BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021H14
Chromosome16 (Build37)
Map Location 53,297,745 - 53,377,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAlcam, LOC100043430, LOC667895
Downstream geneLOC433027, LOC100043442
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021H14.bB6Ng01-021H14.g
ACCDH853969DH853970
length1,091801
definitionDH853969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021H14, 5' end.DH853970|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021H14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,297,745 - 53,298,861)(53,376,325 - 53,377,125)
sequence
gaattccatgatgtagtgattctacttctattagtgtaatgaggccaatc
atgactgtcagaattcttgtagtcactaagttacaagcatgttattttta
cctaattacagttacatcatggaataacattttttatttcaaactcttaa
aaaagtgcaaacaaaaaacataagataaaaattggaaaaacgtatacata
tacagataaccttttatattttatagaaaatgtataataactgaacacat
gtcctcactggcctcaatattttatatacatatgttggtaatcaaaatct
ggggtaaactgagatattaatttattgcctataatgatattaagaaaata
tcatttataggcaaagtgttcttcaaaaggagagagtgtgggaaacagta
agatgtggctatgggtgttgttggaagagtaactttactccctattctat
gaacaattatctgctaacctcaacacaattcagtttgactcaggaacaga
gacagcagtcagcttttcagagttgctccgactttgaagtgaagcagcaa
actattattatatctcccgagtgacatagaaattttaagcacattatacc
ctgagtcaaacatggcccaactgcaggtggaaacatgttatgtgtggcat
attttaaaaacctgtcctaataaccgagtaccagagacatttggtatata
aatctgtatcagaaattaaacagtgtattgttgaaaatagatgtgtgagc
atgactgaaatgtcctaaactaatgctttcttacaacactattgagctta
caattttatacatgctaggtagtctttatgagtgtagcatctgacattac
tagaagacaaagtttaatgtaactccctgatattctgggtgttacatgaa
ctgaacaaggaaagtaccatgagcatgccaaagtagacaataaaggctat
gaggctcacatacaaagcaacaaatcacacaaatagcaatctgaacatct
gcaacaactcaacaaacacaaaatctcgtcttcttcagggaatgggcatc
aattgtttgtttatacaaagtctgttcttggaaacagttta
gaattcagactggcatagctcccaccattctctttaaaaaatattatatg
atgctgtgtgatgtgggatgtcttattaaataggtaatattatttaaaag
tactcatttatcattcaaaataacatttgataataagttcatttgaagta
tattactatttttagatcaaatactttatgtaattatatttatgaataat
agagttttagagttaaaatatcctttccataaattttatctcatttataa
aatactgaacactatttgagaataagcagtgtaaaaatttaaaaccttta
tttgaatccttcttcacatgtaagttgcattgtttggcagagttttaata
tttttgtaatcctagagttcaataaacagcattcaatgtaaaccatgcct
tgcaatgagctccaacagccaccaaacgcagacactattgcacatgccag
caagattttgctgacaggaccctgatatagctgtctcctgtgaggctatg
ccagtgcctgccaaatacagaaatggatgctcacagacatctattggatg
gaacacagggcccccagtggaggagctagagaaagtacccaaggagctga
agaggtctgcaaccctataggaggaacaacaatatgagctaaccagtacc
ctcagagttcgtgtctctagctgcatatgtagcagaagatggcctagttg
gacatcattgggaagagaggccctctggtattgcaaactttatatgctcc
agtacaggggaacgccaggaccaagaattgtgagtgggtgggttggggag
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_53297745_53298861
seq2: B6Ng01-021H14.b_44_1134

seq1  GAATTCCATGATGTAGTGATTCTACTTCTATTAGTGTAATGAGGCCAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATGTAGTGATTCTACTTCTATTAGTGTAATGAGGCCAATC  50

seq1  ATGACTGTCAGAATTCTTGTAGTCACTAAGTTACAAGCATGTTATTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTCAGAATTCTTGTAGTCACTAAGTTACAAGCATGTTATTTTTA  100

seq1  CCTAATTACAGTTACATCATGGAATAACATTTTTTATTTCAAACTCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTACAGTTACATCATGGAATAACATTTTTTATTTCAAACTCTTAA  150

seq1  AAAAGTGCAAACAAAAAACATAAGATAAAAATTGGAAAAACGTATACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGCAAACAAAAAACATAAGATAAAAATTGGAAAAACGTATACATA  200

seq1  TACAGATAACCTTTTATATTTTATAGAAAATGTATAATAACTGAACACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATAACCTTTTATATTTTATAGAAAATGTATAATAACTGAACACAT  250

seq1  GTCCTCACTGGCCTCAATATTTTATATACATATGTTGGTAATCAAAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCACTGGCCTCAATATTTTATATACATATGTTGGTAATCAAAATCT  300

seq1  GGGGTAAACTGAGATATTAATTTATTGCCTATAATGATATTAAGAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAACTGAGATATTAATTTATTGCCTATAATGATATTAAGAAAATA  350

seq1  TCATTTATAGGCAAAGTGTTCTTCAAAAGGAGAGAGTGTGGGAAACAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATAGGCAAAGTGTTCTTCAAAAGGAGAGAGTGTGGGAAACAGTA  400

seq1  AGATGTGGCTATGGGTGTTGTTGGAAGAGTAACTTTACTCCCTATTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGGCTATGGGTGTTGTTGGAAGAGTAACTTTACTCCCTATTCTAT  450

seq1  GAACAATTATCTGCTAACCTCAACACAATTCAGTTTGACTCAGGAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTATCTGCTAACCTCAACACAATTCAGTTTGACTCAGGAACAGA  500

seq1  GACAGCAGTCAGCTTTTCAGAGTTGCTCCGACTTTGAAGTGAAGCAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGTCAGCTTTTCAGAGTTGCTCCGACTTTGAAGTGAAGCAGCAA  550

seq1  ACTATTATTATATCTCCCGAGTGACATAGAAATTTTAAGCACATTATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTATTATATCTCCCGAGTGACATAGAAATTTTAAGCACATTATACC  600

seq1  CTGAGTCAAACATGGCCCAACTGCAGGTGGAAACATGTTATGTGTGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCAAACATGGCCCAACTGCAGGTGGAAACATGTTATGTGTGGCAT  650

seq1  ATTTTAAAAACCTGTCCTAATAACCGAGTACCAGAGACATTTGGTATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAAACCTGTCCTAATAACCGAGTACCAGAGACATTTGGTATATA  700

seq1  AATCTGTATCAGAAATTAAACAGTGTATTGTTGAAAATAGATGTGTGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTATCAGAAATTAAACAGTGTATTGTTGAAAATAGATGTGTGAGC  750

seq1  ATGACTGAAATGTCCTAAACTAATGCTTTCTTACAACACTATTGAGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGAAATGTCCTAAACTAATGCTTTCTTACAACACTATTGAGCTTA  800

seq1  CAATTTTATACATGCTAGGTAGTCTTTATGAGTGTAGCATCTGACATTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTATACATGCTAGGTAGTCTTTATGAGTGTAGCATCTGACATTAC  850

seq1  TAGAAGACAAAGTTTAATGTAAACTCCCTGATATTCTGGGTGTTACATGA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGACAAAGTTTAATGT-AACTCCCTGATATTCTGGGTGTTACATGA  899

seq1  ACTGAACAAGGAAAGTACCAATGAGCATGCCAAAGTAGACAAAGAAAGGC  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  ACTGAACAAGGAAAGTACC-ATGAGCATGCCAAAGTAGAC-AATAAAGGC  947

seq1  TATGAGGCCTCAACAATACAAAGCAAACAAAATCAACACAAAATAGCAAA  1000
      ||||||| ||||   |||||||||||   ||||| |||| ||||||| ||
seq2  TATGAGG-CTCA--CATACAAAGCAA--CAAATC-ACAC-AAATAGC-AA  989

seq1  TCTGAAACAACAGCCACACAAACTCAAACAAAACACAAAAATCCTCGTCT  1050
      |||| |||| | || ||   |||||||   ||||||||||   |||||||
seq2  TCTG-AACATCTGCAAC---AACTCAA--CAAACACAAAA--TCTCGTCT  1031

seq1  TCTCCAGGGAAATGGGCATCAATTGTTTGTCTAATAACAAAAGTTCTGTT  1100
      ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||   ||||||
seq2  TCTTCAGGG-AATGGGCATCAATTGTTTGTTTA--TACAAA--GTCTGTT  1076

seq1  CTGGAAAACCAAGTTTA  1117
      || | ||||  ||||||
seq2  CTTGGAAAC--AGTTTA  1091

seq1: chr16_53376325_53377125
seq2: B6Ng01-021H14.g_68_868 (reverse)

seq1  GCTCCCCAACCCACCCACTCCCAATTCTTGGTCCTGGCGTTCCCCTGTAC  50
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCAACCCACCCACTCACAATTCTTGGTCCTGGCGTTCCCCTGTAC  50

seq1  TGGAGCATATAAAGTTTGCAATACCAGAGGGCCTCTCTTCCCAATGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCATATAAAGTTTGCAATACCAGAGGGCCTCTCTTCCCAATGATGT  100

seq1  CCAACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAACTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACACGAACTCTGA  150

seq1  GGGTACTGGTTAGCTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTGGTTAGCTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCTC  200

seq1  TTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGTT  250

seq1  CCATCCAATAGATGTCTGTGAGCATCCATTTCTGTATTTGGCAGGCACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAATAGATGTCTGTGAGCATCCATTTCTGTATTTGGCAGGCACTG  300

seq1  GCATAGCCTCACAGGAGACAGCTATATCAGGGTCCTGTCAGCAAAATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCCTCACAGGAGACAGCTATATCAGGGTCCTGTCAGCAAAATCTT  350

seq1  GCTGGCATGTGCAATAGTGTCTGCGTTTGGTGGCTGTTGGAGCTCATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCATGTGCAATAGTGTCTGCGTTTGGTGGCTGTTGGAGCTCATTGC  400

seq1  AAGGCATGGTTTACATTGAATGCTGTTTATTGAACTCTAGGATTACAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGGTTTACATTGAATGCTGTTTATTGAACTCTAGGATTACAAAA  450

seq1  ATATTAAAACTCTGCCAAACAATGCAACTTACATGTGAAGAAGGATTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAACTCTGCCAAACAATGCAACTTACATGTGAAGAAGGATTCAA  500

seq1  ATAAAGGTTTTAAATTTTTACACTGCTTATTCTCAAATAGTGTTCAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGTTTTAAATTTTTACACTGCTTATTCTCAAATAGTGTTCAGTAT  550

seq1  TTTATAAATGAGATAAAATTTATGGAAAGGATATTTTAACTCTAAAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATGAGATAAAATTTATGGAAAGGATATTTTAACTCTAAAACTC  600

seq1  TATTATTCATAAATATAATTACATAAAGTATTTGATCTAAAAATAGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCATAAATATAATTACATAAAGTATTTGATCTAAAAATAGTAAT  650

seq1  ATACTTCAAATGAACTTATTATCAAATGTTATTTTGAATGATAAATGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCAAATGAACTTATTATCAAATGTTATTTTGAATGATAAATGAGT  700

seq1  ACTTTTAAATAATATTACCTATTTAATAAGACATCCCACATCACACAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAAATAATATTACCTATTTAATAAGACATCCCACATCACACAGCA  750

seq1  TCATATAATATTTTTTAAAGAGAATGGTGGGAGCTATGCCAGTCTGAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAATATTTTTTAAAGAGAATGGTGGGAGCTATGCCAGTCTGAATT  800

seq1  C  801
      |
seq2  C  801