BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021F24
Chromosome16 (Build37)16 (Build37)
Map Location 94,402,674 - 94,403,69094,016,486 - 94,017,262
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneHlcs
Upstream geneSetd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14, Sim2
Downstream geneLOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6, LOC666201
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021F24.bB6Ng01-021F24.g
ACCDH853897DH853898
length1,019778
definitionDH853897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021F24, 5' end.DH853898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021F24, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,402,674 - 94,403,690)(94,016,486 - 94,017,262)
sequence
gaattcttacgcttttaaaaaactgttggttcttatttatatggcagtgc
tatgggaatgtacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
caaatacatatacagagagagacagacagagacagagacagacagagacc
tggcatacaggtccacaaaacatgagtggcaatgtcctgaccagtagaac
atggaactccagcatgccatatgcttgcttttgcatggttttcgtttttt
tgattggactttgaattaaatgttgtgtttattggtgcttaaagaataga
tgtcttgtttttttataattttattacagttatttagtatgtgtccatgt
gtgtccgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtatctttatatctgcattcaaatct
ttgtaccatgtctgctcagcacgcatgcctgcatccatgtgccatgtctg
ctcagcacacatgcctgcatccatgtgccatgtctgctcagcacacatgc
ctgcatctgtgtgccctgtcactgactgacaaaggggcaggtagagagat
aactgccatgtgttcttcttctttctcccaatgactgccctttcctgaga
cctgacagtgtgatatcagagcgggcccctagtccagggatgatcataca
tgcatgggcaagacctggctctggggtaatctctccacacctactgccca
cttcccaagctcatcctccaggcctctgctcctctgcgctcaccccgctg
aaagggaagggctctcaagtgccggtcatcagtcttcagagactctccaa
tatgcctgttccctctgcttgcctgtgaggacacccagtctagcctaggt
agtgtggcttttcatgtacacctaaagctcttattttaacattgtctttt
gggcatgagagacctgcagccttttggggctgtggcatctgaccatacct
cagtcttagggtttttctcaccattctttagggaacagcttgtagttagg
atccaaaagactcttctgt
gaattcaccggttggctactataagcctaggtgctccgacccagttggaa
ctatgaaacacccacagtctctgctgtagtggcttaaattctggtgtgta
cacaaacaataaaatcactttgagtaaataaaataaaataatgtgagtcc
atgaatgttctcccaaattaacccagcatcacagtttctgtggtatgaat
cttcccactgtatcagatttcaagccaccaaactcactaaacgtggaact
gggcagaggtgccaaaggcttcatcattgtatgggatggtccactccact
ctgacatccagttgtcacttttacagcagcaagtttaggagaaaagactc
atgtctgctccatgtcaggagttccagtccaccacggcagcctgaggagc
gcaggctgtggggcagctctgtcttcacatcctgaggaccgggaagcaga
aagtggagccagaacaggggttgcattatgagcctcaaaagcctgcctcg
gggctcatgaacaccaggcaggactcagctcaacggtatatagcctccca
aaaccgcaccactaactggagaccaagtgtacacacacagaccaagtgta
cacatagacacacacacactaagtgtacacacacagacacatgcacagaa
cacacacagagacatgcacagacagacaaatatacattggcacacagaga
tactcacagagacacagacacacatagtgcacagacacatagatacagac
caggtgtacacacagacacacaaaccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_94402674_94403690
seq2: B6Ng01-021F24.b_46_1056 (reverse)

seq1  GTCTTTTGGACTCCAAACTACAGGCTGTTCCCATAAAGAAATGGTGAGAA  50
      |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |
seq2  GTCTTTTGGA-TCCTAACTACAAGCTGTTCCC-TAAAG-AATGGTGAG-A  46

seq1  AAAACCCTAAGGACTGAAGTATGGTTCAGATGCCACAGCCCC-AAAGGCT  99
      |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAACCCTAA-GACTGAGGTATGG-TCAGATGCCACAGCCCCAAAAGGCT  94

seq1  GCAGGGTCTCTCATGCCC-AAAGACACTTGTTAGACTAAGAGCTTTAGGT  148
      ||| |||||||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||||||
seq2  GCA-GGTCTCTCATGCCCAAAAGACA-ATGTTAAAATAAGAGCTTTAGGT  142

seq1  GTACATGAAAAAGCCACACTACCTAGGCTAGACTGGGTGTCCTCACAGGG  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTACATG-AAAAGCCACACTACCTAGGCTAGACTGGGTGTCCTCACAGGC  191

seq1  CAGCAGAGGGAACAGGCATATTGGAGAGTCTCTGAAGACTGATGACCGGC  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGGGAACAGGCATATTGGAGAGTCTCTGAAGACTGATGACCGGC  241

seq1  ACCTGAGAGCCCTTCCC-TTCAGCGGGGTGAGCGCAGAGGAGCAGAGGCC  297
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAGCCCTTCCCTTTCAGCGGGGTGAGCGCAGAGGAGCAGAGGCC  291

seq1  TGGAGGATGAGCTTGGGAAGTGGGCAGTAGGTGTGGAGAGATTACCCCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGATGAGCTTGGGAAGTGGGCAGTAGGTGTGGAGAGATTACCCCAG  341

seq1  AGCCAGGTCTTGCCCATGCATGTATGATCATCCCTGGACTAGGGGCCCGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGTCTTGCCCATGCATGTATGATCATCCCTGGACTAGGGGCCCGC  391

seq1  TCTGATATCACACTGTCAGGTCTCAGGAAAGGGCAGTCATTGGGAGAAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATATCACACTGTCAGGTCTCAGGAAAGGGCAGTCATTGGGAGAAAG  441

seq1  AAGAAGAACACATGGCAGTTATCTCTCTACCTGCCCCTTTGTCAGTCAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAACACATGGCAGTTATCTCTCTACCTGCCCCTTTGTCAGTCAGT  491

seq1  GACAGGGCACACAGATGCAGGCATGTGTGCTGAGCAGACATGGCACATGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGCACACAGATGCAGGCATGTGTGCTGAGCAGACATGGCACATGG  541

seq1  ATGCAGGCATGTGTGCTGAGCAGACATGGCACATGGATGCAGGCATGCGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGCATGTGTGCTGAGCAGACATGGCACATGGATGCAGGCATGCGT  591

seq1  GCTGAGCAGACATGGTACAAAGATTTGAATGCAGATATAAAGATACACAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCAGACATGGTACAAAGATTTGAATGCAGATATAAAGATACACAC  641

seq1  ACACGCACACACACGGACACACATGGACACATACTAAATAACTGTAATAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGCACACACACGGACACACATGGACACATACTAAATAACTGTAATAA  691

seq1  AATTATAAAAAAACAAGACATCTATTCTTTAAGCACCAATAAACACAACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAAAAAAACAAGACATCTATTCTTTAAGCACCAATAAACACAACA  741

seq1  TTTAATTCAAAGTCCAATCAAAAAAACGAAAACCATGCAAAAGCAAGCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCAAAGTCCAATCAAAAAAACGAAAACCATGCAAAAGCAAGCAT  791

seq1  ATGGCATGCTGGAGTTCCATGTTCTACTGGTCAGGACATTGCCACTCATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATGCTGGAGTTCCATGTTCTACTGGTCAGGACATTGCCACTCATG  841

seq1  TTTTGTGGACCTGTATGCCAGGTCTCTGTCTGTCTCTGTCTCTGTCTGTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGACCTGTATGCCAGGTCTCTGTCTGTCTCTGTCTCTGTCTGTC  891

seq1  TCTCTCTGTATATGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTATATGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  941

seq1  TGTGTGTGTACATTCCCATAGCACTGCCATATAAATAAGAACCAACAGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACATTCCCATAGCACTGCCATATAAATAAGAACCAACAGTT  991

seq1  TTTTAAAAGCGTAAGAATTC  1017
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGCGTAAGAATTC  1011

seq1: chr16_94016486_94017262
seq2: B6Ng01-021F24.g_70_846

seq1  GAATTCACCGGTTGGCTACTATAAGCCTAGGTGCTCCGACCCAGTTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGGTTGGCTACTATAAGCCTAGGTGCTCCGACCCAGTTGGAA  50

seq1  CTATGAAACACCCACAGTCTCTGCTGTAGTGGCTTAAATTCTGGTGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAACACCCACAGTCTCTGCTGTAGTGGCTTAAATTCTGGTGTGTA  100

seq1  CACAAACAATAAAATCACTTTGAGTAAATAAAATAAAATAATGTGAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAATAAAATCACTTTGAGTAAATAAAATAAAATAATGTGAGTCC  150

seq1  ATGAATGTTCTCCCAAATTAACCCAGCATCACAGTTTCTGTGGTATGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTTCTCCCAAATTAACCCAGCATCACAGTTTCTGTGGTATGAAT  200

seq1  CTTCCCACTGTATCAGATTTCAAGCCACCAAACTCACTAAACGTGGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCACTGTATCAGATTTCAAGCCACCAAACTCACTAAACGTGGAACT  250

seq1  GGGCAGAGGTGCCAAAGGCTTCATCATTGTATGGGATGGTCCACTCCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGGTGCCAAAGGCTTCATCATTGTATGGGATGGTCCACTCCACT  300

seq1  CTGACATCCAGTTGTCACTTTTACAGCAGCAAGTTTAGGAGAAAAGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCCAGTTGTCACTTTTACAGCAGCAAGTTTAGGAGAAAAGACTC  350

seq1  ATGTCTGCTCCATGTCAGGAGTTCCAGTCCACCACGGCAGCCTGAGGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCTCCATGTCAGGAGTTCCAGTCCACCACGGCAGCCTGAGGAGC  400

seq1  GCAGGCTGTGGGGCAGCTCTGTCTTCACATCCTGAGGACCGGGAAGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGTGGGGCAGCTCTGTCTTCACATCCTGAGGACCGGGAAGCAGA  450

seq1  AAGTGGAGCCAGAACAGGGGTTGCATTATGAGCCTCAAAAGCCTGCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAGCCAGAACAGGGGTTGCATTATGAGCCTCAAAAGCCTGCCTCG  500

seq1  GGGCTCATGAACACCAGGCAGGACTCAGCTCAACGGTATATAGCCTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCATGAACACCAGGCAGGACTCAGCTCAACGGTATATAGCCTCCCA  550

seq1  AAACCGCACCACTAACTGGAGACCAAGTGTACACACACAGACCAAGTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGCACCACTAACTGGAGACCAAGTGTACACACACAGACCAAGTGTA  600

seq1  CACATAGACACACACACACTAAGTGTACACACACAGACACATGCACAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGACACACACACACTAAGTGTACACACACAGACACATGCACAGAA  650

seq1  CACACACAGAGACATGCACAGACAGACAAATATACATTGGCACACAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGAGACATGCACAGACAGACAAATATACATTGGCACACAGAGA  700

seq1  TACTCACAGAGACACAGACACACATAGTGCACAGACACATAGACACAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TACTCACAGAGACACAGACACACATAGTGCACAGACACATAGATACAGAC  750

seq1  CAGGTGTACACACAGACACACAAACCA  777
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTACACACAGACACACAAACCA  777