BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006C17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 82,867,682 - 83,012,526
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePgk1-ps1, EG665260
Downstream geneEG545172, LOC100039572
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006C17.bB6Ng01-006C17.g
ACCDH843104DH843105
length9541,032
definitionDH843104|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006C17, 5' end.DH843105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,867,682 - 82,868,636)(83,011,515 - 83,012,526)
sequence
gaattctttgtttagctctgtaccccatttttacgagggttatttggttt
tctggagtctaacttcttgagttctttatatatattggatattagccgcc
taatggatttaggcttggtaaatatcttctcccaatctgttggttgccct
tttgtcttattgacggtgtcttttgccttacggaagctttgtaattttat
gaggtcctatttgtcgatttatcctgagcttatccctgtcccacaggaaa
taaacacaggacacgccaggttcttccgtggttaactttacttcaataac
atagtgaggtagacagaaggctcagaaagtgtgtggcttaaatacttttt
ggtgatgtgtctaaactaggactggtagcaacactcacgattctcatgca
acctagggataggctaaacaccccaggggttgggctagtgccctggggga
tggaccagtgccccgaaaatgggctggtaacttttggtgggtttttgctt
ttagcacatgcgcatatagcttgttctttgtttaggtggcataaggcaca
gcggagccagcgccatcttaagatggtaaatgttattgcggctctccaca
tcaattcttttcttagagcacaaaccattggtgctatgttcaggaatttt
tcccctgtgcccaaatcttctaggctctttcccactttctcctctatccc
tcacaccagtcagaatggccaagatcaaaaactcaggtgacagcagatgc
tagcaaggatatggagaaagaggaacactcctccattgctggtgggattg
caagatggtacaaccactctggaaaagagtttggcagtttctcatcaagt
tgaacatagtattactagaagatccagcaataccctgaattcatgaaatt
cttagacaatgtatggatttggaggatatcattctaagtgaggcaaccca
atca
gaattccacagtcgttataccagcttgtaatcccaccaaaaatggaagag
tgttcctctttctccacatcctcaccagcatctgctgtcacctgagtttt
tgatcttagccattctgagtgatgtgaggtagaatctcagggttgttttg
atttgcatttccctgatgactacggctattgaacatttcattaaggatgt
gtggtctttgttgtaataaaattgcccagactatttgatgtgagaaaatg
tggaggatttttaatgtataaaagtaagttaatggcctattctggaggaa
gtttggaaaataattcgaaaaaaaaatgtgaacacagtgggcttgatttg
gggatatcccattgaaaacctgtttcatgataaataagtgggctgtgtta
ttgtcttccatgaatctgattctattgcttctctgtggtaaagacctcac
tgagtcttcatagaaaattagaagagactaactgtaaggccggtggatag
catttgtactgagtatgttttgttatttttcctccgttttatctgggaaa
tcatacagaggacactatagacttagctcaaaatgcccagctccacatct
tcctggcagtagaactggctgtttcattcacatgtaagatgtaagagtgt
tgcagttctggatacttacaaaaactccagagatctactgagggaatgaa
catctaaagggtcaaattcactgctaagaggccctaaaaatgtcactttt
ttaaaccgtggaggagaagaggaataagttggaattgagaaatcagtaag
ctagtgggtatgccttggataacccaatatggaatggggacttggtcaaa
gatagataccaagttcagttagttaatagcatagctcaaaaggtaacact
aactaaaaatatgggatcacagatgattgcatcattgaagcagatctgaa
caggaagcttcaaatgtggtattagtcagtatgtttcagttatatctgac
tttatggaggatcaaatgtctaactatatcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_82867682_82868636
seq2: B6Ng01-006C17.b_44_997

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTACGAGGGTTATTTGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTACGAGGGTTATTTGGTTT  50

seq1  TCTGGAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCGCC  100

seq1  TAATGGATTTAGGCTTGGTAAATATCTTCTCCCAATCTGTTGGTTGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATTTAGGCTTGGTAAATATCTTCTCCCAATCTGTTGGTTGCCCT  150

seq1  TTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACGGAAGCTTTGTAATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACGGAAGCTTTGTAATTTTAT  200

seq1  GAGGTCCTATTTGTCGATTTATCCTGAGCTTATCCCTGTCCCACAGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCTATTTGTCGATTTATCCTGAGCTTATCCCTGTCCCACAGGAAA  250

seq1  TAAACACAGGACACGCCAGGTTCTTCCGTGGTTAACTTTACTTCAATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAGGACACGCCAGGTTCTTCCGTGGTTAACTTTACTTCAATAAC  300

seq1  ATAGTGAGGTAGACAGAAGGCTCAGAAAGTGTGTGGCTTAAATACTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGGTAGACAGAAGGCTCAGAAAGTGTGTGGCTTAAATACTTTTT  350

seq1  GGTGATGTGTCTAAACTAGGACTGGTAGCAACACTCACGATTCTCATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGTGTCTAAACTAGGACTGGTAGCAACACTCACGATTCTCATGCA  400

seq1  ACCTAGGGATAGGCTAAACACCCCAGGGGTTGGGCTAGTGCCCTGGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGGATAGGCTAAACACCCCAGGGGTTGGGCTAGTGCCCTGGGGGA  450

seq1  TGGACCAGTGCCCCGAAAATGGGCTGGTAACTTTTGGTGGGTTTTTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAGTGCCCCGAAAATGGGCTGGTAACTTTTGGTGGGTTTTTGCTT  500

seq1  TTAGCACATGCGCATATAGCTTGTTCTTTGTTTAGGTGGCATAAGGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACATGCGCATATAGCTTGTTCTTTGTTTAGGTGGCATAAGGCACA  550

seq1  GCGGAGCCAGCGCCATCTTAAGATGGTAAATGTTATTGCGGCTCTCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGCCAGCGCCATCTTAAGATGGTAAATGTTATTGCGGCTCTCCACA  600

seq1  TCAATTCTTTTCTTAGAGCACAAACCATTGGTGCTATGTTCAGGAATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTTTTCTTAGAGCACAAACCATTGGTGCTATGTTCAGGAATTTT  650

seq1  TCCCCTGTGCCCAAATCTTCTAGGCTCTTTCCCACTTTCTCCTCTATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGTGCCCAAATCTTCTAGGCTCTTTCCCACTTTCTCCTCTATCCC  700

seq1  TCACACCAGTCAGAATGGCCAAGATCAAAAACTCAGGTGACAGCAGATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACCAGTCAGAATGGCCAAGATCAAAAACTCAGGTGACAGCAGATGC  750

seq1  TAGCAAGGATATGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTGGGATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGGATATGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTGGGATTG  800

seq1  CAAGATGGTACAACCACTCTGGAAAAGAGTTTGGCAGTTTCTCATCAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGTACAACCACTCTGGAAAAGAGTTTGGCAGTTTCTCATCAAGT  850

seq1  TGAACATAGTATTACTAGAAGATCCAGCAATACCCTGAATTCATGAAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATAGTATTACTAGAAGATCCAGCAATACCCTGAATTCATGAAATT  900

seq1  CTTAGACAAATGTATGGATTTGGAGGATATCATTCTAAGTGAGGCAACCC  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAC-AATGTATGGATTTGGAGGATATCATTCTAAGTGAGGCAACCC  949

seq1  AATCA  955
      |||||
seq2  AATCA  954

seq1: chr16_83011515_83012526
seq2: B6Ng01-006C17.g_93_1095 (reverse)

seq1  ATGATATAGTATAGACATTTGGATTCCTCATATAAGTCAGATAATAACTG  50
      |||||||||| ||||||||| ||| |  |||| ||||||||| |||||||
seq2  ATGATATAGT-TAGACATTT-GATCCTCCATA-AAGTCAGAT-ATAACTG  46

seq1  AAACATAACTGACTAAATACCACATTTTGAAGCTTCCTGTTCAGAATCTG  100
      |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| 
seq2  AAACAT-ACTGACT-AATACCACA-TTTGAAGCTTCCTGTTCAG-ATCT-  91

seq1  GCTTCAATGATGCAATCATCTGTGATCCCATATTTTTAGTTAGTGTTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATGATGCAATCATCTGTGATCCCATATTTTTAGTTAGTGTTACC  141

seq1  TTTTGAGCTATGCTATTAACTAACTGAACTTGGTATCTATCTTTGACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCTATGCTATTAACTAACTGAACTTGGTATCTATCTTTGACCAA  191

seq1  GTCCCCATTCCATATTGGGTTATCCAAGGCATACCCACTAGCTTACTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCATTCCATATTGGGTTATCCAAGGCATACCCACTAGCTTACTGAT  241

seq1  TTCTCAATTCCAACTTATTCCTCTTCTCCTCCACGGTTTAAAAAAGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAATTCCAACTTATTCCTCTTCTCCTCCACGGTTTAAAAAAGTGAC  291

seq1  ATTTTTAGGGCCTCTTAGCAGTGAATTTGACCCTTTAGATGTTCATTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAGGGCCTCTTAGCAGTGAATTTGACCCTTTAGATGTTCATTCCC  341

seq1  TCAGTAGATCTCTGGAGTTTTTGTAAGTATCCAGAACTGCAACACTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGATCTCTGGAGTTTTTGTAAGTATCCAGAACTGCAACACTCTTA  391

seq1  CATCTTACATGTGAATGAAACAGCCAGTTCTACTGCCAGGAAGATGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACATGTGAATGAAACAGCCAGTTCTACTGCCAGGAAGATGTGGA  441

seq1  GCTGGGCATTTTGAGCTAAGTCTATAGTGTCCTCTGTATGATTTCCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCATTTTGAGCTAAGTCTATAGTGTCCTCTGTATGATTTCCCAGA  491

seq1  TAAAACGGAGGAAAAATAACAAAACATACTCAGTACAAATGCTATCCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACGGAGGAAAAATAACAAAACATACTCAGTACAAATGCTATCCACC  541

seq1  GGCCTTACAGTTAGTCTCTTCTAATTTTCTATGAAGACTCAGTGAGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTACAGTTAGTCTCTTCTAATTTTCTATGAAGACTCAGTGAGGTCT  591

seq1  TTACCACAGAGAAGCAATAGAATCAGATTCATGGAAGACAATAACACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACAGAGAAGCAATAGAATCAGATTCATGGAAGACAATAACACAGC  641

seq1  CCACTTATTTATCATGAAACAGGTTTTCAATGGGATATCCCCAAATCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTATTTATCATGAAACAGGTTTTCAATGGGATATCCCCAAATCAAG  691

seq1  CCCACTGTGTTCACATTTTTTTTTCGAATTATTTTCCAAACTTCCTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTGTTCACATTTTTTTTTCGAATTATTTTCCAAACTTCCTCCAG  741

seq1  AATAGGCCATTAACTTACTTTTATACATTAAAAATCCTCCACATTTTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCCATTAACTTACTTTTATACATTAAAAATCCTCCACATTTTCTC  791

seq1  ACATCAAATAGTCTGGGCAATTTTATTACAACAAAGACCACACATCCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAATAGTCTGGGCAATTTTATTACAACAAAGACCACACATCCTTA  841

seq1  ATGAAATGTTCAATAGCCGTAGTCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTTCAATAGCCGTAGTCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAAC  891

seq1  CCTGAGATTCTACCTCACATCACTCAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGATTCTACCTCACATCACTCAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAG  941

seq1  GTGACAGCAGATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCTTCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCAGATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCTTCCAT  991

seq1  TTTTGGTGGGAT  1012
      ||||||||||||
seq2  TTTTGGTGGGAT  1003