BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350M20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 61,001,993 - 61,169,099
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC623048, LOC211832, LOC623094, EG632412, LOC100040311, D330050I23Rik, 9930014A18Rik, A1bg, LOC100040323
Downstream geneMyc, Pvt1, LOC100040584, H2afy3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350M20.bB6Ng01-350M20.g
ACCGA131368GA131369
length1,1321,090
definitionB6Ng01-350M20.b B6Ng01-350M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,001,993 - 61,003,048)(61,168,004 - 61,169,099)
sequence
gaattctttcttcacgtttctatgtctttcaaggttatatgagattatat
cttctatattcagaaaactttgatgattctacatcccaaacctttagccc
aacttccaccaactgactgagtaatgctggataagaggttataagggttt
ttttgtttgtttgttttatttttagaaatacaattgaagttggattcaat
agactcatgtatttgtcataaccactgatgagttgaagtctccagaggaa
atatttaaggacttactatgcaaactctttcattgacataagctgttttc
aatattctcctaccatagcctgcagatgaccaatcaggcatctcccacaa
atactacacaaggaaaaccatcagtctatagatcagaattggacgccaac
tctatttgtaaataagagctcacatagtaccaagagctcctttacctctc
actgggaagtggatatcctcatctatcaaaatggtcattgatgaggagaa
aacatgagataataatgctgagaacgagaaagataagaacatatatttta
ttccaagagcatcaagtgttggctatcagagagacacggtacttgttatt
agagggcttaccatttacaggagtacacagagtttcaacaattatacatc
aatatgtagatgatctttctaataccaacagaatgtcatttagcatctga
tccttctgggcactctgcaaacggttttaaatacattaaccagctcagtt
ctacagtgaacctctgagatgcacagagtaaagtattgtcactacatttt
atagatcagagagctgaagcacacatatgaacttatccagaattcctcag
cttgtaagtagacaactcaagatttgacctcaggctcctttgctggggct
ctcaccccattattctaacagtgacatagtaataatttaggacttttata
aagaaatctgttagagaatggttagtgtaggtttgaggtattagaagttc
tatctaaagaggcaagattatgtcagttaagggtgagagtcaataagaaa
aggatagacagtaaggacaataacttgatttagtagacacagtgcaaggt
cgaggttaaagtgagagttcaatagaaaagga

gaattccagtgtttggagctagcttcctgtcaggtctcatcagctcagct
cagtttttctctagtaactcagatccaaacagaacataagaaaacaaaac
ctcaatatagtacttcagcaagtgcttcttcatttctatttctctcttca
ctgtactatcggtgctttgaagtttctttcaggaatagttctagtcagtg
atgtgggctatttttagttaaaactcttgcgttcccacacagcatgggaa
gtacacaggttcagaggctggcctgacaagcatgtagaagaaggggacca
tggtgcccagaggagagtatcagcccactgggatattttctaatggcaat
ttgatcatatgcaaattacaaatatataatacctagttaggcaaagaggc
agcctgtgtaagaaacagagattctatcatacaaagagtaatcaggagaa
ttctgttgaaggctttgagaagaattatagattaccttttgtggctggcc
ttggaggttgtaggagaagttatggggctggtctttgaataatgatagat
ttgccatttcacaattaaaattcatcggtgtcttcaattacattgtctta
tttacaatatacttttatcattatatattagttagttcagtatttattaa
aatgttttaaaagctgccttaatcccttgtttgacttgtgaccctcagtt
atatgccaagccaacatcattccaatttcattttactgctaactttactg
cttttctcgtttagatcttaaagtcaaggttttacaggttcctactacat
aaccctagctgacctagaactcgatacatagaaagccttgaatgtaggcc
aacttcccatctctgcctctcaagtgctaacattacagacatctgccaag
acacctagccttactctcagttataacattaccctctaataatacttact
cctgttaataactttacacttgaatatcctgacattctctcactcactca
aatttgtaaattttattgtcaccacaaatcaatagattctgactcttgtg
ggtcataaggaagcttagatttgagtgaagcagaagtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_61001993_61003048
seq2: B6Ng01-350M20.b_48_1179

seq1  GAATTCTTTCTTCACGTTTCTATGTCTTTCAAGGTTATATGAGATTATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTCACGTTTCTATGTCTTTCAAGGTTATATGAGATTATAT  50

seq1  CTTCTATATTCAGAAAACTTTGATGATTCTACATCCCAAACCTTTAGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATATTCAGAAAACTTTGATGATTCTACATCCCAAACCTTTAGCCC  100

seq1  AACTTCCACCAACTGACTGAGTAATGCTGGATAAGAGGTTATAAGGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCACCAACTGACTGAGTAATGCTGGATAAGAGGTTATAAGGGTTT  150

seq1  TTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTTAGAAATACAATTGAAGTTGGATTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTTAGAAATACAATTGAAGTTGGATTCAAT  200

seq1  AGACTCATGTATTTGTCATAACCACTGATGAGTTGAAGTCTCCAGAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATGTATTTGTCATAACCACTGATGAGTTGAAGTCTCCAGAGGAA  250

seq1  ATATTTAAGGACTTACTATGCAAACTCTTTCATTGACATAAGCTGTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAGGACTTACTATGCAAACTCTTTCATTGACATAAGCTGTTTTC  300

seq1  AATATTCTCCTACCATAGCCTGCAGATGACCAATCAGGCATCTCCCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTCCTACCATAGCCTGCAGATGACCAATCAGGCATCTCCCACAA  350

seq1  ATACTACACAAGGAAAACCATCAGTCTATAGATCAGAATTGGACGCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACACAAGGAAAACCATCAGTCTATAGATCAGAATTGGACGCCAAC  400

seq1  TCTATTTGTAAATAAGAGCTCACATAGTACCAAGAGCTCCTTTACCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGTAAATAAGAGCTCACATAGTACCAAGAGCTCCTTTACCTCTC  450

seq1  ACTGGGAAGTGGATATCCTCATCTATCAAAATGGTCATTGATGAGGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAAGTGGATATCCTCATCTATCAAAATGGTCATTGATGAGGAGAA  500

seq1  AACATGAGATAATAATGCTGAGAACGAGAAAGATAAGAACATATATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAGATAATAATGCTGAGAACGAGAAAGATAAGAACATATATTTTA  550

seq1  TTCCAAGAGCATCAAGTGTTGGCTATCAGAGAGACACGGTACTTGTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGAGCATCAAGTGTTGGCTATCAGAGAGACACGGTACTTGTTATT  600

seq1  AGAGGGCTTACCATTTACAGGAGTACACAGAGTTTCAACAATTATACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCTTACCATTTACAGGAGTACACAGAGTTTCAACAATTATACATC  650

seq1  AATATGTAGATGATCTTTCTAATACCAACAGAATGTCATTTAGCATCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAGATGATCTTTCTAATACCAACAGAATGTCATTTAGCATCTGA  700

seq1  TCCTTCTGGGCACTCTGCAAACGGTTTTAAATACATTAACCAGCTCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGGGCACTCTGCAAACGGTTTTAAATACATTAACCAGCTCAGTT  750

seq1  CTACAGTGAACCTCTGAGATGCACAGAGTAAAGTATTGTCACTACATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTGAACCTCTGAGATGCACAGAGTAAAGTATTGTCACTACATTTT  800

seq1  ATAGATCAGAGAGCTGAAGCACACATATGAACTTATCCAGAATTCCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCAGAGAGCTGAAGCACACATATGAACTTATCCAGAATTCCTCAG  850

seq1  CTTGTAAGTAGACAACTCAAGATTTGACCTCAGGCTCCTTTGCTGGGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAGTAGACAACTCAAGATTTGACCTCAGGCTCCTTTGCTGGGGCT  900

seq1  CTCACCCCATTATTCTAACAGTGACATAGTAATAATTTAGGAC-TTTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCACCCCATTATTCTAACAGTGACATAGTAATAATTTAGGACTTTTATA  950

seq1  AAGAAATCTGTTAGAGAATGG-TAGTGTA-GTTTGAGGTATTAGAAGTCC  997
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AAGAAATCTGTTAGAGAATGGTTAGTGTAGGTTTGAGGTATTAGAAGTTC  1000

seq1  TATCTAAAGAGGCAAGATTTAAGGTCAAGTTTAAAGGGTGAGAGTCCAAT  1047
      |||||||||||||||||||  | ||| ||||  ||||||||||||| |  
seq2  TATCTAAAGAGGCAAGATT--ATGTC-AGTT--AAGGGTGAGAGTCAATA  1045

seq1  AGAAAAGGA-----------------------------------------  1056
      |||||||||                                         
seq2  AGAAAAGGATAGACAGTAAGGACAATAACTTGATTTAGTAGACACAGTGC  1095

seq1  -------------------------------------  1056
                                           
seq2  AAGGTCGAGGTTAAAGTGAGAGTTCAATAGAAAAGGA  1132


seq1: chr15_61168004_61169099
seq2: B6Ng01-350M20.g_67_1156 (reverse)

seq1  AGCAC-TCTGCTTTCACTCAAATCTAGGTTTCTTTAATGACCCACAAGAT  49
      ||||| ||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||||||||| 
seq2  AGCACTTCTGC-TTCACTCAAATCTAAGCTTCCTT-ATGACCCACAAGA-  47

seq1  GTCAGAATCCTATTGATTTGT-GTGACCAATAAAATTTACAAATTTGAGT  98
      |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAT-CTATTGATTTGTGGTGA-CAATAAAATTTACAAATTTGAGT  95

seq1  GAAGTTGGAGAGAATGTCAGGAATATTCAAGTGTAAAGTTA-TAACAGGA  147
      | |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  G-AGT--GAGAGAATGTCAGG-ATATTCAAGTGTAAAGTTATTAACAGGA  141

seq1  GTAAGTATTATTAGAGGGTAATGTTATAACTGAGAGTAAGGCTAGGTGTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTATTATTAGAGGGTAATGTTATAACTGAGAGTAAGGCTAGGTGTC  191

seq1  TTGGCAGATGTCTGTAATGTTAGCACTTGAGAGGCAGAGATGGGAAGTTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGATGTCTGTAATGTTAGCACTTGAGAGGCAGAGATGGGAAGTTG  241

seq1  GCCTACATTCAAGGCTTTCTATGTATCGAGTTCTAGGTCAGCTAGGGTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATTCAAGGCTTTCTATGTATCGAGTTCTAGGTCAGCTAGGGTTA  291

seq1  TGTAGTAGGAACCTGTAAAACCTTGACTTTAAGATCTAAACGAGAAAAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTAGGAACCTGTAAAACCTTGACTTTAAGATCTAAACGAGAAAAGC  341

seq1  AGTAAAGTTAGCAGTAAAATGAAATTGGAATGATGTTGGCTTGGCATATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGTTAGCAGTAAAATGAAATTGGAATGATGTTGGCTTGGCATATA  391

seq1  ACTGAGGGTCACAAGTCAAACAAGGGATTAAGGCAGCTTTTAAAACATTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGGTCACAAGTCAAACAAGGGATTAAGGCAGCTTTTAAAACATTT  441

seq1  TAATAAATACTGAACTAACTAATATATAATGATAAAAGTATATTGTAAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATACTGAACTAACTAATATATAATGATAAAAGTATATTGTAAAT  491

seq1  AAGACAATGTAATTGAAGACACCGATGAATTTTAATTGTGAAATGGCAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATGTAATTGAAGACACCGATGAATTTTAATTGTGAAATGGCAAA  541

seq1  TCTATCATTATTCAAAGACCAGCCCCATAACTTCTCCTACAACCTCCAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATTATTCAAAGACCAGCCCCATAACTTCTCCTACAACCTCCAAG  591

seq1  GCCAGCCACAAAAGGTAATCTATAATTCTTCTCAAAGCCTTCAACAGAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCACAAAAGGTAATCTATAATTCTTCTCAAAGCCTTCAACAGAAT  641

seq1  TCTCCTGATTACTCTTTGTATGATAGAATCTCTGTTTCTTACACAGGCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGATTACTCTTTGTATGATAGAATCTCTGTTTCTTACACAGGCTG  691

seq1  CCTCTTTGCCTAACTAGGTATTATATATTTGTAATTTGCATATGATCAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTGCCTAACTAGGTATTATATATTTGTAATTTGCATATGATCAAA  741

seq1  TTGCCATTAGAAAATATCCCAGTGGGCTGATACTCTCCTCTGGGCACCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTAGAAAATATCCCAGTGGGCTGATACTCTCCTCTGGGCACCAT  791

seq1  GGTCCCCTTCTTCTACATGCTTGTCAGGCCAGCCTCTGAACCTGTGTACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCTTCTTCTACATGCTTGTCAGGCCAGCCTCTGAACCTGTGTACT  841

seq1  TCCCATGCTGTGTGGGAACGCAAGAGTTTTAACTAAAAATAGCCCACATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGCTGTGTGGGAACGCAAGAGTTTTAACTAAAAATAGCCCACATC  891

seq1  ACTGACTAGAACTATTCCTGAAAGAAACTTCAAAGCACCGATAGTACAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTAGAACTATTCCTGAAAGAAACTTCAAAGCACCGATAGTACAGT  941

seq1  GAAGAGAGAAATAGAAATGAAGAAGCACTTGCTGAAGTACTATATTGAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGAAATAGAAATGAAGAAGCACTTGCTGAAGTACTATATTGAGG  991

seq1  TTTTGTTTTCTTATGTTCTGTTTGGATCTGAGTTACTAGAGAAAAACTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTCTTATGTTCTGTTTGGATCTGAGTTACTAGAGAAAAACTGA  1041

seq1  GCTGAGCTGATGAGACCTGACAGGAAGCTAGCTCCAAACACTGGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCTGATGAGACCTGACAGGAAGCTAGCTCCAAACACTGGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |