BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348G05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 35,727,971 - 35,841,248
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVps13b
Upstream geneKcns2, Stk3, Osr2, EG666183
Downstream geneCox6c, Rgs22, Fbxo43, 1700074I03Rik, Polr2k, Spag1, Rnf19, LOC670773, EG268795, EG545101, Ankrd46, 4631426E05Rik, Pabpc1, LOC626746, Ywhaz
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348G05.bB6Ng01-348G05.g
ACCGA129695GA129696
length1,2401,059
definitionB6Ng01-348G05.b B6Ng01-348G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,727,971 - 35,728,748)(35,840,194 - 35,841,248)
sequence
gaattctcacctgaggaataccgaatagctgagaagcacctgaaaaaaat
gttcagcattcttaatcatcagggaaatgcaagtcaaaacaaccctgaga
ttccatctcacaccagtcaaatggctagtatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggagatcagtctggcagttcctca
gaaaattggacatagtactaccggaggatcccacaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgttccaaccggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatggcagccttacttataatagccagaagctggaaagaacccagat
gcccctcaacagaagaatggatacaaaaaatgtggtacatttacacaatt
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctaggcaa
atggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacacaatcacaaa
agaactcaaatgatatgtactcactaataagtggatattagcccagaaac
ttagaatacctaatatataagatacaatttgctaaacacatgaaactcaa
gaagaacgaagaccaaagttaggacactttgccccttcttagaattggga
acaagacacccatggaagatgttacagagataaagtttggaactgagata
aaggatggaccatctagagactgccatatccagggatccatcccataatc
agcctccaaacgatgacaccattgcatacactagcaagattttgctgaaa
ggaccctgatatagctgtctcttgtgaaactatgccggggcctagcaaac
acagaagtggatgctcacagtcagctattggatggatcacagggccccca
atggaggagctagaaataattcttaagttgcaatcttagaatccataact
gtctcatttctttggggagttgagaacagacaatttgtaggatgatttcc
ccttgtatataagttgccagccctagagtttgctcttaggatcagagtgc
agctgagacaggttcaatgtcagaacctcactcttagccactaagggctg
ctgtggaagggtagcagagtcttcccccacctattccaagaactcttctg
ttgtcagtgttttattgccaatggtctcaaggtctgtgtt
gaattcattcaccaagaacaaggttatctcgtgcaggaactcatcctgaa
caaagccaagtgtggatgctgctctgataactgttagcaccttgggagca
ggctagcaccctctatctaagactgaccctgagtcaggaacacatgccct
acagaggatgactgtcaagtaccacagggagcccgattttcatgtttgca
cagaatgctcctcacggaagattctgtactcacatcaaacactccttgta
ggctcttccagccagatgggaaacagaagtcttatttctctccttggtcc
ctagtgtaaaccatcccatagcctttaaaatccactttacagctgaagat
gcaggctcaagagttcgatattcacccaaggtttacactgaacattcaga
tctagatccagttctgttagctgtggccctatcacccaggcctacctgct
ttcccgtgtgttgtgtaacagacagccccctgccacaatggaccacttct
gtccaggtgctagcccgccacagacccttcccttgcatcctcacctgctc
tgaaaagagccccagcagcatagtgcatggccagtgcgtgcaccagctgc
cttgctgtggtgaacactggtcctctttcaaacacagagaaggagagagg
ggtgtggtcggaggctatgtacagcttcagggaggcatggatgctgatga
gcaggttcactggctggatgagcagcttccgtaacttcactgcgttcacc
aatgccttggcgtgctgtgtcacctgcacaggcagcacctgctgccctgt
gaacagctgtgcatggtgaccagacatcctgctgggaggaaggtaggtgt
caaacaaagttttgatgtagtaaacaaaggtgtcctccacatacagccgt
gctggcttcagttcaaaggtgaactcgctgacatcgaggaggatgtcctt
tccccctcagagacagtgaggcaaaggtttgatgaagcaatctcttgtat
ttcttccaggctttggctgaagaccaggagacttcttgcacccttgaata
ctgagcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_35727971_35728748
seq2: B6Ng01-348G05.b_530_1289

seq1  TTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAG  50

seq1  TGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATATGTACTCACTAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATATGTACTCACTAATAA  100

seq1  GTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGAATACCTAATATATAAGATACAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGAATACCTAATATATAAGATACAATTT  150

seq1  GCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTTAGGACACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTTAGGACACTTT  200

seq1  GCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAGACACCCATGGAAGATGTTACAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAGACACCCATGGAAGATGTTACAGAGA  250

seq1  TAAAGTTTGGAACTGAGATAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTGGAACTGAGATAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATATC  300

seq1  CAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAACGATGACACCATTGCATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAACGATGACACCATTGCATACA  350

seq1  CTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTCTCTTGTGAAAC  400

seq1  TATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTG  450

seq1  GATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAAATAATTCTTAAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAAATAATTCTTAAGTTG  500

seq1  CAATCTTAGAATCCATAAACTGTCTCATTTCTTTGGGGAAGTTGAGAACA  550
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAATCTTAGAATCCAT-AACTGTCTCATTTCTTTGGGG-AGTTGAGAACA  548

seq1  GACAATTTGTAGAATTGGATTTTCCCCTTTGTATATAAAGTGCCAGCCCT  600
      |||||||||||| ||  |||||  ||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  GACAATTTGTAGGAT--GATTT--CCCCTTGTATATAAGTTGCCAGCCCT  594

seq1  AGAG-TTGCTCTTAGGGATCAGAGTGCAGCTGAGACAGTCTCAGTGTCAG  649
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||
seq2  AGAGTTTGCTCTTA-GGATCAGAGTGCAGCTGAGACAGGTTCAATGTCAG  643

seq1  AACCTCACTC-TAGCACCAAAAGGGTTTTGGTTGTTGAAGGGTAGCAGAG  698
      |||||||||| ||||  | || || |    | ||| ||||||||||||||
seq2  AACCTCACTCTTAGCCACTAAGGGCT----GCTGTGGAAGGGTAGCAGAG  689

seq1  TCTTCCCCCACCTCATTTTTCAAAAGGAACCTCCTTCCTGTTGTCAGTTG  748
      ||||||||||||    | ||| ||  ||| |||  | |||||||||| ||
seq2  TCTTCCCCCACC----TATTCCAA--GAA-CTC--TTCTGTTGTCAG-TG  729

seq1  TTTTATTG-CAATGGTCTCAAAGTCTGTGTT  778
      |||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTATTGCCAATGGTCTCAAGGTCTGTGTT  760

seq1: chr15_35840194_35841248
seq2: B6Ng01-348G05.g_65_1123 (reverse)

seq1  CCTGCTCAGTATTCCAGGGTGCA--GAGTCTCCTGGTCTCCAG-CAAAGC  47
      |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CCTGCTCAGTATTCAAGGGTGCAAGAAGTCTCCTGGTCTTCAGCCAAAGC  50

seq1  CTTGGAAG-AATACAAGGAGAATTGCTTCATCAAA-CTTTGCCTCACTGT  95
      | |||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  C-TGGAAGAAATACAA-GAG-ATTGCTTCATCAAACCTTTGCCTCACTGT  97

seq1  CTCTGAGGGG--AAGGACATCCTCCTCGATGTCAGCGAGTTCACCTTTGA  143
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGGGGGAAAGGACATCCTCCTCGATGTCAGCGAGTTCACCTTTGA  147

seq1  ACTGAAGCCAGCACGGCTGTATGTGGAGGACACCTTTGTTTACTACATCA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCCAGCACGGCTGTATGTGGAGGACACCTTTGTTTACTACATCA  197

seq1  AAACTTTGTTTGACACCTACCTTCCTCCCAGCAGGATGTCTGGTCACCAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTGTTTGACACCTACCTTCCTCCCAGCAGGATGTCTGGTCACCAT  247

seq1  GCACAGCTGTTCACAGGGCAGCAGGTGCTGCCTGTGCAGGTGACACAGCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCTGTTCACAGGGCAGCAGGTGCTGCCTGTGCAGGTGACACAGCA  297

seq1  CGCCAAGGCATTGGTGAACGCAGTGAAGTTACGGAAGCTGCTCATCCAGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAAGGCATTGGTGAACGCAGTGAAGTTACGGAAGCTGCTCATCCAGC  347

seq1  CAGTGAACCTGCTCATCAGCATCCATGCCTCCCTGAAGCTGTACATAGCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAACCTGCTCATCAGCATCCATGCCTCCCTGAAGCTGTACATAGCC  397

seq1  TCCGACCACACCCCTCTCTCCTTCTCTGTGTTTGAAAGAGGACCAGTGTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGACCACACCCCTCTCTCCTTCTCTGTGTTTGAAAGAGGACCAGTGTT  447

seq1  CACCACAGCAAGGCAGCTGGTGCACGCACTGGCCATGCACTATGCTGCTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGCAAGGCAGCTGGTGCACGCACTGGCCATGCACTATGCTGCTG  497

seq1  GGGCTCTTTTCAGAGCAGGTGAGGATGCAAGGGAAGGGTCTGTGGCGGGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTTTCAGAGCAGGTGAGGATGCAAGGGAAGGGTCTGTGGCGGGC  547

seq1  TAGCACCTGGACAGAAGTGGTCCATTGTGGCAGGGGGCTGTCTGTTACAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACCTGGACAGAAGTGGTCCATTGTGGCAGGGGGCTGTCTGTTACAC  597

seq1  AACACACGGGAAAGCAGGTAGGCCTGGGTGATAGGGCCACAGCTAACAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACGGGAAAGCAGGTAGGCCTGGGTGATAGGGCCACAGCTAACAGA  647

seq1  ACTGGATCTAGATCTGAATGTTCAGTGTAAACCTTGGGTGAATATCGAAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATCTAGATCTGAATGTTCAGTGTAAACCTTGGGTGAATATCGAAC  697

seq1  TCTTGAGCCTGCATCTTCAGCTGTAAAGTGGATTTTAAAGGCTATGGGAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCCTGCATCTTCAGCTGTAAAGTGGATTTTAAAGGCTATGGGAT  747

seq1  GGTTTACACTAGGGACCAAGGAGAGAAATAAGACTTCTGTTTCCCATCTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACACTAGGGACCAAGGAGAGAAATAAGACTTCTGTTTCCCATCTG  797

seq1  GCTGGAAGAGCCTACAAGGAGTGTTTGATGTGAGTACAGAATCTTCCGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGAGCCTACAAGGAGTGTTTGATGTGAGTACAGAATCTTCCGTG  847

seq1  AGGAGCATTCTGTGCAAACATGAAAATCGGGCTCCCTGTGGTACTTGACA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATTCTGTGCAAACATGAAAATCGGGCTCCCTGTGGTACTTGACA  897

seq1  GTCATCCTCTGTAGGGCATGTGTTCCTGACTCAGGGTCAGTCTTAGATAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTCTGTAGGGCATGTGTTCCTGACTCAGGGTCAGTCTTAGATAG  947

seq1  AGGGTGCTAGCCTGCTCCCAAGGTGCTAACAGTTATCAGAGCAGCATCCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCTAGCCTGCTCCCAAGGTGCTAACAGTTATCAGAGCAGCATCCA  997

seq1  CACTTGGCTTTGTTCAGGATGAGTTCCTGCACGAGATAACCTTGTTCTTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGCTTTGTTCAGGATGAGTTCCTGCACGAGATAACCTTGTTCTTG  1047

seq1  GTGAATGAATTC  1055
      ||||||||||||
seq2  GTGAATGAATTC  1059