BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349A06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 95,102,106 - 95,212,340
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNell2
Upstream geneAdamts20, Pus7l, Irak4, Twf1, Tmem117, LOC100043315
Downstream geneDbx2, LOC100042684, LOC667849, EG629300, LOC667864, Tmem16f, LOC100043329, D030018L15Rik, LOC100043335, EG667869, LOC667874, LOC667894, Arid2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349A06.bB6Ng01-349A06.g
ACCGA130129GA130130
length1,1891,190
definitionB6Ng01-349A06.b B6Ng01-349A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,211,155 - 95,212,340)(95,102,106 - 95,103,319)
sequence
gaattcatgtcagcagtctgggcagcaatttctttcttccatccaaacca
tcttttcagcctaaagaagagtttaagataaaaactctgttctgtgggtg
gttctctagaaattgcctgatggtttaagacctagtctttccagaaagga
actttcaaggtatcttttagcagctagagagagcacctgtaaaaggaact
gccctcaactggacaaacagtgcagaacattggaggtttcccctcaccac
cccgagtcagtgccttggcagagcatgtctttagtctgatcagattcagg
aatcccatttcagtcatttcagttggcactttcagtttgcagccctacca
gagtgtttttggcagccaattgtaggcagcatgtcctaatacctcttaca
cttacatgcagacacagttaactagggttcttaataaaatgcgtcctggg
tgacttataaactagtataagcagcaacacactttatggggttgtcaacc
attgctggagatcaagctttcctcaaacagcaccccaaggcaatgtcatt
atggtgaatgtcggtgtttgggtcagacattcaggtaggctgactgggtg
gctctacttcctcaaatgttgactgatgtcactttgtgctattagttaaa
agttggtcaggactgactgttttaggaaggcctttttcttggcctagaat
cttggtagagatggctgagaaactagatacagtcatgagacacagtcaca
cacaccctcttcacgtagcctcaggccatttcctcatggcctgtcagcag
gatacttggcaggtttgttaaataatggcttgagagttttatggaagtct
ggtattaatacagcaccacttctactatattcagttgctcaaggcaacca
aaagttcagccaagattcatggaaagcaggctagactccaacatagacaa
gagaaaatgtgcacaaaactgccacataactggctttaccttgacacata
actgtcagcttgacacaccctaaagccctctgagaacgggagtctttgag
gtattgctaagaactggatttgtctgttgaacatgcctgcagaagattat
acttgtttgtaatgatgcaggtgtctcagtcccactggggagtgtagcaa
ttcctgtgccagaaagtcccttgtagttagaaagttaga
gaattcagtaaaaattaaaaggcccatcctgcttgcttccctatgtttta
tctcacacattacatacatgttacttatatgtctggctcatggtctgcct
cttttctctaaacgtaagctctgtgcatagcacagtattgagcacataat
agaagaacatacttgttcaatggatgagtgattcaaaacaatctatgagt
aaggacagctgggccttacattggctgttcttagttgctcttccaattac
ttaagttggcagagccttatagagacagagataccatgataactgaaaca
ggaagacttaatttccatcatgcactggcattcagataattgtacaatgt
cttgtgatttttggttgttagaggtttggaagcatgtgacaagtgtctag
gcttgtgcttgtggcacagggtgcagacaccggcccatacctggcaacaa
ctttggcacataggtaatgtataagaaaatgtgacaagatgaagtcttgt
ccaccatcttggcttcggttgtccagtggctccagtcttaggtaacttat
gacgactgtggtttacttgttgaatatagtgagattgagtgatgagaaat
gtgaacttattttgacaaagtgcacaactctttcttggtgccctttatag
cctgtgaggctcagagcacagtgtctcagagcaccagagggcagcacaca
ctaactttctcctctgccagaaggataaggacagcaatccacccacaaaa
ccttccacgcaaaatgtgtcctgcctacaagatgtgaaggggcaaagata
gagcagagattcagggaatggccaaccaatgactacctcaaattgagacc
caccccatgggcaagaagcaatccctggcactattaataacagcattatg
cttgaagacaggaacctgtcctctgagagattccacccagcagcctatgc
acagagatgccttgtatcccaattattagatgagcttgagaggcttagag
agttgggaggattgaggacccaagagagagggactccacagagacacgag
tcactcatctgacccttgggggctctagagaaccgaatcaccaaccaaga
gcaatcaggggtgactaagtcctttccataactatacgatgtgcagcttt
gctcaatgtggtcacaactgggcaggggtgtccttgagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_95211155_95212340
seq2: B6Ng01-349A06.b_51_1239 (reverse)

