BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042I12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 45,548,942 - 45,701,307
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc9a10, Gcet2, BC016579, Tmprss7
Upstream geneBoc, LOC100043731, BC027231, Gtpbp8, Cd200r1, LOC271374, F630003A18Rik, Cd200r4, LOC546665, Cd200r2, Cd200r3, EG433021, Ccdc80, Slc35a5, Atg3, EG547267, Btla, Cd200, LOC385905, Gm609, LOC628681
Downstream geneTagln3, Abhd10, Phldb2, EG667418, Plcxd2, 4930546O09Rik, Cd96, AL024110, Pvrl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042I12.bB6Ng01-042I12.g
ACCDH868882DH868883
length1,1291,122
definitionDH868882|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I12, 5' end.DH868883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,700,158 - 45,701,307)(45,548,942 - 45,550,076)
sequence
gaattcaactcaagtcttccctttttttttcaagatacatacttagtgaa
ctgcaccattctccttgacctcaggggtcccactctttaatccttttgat
ttttaaacttttctgtttttatatcaccttattgcagtagaaataataaa
tatcgatgaataacctttacttgtactattattgtctttttccttgagag
tttcatacatgtatactatgaaatatgaccatgttaaccccccccatttt
ctccctctaactttccccatattcctccaccacacgttgctctccaaaca
catctcttcatttttatgatagctcattaatttgaattagtattacccat
aagtgcatcgaagggaggccatccactgaaacacagaaacacctaccatt
gggaacaccttcaagaaagaataattcttcctccccaagatctatcagtt
gccaatggctcatccataagggatagggtttggcaagcacctccccatca
gtgaaaggccccattcttcaggctaacatttggagactgggggaggtgct
aggctcataattattaacatgaatcttagagtgatccatacattcatatt
ctagcacatgtttatttttcatgtgctaaatgtcagactctgtctataca
gtccatatcctttaatgattataacagtctcaaaacatatttccataatt
tttctttttaaaacaggagaataaatctgattttgtgggccagatatagt
ggcacatttctttaatcccagttctagaggagcagaggtagacagatttc
tgtgagtttgagattagtctgatctacatagagttttaggccagccaggg
ctacagaatgagaccctttcttaaacaaacaaacaaacaaacaaacatgc
ccaaatttctgaattgtgaatactattatttccagccttataaatatcac
agcatatactaccttctgcatcagacccaggctgagcttcaggagtacct
gagtaaactgtggtctttgcacccaatagcacttgatctccccccccccc
accccggaacaatgcacatgaggacttttcaagtgtagctcagaatcaca
gattgtcgatttcctgacagctcagggtg
gaattcactgccagcttgggctaactgagactgtctctatacaaatgaag
acatgggcaagccaaagaaaactcagcaacaacaataaaacaataaaatg
gaaggaaaactgtctttggaacttaggaagaaatcagagaagcacaaagc
atttcatgtaaaaatatacaatgaggaattgccttcaggaaaagaagaca
atcacatcgtccaacaatgaaaagttactagtctgtcaggtgacagacca
aaaaaaacataaaagaaattgactgggcagagacaatgttttatttactt
ctatattcctctgccaagtaagcctgtatcctgaacaatgcatgtgagga
aatactgatttggggttcaggttgcagaaggttgcagtccatccatcata
aagggacactatgagggactgatatgacacacatcagccataaatgtcat
caattaccatggaaatacaaacaaggcacacaataagatatcacctctat
tgactcctattcaattgacatttgtaaaaaataaataaataaataaataa
ataaacaaacaaacaaatacataaataaatcctggctatggggatgtaga
ggtagctcactggttaagaacactgccagtttttccagcgaaccaggttt
tgttcccagcacccacatattggttcacaactatttgtaactctagttcc
aggagatgcaacgccctcttctgacaaaatcaggtactaagtatacacat
ggtacagaggcataaatgtagacaaaacatacttccacataaaacaatat
aagaataatgttttaagaattatttcttttatctttgagattatgatatt
ttatgtcgtttcctccttcactttcctccctactaaccctccatacagta
acactatatagactaagtgagttattttcatgtacttagaaaaaattaat
taaaataaaaaacttaatgttggtgagtatgtgaagattaggcactccta
tgaccattggtataaagtattcagttataggatccttaatgaagggtcct
taagaagctacaacagacttaatatagtccagtaacttagtaccctgagg
atcttgtactctgaagtcattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_45700158_45701307
seq2: B6Ng01-042I12.b_43_1171 (reverse)

seq1  CACCCCTTGAGCTGGGTCCAGAGAAATCGACATATCTGTGATTTCCTGAG  50
      |||||  |||||||    ||| |||||||||| ||||||||||  |||||
seq2  CACCC--TGAGCTG---TCAG-GAAATCGACA-ATCTGTGATT--CTGAG  41

seq1  CTACACCTGGAAAAAGTCTTCATTGTGCATTTGTTCTGGGGGTGGGGGGG  100
      |||||| ||  ||||||| ||| |||||| |||||| ||||  |||||||
seq2  CTACACTTG--AAAAGTCCTCA-TGTGCA-TTGTTCCGGGGTGGGGGGGG  87

seq1  GGGAGATCAAGTGCTATTTGAGTGCAAAGACCACAGTTTTACTCAGGTAC  150
      |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGGAGATCAAGTGCTA-TTGGGTGCAAAGACCACAG-TTTACTCAGGTAC  135

seq1  TCCCTGAAGCTCAGCCCTGGGTCTTGGATGCAGAAGGTAGTATTATGCTG  200
      | |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||||
seq2  T-CCTGAAGCTCAG-CCTGGGTCT--GATGCAGAAGGTAGTA-TATGCTG  180

seq1  TGATATTTATAAGGCTTGGAAATAATAGTATTCACAATTCAGAAATTTGG  250
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTATAAGGC-TGGAAATAATAGTATTCACAATTCAGAAATTTGG  229

seq1  GCATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAAGAAAGGGTCTCATTCTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAAGAAAGGGTCTCATTCTGTAG  279

seq1  CCCTGGCTGGCCTAAAACTCTATGTAGATCAGACTAATCTCAAACTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTGGCCTAAAACTCTATGTAGATCAGACTAATCTCAAACTCACA  329

seq1  GAAATCTGTCTACCTCTGCTCCTCTAGAACTGGGATTAAAGAAATGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGTCTACCTCTGCTCCTCTAGAACTGGGATTAAAGAAATGTGCC  379

seq1  ACTATATCTGGCCCACAAAATCAGATTTATTCTCCTGTTTTAAAAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATCTGGCCCACAAAATCAGATTTATTCTCCTGTTTTAAAAAGAAA  429

seq1  AATTATGGAAATATGTTTTGAGACTGTTATAATCATTAAAGGATATGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGAAATATGTTTTGAGACTGTTATAATCATTAAAGGATATGGAC  479

seq1  TGTATAGACAGAGTCTGACATTTAGCACATGAAAAATAAACATGTGCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGACAGAGTCTGACATTTAGCACATGAAAAATAAACATGTGCTAG  529

seq1  AATATGAATGTATGGATCACTCTAAGATTCATGTTAATAATTATGAGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAATGTATGGATCACTCTAAGATTCATGTTAATAATTATGAGCCT  579

seq1  AGCACCTCCCCCAGTCTCCAAATGTTAGCCTGAAGAATGGGGCCTTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTCCCCCAGTCTCCAAATGTTAGCCTGAAGAATGGGGCCTTTCAC  629

seq1  TGATGGGGAGGTGCTTGCCAAACCCTATCCCTTATGGATGAGCCATTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGGAGGTGCTTGCCAAACCCTATCCCTTATGGATGAGCCATTGGC  679

seq1  AACTGATAGATCTTGGGGAGGAAGAATTATTCTTTCTTGAAGGTGTTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATAGATCTTGGGGAGGAAGAATTATTCTTTCTTGAAGGTGTTCCC  729

seq1  AATGGTAGGTGTTTCTGTGTTTCAGTGGATGGCCTCCCTTCGATGCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTAGGTGTTTCTGTGTTTCAGTGGATGGCCTCCCTTCGATGCACTT  779

seq1  ATGGGTAATACTAATTCAAATTAATGAGCTATCATAAAAATGAAGAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAATACTAATTCAAATTAATGAGCTATCATAAAAATGAAGAGATG  829

seq1  TGTTTGGAGAGCAACGTGTGGTGGAGGAATATGGGGAAAGTTAGAGGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGAGAGCAACGTGTGGTGGAGGAATATGGGGAAAGTTAGAGGGAG  879

seq1  AAAATGGGGGGGGTTAACATGGTCATATTTCATAGTATACATGTATGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGGGGGGTTAACATGGTCATATTTCATAGTATACATGTATGAAA  929

seq1  CTCTCAAGGAAAAAGACAATAATAGTACAAGTAAAGGTTATTCATCGATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAGGAAAAAGACAATAATAGTACAAGTAAAGGTTATTCATCGATA  979

seq1  TTTATTATTTCTACTGCAATAAGGTGATATAAAAACAGAAAAGTTTAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTTCTACTGCAATAAGGTGATATAAAAACAGAAAAGTTTAAAA  1029

seq1  ATCAAAAGGATTAAAGAGTGGGACCCCTGAGGTCAAGGAGAATGGTGCAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGGATTAAAGAGTGGGACCCCTGAGGTCAAGGAGAATGGTGCAG  1079

seq1  TTCACTAAGTATGTATCTTGAAAAAAAAAGGGAAGACTTGAGTTGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAAGTATGTATCTTGAAAAAAAAAGGGAAGACTTGAGTTGAATTC  1129

seq1: chr16_45548942_45550076
seq2: B6Ng01-042I12.g_65_1186

seq1  GAATTCACTGCCAGCTTGGGCTAACTGAGACTGTCTCTATACAAATGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCAGCTTGGGCTAACTGAGACTGTCTCTATACAAATGAAG  50

seq1  ACATGGGCAAGCCAAAGAAAACTCAGCAACAACAATAAAACAATAAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGCAAGCCAAAGAAAACTCAGCAACAACAATAAAACAATAAAATG  100

seq1  GAAGGAAAACTGTCTTTGGAACTTAGGAAGAAATCAGAGAAGCACAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAACTGTCTTTGGAACTTAGGAAGAAATCAGAGAAGCACAAAGC  150

seq1  ATTTCATGTAAAAATATACAATGAGGAATTGCCTTCAGGAAAAGAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATGTAAAAATATACAATGAGGAATTGCCTTCAGGAAAAGAAGACA  200

seq1  ATCACATCGTCCAACAATGAAAAGTTACTAGTCTGTCAGGTGACAGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCGTCCAACAATGAAAAGTTACTAGTCTGTCAGGTGACAGACCA  250

seq1  AAAAAAACATAAAAGAAATTGACTGGGCAGAGACAATGTTTTATTTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACATAAAAGAAATTGACTGGGCAGAGACAATGTTTTATTTACTT  300

seq1  CTATATTCCTCTGCCAAGTAAGCCTGTATCCTGAACAATGCATGTGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTCCTCTGCCAAGTAAGCCTGTATCCTGAACAATGCATGTGAGGA  350

seq1  AATACTGATTTGGGGTTCAGGTTGCAGAAGGTTGCAGTCCATCCATCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGATTTGGGGTTCAGGTTGCAGAAGGTTGCAGTCCATCCATCATA  400

seq1  AAGGGACACTATGAGGGACTGATATGACACACATCAGCCATAAATGTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACACTATGAGGGACTGATATGACACACATCAGCCATAAATGTCAT  450

seq1  CAATTACCATGGAAATACAAACAAGGCACACAATAAGATATCACCTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACCATGGAAATACAAACAAGGCACACAATAAGATATCACCTCTAT  500

seq1  TGACTCCTATTCAATTGACATTTGTAAAAAATAAATAAATAAATAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCTATTCAATTGACATTTGTAAAAAATAAATAAATAAATAAATAA  550

seq1  ATAAACAAACAAACAAATACATAAATAAATCCTGGCTATGGGGATGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAAACAAACAAATACATAAATAAATCCTGGCTATGGGGATGTAGA  600

seq1  GGTAGCTCACTGGTTAAGAACACTGCCAGTTTTTCCAGCGAACCAGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTCACTGGTTAAGAACACTGCCAGTTTTTCCAGCGAACCAGGTTT  650

seq1  TGTTCCCAGCACCCACATATTGGTTCACAACTATTTGTAACTCTAGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCAGCACCCACATATTGGTTCACAACTATTTGTAACTCTAGTTCC  700

seq1  AGGAGATGCAACGCCCTCTTCTGACAAAATCAGGTACTAAGTATACACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGCAACGCCCTCTTCTGACAAAATCAGGTACTAAGTATACACAT  750

seq1  GGTACAGAGGCATAAATGTAGACAAAACATACTTCCACATAAAACAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGAGGCATAAATGTAGACAAAACATACTTCCACATAAAACAATAT  800

seq1  AAGAATAATGTTTTAAGAATTATTTCTTTTATCTTTGAGATTATGATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAATGTTTTAAGAATTATTTCTTTTATCTTTGAGATTATGATATT  850

seq1  TTATGTCGTTTCCTCCTTCACTTTCCTCCCTACTAACCCTCCATACAAGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATGTCGTTTCCTCCTTCACTTTCCTCCCTACTAACCCTCCATAC-AGT  899

seq1  AACACTATATAGACTAAGTGAGTTATTTTCATGTACTTAGAAAAAAATTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACACTATATAGACTAAGTGAGTTATTTTCATGTACTTAG-AAAAAATTA  948

seq1  ATTAAAAATAAAAAAACTTAATGTTGGTGAGTATGTGAAGAATAGGCACT  1000
      |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTAAAA--TAAAAAACTTAATGTTGGTGAGTATGTGAAGATTAGGCACT  996

seq1  CCTATGAACCATTGGTATAAAGTAATTCAGTTATAGGATCCTTAATGAAG  1050
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATG-ACCATTGGTATAAAGT-ATTCAGTTATAGGATCCTTAATGAAG  1044

seq1  GGTCCTTAAGAAGCTACAAACAGAACTAAATATAGTCCAGTAAACTTAGT  1100
      ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTCCTTAAGAAGCTAC-AACAG-ACTTAATATAGTCCAGT-AACTTAGT  1091

seq1  ACCTTGAAGGGATACTTGTACTCTGATGTTCATTT  1135
      ||| |||  |||| |||||||||||| | ||||||
seq2  ACCCTGA--GGAT-CTTGTACTCTGAAG-TCATTT  1122