BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022N17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 18,226,218 - 18,316,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZdhhc8, Ranbp1, Htf9c, Dgcr8, D16H22S680E
Upstream geneHic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29, Crkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4, Smpd4, Pcqap, EG433050, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2, Car15, Dgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2, Dgcr6, Prodh, Rtn4r, EG665975
Downstream geneLOC100042884, Arvcf, Comt, Txnrd2, Gnb1l, Tbx1, Gp1bb, Sept5, LOC622795, Cldn5, Cdc45l, Ufd1l, 2510002D24Rik, Mrpl40, Hira, Igl, Igl-C1, Igl-J1, Igl-C3, Igl-J3p, Igl-J3, Igl-V1, Igl-C4, Igl-J4, Igl-C2, Igl-J2, Igl-V3, Igl-V2, Olfr164
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022N17.bB6Ng01-022N17.g
ACCDH854946DH854947
length971981
definitionDH854946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022N17, 5' end.DH854947|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,315,829 - 18,316,802)(18,226,218 - 18,227,200)
sequence
gaattctataacaggccgtccaagttggcagacttctgggggaacaacag
tgagatcctcagtggtaagtgtgtctccgaacctggtgagcagctgttaa
cgtgatccacttgtcttgtgaggtggcacccaccaaatagggctagtaat
ggccatgcatccacatgcaaatgctgaatgcataagtagccatgaataat
ggctttgggggacttggccagccccagaatcaagtatctctagatgtgag
ccaattgttaagagacagtttgctctttgctttaaggcctcttagggagg
tgagaagctagccccactagagctaagtgtttttgattctgtcacagtcg
gtgaatctcctggaagctctggcctctctgctctactgtcccatgacctc
tggtcactttagtctccctggacctccagaactgtcctcagatcacagag
actgctaagtcccgtggggttcatggctcataagtcctgtggagttcatg
ggctcctctcatttgtttcttgtctttcagaccctttatctttttttttt
ttttttaagatttttttttaaatgtatgtaagtatactgacaatgtcttt
agacacaccagaagagggcatcagatcccattacagatggttgtgagcca
ccgagtggttgctgggaattgaactcaggacctctaaaagagcagtcagt
gctcttaacctctgaaccatctctctagccccatcaggataactttttat
cttaccagttccctttgtgtttttgctggtccttcttacctttttacctt
ccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatgaatgg
aatgagttctctatgtagccttggctgacctcaaacttagagatcccctg
cctctgctccctgagtagtgggaaggcatgtgccaccacatccagcttct
tccctttcaccttattattta
gaattccagacatcctaactgctagagggggaagctgccctcctggcctg
cgggcaatgccagtacagaagcagagatgccaggccgagatggtcttacc
tgctcccctccaagagaccccagctcagcatacccacaggatgcagtcct
gccagcatgcatatgacacctctgtgacaagtatggccttgtcaggggca
caagcatggaaacaggacaccatgaccaaacaaggctctcccgggggaca
gaccttttccaggggcagatccccccccatagtagggctatcttcagagt
tgaggtccttcctagaggcagagtctggacttacctgctcattaggtcca
caaaagggtgtcttgggaccagtggagaaggctggccggaacttatacat
ggcaggtgttggggggctggtcctctgtactgatagggcactctctgaga
agagggaccacagtcacggagtgacacaaaagccagcccatgtccctttc
ctcagctgccctccacctcaccagcactgccaggtcttggggtcttcaga
tctcttccaaaggtaccagcctctatcttggggggcagtggaggtcccag
gtccagaggtttctcatccagctggtctagactgcccttggactaaggaa
gagggagcagtggtgggtgaagtcttaagacagagtttctctgttttgcc
ctggctgtcctagaactcactttgtaaaccaggctggccttgaacccaca
gatccacctgcctctgcctcccgagtgctggaattagatatgtggctcta
atatccatcttcctgtggctttggacacatgcataaagcgttcccagtcc
ctttacttcttcctgtccccacccctacacccatagtcccactcacacac
cattaccgttccagtccagaacccactttgctgcggccagctttcagccc
attgtcgctaaatttgaccttgaggggcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_18315829_18316802
seq2: B6Ng01-022N17.b_49_1019 (reverse)

seq1  TAAATAAATAAGGTGAAAGGGAAGAAGCTGGATGTGGTGGCACATGCCTT  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAT-AATAAGGTGAAAGGGAAGAAGCTGGATGTGGTGGCACATGCCTT  49

seq1  CCCACTACTCAGGGAAGCAGAGGCAGGGGGATCTCTAAGTTTGAGGTCAG  100
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTACTCAGGG-AGCAGAGGCA-GGGGATCTCTAAGTTTGAGGTCAG  97

seq1  CCAAGGCTACATAGAGAACTCATTCCATTCATGGATGGATGGATGGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTACATAGAGAACTCATTCCATTCATGGATGGATGGATGGATGG  147

seq1  ATGGATGGATGGATGGATGGATGGAAGGTAAAAAGGTAAGAAGGACCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGATGGATGGATGGATGGAAGGTAAAAAGGTAAGAAGGACCAGC  197

seq1  AAAAACACAAAGGGAACTGGTAAGATAAAAAGTTATCCTGATGGGGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAAAGGGAACTGGTAAGATAAAAAGTTATCCTGATGGGGCTAG  247

seq1  AGAGATGGTTCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTTTAGAGGTCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGTTCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTTTAGAGGTCCTGA  297

seq1  GTTCAATTCCCAGCAACCACTCGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTCCCAGCAACCACTCGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGAT  347

seq1  CTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTAAAGACATTGTCAGTATACTTACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTAAAGACATTGTCAGTATACTTACATA  397

seq1  CATTTAAAAAAAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAGGGTCTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAAAAAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAGGGTCTGAAA  447

seq1  GACAAGAAACAAATGAGAGGAGCCCATGAACTCCACAGGACTTATGAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAAACAAATGAGAGGAGCCCATGAACTCCACAGGACTTATGAGCC  497

seq1  ATGAACCCCACGGGACTTAGCAGTCTCTGTGATCTGAGGACAGTTCTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCCCACGGGACTTAGCAGTCTCTGTGATCTGAGGACAGTTCTGGA  547

seq1  GGTCCAGGGAGACTAAAGTGACCAGAGGTCATGGGACAGTAGAGCAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGGGAGACTAAAGTGACCAGAGGTCATGGGACAGTAGAGCAGAGA  597

seq1  GGCCAGAGCTTCCAGGAGATTCACCGACTGTGACAGAATCAAAAACACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGCTTCCAGGAGATTCACCGACTGTGACAGAATCAAAAACACTT  647

seq1  AGCTCTAGTGGGGCTAGCTTCTCACCTCCCTAAGAGGCCTTAAAGCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGTGGGGCTAGCTTCTCACCTCCCTAAGAGGCCTTAAAGCAAAG  697

seq1  AGCAAACTGTCTCTTAACAATTGGCTCACATCTAGAGATACTTGATTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACTGTCTCTTAACAATTGGCTCACATCTAGAGATACTTGATTCTG  747

seq1  GGGCTGGCCAAGTCCCCCAAAGCCATTATTCATGGCTACTTATGCATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGCCAAGTCCCCCAAAGCCATTATTCATGGCTACTTATGCATTCA  797

seq1  GCATTTGCATGTGGATGCATGGCCATTACTAGCCCTATTTGGTGGGTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCATGTGGATGCATGGCCATTACTAGCCCTATTTGGTGGGTGCC  847

seq1  ACCTCACAAGACAAGTGGATCACGTTAACAGCTGCTCACCAGGTTCGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACAAGACAAGTGGATCACGTTAACAGCTGCTCACCAGGTTCGGAG  897

seq1  ACACACTTACCACTGAGGATCTCACTGTTGTTCCCCCAGAAGTCTGCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTACCACTGAGGATCTCACTGTTGTTCCCCCAGAAGTCTGCCAA  947

seq1  CTTGGACGGCCTGTTATAGAATTC  974
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACGGCCTGTTATAGAATTC  971

seq1: chr16_18226218_18227200
seq2: B6Ng01-022N17.g_67_1047

seq1  GAATTCCAGACATCCTAACTGCTAGAGGGGGAAGCTGCCCTCCTGGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACATCCTAACTGCTAGAGGGGGAAGCTGCCCTCCTGGCCTG  50

seq1  CGGGCAATGCCAGTACAGAAGCAGAGATGCCAGGCCGAGATGGTCTTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCAATGCCAGTACAGAAGCAGAGATGCCAGGCCGAGATGGTCTTACC  100

seq1  TGCTCCCCTCCAAGAGACCCCAGCTCAGCATACCCACAGGATGCAGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCCTCCAAGAGACCCCAGCTCAGCATACCCACAGGATGCAGTCCT  150

seq1  GCCAGCATGCATATGACACCTCTGTGACAAGTATGGCCTTGTCAGGGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCATGCATATGACACCTCTGTGACAAGTATGGCCTTGTCAGGGGCA  200

seq1  CAAGCATGGAAACAGGACACCATGACCAAACAAGGCTCTCCCGGGGGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGGAAACAGGACACCATGACCAAACAAGGCTCTCCCGGGGGACA  250

seq1  GACCTTTTCCAGGGGCAGATCCCCCCCCATAGTAGGGCTATCTTCAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTCCAGGGGCAGATCCCCCCCCATAGTAGGGCTATCTTCAGAGT  300

seq1  TGAGGTCCTTCCTAGAGGCAGAGTCTGGACTTACCTGCTCATTAGGTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCTTCCTAGAGGCAGAGTCTGGACTTACCTGCTCATTAGGTCCA  350

seq1  CAAAAGGGTGTCTTGGGACCAGTGGAGAAGGCTGGCCGGAACTTATACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGGTGTCTTGGGACCAGTGGAGAAGGCTGGCCGGAACTTATACAT  400

seq1  GGCAGGTGTTGGGGGGCTGGTCCTCTGTACTGATAGGGCACTCTCTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGTTGGGGGGCTGGTCCTCTGTACTGATAGGGCACTCTCTGAGA  450

seq1  AGAGGGACCACAGTCACGGAGTGACACAAAAGCCAGCCCATGTCCCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGACCACAGTCACGGAGTGACACAAAAGCCAGCCCATGTCCCTTTC  500

seq1  CTCAGCTGCCCTCCACCTCACCAGCACTGCCAGGTCTTGGGGTCTTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGCCCTCCACCTCACCAGCACTGCCAGGTCTTGGGGTCTTCAGA  550

seq1  TCTCTTCCAAAGGTACCAGCCTCTATCTTGGGGGGCAGTGGAGGTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCAAAGGTACCAGCCTCTATCTTGGGGGGCAGTGGAGGTCCCAG  600

seq1  GTCCAGAGGTTTCTCATCCAGCTGGTCTAGACTGCCCTTGGACTAAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAGGTTTCTCATCCAGCTGGTCTAGACTGCCCTTGGACTAAGGAA  650

seq1  GAGGGAGCAGTGGTGGGTGAAGTCTTAAGACAGAGTTTCTCTGTTTTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGCAGTGGTGGGTGAAGTCTTAAGACAGAGTTTCTCTGTTTTGCC  700

seq1  CTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACCCACA  750

seq1  GATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGAATTAGATATGTGGCTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGAATTAGATATGTGGCTCTA  800

seq1  ATATCCATCTTCCTGTGGCTTTGGACACATGCATAAAGCGTTCCCAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATCTTCCTGTGGCTTTGGACACATGCATAAAGCGTTCCCAGTCC  850

seq1  CTTTACTTCTTCCTGTCCCCACCCCTACACCCAATAGTCCCACTCACACA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTTACTTCTTCCTGTCCCCACCCCTACACCC-ATAGTCCCACTCACACA  899

seq1  CCATTACCGTTCCAGTCCAGAACCCCACCTTGCTGCGGCCAGCTTTCAGC  950
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACCGTTCCAGTCCAGAA-CCCACTTTGCTGCGGCCAGCTTTCAGC  948

seq1  CCATTGTCGCTAAGTTTGACCTTGAGGGGCACA  983
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTCGCTAAATTTGACCTTGAGGGGCACA  981