BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004B04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 52,854,408 - 52,951,469
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043430, LOC667895
Upstream geneCblb, Alcam
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004B04.bB6Ng01-004B04.g
ACCDH841584DH841585
length4551,003
definitionDH841584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004B04, 5' end.DH841585|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,854,408 - 52,854,868)(52,950,455 - 52,951,469)
sequence
ttttcaacattgatactttgccatcaatgatagaccacattgggttcata
ttttcctagtctttttgtaactcatcaccccatacataataatatttcaa
acagtctttatgtcacctagccttttttcagatgcaacaatatctggagc
attaattcattttgatgccattggcttttaatggtgtatttatttagttt
atcatacccaattatcatgcaacacatagtcaatatagattattaaagaa
acaatgcacgtttatattcttttattgaatctgtagtatattttaggttg
gtgaacaggtagagttgttttatgcactctctgtgtgtatgtgtatatat
gtgtgttttgtgtgtatgtgtgtatatgtgtgtttgtgtatgtatgtgtg
tttgtgtgtatatgttggtatgtgtgtgtatgtgtgcttatgtgtattta
tgtgt
ggaaattctttactgaagagtaactttgtgaacagatgatagtgagtagt
aacataaaaagttgagattgaccctgaattgatagcatgaaataaaatag
gaaccccagtctcataaacacacaaaaaggaacacgtctctaatgagtag
tagatctggaagagacctgcaagattcctgagatcagtgaatccctggtt
gatacttcaattttagactgagagctaaacagaaaaacaaaacaaaagaa
aacaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaacaacatttgatcagtaatagcct
cctgacccatcaaagtagtgagataataattctgtctcacattaacttgc
taaattactacaaaacacatctggtctatgctcccacttttatatacaga
ttttatttgtatgtgttacaacttttttcatgtgggtgggtgatccatca
ttgaattatgatgcaaagtaagtcttgtctgctttgctcatttaaatatc
tgaatgctgtaagggtgtagagaagggccagcatccctgaatgactgcct
ggtatgttgtgcttttagcttatttaaatgcagagatgttgggttagaag
agctttagttattcattttagaaaaaaatgtgtttgcaaattaagtgtta
gagctctttacaggaagcattaaagtatttcatgttcacaaatggcacac
tcctgttacttgatactgaatatcttccggctttctacagccataaactg
tttgggtaattgagctctgaagacactgtcaaataggagaaaaattagag
agtattcaaaggttaagaatagggatgtgaaacaaatttaaaataccaca
tataggacttgtcaattaggataacaaattcagttataatatactgcaca
catctgaagtgtataaataacaaatgtagcagcatggagactatttcact
tcaattccagatagatcatgtgtcatagcatatgcatgacacactctcag
ata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_52854408_52854868
seq2: B6Ng01-004B04.b_46_506

seq1  GAATTCTTTTCAACATTGATACTTTGCCATCAATGATAGACCACATTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCAACATTGATACTTTGCCATCAATGATAGACCACATTGGG  50

seq1  TTCATATTTTCCTAGTCTTTTTGTAACTCATCACCCCATACATAATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTTTCCTAGTCTTTTTGTAACTCATCACCCCATACATAATAATA  100

seq1  TTTCAAACAGTCTTTATGTCACCTAGCCTTTTTTCAGATGCAACAATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACAGTCTTTATGTCACCTAGCCTTTTTTCAGATGCAACAATATC  150

seq1  TGGAGCATTAATTCATTTTGATGCCATTGGCTTTTAATGGTGTATTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCATTAATTCATTTTGATGCCATTGGCTTTTAATGGTGTATTTATT  200

seq1  TAGTTTATCATACCCAATTATCATGCAACACATAGTCAATATAGATTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTATCATACCCAATTATCATGCAACACATAGTCAATATAGATTATT  250

seq1  AAAGAAACAATGCACGTTTATATTCTTTTATTGAATCTGTAGTATATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACAATGCACGTTTATATTCTTTTATTGAATCTGTAGTATATTTT  300

seq1  AGGTTGGTGAACAGGTAGAGTTGTTTTATGCACTCTCTGTGTGTATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGTGAACAGGTAGAGTTGTTTTATGCACTCTCTGTGTGTATGTGT  350

seq1  ATATATGTGTGTTTTGTGTGTATGTGTGTATATGTGTGTTTGTGTATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGTGTTTTGTGTGTATGTGTGTATATGTGTGTTTGTGTATGTA  400

seq1  TGTGTGTTTGTGTGTATATGTTTGTATGTGTGTGTATGTGTGCTTATGTG  450
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGTGTGTATATGTTGGTATGTGTGTGTATGTGTGCTTATGTG  450

seq1  TATATATGTGT  461
      ||| |||||||
seq2  TATTTATGTGT  461

seq1: chr16_52950455_52951469
seq2: B6Ng01-004B04.g_78_1077 (reverse)

seq1  CTGAGGAGTGTGTCATGCCTTAATGCTTAATGACACAATGATCTATTCTG  50
      |||| ||||||||||||| |  |||||  ||||||| |||||||| ||||
seq2  CTGA-GAGTGTGTCATGCAT--ATGCT--ATGACAC-ATGATCTA-TCTG  43

seq1  GAATTGAAGTGAAATAGTCTTCCCAATTGCTTGCTACATTTGTTATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||||||| |
seq2  GAATTGAAGTGAAATAGTCT--CCA--TGC-TGCTACATTTGTTATTT-A  87

seq1  TACACTTCAGATGTGTGCAGTATATTATTAACTGAATTTGTTATCCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTCAGATGTGTGCAGTATATTA-TAACTGAATTTGTTATCCTAAT  136

seq1  TGACAAGTCCTATATGTGGTATTTTTAAATTTGTTTCACATCCCTATTCT  200
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGTCCTATATGTGGTA-TTTTAAATTTGTTTCACATCCCTATTCT  185

seq1  TAACCTTTGAATACTCTCTAATTTTTCTCCTATTTGACAGTGTCTTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTTGAATACTCTCTAATTTTTCTCCTATTTGACAGTGTCTTCAGA  235

seq1  GCTCAATTACCCAAACAGTTTATGGCTGTAGAAAGCCGGAAGATATTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATTACCCAAACAGTTTATGGCTGTAGAAAGCCGGAAGATATTCAG  285

seq1  TATCAAGTAACAGGAGTGTGCCATTTGTGAACATGAAATACTTTAATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTAACAGGAGTGTGCCATTTGTGAACATGAAATACTTTAATGCT  335

seq1  TCCTGTAAAGAGCTCTAACACTTAATTTGCAAACACATTTTTTTCTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAAGAGCTCTAACACTTAATTTGCAAACACATTTTTTTCTAAAA  385

seq1  TGAATAACTAAAGCTCTTCTAACCCAACATCTCTGCATTTAAATAAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACTAAAGCTCTTCTAACCCAACATCTCTGCATTTAAATAAGCTA  435

seq1  AAAGCACAACATACCAGGCAGTCATTCAGGGATGCTGGCCCTTCTCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACAACATACCAGGCAGTCATTCAGGGATGCTGGCCCTTCTCTACA  485

seq1  CCCTTACAGCATTCAGATATTTAAATGAGCAAAGCAGACAAGACTTACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACAGCATTCAGATATTTAAATGAGCAAAGCAGACAAGACTTACTT  535

seq1  TGCATCATAATTCAATGATGGATCACCCACCCACATGAAAAAAGTTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCATAATTCAATGATGGATCACCCACCCACATGAAAAAAGTTGTAA  585

seq1  CACATACAAATAAAATCTGTATATAAAAGTGGGAGCATAGACCAGATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAAATAAAATCTGTATATAAAAGTGGGAGCATAGACCAGATGTG  635

seq1  TTTTGTAGTAATTTAGCAAGTTAATGTGAGACAGAATTATTATCTCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGTAATTTAGCAAGTTAATGTGAGACAGAATTATTATCTCACTA  685

seq1  CTTTGATGGGTCAGGAGGCTATTACTGATCAAATGTTGTTTTTTTTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGGGTCAGGAGGCTATTACTGATCAAATGTTGTTTTTTTTTGTT  735

seq1  TTGTTTTGTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGTTTTTCTGTTTAGCTCTCAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGTTTTTCTGTTTAGCTCTCAGTC  785

seq1  TAAAATTGAAGTATCAACCAGGGATTCACTGATCTCAGGAATCTTGCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGAAGTATCAACCAGGGATTCACTGATCTCAGGAATCTTGCAGG  835

seq1  TCTCTTCCAGATCTACTACTCATTAGAGACGTGTTCCTTTTTGTGTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCAGATCTACTACTCATTAGAGACGTGTTCCTTTTTGTGTGTTT  885

seq1  ATGAGACTGGGGTTCCTATTTTATTTCATGCTATCAATTCAGGGTCAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACTGGGGTTCCTATTTTATTTCATGCTATCAATTCAGGGTCAATC  935

seq1  TCAACTTTTTATGTTACTACTCACTATCATCTGTTCACAAAGTTACTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTTTTATGTTACTACTCACTATCATCTGTTCACAAAGTTACTCTT  985

seq1  CAGTAAAGAATTTCC  1015
      |||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGAATTTCC  1000