BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028K15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 81,726,731 - 81,881,183
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621470, LOC435484
Upstream geneLOC100039724, Ncam2
Downstream genePgk1-ps1, EG665260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028K15.bB6Ng01-028K15.g
ACCDH859083DH859084
length1,1981,148
definitionDH859083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K15, 5' end.DH859084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,879,972 - 81,881,183)(81,726,731 - 81,727,812)
sequence
gaattcttttctctgaacatggcatgcttgctttttatgtgaacttgagg
aagcactcaatagcttcacaaagatctgcaatagaacaagttaggcaaaa
ttgtaccatgcagtgggtaagtctactaggaagccacatgtctatgtgag
gagcttctgacatgtgactctgtgattacctagtaggggatcatgggttg
tttttgtctagttgggccactgaaagattgttcttatttaactacttgat
tccaaggtcaagtgcatgtggacactattcattgaacctggtagattaat
taatgaaaaatgtacaaaagtaagacctgacattcagatgcagatgtgtt
aaagaattaatttctagggaagttggagagaaagtgaatagaatttataa
ttgaaattagctatttacctgtgtggaattttcaaagaataaattaagaa
aaaaacaaatgtaaaatacatttacaaggaaaaaaatgctcttcatgagt
tgtcaagatggctcattcagcaaaattgattaccatggaaaattgaagtc
ctgtgctccccaagttattcctgtactgtcttatgtatttcactgatgta
cataagaaagtgcacctgtaaatggcagtgttgatcaccattttactctg
taaagtcctttatattcctactgaatatgaatattccttttggctgttcc
atttcatctgtccgtcttcagcagacagagtgtgcctttaaactcttaag
aaatggtatatacaatcatgtagtgtgcattatttgaattcttagcctct
attattttccataaatgttctaatgttcaactattattttttataaacaa
ttccaaattatattgctaataaaactcagataataatagactaatttagt
agtctattagactagtattatgtatattcacttattattgatgtaaagca
ggattcatgtgcagcatctagataaatatttccttttaccagttcacgtt
caataacagcgtatgagtattgtagctgcatcattctggtttccgcaagc
tttacagggaatagtgagacctctgacagcctcattactgtaaaaaacgc
tttctagatgtactatttatattccagccgtatggacaattctgctttca
gtcaaagcttcacgtatatgttcagcctctttctaaattagactttta
gaattctaattcagcaacatggctgctctgataagagatcacatccaaag
acgttctaggactcttatgatcagaatacagacaagccctggattacagt
gtgatctgcctgggataccgacaaccttccagtacacacctttaatacct
aacaatggagttatattagttctagtttgtagacgaaagaacccatgtgt
gtaagtcacatctaactgaggggcagagaaagtgacaaatcagagtaaga
gttgacagaatgagtcagagatcggatatgcctactaatacagagtcagc
tcaagaatgagaagaagccagaggatgtaaatatattgccaaagtttgta
tgaggccaagcagcacaattaggtcagaagccaagtgaagccggattgaa
acagtaatcttggaagaatagattgtagaagggtttgagcttccaggctt
aggcctaaagatagttaaaacagagaatgatatgctctgggctcagccca
agtggtataatctcaaagcgtgtgtatgactcttgtctcaaaccttcatc
tggggaaatgaaagcaacatttccagaggctgagctgatgagatcaatat
ttatgtgcatagctgtccttcatcgcacagctttgagttaaatgacatga
tacttaaaaattacttcaatatcaagccctaatcttaaaatgatatctgc
ttatcttaggaagaaatattttatattcactaataaacaacctttcctga
aagtgttatcaattactttattctgatcccttattaagtaaagatcatca
agccaggtgacagatatataaaggactttcttaagactgagatggttatt
atatgtttggcccagggagtggcactcttaggagttttggtcttgttgga
gtagtgtgtcactgtgggcgtggccttaagatgctcacccaagctgcctg
gaggcagtcttccactagcagccttcagatgaagatgtaggaactctcat
ttctactgtaccatggctgcccggatgcctgccatgctcctgctcatgat
aagggactgaacttctggacctgtaaccgccccaattactgttgtccttt
agagaggtgccttttgtctggtttttgtgtccaggcaagaaaccctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_81879972_81881183
seq2: B6Ng01-028K15.b_46_1243 (reverse)

seq1  TAAATGTCTAATATTTTAGAAAGATGACTGTACCAAATACTGTGAAGCTT  50
      |||| ||||||   |||||||||| | ||| | || |||| |||||||||
seq2  TAAAAGTCTAA---TTTAGAAAGA-GGCTG-AACATATAC-GTGAAGCTT  44

seq1  TGACTGGAAGCAGAATTTGCTCCCACTACTGCTGTGAATATAAAATAGAT  100
      |||||| ||||||||||   |||   ||| |||| |||||| |||||| |
seq2  TGACTGAAAGCAGAATT--GTCC--ATACGGCTG-GAATAT-AAATAG-T  87

seq1  AACCATCTTTGAGAAAGCG-TTTTTACAGT-ATGGGGCTGTCAGAGTTCT  148
      |  |||||   |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||
seq2  A--CATCT---AGAAAGCGTTTTTTACAGTAATGAGGCTGTCAGAGGTCT  132

seq1  CACTATT-CCTGTAAAGCTTGCGGGAACCAG-ATGGTGCAGCTACAGTAC  196
      ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||
seq2  CACTATTCCCTGTAAAGCTTGCGGAAACCAGAATGATGCAGCTACAATAC  182

seq1  TCATACGCTGTTATTGAACGTGAACTGGT-AAAGGGAATATTTATCTAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TCATACGCTGTTATTGAACGTGAACTGGTAAAAGGAAATATTTATCTAGA  232

seq1  TGCTGCACATGGATCCTGCTTTTACATCAATTAATAAGTGAATATACATA  295
      ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCACATGAATCCTGC-TTTACATCAA-TAATAAGTGAATATACATA  280

seq1  ATACTAGTCTAATAGACTACTAAATTAGTCTATTATTATCTGAGTTTTAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGTCTAATAGACTACTAAATTAGTCTATTATTATCTGAGTTTTAT  330

seq1  TAGCAATATAATTTGG-ATTGTTTATGAAAAATAATAGTTGAACATTAGA  394
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATATAATTTGGAATTGTTTATAAAAAATAATAGTTGAACATTAGA  380

seq1  ACATTTATGGAAAATAATAGAGGCTAAGAATTCAAATAATGCACACTACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATGGAAAATAATAGAGGCTAAGAATTCAAATAATGCACACTACA  430

seq1  TGATTGTATATACCATTTCTTAAGAGTTTAAAGGCACACTCTGTCTGCTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTATATACCATTTCTTAAGAGTTTAAAGGCACACTCTGTCTGCTG  480

seq1  AAGACGGACAGATGAAATGGAACAGCCAAAAGGAATATTCATATTCAGTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGGACAGATGAAATGGAACAGCCAAAAGGAATATTCATATTCAGTA  530

seq1  GGAATATAAAGGACTTTACAGAGTAAAATGGTGATCAACACTGCCATTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATAAAGGACTTTACAGAGTAAAATGGTGATCAACACTGCCATTTA  580

seq1  CAGGTGCACTTTCTTATGTACATCAGTGAAATACATAAGACAGTACAGGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCACTTTCTTATGTACATCAGTGAAATACATAAGACAGTACAGGA  630

seq1  ATAACTTGGGGAGCACAGGACTTCAATTTTCCATGGTAATCAATTTTGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGGGGAGCACAGGACTTCAATTTTCCATGGTAATCAATTTTGCT  680

seq1  GAATGAGCCATCTTGACAACTCATGAAGAGCATTTTTTTCCTTGTAAATG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGCCATCTTGACAACTCATGAAGAGCATTTTTTTCCTTGTAAATG  730

seq1  TATTTTACATTTGTTTTTTTCTTAATTTATTCTTTGAAAATTCCACACAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACATTTGTTTTTTTCTTAATTTATTCTTTGAAAATTCCACACAG  780

seq1  GTAAATAGCTAATTTCAATTATAAATTCTATTCACTTTCTCTCCAACTTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAGCTAATTTCAATTATAAATTCTATTCACTTTCTCTCCAACTTC  830

seq1  CCTAGAAATTAATTCTTTAACACATCTGCATCTGAATGTCAGGTCTTACT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAATTAATTCTTTAACACATCTGCATCTGAATGTCAGGTCTTACT  880

seq1  TTTGTACATTTTTCATTAATTAATCTACCAGGTTCAATGAATAGTGTCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACATTTTTCATTAATTAATCTACCAGGTTCAATGAATAGTGTCCA  930

seq1  CATGCACTTGACCTTGGAATCAAGTAGTTAAATAAGAACAATCTTTCAGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACTTGACCTTGGAATCAAGTAGTTAAATAAGAACAATCTTTCAGT  980

seq1  GGCCCAACTAGACAAAAACAACCCATGATCCCCTACTAGGTAATCACAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAACTAGACAAAAACAACCCATGATCCCCTACTAGGTAATCACAGA  1030

seq1  GTCACATGTCAGAAGCTCCTCACATAGACATGTGGCTTCCTAGTAGACTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGTCAGAAGCTCCTCACATAGACATGTGGCTTCCTAGTAGACTT  1080

seq1  ACCCACTGCATGGTACAATTTTGCCTAACTTGTTCTATTGCAGATCTTTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGCATGGTACAATTTTGCCTAACTTGTTCTATTGCAGATCTTTG  1130

seq1  TGAAGCTATTGAGTGCTTCCTCAAGTTCACATAAAAAGCAAGCATGCCAT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTATTGAGTGCTTCCTCAAGTTCACATAAAAAGCAAGCATGCCAT  1180

seq1  GTTCAGAGAAAAGAATTC  1212
      ||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGAAAAGAATTC  1198

seq1: chr16_81726731_81727812
seq2: B6Ng01-028K15.g_137_1212

seq1  AGAATACAGACAAGCCCTGGATTACAGTGTGATCTGCCTGGGATACCGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACAGACAAGCCCTGGATTACAGTGTGATCTGCCTGGGATACCGAC  50

seq1  AACCTTCCAGTACACACCTTTAATACCTAACAATGGAGTTATATTAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCCAGTACACACCTTTAATACCTAACAATGGAGTTATATTAGTTC  100

seq1  TAGTTTGTAGACGAAAGAACCCATGTGTGTAAGTCACATCTAACTGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGTAGACGAAAGAACCCATGTGTGTAAGTCACATCTAACTGAGGG  150

seq1  GCAGAGAAAGTGACAAATCAGAGTAAGAGTTGACAGAATGAGTCAGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAAGTGACAAATCAGAGTAAGAGTTGACAGAATGAGTCAGAGAT  200

seq1  CGGATATGCCTACTAATACAGAGTCAGCTCAAGAATGAGAAGAAGCCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATATGCCTACTAATACAGAGTCAGCTCAAGAATGAGAAGAAGCCAGA  250

seq1  GGATGTAAATATATTGCCAAAGTTTGTATGAGGCCAAGCAGCACAATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAAATATATTGCCAAAGTTTGTATGAGGCCAAGCAGCACAATTAG  300

seq1  GTCAGAAGCCAAGTGAAGCCGGATTGAAACAGTAATCTTGGAAGAATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAGCCAAGTGAAGCCGGATTGAAACAGTAATCTTGGAAGAATAGA  350

seq1  TTGTAGAAGGGTTTGAGCTTCCAGGCTTAGGCCTAAAGATAGTTAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAGGGTTTGAGCTTCCAGGCTTAGGCCTAAAGATAGTTAAAACA  400

seq1  GAGAATGATATGCTCTGGGCTCAGCCCAAGTGGTATAATCTCAAAGCGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGATATGCTCTGGGCTCAGCCCAAGTGGTATAATCTCAAAGCGTG  450

seq1  TGTATGACTCTTGTCTCAAACCTTCATCTGGGGAAATGAAAGCAACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGACTCTTGTCTCAAACCTTCATCTGGGGAAATGAAAGCAACATTT  500

seq1  CCAGAGGCTGAGCTGATGAGATCAATATTTATGTGCATAGCTGTCCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGCTGAGCTGATGAGATCAATATTTATGTGCATAGCTGTCCTTCA  550

seq1  TCGCACAGCTTTGAGTTAAATGACATGATACTTAAAAATTACTTCAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCACAGCTTTGAGTTAAATGACATGATACTTAAAAATTACTTCAATAT  600

seq1  CAAGCCCTAATCTTAAAATGATATCTGCTTATCTTAGGAAGAAATATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCTAATCTTAAAATGATATCTGCTTATCTTAGGAAGAAATATTTT  650

seq1  ATATTCACTAATAAACAACCTTTCCTGAAAGTGTTATCAATTACTTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCACTAATAAACAACCTTTCCTGAAAGTGTTATCAATTACTTTATT  700

seq1  CTGATCCCTTATTAAGTAAAGATCATCAAGCCAGGTGACAGATATATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCCTTATTAAGTAAAGATCATCAAGCCAGGTGACAGATATATAAA  750

seq1  GGACTTTCTTAAGACTGAGATGGTTATTATATGTTTGGCCCAGGGAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTCTTAAGACTGAGATGGTTATTATATGTTTGGCCCAGGGAGTGG  800

seq1  CACTCTTAGGAGTTTTGGTCTTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGCGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTAGGAGTTTTGGTCTTGTTGGAGTA-GTGTGTCACTGTGGGCGT  849

seq1  GGCCTTAAGATGCTCACCCAAGCTGCCTGGAGGCCAGTCTTCCACTAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGCCTTAAGATGCTCACCCAAGCTGCCTGGAGG-CAGTCTTCCACTAGCA  898

seq1  GCCTTCAGATGAAGATGTA-GAACTCTCATCTCTTACTGTACCATGCCTG  949
      ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |||
seq2  GCCTTCAGATGAAGATGTAGGAACTCTCATTTC-TACTGTACCATGGCTG  947

seq1  CCCGGATG-CTGCCATGCTCCTGCCTTCATGATAATGGACTGAACTTCTG  998
      |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCGGATGCCTGCCATGCTCCTGC--TCATGATAAGGGACTGAACTTCTG  995

seq1  AACCTGTAAACCAGCCCCAATTAACTGTTGTCCTTATAAGAGGTGCC-TT  1047
       ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||
seq2  GACCTGTAA--CCGCCCCAATT-ACTGTTGTCCTTTAGAGAGGTGCCTTT  1042

seq1  TGTCATGGTTTTTGT-TCACAGCAAGAAAACCCTAA  1082
      |||| |||||||||| ||   ||||| |||||||||
seq2  TGTC-TGGTTTTTGTGTCCAGGCAAG-AAACCCTAA  1076