seq1  TCTAACTTTCTAACATACCA-GGACTTCCT-GCACAAGGAATGCTACCAC  48
      |||||||||||||| ||| | |||||| || ||||| | | ||||| |||
seq2  TCTAACTTTCTAAC-TACAAGGGACTTTCTGGCACAGGAATTGCTA-CAC  48

seq1  T-CCCAGT-GGACTGAGACCACCTGCATCATTTAACAAACAAG-ATAATC  95
      | |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||| 
seq2  TCCCCAGTGGGACTGAGA-CACCTGCATCATT--ACAAACAAGTATAAT-  94

seq1  CTTCTGCAGGCATG-TCCACAGACAAATCCAG-TCTTAGCAATCCCTC-A  142
      |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| |
seq2  CTTCTGCAGGCATGTTCAACAGACAAATCCAGTTCTTAGCAATACCTCAA  144

seq1  AGACTCCCG-TCTCAGAGGGCTTTAGGGTGTGTCAAGCTGACAGTTATGT  191
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCGTTCTCAGAGGGCTTTAGGGTGTGTCAAGCTGACAGTTATGT  194

seq1  GTCAAGGTAAAGCCAGTTATGTGGCAGTTTTGTGCACA-TTTCTCTTGTC  240
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCAAGGTAAAGCCAGTTATGTGGCAGTTTTGTGCACATTTTCTCTTGTC  244

seq1  TATGGTGGAGTCTAGCCCTGCTTTCCATGAATCTTGGCTGAAC-TTTGGT  289
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATGTTGGAGTCTAG-CCTGCTTTCCATGAATCTTGGCTGAACTTTTGGT  293

seq1  TGCCTTGAGCAACTGAATATAGTAGAAGTGGTGCTGTATTAATACCAGAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGAGCAACTGAATATAGTAGAAGTGGTGCTGTATTAATACCAGAC  343

seq1  TTCCATAAAACTCTCAAGCCATTATTTAACAAACCTGCCAAGTATCCTGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCCATAAAACTCTCAAGCCATTATTTAACAAACCTGCCAAGTATCCTG-  392

seq1  CTGACAGGCCATGAGGAAATGGCCTGAGGCTACGTGAAGAGGGTGTGTGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGGCCATGAGGAAATGGCCTGAGGCTACGTGAAGAGGGTGTGTGT  442

seq1  GACTGTGTCTCATGACTGTATCTAGTTTCTCAGCCATCTCTACCAAGATT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTCTCATGACTGTATCTAGTTTCTCAGCCATCTCTACCAAGATT  492

seq1  CTAGGCCAAGAAAAAGGCCTTCCTAAAACAGTCAGTCCTGACCAACTTTT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCAAGAAAAAGGCCTTCCTAAAACAGTCAGTCCTGACCAACTTTT  542

seq1  AACTAATAGCACAAAGTGACATCAGTCAACATTTGAGGAAGTAGAGCCAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATAGCACAAAGTGACATCAGTCAACATTTGAGGAAGTAGAGCCAC  592

seq1  CCAGTCAGCCTACCTGAATGTCTGACCCAAACACCGACATTCACCATAAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAGCCTACCTGAATGTCTGACCCAAACACCGACATTCACCATAAT  642

seq1  GACATTGCCTTGGGGTGCTGTTTGAGGAAAGCTTGATCTCCAGCAATGGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGCCTTGGGGTGCTGTTTGAGGAAAGCTTGATCTCCAGCAATGGT  692

seq1  TGACAACCCCATAAAGTGTGTTGCTGCTTATACTAGTTTATAAGTCACCC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACCCCATAAAGTGTGTTGCTGCTTATACTAGTTTATAAGTCACCC  742

seq1  AGGACGCATTTTATTAAGAACCCTAGTTAACTGTGTCTGCATGTAAGTGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGCATTTTATTAAGAACCCTAGTTAACTGTGTCTGCATGTAAGTGT  792

seq1  AAGAGGTATTAGGACATGCTGCCTACAATTGGCTGCCAAAAACACTCTGG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTATTAGGACATGCTGCCTACAATTGGCTGCCAAAAACACTCTGG  842

seq1  TAGGGCTGCAAACTGAAAGTGCCAACTGAAATGACTGAAATGGGATTCCT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTGCAAACTGAAAGTGCCAACTGAAATGACTGAAATGGGATTCCT  892

seq1  GAATCTGATCAGACTAAAGACATGCTCTGCCAAGGCACTGACTCGGGGTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGATCAGACTAAAGACATGCTCTGCCAAGGCACTGACTCGGGGTG  942

seq1  GTGAGGGGAAACCTCCAATGTTCTGCACTGTTTGTCCAGTTGAGGGCAGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGGAAACCTCCAATGTTCTGCACTGTTTGTCCAGTTGAGGGCAGT  992

seq1  TCCTTTTACAGGTGCTCTCTCTAGCTGCTAAAAGATACCTTGAAAGTTCC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTACAGGTGCTCTCTCTAGCTGCTAAAAGATACCTTGAAAGTTCC  1042

seq1  TTTCTGGAAAGACTAGGTCTTAAACCATCAGGCAATTTCTAGAGAACCAC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGAAAGACTAGGTCTTAAACCATCAGGCAATTTCTAGAGAACCAC  1092

seq1  CCACAGAACAGAGTTTTTATCTTAAACTCTTCTTTAGGCTGAAAAGATGG  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAACAGAGTTTTTATCTTAAACTCTTCTTTAGGCTGAAAAGATGG  1142

seq1  TTTGGATGGAAGAAAGAAATTGCTGCCCAGACTGCTGACATGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGGAAGAAAGAAATTGCTGCCCAGACTGCTGACATGAATTC  1189

seq1: chr15_95102106_95103319
seq2: B6Ng01-349A06.g_70_1259

seq1  GAATTCAGTAAAAATTAAAAGGCCCATCCTGCTTGCTTCCCTATGTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAAAATTAAAAGGCCCATCCTGCTTGCTTCCCTATGTTTTA  50

seq1  TCTCACACATTACATACATGTTACTTATATGTCTGGCTCATGGTCTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACATTACATACATGTTACTTATATGTCTGGCTCATGGTCTGCCT  100

seq1  CTTTTCTCTAAACGTAAGCTCTGTGCATAGCACAGTATTGAGCACATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCTAAACGTAAGCTCTGTGCATAGCACAGTATTGAGCACATAAT  150

seq1  AGAAGAACATACTTGTTCAATGGATGAGTGATTCAAAACAATCTATGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAACATACTTGTTCAATGGATGAGTGATTCAAAACAATCTATGAGT  200

seq1  AAGGACAGCTGGGCCTTACATTGGCTGTTCTTAGTTGCTCTTCCAATTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGCTGGGCCTTACATTGGCTGTTCTTAGTTGCTCTTCCAATTAC  250

seq1  TTAAGTTGGCAGAGCCTTATAGAGACAGAGATACCATGATAACTGAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGGCAGAGCCTTATAGAGACAGAGATACCATGATAACTGAAACA  300

seq1  GGAAGACTTAATTTCCATCATGCACTGGCATTCAGATAATTGTACAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTTAATTTCCATCATGCACTGGCATTCAGATAATTGTACAATGT  350

seq1  CTTGTGATTTTTGGTTGTTAGAGGTTTGGAAGCATGTGACAAGTGTCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGATTTTTGGTTGTTAGAGGTTTGGAAGCATGTGACAAGTGTCTAG  400

seq1  GCTTGTGCTTGTGGCACAGGGTGCAGACACCGGCCCATACCTGGCAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGCTTGTGGCACAGGGTGCAGACACCGGCCCATACCTGGCAACAA  450

seq1  CTTTGGCACATAGGTAATGTATAAGAAAATGTGACAAGATGAAGTCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCACATAGGTAATGTATAAGAAAATGTGACAAGATGAAGTCTTGT  500

seq1  CCACCATCTTGGCTTCGGTTGTCCAGTGGCTCCAGTCTTAGGTAACTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATCTTGGCTTCGGTTGTCCAGTGGCTCCAGTCTTAGGTAACTTAT  550

seq1  GACGACTGTGGTTTACTTGTTGAATATAGTGAGATTGAGTGATGAGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACTGTGGTTTACTTGTTGAATATAGTGAGATTGAGTGATGAGAAAT  600

seq1  GTGAACTTATTTTGACAAAGTGCACAACTCTTTCTTGGTGCCCTTTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTATTTTGACAAAGTGCACAACTCTTTCTTGGTGCCCTTTATAG  650

seq1  CCTGTGAGGCTCAGAGCACAGTGTCTCAGAGCACCAGAGGGCAGCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGGCTCAGAGCACAGTGTCTCAGAGCACCAGAGGGCAGCACACA  700

seq1  CTAACTTTCTCCTCTGCCAGAAGGATAAGGACAGCAATCCACCCACAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTCTCCTCTGCCAGAAGGATAAGGACAGCAATCCACCCACAAAA  750

seq1  CCTTCCACGCAAAATGTGTCCTGCCTACAAGATGTGAAGGGGCAAAGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCACGCAAAATGTGTCCTGCCTACAAGATGTGAAGGGGCAAAGATA  800

seq1  GAGCAGAGATTCAGGGAATGGCCAACCAATGACTACCTCAAATTGAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGATTCAGGGAATGGCCAACCAATGACTACCTCAAATTGAGACC  850

seq1  CACCCCATGGGCAAGAAGCAATCCCTGGCACTATTAATAACAGCATTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCATGGGCAAGAAGCAATCCCTGGCACTATTAATAACAGCATTATG  900

seq1  CTTGAAGACAGGAACCTGTCCTCTGAGAGATTCCACCCAGCAGCCTATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGACAGGAACCTGTCCTCTGAGAGATTCCACCCAGCAGCCTATGC  950

seq1  ACAGAGATGCCTTGTAT-CCAAATATTAGATGAAGCTTGAGAGGCTTAAG  999
      ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  
seq2  ACAGAGATGCCTTGTATCCCAATTATTAGATG-AGCTTGAGAGGCTTA--  997

seq1  GAAGAGTTGGGAGGATTGAGGGACCCAAAGAGGAGAGGGACTCCACAGGA  1049
        ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||  
seq2  -GAGAGTTGGGAGGATTGA-GGACCC-AAGA-GAGAGGGACTCCACAG--  1041

seq1  AGACCAACAGAGTCAACTCATCTGGACCCTTGGGGGCTCCTAGAG-ACCG  1098
      ||||  || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AGAC--AC-GAGTC-ACTCATCT-GACCCTTGGGGGCT-CTAGAGAACCG  1085

seq1  AATCACCAACCAAAGAGCAATCACGGGGTGGACCTAGGTCCCCTTCACAT  1148
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||| ||  ||||  |||
seq2  AATCACCAACC-AAGAGCAATCA-GGGGTG--ACTAAGT--CCTTTCCAT  1129

seq1  ACATAACAGATGTGCAGCTTAGTCTTCACATG-GGTCAACAACTGGGGCA  1197
      |  ||   ||||||||||||  |  ||| ||| |||| |||||| |||||
seq2  AACTATACGATGTGCAGCTT--TGCTCA-ATGTGGTC-ACAACT-GGGCA  1174

seq1  GGGGGTGTCCTTGAGCC  1214
       ||||||||||||||||
seq2  -GGGGTGTCCTTGAGCC  1190