BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041B23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,886,706 - 10,077,000
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534
Upstream geneLOC100043106
Downstream gene4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik, Socs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041B23.bB6Ng01-041B23.g
ACCDH867877DH867878
length5381,009
definitionDH867877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041B23, 5' end.DH867878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041B23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,886,706 - 9,887,249)(10,075,994 - 10,077,000)
sequence
ttcttacccacacaggctctcaatcgatagctgtggaattgaaccgatgt
catcagccagtgttccatttctcctgctacaacagaatccctgtagacag
ctgggactggccctaggcagccacagtaatgtgcaggtgtgcctatggaa
cctgcttaatgccgcccagcatgccctgtgacagcaccatccctggtccc
agtcctcctccctcccacagtggaagtctggcatgattcccaagccctgt
gacatcgaccctcaagcatcctgaatgaggaccttatctcctcatgatga
gaactagggagatggcttagttggcactgtgcttgccttgcaagcaagag
aacccgagtttacctccaaacccctgtaaaataaaagccaagagtggctc
ccacctgtcatcctatcagtggggaggtatgagaggatctcgggtcttgt
tatccagtcagcctagcctagttggcaatctctctctcaatctctctctc
tctctctctctctctccctctcccgccccctcaccctc
gaattcatgctttcagattagaaatattcttacttgttcttgcaggggaa
atcatgctatgtagaacttctgtaatgaacactctgtatgacagagaagt
aagtttgctccatgtgacacactcaccaaattccaacaagatatgtctta
gggagaccagggaggtggctcagtgggtcaatgtgcttgctgaacaagca
tgagaaactgagttctaatcctcagcatcaggaaaaagctgggagtgaca
gcacaccccgtactccacctctgtgggagcaggcacaggaggccattgga
ctttctggctgccagactagcttcgggttcagtgagagactctgttgagg
gaataagggagagagtgacagagcaggacatccagcctgtgcatgtcaca
tgtgaacactaacacatacacagagcaggacatccagcctgggcatgtca
catgtgaacactaacacatacacagagcagggcatccagcctgtgcatgt
cacatgtgaacactaacacatacacagagcaggacatccaacatgtgaat
gtcacatgtgaacactaacacatacacagagcaggacatccagcctgtgc
atgtcacatgtgaacactaacacatacacagagcaggacatccagcctgt
gaatgtcacatgtgaacactaacacatacacagagcagggcatccagcct
gtgcatgtcatatgtgaacactaacacatacacagagcaggacatcccag
cctgtgcatgtcacatgtgaacactaacacatacacagagcaggacatcc
caacatgtgaaatgtcacatgtgaacactaacacatacacagaagcagga
catctagcctgtgcttgtctatgtgaacactaacacatacacagagcagg
acatttcaacatgtgaatgtcacatgtgaacactaacacatacacagaga
aggatttcagcctggcatggtcacatgtgaacactaacacataacagagc
agggcatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9886706_9887249
seq2: B6Ng01-041B23.b_45_588

seq1  GAATTCTTCTTACCCACACAGGCTCTCAATCGATAGCTGTGGAATTGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTACCCACACAGGCTCTCAATCGATAGCTGTGGAATTGAAC  50

seq1  CGATGTCATCAGCCAGTGTTCCATTTCTCCTGCTACAACAGAATCCCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTCATCAGCCAGTGTTCCATTTCTCCTGCTACAACAGAATCCCTGT  100

seq1  AGACAGCTGGGACTGGCCCTAGGCAGCCACAGTAATGTGCAGGTGTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTGGGACTGGCCCTAGGCAGCCACAGTAATGTGCAGGTGTGCCT  150

seq1  ATGGAACCTGCTTAATGCCGCCCAGCATGCCCTGTGACAGCACCATCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACCTGCTTAATGCCGCCCAGCATGCCCTGTGACAGCACCATCCCT  200

seq1  GGTCCCAGTCCTCCTCCCTCCCACAGTGGAAGTCTGGCATGATTCCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAGTCCTCCTCCCTCCCACAGTGGAAGTCTGGCATGATTCCCAAG  250

seq1  CCCTGTGACATCGACCCTCAAGCATCCTGAATGAGGACCTTATCTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGACATCGACCCTCAAGCATCCTGAATGAGGACCTTATCTCCTCA  300

seq1  TGATGAGAACTAGGGAGATGGCTTAGTTGGCACTGTGCTTGCCTTGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGAACTAGGGAGATGGCTTAGTTGGCACTGTGCTTGCCTTGCAAG  350

seq1  CAAGAGAACCCGAGTTTACCTCCAAACCCCTGTAAAATAAAAGCCAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAACCCGAGTTTACCTCCAAACCCCTGTAAAATAAAAGCCAAGAG  400

seq1  TGGCTCCCACCTGTCATCCTATCAGTGGGGAGGTATGAGAGGATCTCGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCCACCTGTCATCCTATCAGTGGGGAGGTATGAGAGGATCTCGGG  450

seq1  TCTTGTTATCCAGTCAGCCTAGCCTAGTTGGCAATCTCTCTCTCAATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTATCCAGTCAGCCTAGCCTAGTTGGCAATCTCTCTCTCAATCTC  500

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCGCCCCCTCTCCCTC  544
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCGCCCCCTCACCCTC  544

seq1: chr16_10075994_10077000
seq2: B6Ng01-041B23.g_68_1076 (reverse)

seq1  GGATGCCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATGTGA-CATGCACAG  49
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GGATGCCCTGCTCTGT-TATGTGTTAGTGTTCACATGTGACCATGC-CAG  48

seq1  GCTGGATGTCCTTCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATGTGACATTCAC  99
      ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCT-GAAATCCTTCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATGTGACATTCAC  97

seq1  ATGTTG-AATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATATGACATG  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  ATGTTGAAATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATA-GACAAG  146

seq1  CACAGGCTAGATGTCCTGC-TCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATGTGAC  197
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTAGATGTCCTGCTTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATGTGAC  196

seq1  A-TTCACATGTT-GGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATG  245
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACATGTTGGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCACATG  246

seq1  TGACATGCACAGGCT-GGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCAC  294
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGCACAGGCTGGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTCAC  296

seq1  ATATGACATGCACAGGCTGGATGCCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACATGCACAGGCTGGATGCCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGTTC  346

seq1  ACATGTGACATTCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGACATTCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGTGT  396

seq1  TCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTAGT  446

seq1  GTTCACATGTGACATTCACATGTTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACATGTGACATTCACATGTTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGTGTTA  496

seq1  GTGTTCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGCCCTGCTCTGTGTATGTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGCCCTGCTCTGTGTATGTGT  546

seq1  TAGTGTTCACATGTGACATGCCCAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTCACATGTGACATGCCCAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTGTATGT  596

seq1  GTTAGTGTTCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTCACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTTCACATGTGACATGCACAGGCTGGATGTCCTGCTCTGTCACT  646

seq1  CTCTCCCTTATTCCCTCAACAGAGTCTCTCACTGAACCCGAAGCTAGTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTTATTCCCTCAACAGAGTCTCTCACTGAACCCGAAGCTAGTCT  696

seq1  GGCAGCCAGAAAGTCCAATGGCCTCCTGTGCCTGCTCCCACAGAGGTGGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAGAAAGTCCAATGGCCTCCTGTGCCTGCTCCCACAGAGGTGGA  746

seq1  GTACGGGGTGTGCTGTCACTCCCAGCTTTTTCCTGATGCTGAGGATTAGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGGGGTGTGCTGTCACTCCCAGCTTTTTCCTGATGCTGAGGATTAGA  796

seq1  ACTCAGTTTCTCATGCTTGTTCAGCAAGCACATTGACCCACTGAGCCACC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTTTCTCATGCTTGTTCAGCAAGCACATTGACCCACTGAGCCACC  846

seq1  TCCCTGGTCTCCCTAAGACATATCTTGTTGGAATTTGGTGAGTGTGTCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGTCTCCCTAAGACATATCTTGTTGGAATTTGGTGAGTGTGTCAC  896

seq1  ATGGAGCAAACTTACTTCTCTGTCATACAGAGTGTTCATTACAGAAGTTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAAACTTACTTCTCTGTCATACAGAGTGTTCATTACAGAAGTTC  946

seq1  TACATAGCATGATTTCCCCTGCAAGAACAAGTAAGAATATTTCTAATCTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGCATGATTTCCCCTGCAAGAACAAGTAAGAATATTTCTAATCTG  996

seq1  AAAGCATGAATTC  1007
      |||||||||||||
seq2  AAAGCATGAATTC  1009