BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020B12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,448,220 - 96,471,615
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSh3bgr
Upstream geneKcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik
Downstream geneB3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4, Dscam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020B12.bB6Ng01-020B12.g
ACCDH852991DH852992
length938866
definitionDH852991|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020B12, 5' end.DH852992|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020B12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,448,220 - 96,449,194)(96,470,753 - 96,471,615)
sequence
gaattctacttagttttgtttgttttcttgagacagggttcctctgtgta
gccctggctgtcctggaactcactctatagactaggctggtcttgaactt
cagagatcctcctgcctctgcctcccgagtgctgggattaatgacaagca
ctaccaccactaccacctggccacagacctctactttaaggtcaactgtc
tgtcagattttggtaacagctccactgctaaggaatgaactgggactcat
ttttgagaattttataaaattccatcagaagaactggggaaaatgcaaaa
gtgataaatttaccatcaaactaggagtaaagcaaattgccacagggcca
cagggccacagggccacagggccacagggtcacagggtcacagggctaca
gggccacagggccacagggtcacagggtcacagggtcacagggccacaga
gccacagggccacagggtcacagggtcacagggctacagggccacagggc
cacagggccacagaaccacagggctacagagccacagagccacagaacca
cagggccaagagccacagggccacagaaccacagggccacaggcagcttc
ccaaatactgcagatccatcactactcacaacacttgtagagttccttga
aaattatgcagttctgagatgacgaccatgaaatcctgagtgtgaaatgg
caccgtggagagagaagccctagtgtgtggttgtgtccagggtcaacccc
agagtaaaatgaaagcaatgtggcactgggcagagcattggtgtgttccc
gaggttctaggttggaccagccagtagtatcgtcagagtctgacactgac
gtgaggcgactcaggcagcacgcaatcacctgactctctacttctcacgt
gcgcatgcagatagcaggtccagtctggacactcagct
acaatagaagccagccaggtgtgggtcctcctgtcgcagcatgtggtgca
tgtgcagcttcacacgggcctcacgtagactaggtgagaaccgtgcgtgc
agctcagtgtgctgtcaccacttactgaaggtggtgacatggcaaagccc
tccacagccatctggtgagagttaaacagatgccaagagaacacacagtc
acagcagatgggcctcaaccaccggttgcttattatgcaaggtcggtgcc
atctgcaacacagagggttccatgatctgccaaggaacccacagtaataa
ggacactatcattcttgtacctccctagcctgctctgagttgctttctca
gggcctagattaaaagacacatatcacacacacatacaaaggcacacata
cacatgtacgtgcacacatgcacacattcataaatatgtacacatgtgca
catgcacaacacatatacaggcacacatatactcacacatgtactcatat
acacacactcaaaaacatgtacatatatatgcacacacatgcacaaatat
acagacacacaacacatacacacaggcacacatatacccacacatgcaca
cacacatgcacacatcctcacaaacatgtacacatgcacacatcacatac
atgcacacaccacacaccacacactacacacacacacacacacacacata
cacacacacacacacacagtgacaaacaaattgtgctggtgattttaaaa
ttaccccaggaagactgggactggggactgaggagcggacagtggggccc
ctgcctcccacaccatttggtcctgggggtgttagggtgagagttaatat
tgaatgccaacttggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96448220_96449194
seq2: B6Ng01-020B12.b_44_981

seq1  GAATTCTACTTAGTTTTGTTTGTTTTCTTGAGACAGGGTTCCTCTGTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTAGTTTTGTTTGTTTTCTTGAGACAGGGTTCCTCTGTGTA  50

seq1  GCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTATAGACTAGGCTGGTCTTGAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTATAGACTAGGCTGGTCTTGAACTT  100

seq1  CAGAGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAATGACAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAATGACAAGCA  150

seq1  CTACCACCACTACCACCTGGCCACAGACCTCTACTTTAAGGTCAACTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACCACTACCACCTGGCCACAGACCTCTACTTTAAGGTCAACTGTC  200

seq1  TGTCAGATTTTGGTAACAGCTCCACTGCTAAGGAATGAACTGGGACTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATTTTGGTAACAGCTCCACTGCTAAGGAATGAACTGGGACTCAT  250

seq1  TTTTGAGAATTTTATAAAATTCCATCAGAAGAACTGGGGAAAATGCAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGAATTTTATAAAATTCCATCAGAAGAACTGGGGAAAATGCAAAA  300

seq1  GTGATAAATTTACCATCAAACTAGGAGTAAAGCAAATTGCCACAGGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAATTTACCATCAAACTAGGAGTAAAGCAAATTGCCACAGGGCCA  350

seq1  CAGGGCCACAGGGCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCACAGGGCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCTACA  400

seq1  GGGCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCCACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCCACAGA  450

seq1  GCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCTACAGGGCCACAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGGCCACAGGGTCACAGGGTCACAGGGCTACAGGGCCACAGGGC  500

seq1  CACAGGGCCACAGAACCACAGGGCTACAGAGCCACAGAGCCACAGAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCCACAGAACCACAGGGCTACAGAGCCACAGAGCCACAGAACCA  550

seq1  CAGGGCCAAGAGCCACAGGGCCACAGAACCACAGGGCCACAGGCAGCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAAGAGCCACAGGGCCACAGAACCACAGGGCCACAGGCAGCTTC  600

seq1  CCAAATACTGCAGATCCATCACTACTCACAACACTTGTAGAGTTCCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACTGCAGATCCATCACTACTCACAACACTTGTAGAGTTCCTTGA  650

seq1  AAATTATGCAGTTCTGAGATGACGACCATGAAATCCTGAGTGTGAAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATGCAGTTCTGAGATGACGACCATGAAATCCTGAGTGTGAAATGG  700

seq1  CACCGTGGAGAGAGAAGCCTTAGTGTGTGGTTGTTGTCCAGGTTCAACCC  750
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  CACCGTGGAGAGAGAAGCCCTAGTGTGTGGTTG-TGTCCAGGGTCAACCC  749

seq1  CAGAGTTAAAATGAAAGCAATGTGGCACTGGGCAGAGCATTTGGTGTGTT  800
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGAG-TAAAATGAAAGCAATGTGGCACTGGGCAGAGCA-TTGGTGTGTT  797

seq1  TCCCCGAGGGTTCTAGGTTGGAACCCAGCCAGTAGTAATCTGTTTCAGAG  850
        ||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||    ||||||
seq2  --CCCGA-GGTTCTAGGTTGGA--CCAGCCAGTAGT-ATC---GTCAGAG  838

seq1  TCTGAACACCTGGACGTGAAGGCGGGACCCAGGCAGCACCGCAAATTTCA  900
      |||| ||||   |||||| ||||  ||| ||||||||| |||||   |||
seq2  TCTG-ACAC--TGACGTG-AGGC--GACTCAGGCAGCA-CGCAA---TCA  878

seq1  CCCTTGACTCCTCTTACTTTCTTCACGTGCGCCATGGCAGATAGCAGGGT  950
      ||  ||||| ||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||| |||
seq2  CC--TGACT-CTC-TACTT--CTCACGTGCG-CAT-GCAGATAGCA-GGT  919

seq1  CCAAGTCCCTGGGAACCACTCAGCT  975
      || |||  ||||    |||||||||
seq2  CC-AGT--CTGG---ACACTCAGCT  938

seq1: chr16_96470753_96471615
seq2: B6Ng01-020B12.g_62_927 (reverse)

seq1  GCCAAGTTGGCATTCAATATTAACTCTCACCCTAACACCCCCAGGACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTTGGCATTCAATATTAACTCTCACCCTAACACCCCCAGGACCAA  50

seq1  AT-GTGTGGGAGGCAGGGG-CCCACTGTCCGCTCCTCAGT-CCCAGTCCC  97
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGTGTGGGAGGCAGGGGCCCCACTGTCCGCTCCTCAGTCCCCAGTCCC  100

seq1  AGTCTTCCTGGGGGTAATTTTGAAATCA-CAGCACAATTTGTTTGTCACT  146
      ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCCT-GGGGTAATTTTAAAATCACCAGCACAATTTGTTTGTCACT  149

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGTG  196
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTGTGTG  199

seq1  GTGTGTGGTGTGTGCATGTATGTGATGTGTGCATGTGTACATGTTTGTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGTGTGTGCATGTATGTGATGTGTGCATGTGTACATGTTTGTGA  249

seq1  GGATGTGTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGGGTATATGTGTGCCTGTGTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGGGTATATGTGTGCCTGTGTGT  299

seq1  ATGTGTTGTGTGTCTGTATATTTGTGCATGTGTGTGCATATATATGTACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGTGTGTCTGTATATTTGTGCATGTGTGTGCATATATATGTACA  349

seq1  TGTTTTTGAGTGTGTGTATATGAGTACATGTGTGAGTATATGTGTGCCTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGAGTGTGTGTATATGAGTACATGTGTGAGTATATGTGTGCCTG  399

seq1  TATATGTGTTGTGCATGTGCACATGTGTACATATTTATGAATGTGTGCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTTGTGCATGTGCACATGTGTACATATTTATGAATGTGTGCAT  449

seq1  GTGTGCACGTACATGTGTATGTGTGCCTTTGTATGTGTGTGTGATATGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACGTACATGTGTATGTGTGCCTTTGTATGTGTGTGTGATATGTG  499

seq1  TCTTTTAATCTAGGCCCTGAGAAAGCAACTCAGAGCAGGCTAGGGAGGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAATCTAGGCCCTGAGAAAGCAACTCAGAGCAGGCTAGGGAGGTA  549

seq1  CAAGAATGATAGTGTCCTTATTACTGTGGGTTCCTTGGCAGATCATGGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATGATAGTGTCCTTATTACTGTGGGTTCCTTGGCAGATCATGGAA  599

seq1  CCCTCTGTGTTGCAGATGGCACCGACCTTGCATAATAAGCAACCGGTGGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGTGTTGCAGATGGCACCGACCTTGCATAATAAGCAACCGGTGGT  649

seq1  TGAGGCCCATCTGCTGTGACTGTGTGTTCTCTTGGCATCTGTTTAACTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCCATCTGCTGTGACTGTGTGTTCTCTTGGCATCTGTTTAACTCT  699

seq1  CACCAGATGGCTGTGGAGGGCTTTGCCATGTCACCACCTTCAGTAAGTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGATGGCTGTGGAGGGCTTTGCCATGTCACCACCTTCAGTAAGTGG  749

seq1  TGACAGCACACTGAGCTGCACGCACGGTTCTCACCTAGTCTACGTGAGGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCACACTGAGCTGCACGCACGGTTCTCACCTAGTCTACGTGAGGC  799

seq1  CCGTGTGAAGCTGCACATGCACCACATGCTGCGACAGGAGGACCCACACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGAAGCTGCACATGCACCACATGCTGCGACAGGAGGACCCACACC  849

seq1  TGGCTGGCTTCTATTGT  863
      |||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCTTCTATTGT  866