BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047I15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 26,173,433 - 26,255,015
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene5430420C16Rik, Trp63, LOC100043571, Leprel1
Downstream geneCldn1, Cldn16, LOC100043057, Il1rap, Gm606
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047I15.bB6Ng01-047I15.g
ACCDH872372DH872373
length1,115899
definitionDH872372|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047I15, 5' end.DH872373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047I15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,253,877 - 26,255,015)(26,173,433 - 26,174,156)
sequence
gggtgttaccaaaactttgagaatcaatttttgcaagcagcttaacacac
agtgtgctctagaatagtttatttttcgttatgaatattctgtctctgtg
aaaatggcttgcatcaaggagtgttaaactgcttcttagggaagttttct
ctacactaacccctcacaggccagctttgccccataaaggatcctactcc
gaagcaaggagaaatcatggtgctcagaacgagtccttaacacaaatact
caaggaaggtacctaggagctactgttgattccaaagctggggcaatgca
atgcatacgagactggggtagatgagcctgcatgaagttggcatgacata
gtgagggatgaaggcagagaaagaggaaggagggaacaaagctgaggcat
gctacctgctacaaacctgaagaggattctaatagacaaatacgagacaa
atttgaccaccaaaataattaaatataataacaaataataaaacattcca
attacatttatttattgtatacattttattattaaaaaccttggaaataa
gtaaaagcataacatagtctaattagtcagaccaagggtctatacaactt
gatgaacttgtatccaggtagaactggcatccaaaatggaagtggtacag
tttcacattagctttgacactttcaaaattaaatatgtcttatgttctta
tccatgaccaaactaagaataatgcatggaataattagctctacgaagtc
agttggttttatatcatcttttatgactcatatccattgcctgaattcag
tcctgctccttcctttatatttagccttttgtggttttctttttctcata
actgtactatactcagatatagctttctctacatatgttgttggatagat
tccacgtaacagagacacatgcagctcatttctttctgagattgtgtgat
gattcatatatacatctactctatcattttctgagaattttaacttcact
ctctagagatgagtatatatagtatatgtttattgtttgctagaaattat
tatgtgtcattgtgatgaacacatgctggattctgcatgttggaaataag
atttaaagataaaca
gaattccacagagctatgactttggtgtaaagtatcaaagggcaataatc
tgcaataagatgaactgcctattgagttgatacattaagtgcaagctcct
tctgattcataaggccccggagcatgcagctcaccctctcattagcttat
ttcccctgcagtcacaatatatcagctaatgtgcgttattagcttcgttt
caaacatgcccttcgtgttcacagttttctttcttctttctttctttaca
ctccagattttattaccctttcttcccatccacactctgactgattcaca
tcccttaattccttcccagcccacccaactgtctccacgaagatgtctcc
aacccccacccccacctgacctctaaactccctgggacctccagtctctt
gagggttaggttcatcatccctgattgaactcagaccctgcagtcctctg
ctgtatgtgtgttggaggcatcatatcagctggtgtatgctgcctgtttg
gtggtccagtgtttgagagatcttgggggtccaggttaattgagactgct
ggtccttctacagggtctccctcctcttcagctcttttcagcctttccct
aattcagccagcagtttctatccattggtttgggtgcaaatacctgctcc
agactctttcagctgtttattcattcggtcttccagagtgccatcatgct
gggtccatttttatgagtgctccatagcctcagtaatagtgtcagccttg
gggcctccccttaagctggatcccactttgggcctgttgctggaccttca
tttccccaggctcctctccatttccaatcctgcagttctttcagacagaa
aaattatgggtcagagttttgactgtgggatggcactccctccctcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_26253877_26255015
seq2: B6Ng01-047I15.b_51_1165 (reverse)

seq1  TGTTTATCTTTTATAAATTCTTATATTTCATACATGCAGGAATCAACCAT  50
      |||||||||||    || |||  ||||||  ||||||| ||||| | |||
seq2  TGTTTATCTTT----AAATCT--TATTTCCAACATGCA-GAATCCAGCAT  43

seq1  GTTGTTCATCAACAAATGAACACATAATAAATATCTAGCATAC-ATATAC  99
      | |||||||||   |||| ||||||||| ||| ||||||| || ||| ||
seq2  G-TGTTCATCA--CAATG-ACACATAAT-AATTTCTAGCAAACAATAAAC  88

seq1  ATATACTATAATATTACTCATCTCTTAAGAGAAGTGAAGTTTAAAATTTC  149
      ||||||||| ||| |||||||||||  |||| |||||||||  ||| |||
seq2  ATATACTAT-ATA-TACTCATCTCT--AGAG-AGTGAAGTT--AAAATTC  131

seq1  TCAAGAAAATGGATAGAGTTAGAATGTATAATATGAATCATCACACAATC  199
      || ||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TC-AGAAAAT-GATAGAG-TAG-ATGTAT-ATATGAATCATCACACAATC  176

seq1  TCAGAAAGAAATGAGCTGCATGTTGTCTCTGTTACGTGGAATCTATCCAA  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGAAATGAGCTGCATG-TGTCTCTGTTACGTGGAATCTATCCAA  225

seq1  CAACATATGTAGAGAAAGCTATATCTGAGTATAGTACAGTTATGAGAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATATGTAGAGAAAGCTATATCTGAGTATAGTACAGTTATGAGAAAA  275

seq1  AGAAAACCACAAAAGGCTAAATATAAAGGAAGGAGCAGGACTGAATTCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCACAAAAGGCTAAATATAAAGGAAGGAGCAGGACTGAATTCAG  325

seq1  GCAATGGATATGAGTCATAAAAGATGATATAAAACCAACTGACTTCGTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGATATGAGTCATAAAAGATGATATAAAACCAACTGACTTCGTAG  375

seq1  AGCTAATTATTCCATGCATTATTCTTAGTTTGGTCATGGATAAGAACATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATTATTCCATGCATTATTCTTAGTTTGGTCATGGATAAGAACATA  425

seq1  AGACATATTTAATTTTGAAAGTGTCAAAGCTAATGTGAAACTGTACCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATATTTAATTTTGAAAGTGTCAAAGCTAATGTGAAACTGTACCACT  475

seq1  TCCATTTTGGATGCCAGTTCTACCTGGATACAAGTTCATCAAGTTGTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTGGATGCCAGTTCTACCTGGATACAAGTTCATCAAGTTGTATA  525

seq1  GACCCTTGGTCTGACTAATTAGACTATGTTATGCTTTTACTTATTTCCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGGTCTGACTAATTAGACTATGTTATGCTTTTACTTATTTCCAA  575

seq1  GGTTTTTAATAATAAAATGTATACAATAAATAAATGTAATTGGAATGTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTAATAATAAAATGTATACAATAAATAAATGTAATTGGAATGTTT  625

seq1  TATTATTTGTTATTATATTTAATTATTTTGGTGGTCAAATTTGTCTCGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTGTTATTATATTTAATTATTTTGGTGGTCAAATTTGTCTCGTA  675

seq1  TTTGTCTATTAGAATCCTCTTCAGGTTTGTAGCAGGTAGCATGCCTCAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTATTAGAATCCTCTTCAGGTTTGTAGCAGGTAGCATGCCTCAGC  725

seq1  TTTGTTCCCTCCTTCCTCTTTCTCTGCCTTCATCCCTCACTATGTCATGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCCTCCTTCCTCTTTCTCTGCCTTCATCCCTCACTATGTCATGC  775

seq1  CAACTTCATGCAGGCTCATCTACCCCAGTCTCGTATGCATTGCATTGCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCATGCAGGCTCATCTACCCCAGTCTCGTATGCATTGCATTGCCC  825

seq1  CAGCTTTGGAATCAACAGTAGCTCCTAGGTACCTTCCTTGAGTATTTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTGGAATCAACAGTAGCTCCTAGGTACCTTCCTTGAGTATTTGTG  875

seq1  TTAAGGACTCGTTCTGAGCACCATGATTTCTCCTTGCTTCGGAGTAGGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGACTCGTTCTGAGCACCATGATTTCTCCTTGCTTCGGAGTAGGAT  925

seq1  CCTTTATGGGGCAAAGCTGGCCTGTGAGGGGTTAGTGTAGAGAAAACTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATGGGGCAAAGCTGGCCTGTGAGGGGTTAGTGTAGAGAAAACTTC  975

seq1  CCTAAGAAGCAGTTTAACACTCCTTGATGCAAGCCATTTTCACAGAGACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAAGCAGTTTAACACTCCTTGATGCAAGCCATTTTCACAGAGACA  1025

seq1  GAATATTCATAACGAAAAATAAACTATTCTAGAGCACACTGTGTGTTAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTCATAACGAAAAATAAACTATTCTAGAGCACACTGTGTGTTAAG  1075

seq1  CTGCTTGCAAAAATTGATTCTCAAAGTTTTGGTAACACCC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGCAAAAATTGATTCTCAAAGTTTTGGTAACACCC  1115

seq1: chr16_26173433_26174156
seq2: B6Ng01-047I15.g_67_790

seq1  GAATTCCACAGAGCTATGACTTTGGTGTAAAGTATCAAAGGGCAATAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAGCTATGACTTTGGTGTAAAGTATCAAAGGGCAATAATC  50

seq1  TGCAATAAGATGAACTGCCTATTGAGTTGATACATTAAGTGCAAGCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAAGATGAACTGCCTATTGAGTTGATACATTAAGTGCAAGCTCCT  100

seq1  TCTGATTCATAAGGCCCCGGAGCATGCAGCTCACCCTCTCATTAGCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTCATAAGGCCCCGGAGCATGCAGCTCACCCTCTCATTAGCTTAT  150

seq1  TTCCCCTGCAGTCACAATATATCAGCTAATGTGCGTTATTAGCTTCGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGCAGTCACAATATATCAGCTAATGTGCGTTATTAGCTTCGTTT  200

seq1  CAAACATGCCCTTCGTGTTCACAGTTTTCTTTCTTCTTTCTTTCTTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGCCCTTCGTGTTCACAGTTTTCTTTCTTCTTTCTTTCTTTACA  250

seq1  CTCCAGATTTTATTACCCTTTCTTCCCATCCACACTCTGACTGATTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGATTTTATTACCCTTTCTTCCCATCCACACTCTGACTGATTCACA  300

seq1  TCCCTTAATTCCTTCCCAGCCCACCCAACTGTCTCCACGAAGATGTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAATTCCTTCCCAGCCCACCCAACTGTCTCCACGAAGATGTCTCC  350

seq1  AACCCCCACCCCCACCTGACCTCTAAACTCCCTGGGACCTCCAGTCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCACCCCCACCTGACCTCTAAACTCCCTGGGACCTCCAGTCTCTT  400

seq1  GAGGGTTAGGTTCATCATCCCTGATTGAACTCAGACCCTGCAGTCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTAGGTTCATCATCCCTGATTGAACTCAGACCCTGCAGTCCTCTG  450

seq1  CTGTATGTGTGTTGGAGGCATCATATCAGCTGGTGTATGCTGCCTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTGTGTTGGAGGCATCATATCAGCTGGTGTATGCTGCCTGTTTG  500

seq1  GTGGTCCAGTGTTTGAGAGATCTTGGGGGTCCAGGTTAATTGAGACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCAGTGTTTGAGAGATCTTGGGGGTCCAGGTTAATTGAGACTGCT  550

seq1  GGTCCTTCTACAGGGTCTCCCTCCTCTTCAGCTCTTTTCAGCCTTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCTACAGGGTCTCCCTCCTCTTCAGCTCTTTTCAGCCTTTCCCT  600

seq1  AATTCAGCCAGCAGTTTCTATCCATTGGTTTGGGTGCAAATACCTGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGCCAGCAGTTTCTATCCATTGGTTTGGGTGCAAATACCTGCTCC  650

seq1  AGACTCTTTCAGCTGTTTATTCATTCGGTCTTCCAGAGTGCCATCATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTTCAGCTGTTTATTCATTCGGTCTTCCAGAGTGCCATCATGCT  700

seq1  GGGTCCATTTTTATGAGTGCTCCA  724
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCATTTTTATGAGTGCTCCA  724