BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003B24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 16,551,756 - 16,555,487
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgd4
Upstream geneUbe2v2, LOC665682, Mcm4, Prkdc, 2410018G20Rik, Cebpd, 2310008H04Rik, LOC100043266, LOC224010, D16Ertd727e, Pkp2, EG433003, Yars2, Dnm1l, LOC665743
Downstream geneOlfr19, 4933404G15Rik, Spag6, EG665562, EG436405, Vpreb1, Top3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1, Ypel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29, Crkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003B24.bB6Ng01-003B24.g
ACCDH840933DH840934
length1,167808
definitionDH840933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003B24, 5' end.DH840934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,554,308 - 16,555,487)(16,551,756 - 16,552,559)
sequence
gaattctaaattattaataatggttttacagaaatttatgataaatataa
aagcttataggcaaattaaaattgggtaataaagataagcctctttaatt
agtgattataagaggctattttgtgttttcactagagatatatagtaata
agaaccttaataaactccctaataattgtgctatttttattttcttttca
gtcacatggacattctatttttagtttttgaagaaccttcatactgattt
ccacagttgttaacttaacaatcctactaacactgtgtaaggcccatctc
tctctcttgaaggcatctgccatttattttcttaaagatagtcattctga
atgaaatatttttttccaatttttattagatattttctttatttacattt
caaacactatcctgaaagtcccctataccctccccctgccctgcttccct
acccacccactcctacttcttggccctggcgttcacctgtactggggcat
ataaagtttgcaagaccaaggggcctctcttcccaatgatatctgactag
gcaatcttctgctacatatgctgtactatttttaaagtagggtgatttgt
taaaaaaacaaaacaaaactatcattaccatttgtagtctgataaaaatt
gcaccaggtgactatggaactaaatggcttgtgaagtgcttcactatcct
aatactgtgttagcaaaattcagcttactctgcagagattatttttaaga
tgcttagttaagtgatagaggaggatcccatgatataagccacataactt
ttgtggaagcatgcacaataatgcagaagtcttcagtgtgtggaattaag
cagcaggcagtgattcatatcttgaaggcagataatgcttgctggaaaaa
ctgtaggacactgagccatagtttatgtcctgcggtgtcttttttttctc
ctctgttgctatgaccaaagcatctgaagggacaggaggcttattttagc
tccattccagagagacatagtccaccatggagaggaggcatgacagcagg
agcatgcaccaacctgcagtcagcagcagagctgactagagggactcagc
ttgtgagcttcgagcctgtgttcctacattctccagcaagaagccgccag
ctgggggccatgtactc
gaattcagagaagagaaggcaaaaattaaaaaaaagtggtagtttaggag
tatgcttaaggagtttaatttaatggcaatattaaacatgttacaacaac
aaaacccaagatcttatagccatttttgtcctcaacattcatactgcctc
agtatcttctaactgaattatgcatgacacagcagctaattcattagagt
cagactttccatgagtgtatgtggatattagctttatgctatgaattcag
acaaaccgctgcttcctgccttcacctacagtcaacaattttaaatggta
atgagtgtgagatgtagaggtgtaagggtctgagaatcactgaaggaaga
ccccagactcaaatagcatataaagacaaagagtgtttattctgcagaaa
caaccagcatgtgagagtcaaccattcatgaaaatggcaactacagtgga
gctcacaggcccttttttatgctgggctgtgagaatgttctagaagcaat
aggtaatttttatgtgattttaggggccaaagtggtgatattagtacaat
cttgattggctactatgttagttcttctatatttagagagtgggtaaggt
aatctaaaattttcattggtgagtgctggggaggtcacatgggtttggct
tctgattggcttgtgccaggtggtcagtggtctgcatttcctatgtcacg
aacagttaatcacaggataagataaggctgtccagtacaggtggcccgtc
ctgagataaggtattttcccattctgtggttattctccaggctgttcttt
ggggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_16554308_16555487
seq2: B6Ng01-003B24.b_43_1209 (reverse)

seq1  GAGTACATGGCCCCCAGCTGGCGGCTCTCTTTGCTGGAGGATGTAGG-AC  49
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||
seq2  GAGTACATGGCCCCCAGCTGGCGGCT-TC-TTGCTGGAGAATGTAGGAAC  48

seq1  ACAGGCTCTGAAGCTTCACAGCTTGAGTCCCCTTCCTAGTTCAGCTCTGC  99
      |||||||| ||||| |||||   ||||||||    |||| ||||||||||
seq2  ACAGGCTC-GAAGC-TCACAAGCTGAGTCCC---TCTAG-TCAGCTCTGC  92

seq1  TGCCTGACTGCCAGGTTGGTTGCATGCTCCTGCTGTCATGCCTTCCTCTC  149
      || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TG-CTGACTG-CAGGTTGG-TGCATGCTCCTGCTGTCATGCC-TCCTCTC  138

seq1  CATGGTGGACTATGTCTCTCTGGAATGGAGCTAAAATAAGCCTCTTGTCC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGGTGGACTATGTCTCTCTGGAATGGAGCTAAAATAAGCCTCCTGTCC  188

seq1  CTTCAGATGCTTTGGTCATAGCAACAGGAGAG-AAAAAAAGACAACCGCA  248
      |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||
seq2  CTTCAGATGCTTTGGTCATAGCAACAGAGGAGAAAAAAAAGAC-ACCGCA  237

seq1  GGACATAAAAACTATGGCTCAGTGTCCTACAGTTTTTCCAGCAAGCATTA  298
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAT--AAACTATGGCTCAGTGTCCTACAGTTTTTCCAGCAAGCATTA  285

seq1  TCTGCCTTCAAGATATGAATCACTGCCTGCTGCTTAATTCCACACACTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTCAAGATATGAATCACTGCCTGCTGCTTAATTCCACACACTGA  335

seq1  AGACTTCTGCATTATTGTGCATGCTTCCACAAAAGTTATGTGGCTTATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCTGCATTATTGTGCATGCTTCCACAAAAGTTATGTGGCTTATAT  385

seq1  CATGGGATCCTCCTCTATCACTTAACTAAGCATCTTAAAAATAATCTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGATCCTCCTCTATCACTTAACTAAGCATCTTAAAAATAATCTCTG  435

seq1  CAGAGTAAGCTGAATTTTGCTAACACAGTATTAGGATAGTGAAGCACTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAAGCTGAATTTTGCTAACACAGTATTAGGATAGTGAAGCACTTC  485

seq1  ACAAGCCATTTAGTTCCATAGTCACCTGGTGCAATTTTTATCAGACTACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCATTTAGTTCCATAGTCACCTGGTGCAATTTTTATCAGACTACA  535

seq1  AATGGTAATGATAGTTTTGTTTTGTTTTTTTAACAAATCACCCTACTTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTAATGATAGTTTTGTTTTGTTTTTTTAACAAATCACCCTACTTTA  585

seq1  AAAATAGTACAGCATATGTAGCAGAAGATTGCCTAGTCAGATATCATTGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTACAGCATATGTAGCAGAAGATTGCCTAGTCAGATATCATTGG  635

seq1  GAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGTGA  685

seq1  ACGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTAGGGAAGCAGGGCAGGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTAGGGAAGCAGGGCAGGGG  735

seq1  GAGGGTATAGGGGACTTTCAGGATAGTGTTTGAAATGTAAATAAAGAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTATAGGGGACTTTCAGGATAGTGTTTGAAATGTAAATAAAGAAAA  785

seq1  TATCTAATAAAAATTGGAAAAAAATATTTCATTCAGAATGACTATCTTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAATAAAAATTGGAAAAAAATATTTCATTCAGAATGACTATCTTTA  835

seq1  AGAAAATAAATGGCAGATGCCTTCAAGAGAGAGAGATGGGCCTTACACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAAATGGCAGATGCCTTCAAGAGAGAGAGATGGGCCTTACACAG  885

seq1  TGTTAGTAGGATTGTTAAGTTAACAACTGTGGAAATCAGTATGAAGGTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTAGGATTGTTAAGTTAACAACTGTGGAAATCAGTATGAAGGTTC  935

seq1  TTCAAAAACTAAAAATAGAATGTCCATGTGACTGAAAAGAAAATAAAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAACTAAAAATAGAATGTCCATGTGACTGAAAAGAAAATAAAAAT  985

seq1  AGCACAATTATTAGGGAGTTTATTAAGGTTCTTATTACTATATATCTCTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAATTATTAGGGAGTTTATTAAGGTTCTTATTACTATATATCTCTA  1035

seq1  GTGAAAACACAAAATAGCCTCTTATAATCACTAATTAAAGAGGCTTATCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAACACAAAATAGCCTCTTATAATCACTAATTAAAGAGGCTTATCT  1085

seq1  TTATTACCCAATTTTAATTTGCCTATAAGCTTTTATATTTATCATAAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACCCAATTTTAATTTGCCTATAAGCTTTTATATTTATCATAAATT  1135

seq1  TCTGTAAAACCATTATTAATAATTTAGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAACCATTATTAATAATTTAGAATTC  1167

seq1: chr16_16551756_16552559
seq2: B6Ng01-003B24.g_66_873

seq1  GAATTCAGAGAAGAGAAGGCAAAAATTAAAAAAAAGTGGTAGTTTAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAAGAGAAGGCAAAAATTAAAAAAAAGTGGTAGTTTAGGAG  50

seq1  TATGCTTAAGGAGTTTAATTTAATGGCAATATTAAACATGTTACAACAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTAAGGAGTTTAATTTAATGGCAATATTAAACATGTTACAACAAC  100

seq1  AAAACCCAAGATCTTATAGCCATTTTTGTCCTCAACATTCATACTGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAAGATCTTATAGCCATTTTTGTCCTCAACATTCATACTGCCTC  150

seq1  AGTATCTTCTAACTGAATTATGCATGACACAGCAGCTAATTCATTAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTCTAACTGAATTATGCATGACACAGCAGCTAATTCATTAGAGT  200

seq1  CAGACTTTCCATGAGTGTATGTGGATATTAGCTTTATGCTATGAATTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTCCATGAGTGTATGTGGATATTAGCTTTATGCTATGAATTCAG  250

seq1  ACAAACCGCTGCTTCCTGCCTTCACCTACAGTCAACAATTTTAAATGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCGCTGCTTCCTGCCTTCACCTACAGTCAACAATTTTAAATGGTA  300

seq1  ATGAGTGTGAGATGTAGAGGTGTAAGGGTCTGAGAATCACTGAAGGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTGAGATGTAGAGGTGTAAGGGTCTGAGAATCACTGAAGGAAGA  350

seq1  CCCCAGACTCAAATAGCATATAAAGACAAAGAGTGTTTATTCTGCAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACTCAAATAGCATATAAAGACAAAGAGTGTTTATTCTGCAGAAA  400

seq1  CAACCAGCATGTGAGAGTCAACCATTCATGAAAATGGCAACTACAGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGCATGTGAGAGTCAACCATTCATGAAAATGGCAACTACAGTGGA  450

seq1  GCTCACAGGCCCTTTTTTATGCTGGGCTGTGAGAATGTTCTAGAAGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGGCCCTTTTTTATGCTGGGCTGTGAGAATGTTCTAGAAGCAAT  500

seq1  AGGTAATTTTTATGTGATTTTAGGGGCCAAAGTGGTGATATTAGTACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATTTTTATGTGATTTTAGGGGCCAAAGTGGTGATATTAGTACAAT  550

seq1  CTTGATTGGCTACTATGTTAGTTCTTCTATATTTAGAGAGTGGGTAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTGGCTACTATGTTAGTTCTTCTATATTTAGAGAGTGGGTAAGGT  600

seq1  AATCTAAAA-TTTCATTGGTGAGTGCTGGGGAGGTCACATGGG-TTGGCT  648
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATCTAAAATTTTCATTGGTGAGTGCTGGGGAGGTCACATGGGTTTGGCT  650

seq1  TCTGATTGGCTTGTGCCAGGTGGTCAGTGGTCTGCA-TTCCTATGTCACG  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGATTGGCTTGTGCCAGGTGGTCAGTGGTCTGCATTTCCTATGTCACG  700

seq1  AACAGTTAATCACAGGATAAGATAAGGCTGTCCAGTACAGGTGGCCCGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTAATCACAGGATAAGATAAGGCTGTCCAGTACAGGTGGCCCGTC  750

seq1  CTGAGATAAGGTATTTTCCCATTCTTGTGGTTA-TCTCCAGGCTGTTCTT  796
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGAGATAAGGTATTTTCCCATTC-TGTGGTTATTCTCCAGGCTGTTCTT  799

seq1  T-GGGAGGG  804
      | |||||||
seq2  TGGGGAGGG  808