BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048E15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,543,308 - 96,700,809
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJam4, Itgb2l, Pcp4
Upstream geneErg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5
Downstream geneDscam, Bace2, Mx1, ORF9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048E15.bB6Ng01-048E15.g
ACCDH872891DH872892
length179878
definitionDH872891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048E15, 5' end.DH872892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048E15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,700,631 - 96,700,809)(96,543,308 - 96,544,185)
sequence
gaattcaactgtagagaaatgttgcctgaatctctcccagaactgactca
cagcgagagctcagcagaaagacaatgacatgggaatttacaaaaaggtt
gcccccggaatgaaacgggccagttaggaagatgggagagattaaacccc
aatgtacttgtgtggggtgggggtgggga
gaattcagattatggttaaatgtgtgtatcttaaaagaggcctggcaggg
ttagatcacattaactctgcaagcttgcttatcactcattttatagcctc
ctagagctctctccctctctccttccctccctctactcctcccccctcta
tccctccttccctctctccctctctttccataactctcttcttctctccc
ttcctccatcccttcctctattcctccttctatccctcccttcttctctt
ccctcctcactatatccctccctccctccctgcctctttccctctctctt
tccctctttccctctctccctggtgatggtgatgggcccagaggggacca
agggtgcatctgatgctggcagctgaactgcagaatggagggggtcatgg
aaggcagctgagtctttgcacagggggaggcctggagaggacactgatga
agaaacagtctcagtaacagtgaaaatcccaggactgtagggttatggag
aacagacgaggcttgggctgtgtggcaaagtgggagtccctgaagagagg
ccaggaagccatttatgaaggtgcagcccgtggagaccctaggacaatgg
agatgtcagatgcccatcaagtatggcagaagatatgtagtggaactaca
cactcggctgagcttagaaggaagccacatgtgcagatggcagagtgaga
cagaggagaacccagtagatcctgggttctcatgatcaaggagcctcaga
caccagaagacactaaggtatttatgctgctccatttggttttgccttgg
tccttcctttctggaatgagaacatgtaacttaattgtgtgcatgtgtgc
atgtgtgtgttctcatgccgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96700631_96700809
seq2: B6Ng01-048E15.b_45_223 (reverse)

seq1  TCCCCACCCCCACCCCACACAAGTACATTGGGGTTTAATCTCTCCCATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCCCCACCCCACACAAGTACATTGGGGTTTAATCTCTCCCATCT  50

seq1  TCCTAACTGGCCCGTTTCATTCCGGGGGCAACCTTTTTGTAAATTCCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACTGGCCCGTTTCATTCCGGGGGCAACCTTTTTGTAAATTCCCAT  100

seq1  GTCATTGTCTTTCTGCTGAGCTCTCGCTGTGAGTCAGTTCTGGGAGAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGTCTTTCTGCTGAGCTCTCGCTGTGAGTCAGTTCTGGGAGAGAT  150

seq1  TCAGGCAACATTTCTCTACAGTTGAATTC  179
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAACATTTCTCTACAGTTGAATTC  179

seq1: chr16_96543308_96544185
seq2: B6Ng01-048E15.g_68_945

seq1  GAATTCAGATTATGGTTAAATGTGTGTATCTTAAAAGAGGCCTGGCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTATGGTTAAATGTGTGTATCTTAAAAGAGGCCTGGCAGGG  50

seq1  TTAGATCACATTAACTCTGCAAGCTTGCTTATCACTCATTTTATAGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCACATTAACTCTGCAAGCTTGCTTATCACTCATTTTATAGCCTC  100

seq1  CTAGAGCTCTCTCCCTCTCTCCTTCCCTCCCTCTACTCCTCCCCCCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCTCTCTCCCTCTCTCCTTCCCTCCCTCTACTCCTCCCCCCTCTA  150

seq1  TCCCTCCTTCCCTCTCTCCCTCTCTTTCCATAACTCTCTTCTTCTCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTTCCCTCTCTCCCTCTCTTTCCATAACTCTCTTCTTCTCTCCC  200

seq1  TTCCTCCATCCCTTCCTCTATTCCTCCTTCTATCCCTCCCTTCTTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCATCCCTTCCTCTATTCCTCCTTCTATCCCTCCCTTCTTCTCTT  250

seq1  CCCTCCTCACTATATCCCTCCCTCCCTCCCTGCCTCTTTCCCTCTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCACTATATCCCTCCCTCCCTCCCTGCCTCTTTCCCTCTCTCTT  300

seq1  TCCCTCTTTCCCTCTCTCCCTGGTGATGGTGATGGGCCCAGAGGGGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTTCCCTCTCTCCCTGGTGATGGTGATGGGCCCAGAGGGGACCA  350

seq1  AGGGTGCATCTGATGCTGGCAGCTGAACTGCAGAATGGAGGGGGTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCATCTGATGCTGGCAGCTGAACTGCAGAATGGAGGGGGTCATGG  400

seq1  AAGGCAGCTGAGTCTTTGCACAGGGGGAGGCCTGGAGAGGACACTGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCTGAGTCTTTGCACAGGGGGAGGCCTGGAGAGGACACTGATGA  450

seq1  AGAAACAGTCTCAGTAACAGTGAAAATCCCAGGACTGTAGGGTTATGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGTCTCAGTAACAGTGAAAATCCCAGGACTGTAGGGTTATGGAG  500

seq1  AACAGACGAGGCTTGGGCTGTGTGGCAAAGTGGGAGTCCCTGAAGAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACGAGGCTTGGGCTGTGTGGCAAAGTGGGAGTCCCTGAAGAGAGG  550

seq1  CCAGGAAGCCATTTATGAAGGTGCAGCCCGTGGAGACCCTAGGACAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCCATTTATGAAGGTGCAGCCCGTGGAGACCCTAGGACAATGG  600

seq1  AGATGTCAGATGCCCATCAAGTATGGCAGAAGATATGTAGTGGAACTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCAGATGCCCATCAAGTATGGCAGAAGATATGTAGTGGAACTACA  650

seq1  CACTCGGCTGAGCTTAGAAGGAAGCCACATGTGCAGATGGCAGAGTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGGCTGAGCTTAGAAGGAAGCCACATGTGCAGATGGCAGAGTGAGA  700

seq1  CAGAGGAGAACCCAGTAGATCCTGGGTTCTCATGATCAAGGAGCCTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGAACCCAGTAGATCCTGGGTTCTCATGATCAAGGAGCCTCAGA  750

seq1  CACCAGAAGACACTAAGGTATTTATGCTGCTCCATTTGGTTTTGCCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAGACACTAAGGTATTTATGCTGCTCCATTTGGTTTTGCCTTGG  800

seq1  TCCTTCCTTTCTGGAATGAGAAACATGTAACTTAATTGTGTGCATGTGTG  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTTTCTGGAATGAG-AACATGTAACTTAATTGTGTGCATGTGTG  849

seq1  CATGTGTGTGTTCTCATG-CGTGTGTGTG  878
      |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTTCTCATGCCGTGTGTGTG  878