BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030I16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 24,207,433 - 24,319,474
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043541, BC106179, St6gal1, Rtp1, Masp1, LOC100043018, Rtp4, EG625969, LOC100043023, Sst, Rtp2, Bcl6, EG433009
Downstream geneLOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik, 5430420C16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030I16.bB6Ng01-030I16.g
ACCDH860415DH860416
length1,095739
definitionDH860415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030I16, 5' end.DH860416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030I16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,318,365 - 24,319,474)(24,207,433 - 24,208,169)
sequence
gaattcagatttctttcctaactttcttcttagactacatcttgaaagcg
cttgtggtttcgtggctttagccctctgaatttcatatctgcagaccttt
tgtgcaggaagaaggaagagctgagtggtatcctcccaggcttcaatcaa
gcaccaggcttttcactgataaaacctcaggtcctggctgtgtagtgtgg
agactcaaggagcctgtttccttcctactttcttacggcagtggaagccg
tcagtgatgataaacaaactaaggagttgtgcaccatgagaaaaaatggc
agaggttggcgtcatttgctttgatttccatttttccaaacttagagatg
ttgaagtgatatgcccatggacaagcagttacagagccagctagcctggg
cctttgtgtccggtggcactttgcaaagatgggctattgcttcatgcatc
cccaacgagctgcctacttctccttaaggcagaagtcagagctgcctact
cctccttaaggcagttagcctgggcctttgtgttccgtggcactttgcaa
agatgggctattgcttcatacatccccaaggagctggctattcctcccta
aggcagaagtcagaggcaggaacctggttaccatcttaccctgcactgct
accaggacagttagcaagggaggatgcttcggtcctgggctttctcttct
ctacatcaagcactattgctggaatcctcttcagttctggaagctgtgac
tttaagatgtaaaacctcacttcaacagatgatccactcccctaatgcat
gcaagcttgggaaaatcactggggctgggtgagagcgcctggatcagcca
gccctttcatgtggggccatgaagaaggttttgtaggagccttaagtggt
tgtccttggctgatgtgggcttgggtgtaataacaccttgtactcctgca
gctcttaggagctcaagagcttccagacatatctcactgtccccccatct
tcttgggagacggtttgaggacagcctcatcatccctcagtcagcccaca
caaatggattgtgttccgacagccatatgggctgagtcagtgcag
gaattccttaagtaattgtgacgtatttgcccaaagagatgttatggggt
tagaagttaaagtgaatgaactcaggctaagtcaggtatcaatattgcca
tgcctaaagaaacaaggttaaaaggggggaaaaagttattttcagaataa
gtcagtattatatcattcctgaaatgtttgaaacataaaacaatgctcta
cattgtcctgggtacttatggaggaaatgaaccaaacgtggacaggacat
gaccacataaacacatcaactttgggatgataattgcactggaggtgagg
gggaagagagaaagagagagagagagagcgagtgagcaagcaagcgctag
gaagagatgacctacaatgcactctgctagtgtttgtttccttaaagaac
tgaaggggctatgaagaaatgctggcatggaaaagtccagatggcaggaa
tataagcagggtcaagctagccttcatttcctacctgttctgggcactgc
atcatgaatgccacaccacatggaggctgtgactaccccttcttcaaaca
tggaagttcaagtcaatgcgtcaagctgtctgacttttcctgcttttgtt
acagccccttggggatgaagagacaagagggaaatactgatataggagac
atagtataaaccctggattatcaagtcccaaggcttaactaagtccaggg
cctgtacgcatattttcctgtcaccttgggcataatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_24318365_24319474
seq2: B6Ng01-030I16.b_48_1142 (reverse)

seq1  CTGCACTTGACTCAGCCACTATATGACTGTCGGGAAACCACTTAATCCAT  50
      |||||| |||||||||  | ||||| ||||||| | ||     |||||||
seq2  CTGCAC-TGACTCAGC--CCATATGGCTGTCGGAACAC-----AATCCAT  42

seq1  TTGGTGTGGGCTGGACTGAGGGATGATGAGGCTGTCCTC-AACCGTCCTC  99
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TT-GTGTGGGCT-GACTGAGGGATGATGAGGCTGTCCTCAAACCGT-CTC  89

seq1  CCAAGAAGATGGGGAGAACAGTGAGATAATGTCTGGGAAGCTCTTTGAGC  149
      |||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  CCAAGAAGATGGGG-GGACAGTGAGAT-ATGTCT-GGAAGCTC-TTGAGC  135

seq1  TCCTAAGAAGCTGCAGAAGTACAAGGTGTTATTACACCCAAGCCCACATC  199
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAG-AGCTGCAGGAGTACAAGGTGTTATTACACCCAAGCCCACATC  184

seq1  AGCCAAGGAC-ACCACTTTAAGGCTCCTACAAAACCTTC-TCATGGCCCC  247
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCCAAGGACAACCAC-TTAAGGCTCCTACAAAACCTTCTTCATGGCCCC  233

seq1  ACATGAAAGGGCTGGCTGATCCAGGCGCTTCTCACCCAG-CCCAGTGGAT  296
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||
seq2  ACATGAAAGGGCTGGCTGATCCAGGCGC-TCTCACCCAGCCCCAGT-GAT  281

seq1  TTTCCCAAGCTTGCATGCATTAGGGGAGTGGATCATCTGTTGAAGTGAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAGCTTGCATGCATTAGGGGAGTGGATCATCTGTTGAAGTGAGG  331

seq1  TTTTACATCTTAAAGTCACAGCTTCCAGAACTGAAGAGGATTCCAGCAAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATCTTAAAGTCACAGCTTCCAGAACTGAAGAGGATTCCAGCAAT  381

seq1  AGTGCTTGATGTAGAGAAGAGAAAGCCCAGGACCGAAGCATCCTCCCTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGATGTAGAGAAGAGAAAGCCCAGGACCGAAGCATCCTCCCTTG  431

seq1  CTAACTGTCCTGGTAGCAGTGCAGGGTAAGATGGTAACCAGGTTCCTGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGTCCTGGTAGCAGTGCAGGGTAAGATGGTAACCAGGTTCCTGCC  481

seq1  TCTGACTTCTGCCTTAGGGAGGAATAGCCAGCTCCTTGGGGATGTATGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTTCTGCCTTAGGGAGGAATAGCCAGCTCCTTGGGGATGTATGAA  531

seq1  GCAATAGCCCATCTTTGCAAAGTGCCACGGAACACAAAGGCCCAGGCTAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGCCCATCTTTGCAAAGTGCCACGGAACACAAAGGCCCAGGCTAA  581

seq1  CTGCCTTAAGGAGGAGTAGGCAGCTCTGACTTCTGCCTTAAGGAGAAGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAAGGAGGAGTAGGCAGCTCTGACTTCTGCCTTAAGGAGAAGTA  631

seq1  GGCAGCTCGTTGGGGATGCATGAAGCAATAGCCCATCTTTGCAAAGTGCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTCGTTGGGGATGCATGAAGCAATAGCCCATCTTTGCAAAGTGCC  681

seq1  ACCGGACACAAAGGCCCAGGCTAGCTGGCTCTGTAACTGCTTGTCCATGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGACACAAAGGCCCAGGCTAGCTGGCTCTGTAACTGCTTGTCCATGG  731

seq1  GCATATCACTTCAACATCTCTAAGTTTGGAAAAATGGAAATCAAAGCAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCACTTCAACATCTCTAAGTTTGGAAAAATGGAAATCAAAGCAAA  781

seq1  TGACGCCAACCTCTGCCATTTTTTCTCATGGTGCACAACTCCTTAGTTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGCCAACCTCTGCCATTTTTTCTCATGGTGCACAACTCCTTAGTTTG  831

seq1  TTTATCATCACTGACGGCTTCCACTGCCGTAAGAAAGTAGGAAGGAAACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATCACTGACGGCTTCCACTGCCGTAAGAAAGTAGGAAGGAAACA  881

seq1  GGCTCCTTGAGTCTCCACACTACACAGCCAGGACCTGAGGTTTTATCAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTGAGTCTCCACACTACACAGCCAGGACCTGAGGTTTTATCAGT  931

seq1  GAAAAGCCTGGTGCTTGATTGAAGCCTGGGAGGATACCACTCAGCTCTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCCTGGTGCTTGATTGAAGCCTGGGAGGATACCACTCAGCTCTTC  981

seq1  CTTCTTCCTGCACAAAAGGTCTGCAGATATGAAATTCAGAGGGCTAAAGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCTGCACAAAAGGTCTGCAGATATGAAATTCAGAGGGCTAAAGC  1031

seq1  CACGAAACCACAAGCGCTTTCAAGATGTAGTCTAAGAAGAAAGTTAGGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAAACCACAAGCGCTTTCAAGATGTAGTCTAAGAAGAAAGTTAGGAA  1081

seq1  AGAAATCTGAATTC  1110
      ||||||||||||||
seq2  AGAAATCTGAATTC  1095

seq1: chr16_24207433_24208169
seq2: B6Ng01-030I16.g_67_805

seq1  GAATTCCTTAAGTAATTGTGACGTATTTGCCCAAAGAGATGTTATGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAGTAATTGTGACGTATTTGCCCAAAGAGATGTTATGGGGT  50

seq1  TAGAAGTTAAAGTGAATGAACTCAGGCTAAGTCAGGTATCAATATTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTAAAGTGAATGAACTCAGGCTAAGTCAGGTATCAATATTGCCA  100

seq1  TGCCTAAAGAAACAAGGTTAAAAGGGGGGAAAAAGTTATTTTCAGAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAAGAAACAAGGTTAAAAGGGGGGAAAAAGTTATTTTCAGAATAA  150

seq1  GTCAGTATTATATCATTCCTGAAATGTTTGAAACATAAAACAATGCTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTATTATATCATTCCTGAAATGTTTGAAACATAAAACAATGCTCTA  200

seq1  CATTGTCCTGGGTACTTATGGAGGAAATGAACCAAACGTGGACAGGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCCTGGGTACTTATGGAGGAAATGAACCAAACGTGGACAGGACAT  250

seq1  GACCACATAAACACATCAACTTTGGGATGATAATTGCACTGGAGGTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACATAAACACATCAACTTTGGGATGATAATTGCACTGGAGGTGAGG  300

seq1  GGGAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGTGAGCAAGCAAGCGCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGTGAGCAAGCAAGCGCTAG  350

seq1  GAAGAGATGACCTACAATGCACTCTGCTAGTGTTTGTTTCCTTAAAGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATGACCTACAATGCACTCTGCTAGTGTTTGTTTCCTTAAAGAAC  400

seq1  TGAAGGGGCTATGAAGAAATGCTGGCATGGAAAAGTCCAGATGGCAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGGCTATGAAGAAATGCTGGCATGGAAAAGTCCAGATGGCAGGAA  450

seq1  TATAAGCAGGGTCAAGCTAGCCTTCATTTCCTACCTGTTCTGGGCACTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCAGGGTCAAGCTAGCCTTCATTTCCTACCTGTTCTGGGCACTGC  500

seq1  ATCATGAATGCCACACCACATGGAGGCTGTGACTACCCCTTCTTCAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAATGCCACACCACATGGAGGCTGTGACTACCCCTTCTTCAAACA  550

seq1  TGG-AGTTCAAGTCAATGCGTCAAGCTGTCTGACTTTTCCTGCTTTTGTT  599
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTCAAGTCAATGCGTCAAGCTGTCTGACTTTTCCTGCTTTTGTT  600

seq1  ACAG-CCCTTGGGGATGAAGAGACAAGAGGGAAATACTGATATAGGAGAC  648
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCCTTGGGGATGAAGAGACAAGAGGGAAATACTGATATAGGAGAC  650

seq1  ATAGTATAAACCCTGAATTATCAAGTCCCAAGGCTTAACTAAGTCCAGGG  698
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATAAACCCTGGATTATCAAGTCCCAAGGCTTAACTAAGTCCAGGG  700

seq1  CCTGTCACGCA-AATTTCCTGTCACCTTGGGCATAATATG  737
      ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGT-ACGCATATTTTCCTGTCACCTTGGGCATAATATG  739