BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346G17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 33,293,454 - 33,392,286
singlet/doubletdoublet
Overlap genePgcp, 1700084J12Rik
Upstream geneSema5a, LOC100040962, Sdc2
Downstream geneTspyl5, LOC675463, Mtdh, Laptm4b, Matn2, Rpl30, BC030476
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346G17.bB6Ng01-346G17.g
ACCGA128324GA128325
length1,2091,078
definitionB6Ng01-346G17.b B6Ng01-346G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,293,454 - 33,294,659)(33,391,188 - 33,392,286)
sequence
gaattctcttctagtgacagtggtaatgtccgtgctagcatgtttaccct
tttctctagtgaatattaacttgttcaccacatctgaatcaccgagggag
gtataaattgatttatactttatagagtttggattctctcattagcagaa
actgaaatagcatgtctgtgtaagaaactgttaacagttgattttacagg
ttaactactttcagcagactttctgccatgttcagttatcctcgatcctt
aagctagatcctgagcttaatgggatgcttacaggctttgcctaaggcca
aatggtgatttcctaattggaaattggataatcttgctaggtgacccgct
aaggaagaagtcagcagagacatcattcttagagccaagttcttgggggt
atctgcctctgcccagaggcctgctttggtcccactatgatttgtagggt
tatatttgtttactgaggcaaagtacaagtatgcaaagcaaatgaagaag
tggacccttggggtgcaaaagagatgaacaagattaaataacctacagtt
ctgctatccaatcaggaaggcctaccaccaacagcataggtttggggatc
atacctattacctgatctgggcttcctggagtagctcctgaagtactcct
agtgatatagcaggtatctggatgcttggtagaaatgtagcctcctggga
tccatgatcacattctgattcagtaggtctggatggaacctgacaacctg
aatttgtgcatgtagcatagatgattttgaagctacacttgatactagtt
gaatacctctccctctgcttcataaagtgacttttaatataatcttaatg
tgaatggaaatcaagaattcctttgatgtacttttggataatcccactga
actctctctctgagagaatgtaggtacatcttttactgcaaacctaactt
tctggagggttccctctagtccagtggtttgaatgatagctggaatctgc
aactagcctgtcagatataaaacagtccttcattcagaaagccctctagc
actcagcattgaataagaagatactttccaggatagaattttaattagaa
acaatgaagaacccggaggccaaattattcaaaatttgaaaggttcccct
tctacctattcaaggtgggatctatagccatataactttagtcatggacc
tgaataata

gaattcaccattgaaagtcattatcacaaagaaaagagtagtctctctcg
tatttcaaattgatcagagggccagtggagtcattaatgtagtacagaag
caacctgtttgaagtaagtgatattgagacctccaaaagacataagcata
gttggccctaaaaaacctacagagcccctttgagtccatgagaagtccag
cacccattcacacctacttcacaaagtgaagggcccatgggagaaaagga
gtctggggggttagctgatgcctaagtgactcagaagtctcctttcactc
tcacaatctgattgctgctaaactgagagaaatgaatgggatttcatcta
ttgacttggacctatgtctaatgtgccattttgattcctaggcctcctag
gaatcaacgtgttgaccctggggtctgaaggagctatgtttcattcctgc
tgtaccatctctgaaccctgttggtttcttctacacagtaaaataaataa
tgaccacttcatggaattaccaagaaaataaatgggataagacaaaaaca
atcttacctaacacatgtgtcagtcataggtaatgttacatagcacatgt
attggtcagattctctggaacatattatgctttcaaggactacttcttac
ttctctgtgcctaattctagatggctttacatctggtaacaagtttccag
agtggtagaaccaatacaaagcatcttgcttatgtctcttccacagtctt
aggacaccactattgtatagaccctcagtcatggaaaattcatatttcag
ttaagctgtagaaaacacagcctattttagagtgagatgcatgcatacct
cagcaagaatatgttccattacaaacacaaagaacttcctcacttttcag
gtaagaacagtcagaaaacattttatggatagatcaaagcaaatatatct
gagcaccaaatgagatatgcattatttaactttatacatctaaatttaat
ttatactttatttaataaatatctaaatcatctatctcattttcatttta
tgttatgtgtggtgtgcatgtgctgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_33293454_33294659
seq2: B6Ng01-346G17.b_43_1251

seq1  GAATTCTCTTCTAGTGACAGTGGTAATGTCCGTGCTAGCATGTTTACCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCTAGTGACAGTGGTAATGTCCGTGCTAGCATGTTTACCCT  50

seq1  TTTCTCTAGTGAATATTAACTTGTTCACCACATCTGAATCACCGAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGTGAATATTAACTTGTTCACCACATCTGAATCACCGAGGGAG  100

seq1  GTATAAATTGATTTATACTTTATAGAGTTTGGATTCTCTCATTAGCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAATTGATTTATACTTTATAGAGTTTGGATTCTCTCATTAGCAGAA  150

seq1  ACTGAAATAGCATGTCTGTGTAAGAAACTGTTAACAGTTGATTTTACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATAGCATGTCTGTGTAAGAAACTGTTAACAGTTGATTTTACAGG  200

seq1  TTAACTACTTTCAGCAGACTTTCTGCCATGTTCAGTTATCCTCGATCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTACTTTCAGCAGACTTTCTGCCATGTTCAGTTATCCTCGATCCTT  250

seq1  AAGCTAGATCCTGAGCTTAATGGGATGCTTACAGGCTTTGCCTAAGGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGATCCTGAGCTTAATGGGATGCTTACAGGCTTTGCCTAAGGCCA  300

seq1  AATGGTGATTTCCTAATTGGAAATTGGATAATCTTGCTAGGTGACCCGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGATTTCCTAATTGGAAATTGGATAATCTTGCTAGGTGACCCGCT  350

seq1  AAGGAAGAAGTCAGCAGAGACATCATTCTTAGAGCCAAGTTCTTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAAGTCAGCAGAGACATCATTCTTAGAGCCAAGTTCTTGGGGGT  400

seq1  ATCTGCCTCTGCCCAGAGGCCTGCTTTGGTCCCACTATGATTTGTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTCTGCCCAGAGGCCTGCTTTGGTCCCACTATGATTTGTAGGGT  450

seq1  TATATTTGTTTACTGAGGCAAAGTACAAGTATGCAAAGCAAATGAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGTTTACTGAGGCAAAGTACAAGTATGCAAAGCAAATGAAGAAG  500

seq1  TGGACCCTTGGGGTGCAAAAGAGATGAACAAGATTAAATAACCTACAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCTTGGGGTGCAAAAGAGATGAACAAGATTAAATAACCTACAGTT  550

seq1  CTGCTATCCAATCAGGAAGGCCTACCACCAACAGCATAGGTTTGGGGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATCCAATCAGGAAGGCCTACCACCAACAGCATAGGTTTGGGGATC  600

seq1  ATACCTATTACCTGATCTGGGCTTCCTGGAGTAGCTCCTGAAGTACTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTATTACCTGATCTGGGCTTCCTGGAGTAGCTCCTGAAGTACTCCT  650

seq1  AGTGATATAGCAGGTATCTGGATGCTTGGTAGAAATGTAGCCTCCTGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATATAGCAGGTATCTGGATGCTTGGTAGAAATGTAGCCTCCTGGGA  700

seq1  TCCATGATCACATTCTGATTCAGTAGGTCTGGATGGAACCTGACAACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGATCACATTCTGATTCAGTAGGTCTGGATGGAACCTGACAACCTG  750

seq1  AATTTGTGCATGTAGCATAGATGATTTTGAAGCTACACTTGATACTAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTGCATGTAGCATAGATGATTTTGAAGCTACACTTGATACTAGTT  800

seq1  GAATACCTCTCCCTCTGCTTCATAAAGTGACTTTTAATATAATCTTAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCTCTCCCTCTGCTTCATAAAGTGACTTTTAATATAATCTTAATG  850

seq1  TGAATGGAAATCAAGAATTCCTTTGATGTACTTTTGGATAATCCCACTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAAATCAAGAATTCCTTTGATGTACTTTTGGATAATCCCACTGA  900

seq1  ACTCTCTCTCTGAGAGAATGTAGGTACATCTTTTACTGCAAACCTAACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCTCTGAGAGAATGTAGGTACATCTTTTACTGCAAACCTAACTT  950

seq1  TCTGGAGGGTTCCCTCTAGTCCAGTGGTTTGAATGATAGCTGGAATCTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGGGTTCCCTCTAGTCCAGTGGTTTGAATGATAGCTGGAATCTGC  1000

seq1  AACTAGCCTGTCAGATAT-AAACAGTCCTTCATTCAGAAAGCCCTCTAGC  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGCCTGTCAGATATAAAACAGTCCTTCATTCAGAAAGCCCTCTAGC  1050

seq1  ACTTCAGCATTGAATAAG-AGATAC-TTCCAGGATAGAATTTTAATTAGA  1097
      || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TCAGCATTGAATAAGAAGATACTTTCCAGGATAGAATTTTAATTAGA  1099

seq1  AACAATGAAGAACCCGGAGG-CAAATTATCAAATATTTGAAAGGTTTCCC  1146
      |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||
seq2  AACAATGAAGAACCCGGAGGCCAAATTATTCAAAATTTGAAAGG-TTCCC  1148

seq1  CTTCTACCTA-TCAAGGTGGGATCTATTAGCATATAACATATAGTCAT-G  1194
      |||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| | ||||||| |
seq2  CTTCTACCTATTCAAGGTGGGATCTATAGCCATATAAC-TTTAGTCATGG  1197

seq1  ACTGAAATAATA  1206
      ||   |||||||
seq2  ACCTGAATAATA  1209


seq1: chr15_33391188_33392286
seq2: B6Ng01-346G17.g_67_1144 (reverse)

seq1  GCACAGGCACATGCACACACACAATTAAAACATAAAATGAAAAATGAGAA  50
      ||||| |||||||||||| ||||   | ||||||||||| ||||||||| 
seq2  GCACA-GCACATGCACAC-CACA--CATAACATAAAATG-AAAATGAGA-  44

seq1  TTAGATTGGATTTAAGATATTTTATTTAAATAAAGTATAAATTAAAATTT  100
       |||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||  ||
seq2  -TAGAT--GATTT-AGATATTT--ATTAAATAAAGTATAAATTAAA--TT  86

seq1  AAGATGTAATTAAAGTTAAAATAATGCATTATTCTCATTTGGTGCTCAGA  150
       |||||||  ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTA--TAAAGTT-AAATAATGCAT--ATCTCATTTGGTGCTCAGA  131

seq1  TATATTTTGCTTTGATCTTATCCATAAAATGTTTTCTGACTGTTCTTACC  200
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATA-TTTGCTTTGATC-TATCCATAAAATGTTTTCTGACTGTTCTTACC  179

seq1  TGAAAAGTGAGGAAGTTCTTTGTGTTTGTAATGGAACATATTCTTGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGTGAGGAAGTTCTTTGTGTTTGTAATGGAACATATTCTTGCTGA  229

seq1  GGTATGCATGCATCTCACTCTAAAATAGGCTGTGTTTTCTACAGCTTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCATGCATCTCACTCTAAAATAGGCTGTGTTTTCTACAGCTTAAC  279

seq1  TGAAATATGAATTTTCCATGACTGAGGGTCTATACAATAGTGGTGTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATGAATTTTCCATGACTGAGGGTCTATACAATAGTGGTGTCCTA  329

seq1  AGACTGTGGAAGAGACATAAGCAAGATGCTTTGTATTGGTTCTACCACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGGAAGAGACATAAGCAAGATGCTTTGTATTGGTTCTACCACTC  379

seq1  TGGAAACTTGTTACCAGATGTAAAGCCATCTAGAATTAGGCACAGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTTGTTACCAGATGTAAAGCCATCTAGAATTAGGCACAGAGAAG  429

seq1  TAAGAAGTAGTCCTTGAAAGCATAATATGTTCCAGAGAATCTGACCAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTAGTCCTTGAAAGCATAATATGTTCCAGAGAATCTGACCAATA  479

seq1  CATGTGCTATGTAACATTACCTATGACTGACACATGTGTTAGGTAAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTATGTAACATTACCTATGACTGACACATGTGTTAGGTAAGATT  529

seq1  GTTTTTGTCTTATCCCATTTATTTTCTTGGTAATTCCATGAAGTGGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTCTTATCCCATTTATTTTCTTGGTAATTCCATGAAGTGGTCAT  579

seq1  TATTTATTTTACTGTGTAGAAGAAACCAACAGGGTTCAGAGATGGTACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTACTGTGTAGAAGAAACCAACAGGGTTCAGAGATGGTACAG  629

seq1  CAGGAATGAAACATAGCTCCTTCAGACCCCAGGGTCAACACGTTGATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATGAAACATAGCTCCTTCAGACCCCAGGGTCAACACGTTGATTCC  679

seq1  TAGGAGGCCTAGGAATCAAAATGGCACATTAGACATAGGTCCAAGTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGCCTAGGAATCAAAATGGCACATTAGACATAGGTCCAAGTCAAT  729

seq1  AGATGAAATCCCATTCATTTCTCTCAGTTTAGCAGCAATCAGATTGTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAATCCCATTCATTTCTCTCAGTTTAGCAGCAATCAGATTGTGAG  779

seq1  AGTGAAAGGAGACTTCTGAGTCACTTAGGCATCAGCTAACCCCCCAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGGAGACTTCTGAGTCACTTAGGCATCAGCTAACCCCCCAGACT  829

seq1  CCTTTTCTCCCATGGGCCCTTCACTTTGTGAAGTAGGTGTGAATGGGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTCCCATGGGCCCTTCACTTTGTGAAGTAGGTGTGAATGGGTGC  879

seq1  TGGACTTCTCATGGACTCAAAGGGGCTCTGTAGGTTTTTTAGGGCCAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTCTCATGGACTCAAAGGGGCTCTGTAGGTTTTTTAGGGCCAACT  929

seq1  ATGCTTATGTCTTTTGGAGGTCTCAATATCACTTACTTCAAACAGGTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATGTCTTTTGGAGGTCTCAATATCACTTACTTCAAACAGGTTGC  979

seq1  TTCTGTACTACATTAATGACTCCACTGGCCCTCTGATCAATTTGAAATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACTACATTAATGACTCCACTGGCCCTCTGATCAATTTGAAATAC  1029

seq1  GAGAGAGACTACTCTTTTCTTTGTGATAATGACTTTCAATGGTGAATTC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGACTACTCTTTTCTTTGTGATAATGACTTTCAATGGTGAATTC  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |