BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347D24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 74,625,437 - 74,747,165
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLy6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik
Upstream geneGm628, LOC100041273, EG625276, LOC100040966, EG666113, LOC100041307, LOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1, Ly6d, D730001G18Rik
Downstream geneLOC625653, Ly6e, Ly6i, LOC666240, LOC100041528, Ly6a, Ly6c, LOC546642, EG625737, LOC100041546, I830127L07Rik, LOC100041070, LOC546644, LOC100041087, BC025446, LOC100041092, Ly6f, LOC100041652, LOC100041107, 9030619P08Rik, Ly6h, Gpihbp1, Zfp41, 2810039B14Rik, Top1mt, Rhpn1, Mafa, Zc3h3, LOC672572, Gsdmdc1, Naprt1, Eef1d, Tigd5, Pycrl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347D24.bB6Ng01-347D24.g
ACCGA128911GA128912
length1,2051,063
definitionB6Ng01-347D24.b B6Ng01-347D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,745,961 - 74,747,165)(74,625,437 - 74,626,496)
sequence
gaattcattctattgctcaggctgacctcaagctgagcatcctcctgcct
caatctccagaaggatgggattactgctgttgctcagaattctagtctgt
ccatcatcttgttcccacgtatgcaacatctgtcacagccccacaccatt
cctgacaccagtttgcccagtcttcagtctttaagactgggtagcagata
accaataggagctgatggtgctaagttctggattggcaccagattgaggc
ctctgtagatgtaaggtctgccaagggctgctttacttgccccacatagt
aaaaggggcagaaggttcttggggttctgtctagtggccatatctggtgc
ctgccctactccattgttggctgagacatgcagagggcttgggaaaggct
gaacactcccacagaaagttctctggaagaacagtctgagctgcgcactg
ctggtacctcagaggggacagtgagacagacagctgcacaaaatggactt
ttctctttcccctgatctttaatcaagaatcaccttctgcttagaaccaa
atgtcagaccaggagttctcgggccttgggacatatgctgctatatactc
tagtagttacagctcagaacaccagtcaacactgagtgttgcgccctctg
cttggaggggctattcaaccttcaccacagtatggataagcaccaaaggc
cacttgttgcaggcttggacctcaagctgtgtcaagagccagtatagaaa
catgcataaggcaaactcaaaggactgctggatgtgttatgagaccttca
cataagaaccagccactccgattgagtttaggacgaactatgcactgttt
catgctggtcaggcctctggccaagaactcatgacccagtatcctgacaa
tgtgcctgtggcagtggcttgtgcttggctctacagaagtgtgatacctt
tcagggttggggatgaagtttagtagatcatacacgggctctgggttcta
tccctagcactttacaactggcatgcagtgcacagcttatatatagggtg
tgtgcacacaacacagagcccacacacagatgccacacatgaatctaatg
aaagtcagtctttctcagaacttgaactttctgcctttgagtggatcagc
taactgtcatgagttgccaggctggaactctcctgggaagcgctcaccat
aggtg
gaattctttctcctttcctgccatatatttaacaatgtcatttactgacc
atcacaccacacacgcacacgaacacactcgtgcacatgggtgggggaca
cacatgagggggagcttctgtgccctcctgctgctctgccaggttgattg
aagaatttcctggcctttatggtatctgaccttttccaccatgtaggccc
ctgctcataatgagttctctctcacataagatcccacccatcatagcccc
tgactttcctaagcactaacctccacatctccttccttctgcagagagcc
atctagaaagagtatcttaacactagcagacaacacaccctcacttcctt
ctacctcttcatccctatgaatgagaatgtgttggccaatctgatggaga
cattttctcaattgaggttcctcttccaagacaaaaatccaaccaaataa
acaaaaccccttccaaggacactgtattcgttctctgatgtgttcaccaa
gccctctcccacacacacagcttgtttctttgagttactcaagttttatg
ggaatggccgggctgttgttcttggtcaggtcagattcagggtcaactcc
agtcctgaagatactgtctgtccctcaagggttcttcctgatccctgtcc
cctaaatagaccttgaccccctatggcagagatgcccgaggcatagcaca
tatttttctagaagattctccaagcctctctacacagctacagaagacca
gagaggagatagagtgtataggtacaccctgttctgacactaggcaaaat
ccacggcaggaggtccttgtttggaaaaggccagcacctatggatggctg
cagctcgatggaaatgtggagggcatatacctggctcacgtttctgatgg
gaaaaaaaaagaaagaaaaagaaaagagaaatctattgggtggaaactta
gagatttgtgttcatggtgtcagaaagtgggattagcttaacacagagtt
gttttccgtttcataatactttacctctaatatttgttgcttctttcccc
cctttcccgttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_74745961_74747165
seq2: B6Ng01-347D24.b_45_1249 (reverse)

seq1  CACCTA--GTGAGC-TTTCCCAGGAGAG-CCCAGCCTGGCCACCCTCATA  46
      ||||||  ||||||  ||||||||||||  |||||||||| |  ||||| 
seq2  CACCTATGGTGAGCGCTTCCCAGGAGAGTTCCAGCCTGGCAA--CTCAT-  47

seq1  GACAGTGTGGGCTGATCCACCTCAAA-GCAGAAAG-TCAATGTCTGAG-A  93
      ||||  ||  ||||||||| |||||| |||||||| ||||  |||||| |
seq2  GACA--GTTAGCTGATCCA-CTCAAAGGCAGAAAGTTCAAGTTCTGAGAA  94

seq1  AGACTGAC-TTCATTAGA-TCATGTGT-GCATCTGTGTGTGGGCCTCTGT  140
      |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  AGACTGACTTTCATTAGATTCATGTGTGGCATCTGTGTGTGGG-CTCTGT  143

seq1  G-TGTGTGCACACACCCTATAATTATAGCTGTGCACCTGCATGCCCAGTT  189
      | |||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||| |
seq2  GTTGTGTGCACACACCCTATATATA-AGCTGTGCA-CTGCATG-CCAG-T  189

seq1  TGTAAAGTGCTAGGGATAGAACCCAGAGCCCCGTGTATGATCTACTAAAC  239
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTGCTAGGGATAGAACCCAGAG-CCCGTGTATGATCTACTAAAC  238

seq1  TTCATCCCCAACCCTG-AAGGTATCACACTTCTGTAGAGCCAAGCACAAG  288
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCCAACCCTGAAAGGTATCACACTTCTGTAGAGCCAAGCACAAG  288

seq1  CCACCTGCCACAGGCACATTGTCAGGATACTGGGTCATGAGTTCTTGGCC  338
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCA-CTGCCACAGGCACATTGTCAGGATACTGGGTCATGAGTTCTTGGCC  337

seq1  AGAGGCCTGACCAGCATG-AACAGTGCATAGTTCGTCCTAAACTCAATCG  387
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTGACCAGCATGAAACAGTGCATAGTTCGTCCTAAACTCAATCG  387

seq1  GAGTGGCTGGTTCTTATGTGAAGGTCTCATAACACATCCAGCAGTCCTTT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTGGTTCTTATGTGAAGGTCTCATAACACATCCAGCAGTCCTTT  437

seq1  GAGTTTGCCTTATGCATGTTTCTATACTGGCTCTTGACACAGCTTGAGGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGCCTTATGCATGTTTCTATACTGGCTCTTGACACAGCTTGAGGT  487

seq1  CCAAGCCTGCAACAAGTGGCCTTTGGTGCTTATCCATACTGTGGTGAAGG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTGCAACAAGTGGCCTTTGGTGCTTATCCATACTGTGGTGAAGG  537

seq1  TTGAATAGCCCCTCCAAGCAGAGGGCGCAACACTCAGTGTTGACTGGTGT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAGCCCCTCCAAGCAGAGGGCGCAACACTCAGTGTTGACTGGTGT  587

seq1  TCTGAGCTGTAACTACTAGAGTATATAGCAGCATATGTCCCAAGGCCCGA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTGTAACTACTAGAGTATATAGCAGCATATGTCCCAAGGCCCGA  637

seq1  GAACTCCTGGTCTGACATTTGGTTCTAAGCAGAAGGTGATTCTTGATTAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCTGGTCTGACATTTGGTTCTAAGCAGAAGGTGATTCTTGATTAA  687

seq1  AGATCAGGGGAAAGAGAAAAGTCCATTTTGTGCAGCTGTCTGTCTCACTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGGGAAAGAGAAAAGTCCATTTTGTGCAGCTGTCTGTCTCACTG  737

seq1  TCCCCTCTGAGGTACCAGCAGTGCGCAGCTCAGACTGTTCTTCCAGAGAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTGAGGTACCAGCAGTGCGCAGCTCAGACTGTTCTTCCAGAGAA  787

seq1  CTTTCTGTGGGAGTGTTCAGCCTTTCCCAAGCCCTCTGCATGTCTCAGCC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTGGGAGTGTTCAGCCTTTCCCAAGCCCTCTGCATGTCTCAGCC  837

seq1  AACAATGGAGTAGGGCAGGCACCAGATATGGCCACTAGACAGAACCCCAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGAGTAGGGCAGGCACCAGATATGGCCACTAGACAGAACCCCAA  887

seq1  GAACCTTCTGCCCCTTTTACTATGTGGGGCAAGTAAAGCAGCCCTTGGCA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCTGCCCCTTTTACTATGTGGGGCAAGTAAAGCAGCCCTTGGCA  937

seq1  GACCTTACATCTACAGAGGCCTCAATCTGGTGCCAATCCAGAACTTAGCA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTACATCTACAGAGGCCTCAATCTGGTGCCAATCCAGAACTTAGCA  987

seq1  CCATCAGCTCCTATTGGTTATCTGCTACCCAGTCTTAAAGACTGAAGACT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGCTCCTATTGGTTATCTGCTACCCAGTCTTAAAGACTGAAGACT  1037

seq1  GGGCAAACTGGTGTCAGGAATGGTGTGGGGCTGTGACAGATGTTGCATAC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAACTGGTGTCAGGAATGGTGTGGGGCTGTGACAGATGTTGCATAC  1087

seq1  GTGGGAACAAGATGATGGACAGACTAGAATTCTGAGCAACAGCAGTAATC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAACAAGATGATGGACAGACTAGAATTCTGAGCAACAGCAGTAATC  1137

seq1  CCATCCTTCTGGAGATTGAGGCAGGAGGATGCTCAGCTTGAGGTCAGCCT  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTCTGGAGATTGAGGCAGGAGGATGCTCAGCTTGAGGTCAGCCT  1187

seq1  GAGCAATAGAATGAATTC  1205
      ||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATAGAATGAATTC  1205

seq1: chr15_74625437_74626496
seq2: B6Ng01-347D24.g_69_1131

seq1  GAATTCTTTCTCCTTTCCTGCCATATATTTAACAATGTCATTTACTGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCTTTCCTGCCATATATTTAACAATGTCATTTACTGACC  50

seq1  ATCACACCACACACGCACACGAACACACTCGTGCACATGGGTGGGGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACCACACACGCACACGAACACACTCGTGCACATGGGTGGGGGACA  100

seq1  CACATGAGGGGGAGCTTCTGTGCCCTCCTGCTGCTCTGCCAGGTTGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAGGGGGAGCTTCTGTGCCCTCCTGCTGCTCTGCCAGGTTGATTG  150

seq1  AAGAATTTCCTGGCCTTTATGGTATCTGACCTTTTCCACCATGTAGGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTCCTGGCCTTTATGGTATCTGACCTTTTCCACCATGTAGGCCC  200

seq1  CTGCTCATAATGAGTTCTCTCTCACATAAGATCCCACCCATCATAGCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATAATGAGTTCTCTCTCACATAAGATCCCACCCATCATAGCCCC  250

seq1  TGACTTTCCTAAGCACTAACCTCCACATCTCCTTCCTTCTGCAGAGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTCCTAAGCACTAACCTCCACATCTCCTTCCTTCTGCAGAGAGCC  300

seq1  ATCTAGAAAGAGTATCTTAACACTAGCAGACAACACACCCTCACTTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAAAGAGTATCTTAACACTAGCAGACAACACACCCTCACTTCCTT  350

seq1  CTACCTCTTCATCCCTATGAATGAGAATGTGTTGGCCAATCTGATGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTTCATCCCTATGAATGAGAATGTGTTGGCCAATCTGATGGAGA  400

seq1  CATTTTCTCAATTGAGGTTCCTCTTCCAAGACAAAAATCCAACCAAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTCAATTGAGGTTCCTCTTCCAAGACAAAAATCCAACCAAATAA  450

seq1  ACAAAACCCCTTCCAAGGACACTGTATTCGTTCTCTGATGTGTTCACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCCCTTCCAAGGACACTGTATTCGTTCTCTGATGTGTTCACCAA  500

seq1  GCCCTCTCCCACACACACAGCTTGTTTCTTTGAGTTACTCAAGTTTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTCCCACACACACAGCTTGTTTCTTTGAGTTACTCAAGTTTTATG  550

seq1  GGAATGGCCGGGCTGTTGTTCTTGGTCAGGTCAGATTCAGGGTCAACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGCCGGGCTGTTGTTCTTGGTCAGGTCAGATTCAGGGTCAACTCC  600

seq1  AGTCCTGAAGATACTGTCTGTCCCTCAAGGGTTCTTCCTGATCCCTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGAAGATACTGTCTGTCCCTCAAGGGTTCTTCCTGATCCCTGTCC  650

seq1  CCTAAATAGACCTTGACCCCCTATGGCAGAGATGCCCGAGGCATAGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATAGACCTTGACCCCCTATGGCAGAGATGCCCGAGGCATAGCACA  700

seq1  TA-TTTTCTAGAAGATTCTCCAAGCCTCTCTACACAGCTACAGAAGACCA  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCTAGAAGATTCTCCAAGCCTCTCTACACAGCTACAGAAGACCA  750

seq1  GAGAGGAGATAGAGTGTATAGGTACACCCTGTTCTGACACTAGGCAAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGATAGAGTGTATAGGTACACCCTGTTCTGACACTAGGCAAAAT  800

seq1  CCACGGCAGGAGGTCCTTGTTTGGAAAAGGCCAGCACCTATGGATGGCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGCAGGAGGTCCTTGTTTGGAAAAGGCCAGCACCTATGGATGGCTG  850

seq1  CAGCTCGATGGAAATGTGGAGGGCATATACCTGGCTCACGTTTCTGATGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCGATGGAAATGTGGAGGGCATATACCTGGCTCACGTTTCTGATGG  900

seq1  GAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAGAAATCTA-TGGGTGGAAACT  948
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAA--GAGAAATCTATTGGGTGGAAACT  948

seq1  TAGAGATTTGTGTTCAT-GTGTCAGAAAGT-GGATTAGC-TAACACAGAG  995
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TAGAGATTTGTGTTCATGGTGTCAGAAAGTGGGATTAGCTTAACACAGAG  998

seq1  TTGTTTTCC-CTTCATAATAC-TTACCTCTAATTATTTGTGCCTTCCTTC  1043
      |||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||| 
seq2  TTGTTTTCCGTTTCATAATACTTTACCTCTAA-TATTTGTTGCTT-CTTT  1046

seq1  CCCCCCCTTCCCTTTCT  1060
      |||||| ||||| ||||
seq2  CCCCCCTTTCCCGTTCT  1063