BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011F05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,450,871 - 6,552,911
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011F05.bB6Ng01-011F05.g
ACCDH846741DH846742
length992741
definitionDH846741|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011F05, 5' end.DH846742|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,551,920 - 6,552,911)(6,450,871 - 6,451,606)
sequence
gaattcttttcctaacagacagcctagggacatctaaagagcatcagatt
agctgcctggttacatccaagctccaaattatttcctggaggggaaaatg
ttgagaaaatagagtgtatagcaacagcaagatctgaatgcatgatcagc
ttctctttctgcttagagcagggtgttctgcatgcaagttagagtctcac
tgtaaaccactttcttttctaaacagcttcctctcagaaccatgtaccct
gaagtactttttatattaacatgagaagcctctgtacagggctggggatg
atctctttctacactaacatggagctaggctttaaaacttcacccagcca
ggtaggatttcacccacatagatcatatgaacagtaagactgagaccaat
caggtgggtctgaacccaggatagaatggggcaaggttccaagatcccag
gatcctttatagacttacacttccatagagcttggatgaggtcccccagt
tggaagtaccaggctttccagcaagctgtagccaaggaatcctctgcttc
tattatccaaagtcgaatgatctaactttggactcagttactgaaaggaa
atgtttcatgccctgttagaacaccttgaaactatacagtatggaaccta
cacaatatggaaatacagtttgagtaaatctatgcatgtgtgagatctct
tacggatatcactctataccatgactaagaaacaattctgtacaacacta
tcagttaacatgctaaggagaacgagggaaatctagcaaggacccattcc
ttgaatagctacaggcatttaatggcttctgagagaagaatcagtgttct
caagaaaagatcaccctaataagttattcagtatccagtcccaagtaagt
aatcagtattaaacacatgcacatatgagcatcactaaattaatgacatc
agctatgtgtatgtgtgtatatataagtgtgtgtgtatgcat

gaattccatttctctcctttctttgtattgttcatttcctactgtgcttt
ctggtcatttgtatattttattttgcactcctttttatccccacccctct
atcaaccttctctcctctctacccagcatttccttcttctctcccgcaga
ctcccagtccctctttcctctcttgctctccctccccttgccctttctca
ggctcctttgctttcgagggtctctatgcagctgaggatgaccttgaagt
tcttatcttgcctctgcttccctacatatggcgttacagacatgcactac
tacagactgctttatgtattactgagaacagagaccaggactccatgcat
actactcatgcactgggccatatgagcttggccccagcttcattaacata
ttttatgtacagaaatgaacatttgggctctttgtttccaattccattgt
tcgttttggtgtttaggtatatatacatatatatatatgtatatatatat
gttaaatgtattatcaaacacttgacttgcaaatatatgaccttatctgg
gggtgttttgatagagtcttttgagtgcacaatcttatttatatgtgata
aagtctttatacgtctgtatttgacatttttttcctgtggctggggttcc
aaattgcttataaacacaacagcaaactacattttgaacaagtgatagag
cccacccttaaggatggtgcttgtttctttggtttagaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6551920_6552911
seq2: B6Ng01-011F05.b_48_1039 (reverse)

seq1  ATACATACACACACACTTATATATACACACATACACATAGCTGATGTCAT  50
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATACACACACACTTATATATACACACATACACATAGCTGATGTCAT  50

seq1  TAATTTAGTGATGCTCATATGTGCATGTGTTTAATACTGATTACTTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAGTGATGCTCATATGTGCATGTGTTTAATACTGATTACTTACTT  100

seq1  GGGACTGGATACTGAATAACTTATTAGGGTGATCTTTTCTTGAGAACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGGATACTGAATAACTTATTAGGGTGATCTTTTCTTGAGAACACT  150

seq1  GATTCTTCTCTCAGAAGCCATTAAATGCCTGTAGCTATTCAAGGAATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCTCTCAGAAGCCATTAAATGCCTGTAGCTATTCAAGGAATGGG  200

seq1  TCCTTGCTAGATTTCCCTCGTTCTCCTTAGCATGTTAACTGATAGTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTAGATTTCCCTCGTTCTCCTTAGCATGTTAACTGATAGTGTTG  250

seq1  TACAGAATTGTTTCTTAGTCATGGTATAGAGTGATATCCGTAAGAGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATTGTTTCTTAGTCATGGTATAGAGTGATATCCGTAAGAGATCT  300

seq1  CACACATGCATAGATTTACTCAAACTGTATTTCCATATTGTGTAGGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCATAGATTTACTCAAACTGTATTTCCATATTGTGTAGGTTCC  350

seq1  ATACTGTATAGTTTCAAGGTGTTCTAACAGGGCATGAAACATTTCCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTATAGTTTCAAGGTGTTCTAACAGGGCATGAAACATTTCCTTTC  400

seq1  AGTAACTGAGTCCAAAGTTAGATCATTCGACTTTGGATAATAGAAGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGAGTCCAAAGTTAGATCATTCGACTTTGGATAATAGAAGCAGA  450

seq1  GGATTCCTTGGCTACAGCTTGCTGGAAAGCCTGGTACTTCCAACTGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCTTGGCTACAGCTTGCTGGAAAGCCTGGTACTTCCAACTGGGGG  500

seq1  ACCTCATCCAAGCTCTATGGAAGTGTAAGTCTATAAAGGATCCTGGGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATCCAAGCTCTATGGAAGTGTAAGTCTATAAAGGATCCTGGGATC  550

seq1  TTGGAACCTTGCCCCATTCTATCCTGGGTTCAGACCCACCTGATTGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACCTTGCCCCATTCTATCCTGGGTTCAGACCCACCTGATTGGTCT  600

seq1  CAGTCTTACTGTTCATATGATCTATGTGGGTGAAATCCTACCTGGCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTACTGTTCATATGATCTATGTGGGTGAAATCCTACCTGGCTGGG  650

seq1  TGAAGTTTTAAAGCCTAGCTCCATGTTAGTGTAGAAAGAGATCATCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTTAAAGCCTAGCTCCATGTTAGTGTAGAAAGAGATCATCCCCA  700

seq1  GCCCTGTACAGAGGCTTCTCATGTTAATATAAAAAGTACTTCAGGGTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTACAGAGGCTTCTCATGTTAATATAAAAAGTACTTCAGGGTACA  750

seq1  TGGTTCTGAGAGGAAGCTGTTTAGAAAAGAAAGTGGTTTACAGTGAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTGAGAGGAAGCTGTTTAGAAAAGAAAGTGGTTTACAGTGAGACT  800

seq1  CTAACTTGCATGCAGAACACCCTGCTCTAAGCAGAAAGAGAAGCTGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTGCATGCAGAACACCCTGCTCTAAGCAGAAAGAGAAGCTGATCA  850

seq1  TGCATTCAGATCTTGCTGTTGCTATACACTCTATTTTCTCAACATTTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCAGATCTTGCTGTTGCTATACACTCTATTTTCTCAACATTTTCC  900

seq1  CCTCCAGGAAATAATTTGGAGCTTGGATGTAACCAGGCAGCTAATCTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGAAATAATTTGGAGCTTGGATGTAACCAGGCAGCTAATCTGAT  950

seq1  GCTCTTTAGATGTCCCTAGGCTGTCTGTTAGGAAAAGAATTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTAGATGTCCCTAGGCTGTCTGTTAGGAAAAGAATTC  992


seq1: chr16_6450871_6451606
seq2: B6Ng01-011F05.g_68_808

seq1  GAATTCCATTTCTCTCCTTTCTTTGTATTGTTCATTTCCTACTGTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTCTCTCCTTTCTTTGTATTGTTCATTTCCTACTGTGCTTT  50

seq1  CTGGTCATTTGTATATTTTATTTTGCACTCCTTTTTATCCCCACCCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCATTTGTATATTTTATTTTGCACTCCTTTTTATCCCCACCCCTCT  100

seq1  ATCAACCTTCTCTCCTCTCTACCCAGCATTTCCTTCTTCTCTCCCGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCTTCTCTCCTCTCTACCCAGCATTTCCTTCTTCTCTCCCGCAGA  150

seq1  CTCCCAGTCCCTCTTTCCTCTCTTGCTCTCCCTCCCCTTGCCCTTTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTCCCTCTTTCCTCTCTTGCTCTCCCTCCCCTTGCCCTTTCTCA  200

seq1  GGCTCCTTTGCTTTCGAGGGTCTCTATGCAGCTGAGGATGACCTTGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTTGCTTTCGAGGGTCTCTATGCAGCTGAGGATGACCTTGAAGT  250

seq1  TCTTATCTTGCCTCTGCTTCCCTACATATGGCGTTACAGACATGCACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCTTGCCTCTGCTTCCCTACATATGGCGTTACAGACATGCACTAC  300

seq1  TACAGACTGCTTTATGTATTACTGAGAACAGAGACCAGGACTCCATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTGCTTTATGTATTACTGAGAACAGAGACCAGGACTCCATGCAT  350

seq1  ACTACTCATGCACTGGGCCATATGAGCTTGGCCCCAGCTTCATTAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCATGCACTGGGCCATATGAGCTTGGCCCCAGCTTCATTAACATA  400

seq1  TTTTATGTACAGAAATGAACATTTGGGCTCTTTGTTTCCAATTCCATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTACAGAAATGAACATTTGGGCTCTTTGTTTCCAATTCCATTGT  450

seq1  TCGTTTTGGTGTTTAGGTATATATACATATATATATATGTATATATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTGGTGTTTAGGTATATATACATATATATATATGTATATATATAT  500

seq1  GTTAAATGTATTATCAAACACTTGACTTGCAAATATATGACCTTATCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATGTATTATCAAACACTTGACTTGCAAATATATGACCTTATCTGG  550

seq1  GGGTGTTTTGATAGAGTC-TTTGAGTGCACAATCTTATTTATATGTGATA  599
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTTTGATAGAGTCTTTTGAGTGCACAATCTTATTTATATGTGATA  600

seq1  AAGTC-TTATACGTCTGTATTTGACATTTTTTTCCTGTGGCTGTGGTTCC  648
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGTCTTTATACGTCTGTATTTGACATTTTTTTCCTGTGGCTGGGGTTCC  650

seq1  AAATTGCTTATAAACACAACAGCAAACTACA-TTTGAACAAGTGATAGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTTATAAACACAACAGCAAACTACATTTTGAACAAGTGATAGAG  700

seq1  CCCACCCTT-AGGATGGTGCTTGTTTCTCTGG-TTAGAAGG  736
      ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  CCCACCCTTAAGGATGGTGCTTGTTTCTTTGGTTTAGAAGG  741


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |