGTGAAAATACATCTACTTGGTCCTTGTACACAATATT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCTTCCTGTGAAAATACATCTACTTGGTCCTTGTACACAATATT  349

seq1  TTATATCACAACCTTCTCTCTCACACCATTGACATTTATATACCTACTGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCACAACCTTCTCTCTCACACCATTGACATTTATATACCTACTGC  399

seq1  CTTAACTAGATATATGTAATTACCTTATTATAAGTTAACTAGAGAAATGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTAGATATATGTAATTACCTTATTATAAGTTAACTAGAGAAATGA  449

seq1  CAAGCGAGTCCCTATTAATCTACACATCAGAACTGAAAAACATATGTGTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGAGTCCCTATTAATCTACACATCAGAACTGAAAAACATATGTGTT  499

seq1  GTGTTGATTTAAATATAGCCGTTATTTTTATTAATTGAATTATTTGTACA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGATTTAAATATAGCCGTTATTTTTATTAATTGAATTATTTGTACA  549

seq1  TTTAAATATATTCATGTATATATATATACATGTATATATATATACATACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATATATTCATGTATATATATATACATGTATATATATATACATACA  599

seq1  TATGTATCAAATAAAATTATCATGTGGTTAAACTCCCCAACTCTGTAAAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATCAAATAAAATTATCATGTGGTTAAACTCCCCAACTCTGTAAAT  649

seq1  AGCCAACTTTCCATTTATTCACGTACAGTGGACATCATTTGTTTTGCATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACTTTCCATTTATTCACGTACAGTGGACATCATTTGTTTTGCATT  699

seq1  TTTTAAATTTATATTTGAAACTCTTATAAATTATAATAAAGCATTTGGGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTTATATTTGAAACTCTTATAAATTATAATAAAGCATTTGGGA  749

seq1  AAAAAACTGTACTTAAACCTGCGCTTTGTGGAAAAGCAGTTTGATCTCTG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACTGTACTTAAACCTGCGCTTTGTGGAAAAGCAGTTTGATCTCTG  799

seq1  TGAGCTTGATGCCAGCCCAGTATATATAGTAAGCTCCATGACAGCCAGAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGATGCCAGCCCAGTATATATAGTAAGCTCCATGACAGCCAGAA  849

seq1  ATATCTGAGGCCATATCTCAAAACAAATTAATCAACCAAGTAATGTTAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGAGGCCATATCTCAAAACAAATTAATCAACCAAGTAATGTTAAA  899

seq1  ATTGCTTTTGCTCTGTTATTTCCAAACGATTACCTATGTGCCAGAACACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTTGCTCTGTTATTTCCAAACGATTACCTATGTGCCAGAACACA  949

seq1  CACAGAGATGTCAAAAGACAATTGAAAACAGCTGATATCCTTGGATAATA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGATGTCAAAAGACAATTGAAAACAGCTGATATCCTTGGATAATA  999

seq1  TTGCTCTGATGATTAAATACAAGCAGTTAGGGCCATTAGCATGTTCTTTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGATGATTAAATACAAGCAGTTAGGGCCATTAGCATGTTCTTTT  1049

seq1  ACTGGAAGGACCATTTGCCAGGTCTCTAATACTTTGAAAATATTATTTTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAGGACCATTTGCCAGGTCTCTAATACTTTGAAAATATTATTTTG  1099

seq1  TAAATAAAAATCATAGAAATAATAATTAATGTGATAGTCTATGACTTATG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAATCATAGAAATAATAATTAATGTGATAGTCTATGACTTATG  1149

seq1  AATTC  1146
      |||||
seq2  AATTC  1154


seq1: chr15_19632881_19633832
seq2: B6Ng01-345E07.g_67_1018

seq1  GAATTCTTGTTTCCAGTGAATTCCCACATATCTTGTTGAGGAGAAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTTCCAGTGAATTCCCACATATCTTGTTGAGGAGAAATGTA  50

seq1  AACATTTATTATTGAAGATAGATTCATCAGTTCAAAACACTGAGAAAACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTATTATTGAAGATAGATTCATCAGTTCAAAACACTGAGAAAACG  100

seq1  ACAACATCCTGTATTCATGTCTTGCAATTAAGGCTGACATTACCTTTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCCTGTATTCATGTCTTGCAATTAAGGCTGACATTACCTTTACT  150

seq1  TAGTAGTTTTAAGATAGCACGACATTCAATAATATTAACAAATGAGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTTTTAAGATAGCACGACATTCAATAATATTAACAAATGAGGGAC  200

seq1  ATGGATATCACCATTAAAAACAGACACAGAATCACTATGTTATCAAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATATCACCATTAAAAACAGACACAGAATCACTATGTTATCAAACCA  250

seq1  TTATCAGGGATAATAGATATTAGGAGTTCAGAGCAGTCTTGGAAGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGGATAATAGATATTAGGAGTTCAGAGCAGTCTTGGAAGGGAAA  300

seq1  CAGTAAATAAATAATTTGGGAAGAGTTAGTTTGATTGACTTGGGGAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAATAAATAATTTGGGAAGAGTTAGTTTGATTGACTTGGGGAAAAA  350

seq1  ATGTTCTTATGTCTCTAGGCTTTCTGTTCCCATGTAATTATTTCGTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTATGTCTCTAGGCTTTCTGTTCCCATGTAATTATTTCGTTTGG  400

seq1  GTGGCATTAAGACCTGCAAATGATGTGTAACATTCCTGGAATTATTATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATTAAGACCTGCAAATGATGTGTAACATTCCTGGAATTATTATGC  450

seq1  TTATATGTGAGATAGCTGGGCAAGTGCATGTGCTGCAGGTGCAAGCTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTGAGATAGCTGGGCAAGTGCATGTGCTGCAGGTGCAAGCTAGT  500

seq1  GACAGTAGGTCATATTCCCTTAGACTTGGAGTTGCCAGCAGCTTGAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTAGGTCATATTCCCTTAGACTTGGAGTTGCCAGCAGCTTGAACCA  550

seq1  CATGCTGTGCTTCTAAGAAATTGAAATTTGGACTTCTGCAAGAATGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTGCTTCTAAGAAATTGAAATTTGGACTTCTGCAAGAATGATAG  600

seq1  ATGCTCTTAAACTCTGAGCCAGCTTTTTATTATCTTATTTTACATGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTTAAACTCTGAGCCAGCTTTTTATTATCTTATTTTACATGGCAA  650

seq1  ATTAAAGAAAATTTTTACACCTGTGAGGCCTTCATTACCTAAAGCTGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAAATTTTTACACCTGTGAGGCCTTCATTACCTAAAGCTGGAT  700

seq1  TAATTTAGATTTTTATTTTTGAAATATGATGTGTTCAAGGATTTGAGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAGATTTTTATTTTTGAAATATGATGTGTTCAAGGATTTGAGGAT  750

seq1  GATAAATTAGGAATTGAAGAGATATGTTTCCTGCTGATGCCTTAATTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTAGGAATTGAAGAGATATGTTTCCTGCTGATGCCTTAATTGGA  800

seq1  GTGAGGTGATCTTTCTAAGCTGAGGGAATAAAGCATAAGGCTAGGGAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTGATCTTTCTAAGCTGAGGGAATAAAGCATAAGGCTAGGGAAAT  850

seq1  TGAGATCTACAGACAAGGAGTAAACCTGAAAAGGACATTCAGCTAAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCTACAGACAAGGAGTAAACCTGAAAAGGACATTCAGCTAAAAAT  900

seq1  GGAAATGAAGCCTTTATGTATCTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAAGCCTTTATGTATCTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  950

seq1  GT  952
      ||
seq2  GT  952


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |