BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009G20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 56,979,759 - 57,126,935
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668036, 2310005G13Rik, Tomm70a
Upstream geneZbtb11, Pcnp, Rg9mtd1, Senp7, Impg2, LOC672835, Abi3bp, Tfg, Gpr128, Tmem45a, LOC668026
Downstream geneNit2, Tbc1d23, Tmem30c, 2610528E23Rik, 4631422O05Rik, Col8a1, LOC435480, LOC629342, LOC100043477
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009G20.bB6Ng01-009G20.g
ACCDH845372DH845373
length1,1281,114
definitionDH845372|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009G20, 5' end.DH845373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,979,759 - 56,980,893)(57,125,821 - 57,126,935)
sequence
gaattcatattccccttactgattacaaatccccaaaggatcctccaact
gtatcagatacacccgtgccttgctgcccaagggtccctcaaatgcccac
tttaataggattttctaacccttgggagcacttccagcatgcactaggta
taaaattcactggagatgacctgatattgtcatctaacctcacacttggc
atgtgacagtttacatgatacttccaatactactccctatgttaacatgt
atcccattagattctggtatgactgcattatgatcaattggaatttttgt
ggcctctctgtttgaacttataccccctaactctcctaaaaggtgcccat
ctctttaataggatgtattgccatataaatctgtcagcgaaaatgtagac
ttgggtgacacatgtaaatgtgaccattggcacccaggttgactagaaag
ctaccccagtctgtgtctgacctccctttttctttctggtcacaagtacc
tccattgtcagagacagccttaacttcttcaacaacaacaacaacaaaaa
tgtgtcttgactacctgctagatggggtattcaacaaaggctatcctgat
gagggaaccaacagccactggatgcctatggtaaatatcactcctcttat
atgccatcactctgatggcccagacttatttacatcccctacacagggga
agtgggggttttgttattacagctgccatcatctcagccatcattgtagg
cattgctggggcaacaacagctgctcttgccttgacccagaaagccacta
tggtggagactgtcaatgctgtagtctctgggtcagctgaggtgctatag
gcacaggaagtactaaattaacatctttatcagccacctacattttacaa
cagattgacttaatggcagaagaactggcccttgttagggatatgtctct
attggcatgcaacataatggtacattatgccatgaagtcgacaacatatc
ttgaaggtaactgatcaacaaatttctactattctgtgctgttaagtgaa
tacatagcaaactcaattgcaacccaggtatctggtgctttctagatgcc
tgatcttgggggaaattgtggggataat
gaattcttacagcagaaccataaagatcattaaatgggaaaaggcagaag
agactgggaagaatattaacagtcagtgatattaaaaagtaaataaaatc
aagaaaatgtgtcttagtaaaagaaaaaattatgaaaagggcactataaa
atattactaaagattagaaagtattatatataatataatcagtaatcctt
gatactttcttttaatgactagagctaggcctgacaacatatgtttttaa
tcccagtacttgggaagcagaagcagacagctctgagtctgaggccagtc
agggctacacagtgagacactgccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aagagggtgaagggtcgtggtagagacagctcagtggctaagagcataca
ctaactgctcttgtaacgaacctgagatctgtcccagcacccatgttggg
ctgctcacaaacgcctctaacgcaagctccaggagaatctgatgcccctg
gtcttgaggggcattttcacccagatgcacacaaccatgcttatcatcac
actcacttaaataaaaccaaagcactaaaggaaaactctgggaaagagga
caattgcattttgaggaagatgatcacagcaaacaaccccaacccttcta
ctaacatgtctaaatactatttattctctcatagatctgtggttcccaac
agatatattgggatatcaaatactgtgtatttttgaataaagtgtacatc
atactttatatgcatgctcatatgctgaagtcatcttgacatgataatgc
ctaatacatggtagatgttagttttcttaactgttttagagtaattaaaa
caggagtggtgtatgtgtagtacagattcaaggtccactttcagatcctt
tttagacctaatcacaatatgtcaacagcagttaagttttgttgttgttt
tcctccttgaatatttccactctacattactgtattatgtgggaataata
tctgtatatgcttaaacctttgaatattaaaacattctactttcttctta
ttgaatcatgattttaaagatgatggatataaagttactatgagggggga
tgagaaatggctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_56979759_56980893
seq2: B6Ng01-009G20.b_48_1175

seq1  GAATTCATATTCCCCTTACTGATTACAAATCCCCAAAGGATCCTCCAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCCCCTTACTGATTACAAATCCCCAAAGGATCCTCCAACT  50

seq1  GTATCAGATACACCCGTGCCTTGCTGCCCAAGGGTCCCTCAAATGCCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGATACACCCGTGCCTTGCTGCCCAAGGGTCCCTCAAATGCCCAC  100

seq1  TTTAATAGGATTTTCTAACCCTTGGGAGCACTTCCAGCATGCACTAGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGGATTTTCTAACCCTTGGGAGCACTTCCAGCATGCACTAGGTA  150

seq1  TAAAATTCACTGGAGATGACCTGATATTGTCATCTAACCTCACACTTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCACTGGAGATGACCTGATATTGTCATCTAACCTCACACTTGGC  200

seq1  ATGTGACAGTTTACATGATACTTCCAATACTACTCCCTATGTTAACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACAGTTTACATGATACTTCCAATACTACTCCCTATGTTAACATGT  250

seq1  ATCCCATTAGATTCTGGTATGACTGCATTATGATCAATTGGAATTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTAGATTCTGGTATGACTGCATTATGATCAATTGGAATTTTTGT  300

seq1  GGCCTCTCTGTTTGAACTTATACCCCCTAACTCTCCTAAAAGGTGCCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTCTGTTTGAACTTATACCCCCTAACTCTCCTAAAAGGTGCCCAT  350

seq1  CTCTTTAATAGGATGTATTGCCATATAAATCTGTCAGCGAAAATGTAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAATAGGATGTATTGCCATATAAATCTGTCAGCGAAAATGTAGAC  400

seq1  TTGGGTGACACATGTAAATGTGACCATTGGCACCCAGGTTGACTAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGACACATGTAAATGTGACCATTGGCACCCAGGTTGACTAGAAAG  450

seq1  CTACCCCAGTCTGTGTCTGACCTCCCTTTTTCTTTCTGGTCACAAGTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCAGTCTGTGTCTGACCTCCCTTTTTCTTTCTGGTCACAAGTACC  500

seq1  TCCATTGTCAGAGACAGCCTTAACTTCTTCAACAACAACAACAACAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTCAGAGACAGCCTTAACTTCTTCAACAACAACAACAACAAAAA  550

seq1  TGTGTCTTGACTACCTGCTAGATGGGGTATTCAACAAAGGCTATCCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTGACTACCTGCTAGATGGGGTATTCAACAAAGGCTATCCTGAT  600

seq1  GAGGGAACCAACAGCCACTGGATGCCTATGGTAAATATCACTCCTCTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAACCAACAGCCACTGGATGCCTATGGTAAATATCACTCCTCTTAT  650

seq1  ATGCCATCACTCTGATGGCCCAGACTTATTTACATCCCCTACACAGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCACTCTGATGGCCCAGACTTATTTACATCCCCTACACAGGGGA  700

seq1  AGTGGGGGTTTTGTTATTACAGCTGCCATCATCTCAGCCATCATTGTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGTTTTGTTATTACAGCTGCCATCATCTCAGCCATCATTGTAGG  750

seq1  CATTGCTGGGGCAACAACAGCTGCTCTTGCCTTGACCCAGAAAGCCACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGGGGCAACAACAGCTGCTCTTGCCTTGACCCAGAAAGCCACTA  800

seq1  TGGTGGAGACTGTCAATGCTGTAGTCTCTGGGTCAGCTGAGGTGCTATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGACTGTCAATGCTGTAGTCTCTGGGTCAGCTGAGGTGCTATAG  850

seq1  GCACAGGAAGTACTAAATTAACATCTTTATCAAGCCACCTACATTTTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGAAGTACTAAATTAACATCTTTATC-AGCCACCTACATTTTACA  899

seq1  ACAGATTGACTTAATGGCAGAAGAACTGGCCCTTGTTAGGGATATGTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTGACTTAATGGCAGAAGAACTGGCCCTTGTTAGGGATATGTCTC  949

seq1  TATTGGCATGCAACATAATGGTACATAATGCCAATGAAGTCCGACAACAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||
seq2  TATTGGCATGCAACATAATGGTACATTATGCC-ATGAAGT-CGACAACAT  997

seq1  ATCTTGAAGGTAACTGATCAGACAAATTTCTTAACTATTCTGTGCTGTTA  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAGGTAACTGATCA-ACAAATTTCT--ACTATTCTGTGCTGTTA  1044

seq1  AGTGAATACATAGCCAACCTCAA-TGCAACCAAGGTATCT-GTGCTTTTC  1098
      ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||  
seq2  AGTGAATACATAG-CAAACTCAATTGCAACCCAGGTATCTGGTGCTTT--  1091

seq1  CTAGATG-CTGAATTCTTGGGGGAAATTGT-GGGATAAT  1135
      ||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGATGCCTGA--TCTTGGGGGAAATTGTGGGGATAAT  1128

seq1: chr16_57125821_57126935
seq2: B6Ng01-009G20.g_67_1180 (reverse)

seq1  TGAGCCATCTCTCCATCCCCCTCATAGTAACTTTTTATTCCATCATGCTT  50
      |||||||| ||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||
seq2  TGAGCCATTTCTCATCCCCCCTCATAGTAACTTTATA-TCCATCAT-CTT  48

seq1  TAAAATCAATGATTC-ATAAGGAGAAAGTAG-ATGTTGTAATATTCAAGG  98
      ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |
seq2  TAAAATC-ATGATTCAATAAGAAGAAAGTAGAATGTTTTAATATTCAAAG  97

seq1  TTTTTAGCCATTATACAGATATTATT-CCACATAATACAGTATTGTAGAG  147
       ||| |||   ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTAAGC--ATATACAGATATTATTCCCACATAATACAGTAATGTAGAG  145

seq1  TGGAAATATTCAAGGGAGAAAAACAACAACAAAAACTTAACTGCTGTTGA  197
      ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATATTCAA-GGAGGAAAACAACAAC-AAAACTTAACTGCTGTTGA  193

seq1  CATATTGTGATTAGGTCTAAAATGGATCTG-AAGTGGACCTTGAATCTGT  246
      |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATATTGTGATTAGGTCTAAAAAGGATCTGAAAGTGGACCTTGAATCTGT  243

seq1  ACTACACATACA-CACTCCTGTTTTAATTACTCTAAAACAGTTAAG-AAA  294
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTACACATACACCACTCCTGTTTTAATTACTCTAAAACAGTTAAGAAAA  293

seq1  CTAACATCTACCATGTATTAGGCATTATCATGTCAAGATGACTTCAGCAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATCTACCATGTATTAGGCATTATCATGTCAAGATGACTTCAGCAT  343

seq1  ATGAGCATGCATATAAAGTATGATGTACACTTTATTCAAAAATACACAGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATGCATATAAAGTATGATGTACACTTTATTCAAAAATACACAGT  393

seq1  ATTTGATATCCCAATATATCTGTTGGGAACCACAGATCTATGAGAGAATA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATATCCCAATATATCTGTTGGGAACCACAGATCTATGAGAGAATA  443

seq1  AATAGTATTTAGACATGTTAGTAGAAGGGTTGGGGTTGTTTGCTGTGATC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTATTTAGACATGTTAGTAGAAGGGTTGGGGTTGTTTGCTGTGATC  493

seq1  ATCTTCCTCAAAATGCAATTGTCCTCTTTCCCAGAGTTTTCCTTTAGTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTCAAAATGCAATTGTCCTCTTTCCCAGAGTTTTCCTTTAGTGC  543

seq1  TTTGGTTTTATTTAAGTGAGTGTGATGATAAGCATGGTTGTGTGCATCTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTTATTTAAGTGAGTGTGATGATAAGCATGGTTGTGTGCATCTG  593

seq1  GGTGAAAATGCCCCTCAAGACCAGGGGCATCAGATTCTCCTGGAGCTTGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAATGCCCCTCAAGACCAGGGGCATCAGATTCTCCTGGAGCTTGC  643

seq1  GTTAGAGGCGTTTGTGAGCAGCCCAACATGGGTGCTGGGACAGATCTCAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGGCGTTTGTGAGCAGCCCAACATGGGTGCTGGGACAGATCTCAG  693

seq1  GTTCGTTACAAGAGCAGTTAGTGTATGCTCTTAGCCACTGAGCTGTCTCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTTACAAGAGCAGTTAGTGTATGCTCTTAGCCACTGAGCTGTCTCT  743

seq1  ACCACGACCCTTCACCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGACCCTTCACCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGC  793

seq1  AGTGTCTCACTGTGTAGCCCTGACTGGCCTCAGACTCAGAGCTGTCTGCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCACTGTGTAGCCCTGACTGGCCTCAGACTCAGAGCTGTCTGCT  843

seq1  TCTGCTTCCCAAGTACTGGGATTAAAAACATATGTTGTCAGGCCTAGCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCCAAGTACTGGGATTAAAAACATATGTTGTCAGGCCTAGCTC  893

seq1  TAGTCATTAAAAGAAAGTATCAAGGATTACTGATTATATTATATATAATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATTAAAAGAAAGTATCAAGGATTACTGATTATATTATATATAATA  943

seq1  CTTTCTAATCTTTAGTAATATTTTATAGTGCCCTTTTCATAATTTTTTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAATCTTTAGTAATATTTTATAGTGCCCTTTTCATAATTTTTTCT  993

seq1  TTTACTAAGACACATTTTCTTGATTTTATTTACTTTTTAATATCACTGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAAGACACATTTTCTTGATTTTATTTACTTTTTAATATCACTGAC  1043

seq1  TGTTAATATTCTTCCCAGTCTCTTCTGCCTTTTCCCATTTAATGATCTTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATATTCTTCCCAGTCTCTTCTGCCTTTTCCCATTTAATGATCTTT  1093

seq1  ATGGTTCTGCTGTAAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCTGCTGTAAGAATTC  1114