BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347M06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 42,200,565 - 42,340,217
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039197, Angpt1
Upstream geneOxr1, Abra, EG432946, LOC432947, LOC100039268
Downstream geneRspo2, LOC675960, Eif3s6, Ttc35
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347M06.bB6Ng01-347M06.g
ACCGA129270GA129271
length1,1521,125
definitionB6Ng01-347M06.b B6Ng01-347M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,339,063 - 42,340,217)(42,200,565 - 42,201,695)
sequence
gaattcactttcttctgcttttttttgacttgcgattctgtaaacatcac
aaagatacacattaatgtgaataaaatgtcctacaatacaaggttttttt
gtttttgtttttgtttttttgtttttgcattgcattgcattttgttgtat
agagacacactagaatggctttgatccatctctcagcagatgtattacta
tctatgattaatatcttaaaaagttactaccatacattcttcactgtttc
tcctactgactgtgataatgccttctgctttgaagcttgtacactcattc
ctaggataccatgggtttcaaatgcgaacctgaaaggaaccatgatgaat
cagaaaaataaatggataccctgaactgtcagctatatttaaaacaaaca
aacaaacaaacaaacaaacaaacaaaccacttatgttcttcactgtcaag
catattcacatgtcccatcacttccctacatctttccttcctcaacttaa
ttttatttattcctgttcttccgtaatagatacatatgctatatttatat
ccatatgcattatacacacacacacacacacacacacacacacacataca
tgtacatgtatgcatgcatatacctcttggcttttttatcattccagcat
gttttaagtgtttcttttttcttttttgttagaaatctatttaaccagac
ttctcacattgttctttactaaatctggcaaacttatcccagaaaacctt
tagactagggtctcaatcccatagtatgaaactagaagcatagctgtggt
aacaggaatgttgaaagcctaccttagaaagagtgcaccaacatgatttg
gacatagcacctactattatttcatatttatgtattgacattgggtaata
ttgttgtatttcatacacttaagtaagaaggagaatattagaaagcaagc
tctgtttcctccctggggttgtttcaggctggtgtctggctatggagtat
attaggggctttcactacaagtctgggagtggctcaggagtgtgcacatc
ttttgttcaggacaggtgacatctctatgggttaagaattatactccaag
ggaaacacggaaaactattctgtctttatcaggtaagtgggagtcaggct
gc

gaattccattcgtctagagggaaatataaattaacaagatagttaaactg
tagatatcattgtatgttttgtctgtttcctcagtgatatttccaagaga
tacaaatgacattataaagctatgggagaagatagatgacttgacagcta
atagcagcacgtccacatgtggtagcttcctgtgtggttgtgatgccaat
gacctaatgccacaaatactcatttagcacttgataaacatgctaggaac
acaaagaaatggggatctcaggtaaaatttgcccctcttccttttttctc
agtgtctccaggttatttcttttaatttctggccgagttggtccagagtt
gccatgcttccttagattctaagttggaagtcagaatccaaaggaaagct
aggtttatggccaataatcattattaccgctctagttataagattgggcc
atactttagtcaattatttatcttccttgaattcctaaaattgtttctaa
ctcaggaacaggattgtatcagatttcagaaggtcatggctgtaaagagg
agtcggcttaaaggaagggtggaggggaagagaacacccaccttgactcc
acaatgtaatcaagccagagggaggaagaagatggaggacaaaagggata
tacatctagtcagctttgaagtcacttacccttcaagagttcccaacttc
tgtagaagaattgggtgtgtgagaatgtgtgggtgtatagggatccaatt
actttagagtatttgacaactgcattcaatgtggacaggaagaacaatat
aaagttaatgaacacaagggaaagaatgtctgtattaccacaattctccc
atgggagaagtgatacatagagttcttctttttgtgataaacataaaaat
attatgagcaataatagaggacaaagatgaatgagaagcctatttaaatg
atgcccctgttcactgcctgtgagactacagtggttatgatcatctatca
tgatacaggcaggatagcaggcctaggaggaaataactcactttcatttt
ctctatacatggtaagttttgataacgtaaaacattttggactaaacatt
tctgcagcttatacgtctaggtctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_42339063_42340217
seq2: B6Ng01-347M06.b_50_1201 (reverse)

seq1  GCAGCCTGACT-CCACTTTACTGATAAAGACAGATAGGTTTTTCGTTGGT  49
      ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||   ||||| |||  ||
seq2  GCAGCCTGACTCCCACTTACCTGATAAAGACAGAATAGTTTTCCGT--GT  48

seq1  TTTCCTGTGAAGTAT-ATTCTTAACCATAAGAGATGTCACCTTGTTCTGA  98
      || ||| || ||||| ||||||||||   |||||||||||| ||| ||||
seq2  TTCCCT-TGGAGTATAATTCTTAACCCATAGAGATGTCACC-TGTCCTGA  96

seq1  --CAAAGATGTGCAACACTCCTGAAGGCCAACTCCCAGACTTGTTAGTGA  146
         |||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ACAAAAGATGTGC-ACACTCCTGA--GCC-ACTCCCAGACTTG-TAGTGA  141

seq1  AAGCCCCTAATATACT-CATAGCCAGACA-CAGCCTGAAACAACCCCAGG  194
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCTAATATACTCCATAGCCAGACACCAGCCTGAAACAACCCCAGG  191

seq1  GAGGAAACAGAGCTTGCTTTCTAATATTCTCCTTCTTACTTAAGTGTATG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACAGAGCTTGCTTTCTAATATTCTCCTTCTTACTTAAGTGTATG  241

seq1  AAATACAACAATATTACCCAATGTCAATACATAAATATGAAATAATAGTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAACAATATTACCCAATGTCAATACATAAATATGAAATAATAGTA  291

seq1  GGTGCTATGTCCAAATCATGTTGGTGCACTCTTTCTAAGGTAGGCTTTCA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTATGTCCAAATCATGTTGGTGCACTCTTTCTAAGGTAGGCTTTCA  341

seq1  ACATTCCTGTTACCACAGCTATGCTTCTAGTTTCATACTATGGGATTGAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCTGTTACCACAGCTATGCTTCTAGTTTCATACTATGGGATTGAG  391

seq1  ACCCTAGTCTAAAGGTTTTCTGGGATAAGTTTGCCAGATTTAGTAAAGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGTCTAAAGGTTTTCTGGGATAAGTTTGCCAGATTTAGTAAAGAA  441

seq1  CAATGTGAGAAGTCTGGTTAAATAGATTTCTAACAAAAAAGAAAAAAGAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGAGAAGTCTGGTTAAATAGATTTCTAACAAAAAAGAAAAAAGAA  491

seq1  ACACTTAAAACATGCTGGAATGATAAAAAAGCCAAGAGGTATATGCATGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAAAACATGCTGGAATGATAAAAAAGCCAAGAGGTATATGCATGC  541

seq1  ATACATGTACATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTACATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT  591

seq1  AATGCATATGGATATAAATATAGCATATGTATCTATTACGGAAGAACAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATATGGATATAAATATAGCATATGTATCTATTACGGAAGAACAGG  641

seq1  AATAAATAAAATTAAGTTGAGGAAGGAAAGATGTAGGGAAGTGATGGGAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAAATTAAGTTGAGGAAGGAAAGATGTAGGGAAGTGATGGGAC  691

seq1  ATGTGAATATGCTTGACAGTGAAGAACATAAGTGGTTTGTTTGTTTGTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAATATGCTTGACAGTGAAGAACATAAGTGGTTTGTTTGTTTGTTT  741

seq1  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAATATAGCTGACAGTTCAGGGTATCCAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAATATAGCTGACAGTTCAGGGTATCCAT  791

seq1  TTATTTTTCTGATTCATCATGGTTCCTTTCAGGTTCGCATTTGAAACCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCTGATTCATCATGGTTCCTTTCAGGTTCGCATTTGAAACCCA  841

seq1  TGGTATCCTAGGAATGAGTGTACAAGCTTCAAAGCAGAAGGCATTATCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCCTAGGAATGAGTGTACAAGCTTCAAAGCAGAAGGCATTATCAC  891

seq1  AGTCAGTAGGAGAAACAGTGAAGAATGTATGGTAGTAACTTTTTAAGATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTAGGAGAAACAGTGAAGAATGTATGGTAGTAACTTTTTAAGATA  941

seq1  TTAATCATAGATAGTAATACATCTGCTGAGAGATGGATCAAAGCCATTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCATAGATAGTAATACATCTGCTGAGAGATGGATCAAAGCCATTCT  991

seq1  AGTGTGTCTCTATACAACAAAATGCAATGCAATGCAAAAACAAAAAAACA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCTCTATACAACAAAATGCAATGCAATGCAAAAACAAAAAAACA  1041

seq1  AAAACAAAAACAAAAAAACCTTGTATTGTAGGACATTTTATTCACATTAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAACAAAAAAACCTTGTATTGTAGGACATTTTATTCACATTAA  1091

seq1  TGTGTATCTTTGTGATGTTTACAGAATCGCAAGTCAAAAAAAAGCAGAAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATCTTTGTGATGTTTACAGAATCGCAAGTCAAAAAAAAGCAGAAG  1141

seq1  AAAGTGAATTC  1155
      |||||||||||
seq2  AAAGTGAATTC  1152


seq1: chr15_42200565_42201695
seq2: B6Ng01-347M06.g_65_1188

seq1  GAATTCCATTCGTCTAGAGGGAAATATAAATTAACAAGATAGTTAAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCGTCTAGAGGGAAATATAAATTAACAAGATAGTTAAACTG  50

seq1  TAGATATCATTGTATGTTTTGTCTGTTTCCTCAGTGATATTTCCAAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATCATTGTATGTTTTGTCTGTTTCCTCAGTGATATTTCCAAGAGA  100

seq1  TACAAATGACATTATAAAGCTATGGGAGAAGATAGATGACTTGACAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGACATTATAAAGCTATGGGAGAAGATAGATGACTTGACAGCTA  150

seq1  ATAGCAGCACGTCCACATGTGGTAGCTTCCTGTGTGGTTGTGATGCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCACGTCCACATGTGGTAGCTTCCTGTGTGGTTGTGATGCCAAT  200

seq1  GACCTAATGCCACAAATACTCATTTAGCACTTGATAAACATGCTAGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAATGCCACAAATACTCATTTAGCACTTGATAAACATGCTAGGAAC  250

seq1  ACAAAGAAATGGGGATCTCAGGTAAAATTTGCCCCTCTTCCTTTTTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAATGGGGATCTCAGGTAAAATTTGCCCCTCTTCCTTTTTTCTC  300

seq1  AGTGTCTCCAGGTTATTTCTTTTAATTTCTGGCCGAGTTGGTCCAGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCCAGGTTATTTCTTTTAATTTCTGGCCGAGTTGGTCCAGAGTT  350

seq1  GCCATGCTTCCTTAGATTCTAAGTTGGAAGTCAGAATCCAAAGGAAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCTTCCTTAGATTCTAAGTTGGAAGTCAGAATCCAAAGGAAAGCT  400

seq1  AGGTTTATGGCCAATAATCATTATTACCGCTCTAGTTATAAGATTGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTATGGCCAATAATCATTATTACCGCTCTAGTTATAAGATTGGGCC  450

seq1  ATACTTTAGTCAATTATTTATCTTCCTTGAATTCCTAAAATTGTTTCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTAGTCAATTATTTATCTTCCTTGAATTCCTAAAATTGTTTCTAA  500

seq1  CTCAGGAACAGGATTGTATCAGATTTCAGAAGGTCATGGCTGTAAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAACAGGATTGTATCAGATTTCAGAAGGTCATGGCTGTAAAGAGG  550

seq1  AGTCGGCTTAAAGGAAGGGTGGAGGGGAAGAGAACACCCACCTTGACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGCTTAAAGGAAGGGTGGAGGGGAAGAGAACACCCACCTTGACTCC  600

seq1  ACAATGTAATCAAGCCAGAGGGAGGAAGAAGATGGAGGACAAAAGGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTAATCAAGCCAGAGGGAGGAAGAAGATGGAGGACAAAAGGGATA  650

seq1  TACATCTAGTCAGCTTTGAAGTCACTTACCCTTCAAGAGTTCCCAACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTAGTCAGCTTTGAAGTCACTTACCCTTCAAGAGTTCCCAACTTC  700

seq1  TGTAGAAGAATTGGGTGTGTGAGAATGTGTGGGTGTATAGGGATCCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAGAATTGGGTGTGTGAGAATGTGTGGGTGTATAGGGATCCAATT  750

seq1  ACTTTAGAGTATTTGACAACTGCATTCAATGTGGACAGGAAGAACAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGAGTATTTGACAACTGCATTCAATGTGGACAGGAAGAACAATAT  800

seq1  AAAGTTAATGAACACAAGGGAAAGAATGTCTGTATTACCACAATTCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAATGAACACAAGGGAAAGAATGTCTGTATTACCACAATTCTCCC  850

seq1  ATGGGAGAAGTGATACATAGAGTTCTTC-TTTTGTGATAAACATAGAAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||
seq2  ATGGGAGAAGTGATACATAGAGTTCTTCTTTTTGTGATAAACAT--AAAA  898

seq1  ATATTATGAGCAAATAATAGAGGACAAAGATGAATGAGAAAGCCTAATTA  949
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| 
seq2  ATATTATGAGC-AATAATAGAGGACAAAGATGAATGAG-AAGCCT-ATTT  945

seq1  AAATGATGCCCCTGTTCACTGCCTGTGAGACTACAGTGGTTTAATGATCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  AAATGATGCCCCTGTTCACTGCCTGTGAGACTACAGTGGTT--ATGATCA  993

seq1  TCCTATCATGATAACAAGCAAGGAACACA-GCCTAGGGAGGAAATAACAC  1048
      | |||||||||| ||| || ||||   || ||||| |||||||||||| |
seq2  T-CTATCATGAT-ACAGGC-AGGATAGCAGGCCTA-GGAGGAAATAACTC  1039

seq1  ACTTACA-TTTCTCTATACCATGGTAAGTTTGTAGACTGTAAAACATTT-  1096
      |||| || |||||||||| ||||||||||||  | |  ||||||||||| 
seq2  ACTTTCATTTTCTCTATA-CATGGTAAGTTTTGATAACGTAAAACATTTT  1088

seq1  -GGCTAAACATATCTGCAAGCTTA-ACGTCTAGGTCT  1131
       | |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GGACTAAACATTTCTGC-AGCTTATACGTCTAGGTCT  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |