BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044P20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,034,845 - 92,161,214
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrps6, Slc5a3
Upstream gene1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939, LOC665947, Ifngr2, Tmem50b, ORF28, Gart, Son, Donson, Cryzl1, LOC100040653, Itsn1, Atp5o
Downstream geneKcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1, EG666023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044P20.bB6Ng01-044P20.g
ACCDH870582DH870583
length1,0731,137
definitionDH870582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044P20, 5' end.DH870583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,034,845 - 92,035,931)(92,160,083 - 92,161,214)
sequence
gaattcaacaaaaggagtgaaaagctgtcttgctgagaaccacacggaat
taaaggggcctgaccaaactccgaagagacagctgtgtccggggcctggt
agatgacagcactccttacactgatgttcaggtccgacagaatccctgtg
gaagatccaggcacccttttgggttttacagaaattgacaaggtggtctt
tcagctcctatagaagcacaagggaccccaccctagctaaaacaaccctg
caaaagaagaaagcagccagcaggctcccacagactcacgtggagtcaca
gacagctgtgagccacctgatgtgggtgctgggaactgaacttcggccct
ctgaaagagtggcaggtgctgtcaactgctgagccatctctctagaccct
tacttttaatttttaaaattagcttacaagatgagttgtttatgtgaggt
ttcacacatagttcatttcggttggttcttcttgccccttgcatcaccct
ccccctatctccttgcccacctgcttctccctccccctctccctccaccc
tggtgtctctctggcgccccccccccccttttgcatctccatctccctgg
ctgcccctgcatctccctgccccctgcatctccctctcccctttccctct
gccctctggtatccctgccccccaccccatatcttcatctccctgactcc
cctgtgtcttcctgaatctccccccccatctccctgcccccctcctaccg
gtcccttctgttcccagcattcctgtcttctgcttcattctattgtcttt
cctgactcttccagcttctttcatgtgcacaatggagctattttgtctaa
ccttggcccttatcaggaagtttaaagaagatacaatgtattgttcgaac
attgcttctatcaactaagcccagacatgttggtcatattatacgttata
tagattttgatgtttaagtctgattctgttttcactgggagtccagaaga
gcagatgatcaaagactcgctctccctccaagcatctggcggttttcttt
ttgtgagggttggttcctggcaa
gaattcaaacaggaacccaagaaaaactgtattttgagcttagtcttgtc
aacctaggataaagtctaattgagagcaaagcatagtctatctgctaggg
attgagcccaggaagacagatccgagcagctgtgaggatgcctgtcactc
tacaaagcggacttggagcttgagttgacagtccctggatttgttggact
tgtgaatagagctggaggaagttaaggcttagaaggaattggcacaggta
gcctagtgcacagaaggccagaaggggtccccagtgtcccaaagctcaaa
tggaatcaaaaccaggtatgcttgcagcccagttcaaaagctctgctgca
gacctctctgagaccttactaacaatggctgccgagttcttgttttcctt
tgatcctctcaatgaagagccagcatccatgtagaaatatgtttcttgca
caagataaaacctcatgaggaatgctgaggcttgccccgccccagcatag
ctgttgccattttgttccatgcctgccagctatttcatattgttgctgta
atatgcctacccgtcaccgatgcagaaaaataacttgacacagagcaggg
tcatgctgaccacgtaccctgttacattctgtgtgttctgaggcttgcta
atcttaaggaattctacaactataagcttcacataggacccattgaatta
aaggtcaatatgaactgttatgtctaaaatggcttgtgccagggccgacc
attgaggggcacttccagcacctgtgtgtgagctcactgtggtttttgca
gttttagcctttgtaagctgcccctgagaaatgtccagcacacacctgta
agctgttatcctggtcagtccgtcttgaggggtgcgttcaagaaaccatc
cctgtttaactgagattgatgttcttgtggtttgtggggcgactcctgga
ccccaacaggttggacccagaacacagcaaggtcgatcctgactgtccct
gcccacctaggaatcgtggtgaaccctcggatcggagaagggatgattca
attctcagactggagaattatgcagcttttaccggaacagaccgggaaga
ttgtttgcattgtattttcttatagttcatggctgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92034845_92035931
seq2: B6Ng01-044P20.b_46_1118

seq1  GAATTCAACAAAAGGAGTGAAAAGCTGTCTTGCTGAGAACCACACGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAAGGAGTGAAAAGCTGTCTTGCTGAGAACCACACGGAAT  50

seq1  TAAAGGGGCCTGACCAAACTCCGAAGAGACAGCTGTGTCCGGGGCCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGGCCTGACCAAACTCCGAAGAGACAGCTGTGTCCGGGGCCTGGT  100

seq1  AGATGACAGCACTCCTTACACTGATGTTCAGGTCCGACAGAATCCCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAGCACTCCTTACACTGATGTTCAGGTCCGACAGAATCCCTGTG  150

seq1  GAAGATCCAGGCACCCTTTTGGGTTTTACAGAAATTGACAAGGTGGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCCAGGCACCCTTTTGGGTTTTACAGAAATTGACAAGGTGGTCTT  200

seq1  TCAGCTCCTATAGAAGCACAAGGGACCCCACCCTAGCTAAAACAACCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTATAGAAGCACAAGGGACCCCACCCTAGCTAAAACAACCCTG  250

seq1  CAAAAGAAGAAAGCAGCCAGCAGGCTCCCACAGACTCACGTGGAGTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAGAAAGCAGCCAGCAGGCTCCCACAGACTCACGTGGAGTCACA  300

seq1  GACAGCTGTGAGCCACCTGATGTGGGTGCTGGGAACTGAACTTCGGCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTGTGAGCCACCTGATGTGGGTGCTGGGAACTGAACTTCGGCCCT  350

seq1  CTGAAAGAGTGGCAGGTGCTGTCAACTGCTGAGCCATCTCTCTAGACCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGAGTGGCAGGTGCTGTCAACTGCTGAGCCATCTCTCTAGACCCT  400

seq1  TACTTTTAATTTTTAAAATTAGCTTACAAGATGAGTTGTTTATGTGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTAATTTTTAAAATTAGCTTACAAGATGAGTTGTTTATGTGAGGT  450

seq1  TTCACACATAGTTCATTTCGGTTGGTTCTTCTTGCCCCTTGCATCACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACATAGTTCATTTCGGTTGGTTCTTCTTGCCCCTTGCATCACCCT  500

seq1  CCCCCTATCTCCTTGCCCACCTGCTTCTCCCTCCCCCTCTCCCTCCACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTATCTCCTTGCCCACCTGCTTCTCCCTCCCCCTCTCCCTCCACCC  550

seq1  TGGTGTCTCTCTGGCGCCCCCCCCCCCCTTTTGCATCTCCATCTCCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTCTCTGGCGCCCCCCCCCCCCTTTTGCATCTCCATCTCCCTGG  600

seq1  CTGCCCCTGCATCTCCCTGCCCCCTGCATCTCCCTCTCCCCTTTCCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTGCATCTCCCTGCCCCCTGCATCTCCCTCTCCCCTTTCCCTCT  650

seq1  GCCCTCTGGTATCCCTGCCCCCCACCCCATATCTTCATCTCCCTGACTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGGTATCCCTGCCCCCCACCCCATATCTTCATCTCCCTGACTCC  700

seq1  CCTGTGTCTTCCTGAATCTCCCCCCCCATCTCCCTGCCCCCCTCCTACCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTTCCTGAATCTCCCCCCCCATCTCCCTGCCCCCCTCCTACCG  750

seq1  GTCCCTTCTGTTCCCAGCATTCCTGTCTTCTGCTTCATTCTATTGTC-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCCCTTCTGTTCCCAGCATTCCTGTCTTCTGCTTCATTCTATTGTCTTT  800

seq1  CCTGACTCTTCCAGCTTC-TTCATGTGCACAATGGAGCTAATTGTGTCTA  848
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CCTGACTCTTCCAGCTTCTTTCATGTGCACAATGGAGCT-ATTTTGTCTA  849

seq1  ACCTTGGCCCTTATCAGGAAGTTTAAAGAAGATACAATGTATTGTTCGAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACCTTGGCCCTTATCAGGAAGTTTAAAGAAGATACAATGTATTGTTCG-A  898

seq1  ACATTGCTTCTATCAGACTAAGCCCAGACATGTTGGTCATTATTATTACT  948
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| 
seq2  ACATTGCTTCTATCA-ACTAAGCCCAGACATGTTGGTCA-TATTA-TAC-  944

seq1  GTTATATAGATTTTTGATGTTTTAAGTCTGATTCTGTTTTTCATCTGGGA  998
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GTTATATAGA-TTTTGATG-TTTAAGTCTGATTCTG-TTTTCA-CTGGGA  990

seq1  GTCTCAGAAAGAGCAGATGAATCAAAGACTCGCTCTCCCTCCCAGCATCT  1048
      ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTC-CAG-AAGAGCAGATG-ATCAAAGACTCGCTCTCCCTCCAAGCATCT  1037

seq1  GCTGGTTTTCCTTTTGGTGATGGTGTTGGTTCCTGGCAA  1087
      |  |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||
seq2  GGCGGTTTT-CTTTTTGTGA--GGGTTGGTTCCTGGCAA  1073

seq1: chr16_92160083_92161214
seq2: B6Ng01-044P20.g_67_1203 (reverse)

seq1  GGCAGCCATG-ACTGTA--GAAATACAAATGC-AACCATCTTCCC-GTCT  45
      |||||||||| ||| ||   |||||| ||||| ||| |||||||| ||||
seq2  GGCAGCCATGAACTATAAGAAAATAC-AATGCAAACAATCTTCCCGGTCT  49

seq1  GTTCCGGTAAAAGCTGCCATAATTCTCCAGTCTGAGAA-TGGATCATCCC  94
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||
seq2  GTTCCGGTAAAAGCTG-CATAATTCTCCAGTCTGAGAATTGAATCATCCC  98

seq1  CTCT-CGATCCGGAGGGTTCA-CACGATTCCTAGGTGGGCAGGGACAGTC  142
       ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCGATCC-GAGGGTTCACCACGATTCCTAGGTGGGCAGGGACAGTC  147

seq1  AGGATCGACCTTGCTGTGTTCTGGGTCCATCTTGTTGGGGTCCAGGAGTC  192
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGACCTTGCTGTGTTCTGGGTCCAACCTGTTGGGGTCCAGGAGTC  197

seq1  GCCCCACAAACCACAAGAACATCAATCTCAGTTAAACAGGGATGGTTTCT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACAAACCACAAGAACATCAATCTCAGTTAAACAGGGATGGTTTCT  247

seq1  TGAACGCACCCCTCAAGACGGACTGACCAGGATAACAGCTTACAGGTGTG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGCACCCCTCAAGACGGACTGACCAGGATAACAGCTTACAGGTGTG  297

seq1  TGCTGGACATTTCTCAGGGGCAGCTTACAAAGGCTAAAACTGCAAAAACC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGACATTTCTCAGGGGCAGCTTACAAAGGCTAAAACTGCAAAAACC  347

seq1  ACAGTGAGCTCACACACAGGTGCTGGAAGTGCCCCTCAATGGTCGGCCCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGCTCACACACAGGTGCTGGAAGTGCCCCTCAATGGTCGGCCCT  397

seq1  GGCACAAGCCATTTTAGACATAACAGTTCATATTGACCTTTAATTCAATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAAGCCATTTTAGACATAACAGTTCATATTGACCTTTAATTCAATG  447

seq1  GGTCCTATGTGAAGCTTATAGTTGTAGAATTCCTTAAGATTAGCAAGCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATGTGAAGCTTATAGTTGTAGAATTCCTTAAGATTAGCAAGCCT  497

seq1  CAGAACACACAGAATGTAACAGGGTACGTGGTCAGCATGACCCTGCTCTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACACAGAATGTAACAGGGTACGTGGTCAGCATGACCCTGCTCTG  547

seq1  TGTCAAGTTATTTTTCTGCATCGGTGACGGGTAGGCATATTACAGCAACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGTTATTTTTCTGCATCGGTGACGGGTAGGCATATTACAGCAACA  597

seq1  ATATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAACAAAATGGCAACAGCTATGCTGGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAACAAAATGGCAACAGCTATGCTGGG  647

seq1  GCGGGGCAAGCCTCAGCATTCCTCATGAGGTTTTATCTTGTGCAAGAAAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGGCAAGCCTCAGCATTCCTCATGAGGTTTTATCTTGTGCAAGAAAC  697

seq1  ATATTTCTACATGGATGCTGGCTCTTCATTGAGAGGATCAAAGGAAAACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTACATGGATGCTGGCTCTTCATTGAGAGGATCAAAGGAAAACA  747

seq1  AGAACTCGGCAGCCATTGTTAGTAAGGTCTCAGAGAGGTCTGCAGCAGAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCGGCAGCCATTGTTAGTAAGGTCTCAGAGAGGTCTGCAGCAGAG  797

seq1  CTTTTGAACTGGGCTGCAAGCATACCTGGTTTTGATTCCATTTGAGCTTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAACTGGGCTGCAAGCATACCTGGTTTTGATTCCATTTGAGCTTT  847

seq1  GGGACACTGGGGACCCCTTCTGGCCTTCTGTGCACTAGGCTACCTGTGCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACTGGGGACCCCTTCTGGCCTTCTGTGCACTAGGCTACCTGTGCC  897

seq1  AATTCCTTCTAAGCCTTAACTTCCTCCAGCTCTATTCACAAGTCCAACAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTCTAAGCCTTAACTTCCTCCAGCTCTATTCACAAGTCCAACAA  947

seq1  ATCCAGGGACTGTCAACTCAAGCTCCAAGTCCGCTTTGTAGAGTGACAGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGGACTGTCAACTCAAGCTCCAAGTCCGCTTTGTAGAGTGACAGG  997

seq1  CATCCTCACAGCTGCTCGGATCTGTCTTCCTGGGCTCAATCCCTAGCAGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCACAGCTGCTCGGATCTGTCTTCCTGGGCTCAATCCCTAGCAGA  1047

seq1  TAGACTATGCTTTGCTCTCAATTAGACTTTATCCTAGGTTGACAAGACTA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTATGCTTTGCTCTCAATTAGACTTTATCCTAGGTTGACAAGACTA  1097

seq1  AGCTCAAAATACAGTTTTTCTTGGGTTCCTGTTTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAATACAGTTTTTCTTGGGTTCCTGTTTGAATTC  1137