BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043J19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,002,569 - 92,157,519
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrps6, Slc5a3
Upstream geneSynj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939, LOC665947, Ifngr2, Tmem50b, ORF28, Gart, Son, Donson, Cryzl1, LOC100040653, Itsn1, Atp5o
Downstream geneKcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1, EG666023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043J19.bB6Ng01-043J19.g
ACCDH869621DH869622
length1,1391,017
definitionDH869621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J19, 5' end.DH869622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,002,569 - 92,003,704)(92,156,502 - 92,157,519)
sequence
gaattcaggtttcttccgggtgctggagacttgagtccaggatgtcaagt
gtgcgcatccctgagtgatacccccaaccacctgctccactgttcatatg
gttttctgttcacatcgttttccctgcaggtgtatgtgtgtgtgcctgtt
cttgcatgtgcagacatgtgtgtgcacatgtatgtttgggttagaggata
actccagctgtcattttacaggttccatccgtcttactgtttaagtcagt
gtctctcgttggcctggagattactgattaggctggactggcctgcccgg
tgcacccagggctctacctgccttcatttcccaaagcactaagattccaa
gtgagcaacagcatccttgacttttttacgtggaccctggggatctagct
ctggtccccctgccagccaaagtatattaccagttgctggatcttctcag
ccatggctactcatctctaagccttcgtttcctcatctctctctctcttt
ctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacgacgaaatgatctccactctgttcatgccatagatga
agacccagtgtaaggtgttgtctgaaagccttgaatgatctccactctgt
tcatttcatagatgaatttccagtgtaaggtgttgtctgaaagccttttg
tgagcttgccaggacacttgcgagttgctatgggtaccaccaagagcttg
gcttttgggtttcgatagatgacatcccactagtcagtataatcttgtgg
cattatttgctatcaacagaatgtggaaatctgaagaaagaaacccacag
tgctagacatggctgcggtgggtggctgggggatctctcaggatgagaat
ttgccaagcaggctcaaggtcctggttcaatctccacaccaaaaacaaaa
tgaattcattgtctccaagtcaaacgtcagtggtgaaagttggtgggtta
gaaaccttgaacttgatcctctgaacttcaaattcctagtctcatgtagg
gagaagctggctgcctctcacctgtccttgagaatctggaatgcccaaaa
gaaggctcttatttacctctaccaatgaatttgagctcc
gaattccaggtagatcaccatgccacccggaatcagtgagggtttctagg
gatctgaactatggtcctcaaacttccaatggctttaacagccaagctac
ctccccagcagttaaaacaatttttaatgaagcaaatgacaaaattgcct
gcctgaagatgaaatagaatcacctattataaaaaaaaatgtttgagcaa
gttaaaagcctgcattctgatttcctccatattatcttctggggaggggg
agagcatggcgggggaggcggaggaaggatgcattttcccaagttttcag
ctaaaagtcagtcagcccaaggcccactcaggtaccagttactgaggggc
ctgggactgcctcaagtttcttgactagaaagacttagacacgggacgcg
agggtgccagagagctggaggcgtccagtccctgtgttgtttcccggtgc
ttccagtcactgttctgcagggctttgaggcaccatggaagccataggaa
gctgtggatgacaggatggagtccttagatctagaataggctccttggtc
tgggagccaacaccaatcctggctctgccatcttccacatggtgggggag
tacaagccaaggcttttgcaggagtccattttcttatgtaaccaatgggg
gttagtgaaaaaacccattgagtcagctaatgcatatgtgaccctgagga
ggaacctgtgctcagagagcatcaactgcacagaagaggagaagggaaac
catgttccatgaatacagagctctgcctggagtggcaggacagggacagg
gaaatgctgccccagatgacagggatgggaaacacaaataaatggtttga
agggggagcctgattatagagcaagcagtggtgtgccccacatcaccatc
ccaagatatgagtggtcaagatagggtgatgctgacatttgtgacacaca
cacacactatacacacacggtacaccaggcacacaatggagcattctttt
atcttgacagtggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92002569_92003704
seq2: B6Ng01-043J19.b_48_1186

seq1  GAATTCAGGTTTCTTCCGGGTGCTGGAGACTTGAGTCCAGGATGTCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTTCTTCCGGGTGCTGGAGACTTGAGTCCAGGATGTCAAGT  50

seq1  GTGCGCATCCCTGAGTGATACCCCCAACCACCTGCTCCACTGTTCATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCATCCCTGAGTGATACCCCCAACCACCTGCTCCACTGTTCATATG  100

seq1  GTTTTCTGTTCACATCGTTTTCCCTGCAGGTGTATGTGTGTGTGCCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGTTCACATCGTTTTCCCTGCAGGTGTATGTGTGTGTGCCTGTT  150

seq1  CTTGCATGTGCAGACATGTGTGTGCACATGTATGTTTGGGTTAGAGGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGTGCAGACATGTGTGTGCACATGTATGTTTGGGTTAGAGGATA  200

seq1  ACTCCAGCTGTCATTTTACAGGTTCCATCCGTCTTACTGTTTAAGTCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCTGTCATTTTACAGGTTCCATCCGTCTTACTGTTTAAGTCAGT  250

seq1  GTCTCTCGTTGGCCTGGAGATTACTGATTAGGCTGGACTGGCCTGCCCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCGTTGGCCTGGAGATTACTGATTAGGCTGGACTGGCCTGCCCGG  300

seq1  TGCACCCAGGGCTCTACCTGCCTTCATTTCCCAAAGCACTAAGATTCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCAGGGCTCTACCTGCCTTCATTTCCCAAAGCACTAAGATTCCAA  350

seq1  GTGAGCAACAGCATCCTTGACTTTTTTACGTGGACCCTGGGGATCTAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAACAGCATCCTTGACTTTTTTACGTGGACCCTGGGGATCTAGCT  400

seq1  CTGGTCCCCCTGCCAGCCAAAGTATATTACCAGTTGCTGGATCTTCTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCCCTGCCAGCCAAAGTATATTACCAGTTGCTGGATCTTCTCAG  450

seq1  CCATGGCTACTCATCTCTAAGCCTTCGTTTCCTCATCTCTCTCTCTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTACTCATCTCTAAGCCTTCGTTTCCTCATCTCTCTCTCTCTTT  500

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACA  550

seq1  CACACACACACACGACGAAATGATCTCCACTCTGTTCATGCCATAGATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACGACGAAATGATCTCCACTCTGTTCATGCCATAGATGA  600

seq1  AGACCCAGTGTAAGGTGTTGTCTGAAAGCCTTGAATGATCTCCACTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGTGTAAGGTGTTGTCTGAAAGCCTTGAATGATCTCCACTCTGT  650

seq1  TCATTTCATAGATGAATTTCCAGTGTAAGGTGTTGTCTGAAAGCCTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCATAGATGAATTTCCAGTGTAAGGTGTTGTCTGAAAGCCTTTTG  700

seq1  TGAGCTTGCCAGGACACTTGCGAGTTGCTATGGGTACCACCAAGAGCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGCCAGGACACTTGCGAGTTGCTATGGGTACCACCAAGAGCTTG  750

seq1  GCTTTTGGGTTTCGATAGATGACATCCCACTAGTCAGTATAATCTTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGGGTTTCGATAGATGACATCCCACTAGTCAGTATAATCTTGTGG  800

seq1  CATTATTTGCTATCAACAGAATGTGGAAATCTGAAGAAAGAAACCCACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTGCTATCAACAGAATGTGGAAATCTGAAGAAAGAAACCCACAG  850

seq1  TGCTAGACATGGCTGCGGTGGGTGGCTGGGGGATCTCTCAGGGATGAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCTAGACATGGCTGCGGTGGGTGGCTGGGGGATCTCTCA-GGATGAGAA  899

seq1  TTTGCCAAGCAGGCTCAAGGTCCTGGGTTCAATCTCCACACCAAAAACAA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAAGCAGGCTCAAGGTCCT-GGTTCAATCTCCACACCAAAAACAA  948

seq1  AATGAATTCATTGTCTCCAAGTCAAACGTCAGT-GTGAAAGTTGGTGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGAATTCATTGTCTCCAAGTCAAACGTCAGTGGTGAAAGTTGGTGGGT  998

seq1  TAGAAACC-TGAACTTGAT-CTCTGAACTTCAAATTCCTAGTCCTATGTA  1047
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  TAGAAACCTTGAACTTGATCCTCTGAACTTCAAATTCCTAGTCTCATGTA  1048

seq1  GGGAAGAGCTGGCTGCCTCTCA-CTGTCCTGGAGACTC-GAGATGCCACA  1095
      ||||  |||||||||||||||| ||||||| |||| || |  ||||| ||
seq2  GGGAGAAGCTGGCTGCCTCTCACCTGTCCTTGAGAATCTGGAATGCC-CA  1097

seq1  AAAGAA-GCTCTTATTTATACTCTACCAAATGA--TTGAGCTCC  1136
      |||||| |||||||||||  ||||||| |||||  |||||||||
seq2  AAAGAAGGCTCTTATTTA-CCTCTACC-AATGAATTTGAGCTCC  1139

seq1: chr16_92156502_92157519
seq2: B6Ng01-043J19.g_67_1083 (reverse)

seq1  CCTTCCACTGTCAGAATAAAAGAATGCT-CATTGTGTGCCT-GTGTA-CG  47
      |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||
seq2  CCTTCCACTGTCAAGATAAAAGAATGCTCCATTGTGTGCCTGGTGTACCG  50

seq1  TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTCACAAATGTCAGCATCACCCTATCT  97
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAT-AGTGTGTGTGTGTGTCACAAATGTCAGCATCACCCTATCT  99

seq1  TTGAACCACTCATATCTTGGGATGGTGATGTGGGGCACACCACCTGCTTG  147
      |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  T--GACCACTCATATCTTGGGATGGTGATGTGGGGCACACCA-CTGCTTG  146

seq1  CTCTATAATCAGGCTCCCCCTTCAAACCATTTATTTGTGTTTCCCATCCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAATCAGGCTCCCCCTTCAAACCATTTATTTGTGTTTCCCATCCC  196

seq1  TGTCATCTGGGGCAGCATTTCCCTGTCCCTGTCCTGCCACTCCAGGCAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTGGGGCAGCATTTCCCTGTCCCTGTCCTGCCACTCCAGGCAGA  246

seq1  GCTCTGTATTCATGGAACATGGTTTCCCTTCTCCTCTTCTGTGCAGTTGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTATTCATGGAACATGGTTTCCCTTCTCCTCTTCTGTGCAGTTGA  296

seq1  TGCTCTCTGAGCACAGGTTCCTCCTCAGGGTCACATATGCATTAGCTGAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTGAGCACAGGTTCCTCCTCAGGGTCACATATGCATTAGCTGAC  346

seq1  TCAATGGGTTTTTTCACTAACCCCCATTGGTTACATAAGAAAATGGACTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGGTTTTTTCACTAACCCCCATTGGTTACATAAGAAAATGGACTC  396

seq1  CTGCAAAAGCCTTGGCTTGTACTCCCCCACCATGTGGAAGATGGCAGAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAAAGCCTTGGCTTGTACTCCCCCACCATGTGGAAGATGGCAGAGC  446

seq1  CAGGATTGGTGTTGGCTCCCAGACCAAGGAGCCTATTCTAGATCTAAGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTGGTGTTGGCTCCCAGACCAAGGAGCCTATTCTAGATCTAAGGA  496

seq1  CTCCATCCTGTCATCCACAGCTTCCTATGGCTTCCATGGTGCCTCAAAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCTGTCATCCACAGCTTCCTATGGCTTCCATGGTGCCTCAAAGC  546

seq1  CCTGCAGAACAGTGACTGGAAGCACCGGGAAACAACACAGGGACTGGACG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAACAGTGACTGGAAGCACCGGGAAACAACACAGGGACTGGACG  596

seq1  CCTCCAGCTCTCTGGCACCCTCGCGTCCCGTGTCTAAGTCTTTCTAGTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCTCTCTGGCACCCTCGCGTCCCGTGTCTAAGTCTTTCTAGTCA  646

seq1  AGAAACTTGAGGCAGTCCCAGGCCCCTCAGTAACTGGTACCTGAGTGGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTGAGGCAGTCCCAGGCCCCTCAGTAACTGGTACCTGAGTGGGC  696

seq1  CTTGGGCTGACTGACTTTTAGCTGAAAACTTGGGAAAATGCATCCTTCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTGACTGACTTTTAGCTGAAAACTTGGGAAAATGCATCCTTCCT  746

seq1  CCGCCTCCCCCGCCATGCTCTCCCCCTCCCCAGAAGATAATATGGAGGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTCCCCCGCCATGCTCTCCCCCTCCCCAGAAGATAATATGGAGGAA  796

seq1  ATCAGAATGCAGGCTTTTAACTTGCTCAAACATTTTTTTTTATAATAGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATGCAGGCTTTTAACTTGCTCAAACATTTTTTTTTATAATAGGT  846

seq1  GATTCTATTTCATCTTCAGGCAGGCAATTTTGTCATTTGCTTCATTAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTATTTCATCTTCAGGCAGGCAATTTTGTCATTTGCTTCATTAAAA  896

seq1  ATTGTTTTAACTGCTGGGGAGGTAGCTTGGCTGTTAAAGCCATTGGAAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTAACTGCTGGGGAGGTAGCTTGGCTGTTAAAGCCATTGGAAGT  946

seq1  TTGAGGACCATAGTTCAGATCCCTAGAAACCCTCACTGATTCCGGGTGGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACCATAGTTCAGATCCCTAGAAACCCTCACTGATTCCGGGTGGC  996

seq1  ATGGTGATCTACCTGGAATTC  1018
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATCTACCTGGAATTC  1017