BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034N23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 98,177,420 - 98,298,658
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
Upstream geneDscam, Bace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2, Ripk4, Prdm15, 5830404H04Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034N23.bB6Ng01-034N23.g
ACCDH863498DH863499
length1,019744
definitionDH863498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034N23, 5' end.DH863499|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,297,627 - 98,298,658)(98,177,420 - 98,178,160)
sequence
gaattctcatgttcattgcagttgtattatggtagcctaaataaaagaat
tacctcagtgctcatttgttgaggaaaagctgggtgccttaaggtgacat
tgtgctaaaggaatgaagacaatagtaaaggttaaatgattaagttcttg
taaagactctcagagtcagtgctgtattggtcataaaaacggcatataat
tacagcttaagccttgttgacccacttctttttcccatataattttaatc
tttcgtgcactcttattgtcagatggatatgaggacttgaaccatcttgt
ctatctgcaggtagcagtagaaaataaagggtgaccattcatctcagtca
gtcaacaggatctcaagggagggagggaggattgaaaagaagaagacagt
tagacatcactataacatgactccagcctgtgctgaggctgaagcaggtc
tatttccctcaagcctgcttttagaccattttaagtacatgccaataata
aggtcagttctaggtcaaggaatacacaagctaataaacaaagtccagga
atcatacctttaaggggcttatcagagcgaccaagataaaaggaatgcca
cacattccttggctgagattacctggagctttgtattagcccaaatgtaa
ctattctattctgagcctacttccatgtccttgttcaatgtcaaattcct
gccaaatccctacagaatggcagaaagcacttaatctagctgaagcaatc
tccttcaaagggttatactaatgtttagttagcacattatatggggaaga
gaaatgaactatcaagctttctgtagcaagagttgttaagatgggaagca
aatgtggtattatagtacactgtaaaatgcagaagtggcttatttggatg
gtatgaaagttttctgctgtgagtcatactgcatgaaaagtaaaatgaat
taagaaacagactgttttgttttatttaatactgatgataaattacaatt
ggaacacattatgccttaa
gaattcactatcactcaacagcagcaacaaatctcatgtacataccatga
agctatcactgtccctggcttgctcatctccacctgactcattatgtaga
aatcccatcaatcaatcatggcagaaaagcctggaaagagcagccgagac
aaactcccctaaaaaaagattctgaaacaggctgacttccttattacttg
gatcttcctataaataccttcccaaactctccaagatggttttacttaat
gttttctgaagatttaaaagggggagaatggagaaaattgtgatggtgaa
agctcatggcagacagctatccatggggaagtcttcagtctactgccacc
tatcaggaatataatcttaacaggactgctcatcctttctgaacagtagt
gtccttgcctgatcagtgctagccctacctataccatgtgtaaatcacat
gagacataaacaaggcaacttgtgaaaagcccagtctacagagcaaatcc
cacctggcaagcacacatctttcttctctcttcctctcccgagtgtttgt
gagcccgctgtacactgtgcatcataagaggtgctgatggtgggaggtga
gctcgttggctggcttcctgttctcctgcacctcacatttcctgtgactg
ggcagacaacaatgtgataaagaaggcatagagtgtggaagaacaccaga
agggctatcaatgtggtcaggaggtggtaggggtggaagagtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_98297627_98298658
seq2: B6Ng01-034N23.b_46_1064 (reverse)

seq1  TTAAGGCTATTACATGTGTGTCCAATTGTAATTTATCATCAGTATTTAAA  50
      ||||||| ||   |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTAAGGC-AT--AATGTGT-TCCAATTGTAATTTATCATCAGTA-TTAAA  45

seq1  TAAAAACAAAACAGTCTGTTTCTTAAATTCATTTTTACTTTTTCATGCAG  100
      | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||
seq2  T-AAAACAAAACAGTCTGTTTCTT-AATTCA-TTTTAC-TTTTCATGCAG  91

seq1  TATGACTCACAGGCAGAAAACTTTCATACCATCCAAATAAAGCCACTTTC  150
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TATGACTCACA-GCAGAAAACTTTCATACCATCCAAAT-AAGCCAC-TTC  138

seq1  TGCATTTTTACAGTGTACTATAATACCACATTTGCTTCCCATCTTAACAA  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCA-TTTTACAGTGTACTATAATACCACATTTGCTTCCCATCTTAACAA  187

seq1  CTCTTGCTACAGAAAGCTTGATAGTTCATTTCTCTTCCCCATATAATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTACAGAAAGCTTGATAGTTCATTTCTCTTCCCCATATAATGTG  237

seq1  CTAACTAAACATTAGTATAACCCTTTGAAGGAGATTGCTTCAGCTAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAAACATTAGTATAACCCTTTGAAGGAGATTGCTTCAGCTAGATT  287

seq1  AAGTGCTTTCTGCCATTCTGTAGGGATTTGGCAGGAATTTGACATTGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTTCTGCCATTCTGTAGGGATTTGGCAGGAATTTGACATTGAAC  337

seq1  AAGGACATGGAAGTAGGCTCAGAATAGAATAGTTACATTTGGGCTAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACATGGAAGTAGGCTCAGAATAGAATAGTTACATTTGGGCTAATAC  387

seq1  AAAGCTCCAGGTAATCTCAGCCAAGGAATGTGTGGCATTCCTTTTATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCCAGGTAATCTCAGCCAAGGAATGTGTGGCATTCCTTTTATCTT  437

seq1  GGTCGCTCTGATAAGCCCCTTAAAGGTATGATTCCTGGACTTTGTTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGCTCTGATAAGCCCCTTAAAGGTATGATTCCTGGACTTTGTTTATT  487

seq1  AGCTTGTGTATTCCTTGACCTAGAACTGACCTTATTATTGGCATGTACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGTATTCCTTGACCTAGAACTGACCTTATTATTGGCATGTACTT  537

seq1  AAAATGGTCTAAAAGCAGGCTTGAGGGAAATAGACCTGCTTCAGCCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTCTAAAAGCAGGCTTGAGGGAAATAGACCTGCTTCAGCCTCAG  587

seq1  CACAGGCTGGAGTCATGTTATAGTGATGTCTAACTGTCTTCTTCTTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTGGAGTCATGTTATAGTGATGTCTAACTGTCTTCTTCTTTTCA  637

seq1  ATCCTCCCTCCCTCCCTTGAGATCCTGTTGACTGACTGAGATGAATGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCCTCCCTCCCTTGAGATCCTGTTGACTGACTGAGATGAATGGTC  687

seq1  ACCCTTTATTTTCTACTGCTACCTGCAGATAGACAAGATGGTTCAAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTATTTTCTACTGCTACCTGCAGATAGACAAGATGGTTCAAGTCC  737

seq1  TCATATCCATCTGACAATAAGAGTGCACGAAAGATTAAAATTATATGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCCATCTGACAATAAGAGTGCACGAAAGATTAAAATTATATGGGA  787

seq1  AAAAGAAGTGGGTCAACAAGGCTTAAGCTGTAATTATATGCCGTTTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGTGGGTCAACAAGGCTTAAGCTGTAATTATATGCCGTTTTTAT  837

seq1  GACCAATACAGCACTGACTCTGAGAGTCTTTACAAGAACTTAATCATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATACAGCACTGACTCTGAGAGTCTTTACAAGAACTTAATCATTTA  887

seq1  ACCTTTACTATTGTCTTCATTCCTTTAGCACAATGTCACCTTAAGGCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTACTATTGTCTTCATTCCTTTAGCACAATGTCACCTTAAGGCACC  937

seq1  CAGCTTTTCCTCAACAAATGAGCACTGAGGTAATTCTTTTATTTAGGCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTCCTCAACAAATGAGCACTGAGGTAATTCTTTTATTTAGGCTA  987

seq1  CCATAATACAACTGCAATGAACATGAGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATACAACTGCAATGAACATGAGAATTC  1019

seq1: chr16_98177420_98178160
seq2: B6Ng01-034N23.g_68_811

seq1  GAATTCACTATCACTCAACAGCAGCAACAAATCTCATGTACATACCATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATCACTCAACAGCAGCAACAAATCTCATGTACATACCATGA  50

seq1  AGCTATCACTGTCCCTGGCTTGCTCATCTCCACCTGACTCATTATGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCACTGTCCCTGGCTTGCTCATCTCCACCTGACTCATTATGTAGA  100

seq1  AATCCCATCAATCAATCATGGCAGAAAAGCCTGGAAAGAGCAGCCGAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATCAATCAATCATGGCAGAAAAGCCTGGAAAGAGCAGCCGAGAC  150

seq1  AAACTCCCCTAAAAAAAGATTCTGAAACAGGCTGACTTCCTTATTACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCCCTAAAAAAAGATTCTGAAACAGGCTGACTTCCTTATTACTTG  200

seq1  GATCTTCCTATAAATACCTTCCCAAACTCTCCAAGATGGTTTTACTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCCTATAAATACCTTCCCAAACTCTCCAAGATGGTTTTACTTAAT  250

seq1  GTTTTCTGAAGATTTAAAAGGGGGAGAATGGAGAAAATTGTGATGGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGAAGATTTAAAAGGGGGAGAATGGAGAAAATTGTGATGGTGAA  300

seq1  AGCTCATGGCAGACAGCTATCCATGGGGAAGTCTTCAGTCTACTGCCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATGGCAGACAGCTATCCATGGGGAAGTCTTCAGTCTACTGCCACC  350

seq1  TATCAGGAATATAATCTTAACAGGACTGCTCATCCTTTCTGAACAGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGAATATAATCTTAACAGGACTGCTCATCCTTTCTGAACAGTAGT  400

seq1  GTCCTTGCCTGATCAGTGCTAGCCCTACCTATACCATGTGTAAATCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGCCTGATCAGTGCTAGCCCTACCTATACCATGTGTAAATCACAT  450

seq1  GAGACATAAACAAGGCAACTTGTGAAAAGCCCAGTCTACAGAGCAAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATAAACAAGGCAACTTGTGAAAAGCCCAGTCTACAGAGCAAATCC  500

seq1  CACCTGGCAAGCACACATCTTTCTTCTCTCTTCCTCTCCCGAGTGTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCAAGCACACATCTTTCTTCTCTCTTCCTCTCCCGAGTGTTTGT  550

seq1  GAGCCCGCTGTACACTGTGCATCATAAGAGGTGCTGATGGTGGGAGGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCGCTGTACACTGTGCATCATAAGAGGTGCTGATGGTGGGAGGTGA  600

seq1  GCTCGTTGGCTGGCTTCCTGTTCTCCTGCACCTCACA-TTCCTGTGACTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCGTTGGCTGGCTTCCTGTTCTCCTGCACCTCACATTTCCTGTGACTG  650

seq1  GGCAGACAACAATGTGATAAAGAAGGCATAGAGTGTGGAAGAACACCAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACAACAATGTGATAAAGAAGGCATAGAGTGTGGAAGAACACCAGA  700

seq1  A-GGCTATCAATGTGGTCAGGAGGTGGTA-GGGTGGAAGAGTGA  741
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGGCTATCAATGTGGTCAGGAGGTGGTAGGGGTGGAAGAGTGA  744