BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054E17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,686,061 - 40,840,763
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054E17.bB6Ng01-054E17.g
ACCDH877076DH877077
length1,0451,056
definitionDH877076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054E17, 5' end.DH877077|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,839,707 - 40,840,763)(40,686,061 - 40,687,127)
sequence
gaattcagttaaatgattcttttttttttcaaaatagaatagatatatgg
ttgataactttgaaagaactctacattatattgttaaatgaaaacattta
tattggattaactgttgtccaatattatagttaccatttatttaacaccc
ccaacactgacctatgtatatatagtcttggtatgtctgatgacttatgt
gtaacttttttgagtatatagttaaaattgaacaacaatcatgctctaat
aacactgttcgtggcaaatggagcattaaactttgtagttcatcttttat
atttgtttgaaatttcagctttatgtagatgttttaattttagatgaaga
actttagtggggattgcattttatagagaacaacttttctctattaattt
ctatgcttaaaataatgtctgtgagtgatgaaacgtctctgtattccaag
caatcaggaaactgagggtcctaagttggagaccaagctgtaccacaggg
caagtcccctgctagctgagactacatagcaagatctggtcacaaaccaa
acatcaaaatcctttgtgggtcttgttgaaatcatgctctaacattatga
cttagcagttatgtaaaattatgatagtaatcacttttccaaaaagtgag
ttttgaaagatgatgatggaactatgtctttatccacaccctaatagttt
acagagacagcgcagagtaagataaagcatcttgaagagagaggttaagg
taaggtcctcctccacgttgcatagagactacggtggtcctcagaacact
ggagtccagcctgccttgctcactcccaagctcctgtgaatgacacttat
cctcttcaactctgctcatcctttataaactaaggaaatggattagtgat
atctgagtgttctcagctcagacatctatacaatctatgaaacaccattc
tttctctcacatgcactgacagatgcggttatgaactgaggctgggcact
catcccttttcagtgaacattaccttctcctgcagattcagtcat
gaattcccatggttgattacctgttaaactcattgaacctgtgaactcta
agttcaataagagacctagtctcaaaaaataaaacggatatcaaatagca
ttaacttgttgctgctgtgtgcacacatccttacatgtgctactgcacac
atacctacatatctgcatgcacaagcacacacaaaatttccgctccccct
aacacacacacacacacacacccagagagagagagagagagagagagaga
gagttctgtgatctatgtttatatctgctcattcaaaactaataagtaaa
ccagttcatttccagatgaatgacattagtggaaggatcatccactgata
aaaacagaatatataaatcaatcgatgaatatggcaacattttgaaataa
aaaatttgaacattttaagtattaaactcatttgtctaaagctttgcaga
ctctttaatagaatggtcatcttataccagcttaactgctcatattaaag
cagtggacagaggtatccactatgatttatttaaggaaatattaaaatac
taattccctcagttctcttctatactaattgccaccaccttctgcccaat
accttgctcaaagggacacttaaattacaaagagataagagtttttggag
tttatattttaaatataactggaaaataaattatcatgaaaggaatataa
agtaacaaaactaaggcgtttaattgccatattctgtctgggagactgat
ctgtagttgtaacagacctacagctatatgatttagtagataaacaggaa
cctttgactaagaattcagtgcatttttgatgggtgggggtttagaaaga
gggagtttatctttggggagaaaggctatggaaaattttatgcatcacca
atgattgtcagtctgagaggctcataggttcagggttaggatacaacatg
tccatgtcttcaagaggtgtcttctttgcaatggaaaacttcgactccaa
tactggggggaccttgaggaaccaagttcttcattccttggccttaacca
ctgttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40839707_40840763
seq2: B6Ng01-054E17.b_45_1089 (reverse)

seq1  ATGACTTGAATCTGCAGGAGAAGGTAAATGTTCACTGAAAAGGGATGAGT  50
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGAC-TGAATCTGCAGGAGAAGGT-AATGTTCACTGAAAAGGGATGAG-  47

seq1  TGCCCAGCCTCAGTTCATTACCGCATCCTGTCAGTTGCATGTGAGAGAAA  100
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCCTCAGTTCATAACCGCAT-CTGTCAG-TGCATGTGAGAGAAA  95

seq1  GAATGGTGTTTCATAGAATTGTATAGATGTCTGAGCCTGAGAACACCTCA  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GAATGGTGTTTCATAG-ATTGTATAGATGTCTGAG-CTGAGAACA-CTCA  142

seq1  GATATCACCTAATCCATTTCCCTTAGTTTATAAAGGATGAGCAGAGTTTG  200
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATATCA-CTAATCCATTT-CCTTAGTTTATAAAGGATGAGCAGAG-TTG  189

seq1  AAGAGGATAAGTGTCATTCACAGGAGCTTGGGAGTGAGCAAGGCAGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATAAGTGTCATTCACAGGAGCTTGGGAGTGAGCAAGGCAGGCTG  239

seq1  GACTCCAGTGTTCCTGAGGACCACCGTAGTCTCTATGCAACGTGGAGGAG  300
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCAGTGTT-CTGAGGACCACCGTAGTCTCTATGCAACGTGGAGGAG  288

seq1  GACCTTACCTTAACCTCTCTCTTCAAGATGCTTTATCTTACTCTGCGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTACCTTAACCTCTCTCTTCAAGATGCTTTATCTTACTCTGCGCTG  338

seq1  TCTCTGTAAACTATTAGGGTGTGGATAAAGACATAGTTCCATCATCATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTAAACTATTAGGGTGTGGATAAAGACATAGTTCCATCATCATCT  388

seq1  TTCAAAACTCACTTTTTGGAAAAGTGATTACTATCATAATTTTACATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACTCACTTTTTGGAAAAGTGATTACTATCATAATTTTACATAAC  438

seq1  TGCTAAGTCATAATGTTAGAGCATGATTTCAACAAGACCCACAAAGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTCATAATGTTAGAGCATGATTTCAACAAGACCCACAAAGGATT  488

seq1  TTGATGTTTGGTTTGTGACCAGATCTTGCTATGTAGTCTCAGCTAGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTTTGGTTTGTGACCAGATCTTGCTATGTAGTCTCAGCTAGCAGG  538

seq1  GGACTTGCCCTGTGGTACAGCTTGGTCTCCAACTTAGGACCCTCAGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCCCTGTGGTACAGCTTGGTCTCCAACTTAGGACCCTCAGTTTC  588

seq1  CTGATTGCTTGGAATACAGAGACGTTTCATCACTCACAGACATTATTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGCTTGGAATACAGAGACGTTTCATCACTCACAGACATTATTTTA  638

seq1  AGCATAGAAATTAATAGAGAAAAGTTGTTCTCTATAAAATGCAATCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGAAATTAATAGAGAAAAGTTGTTCTCTATAAAATGCAATCCCCA  688

seq1  CTAAAGTTCTTCATCTAAAATTAAAACATCTACATAAAGCTGAAATTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTTCTTCATCTAAAATTAAAACATCTACATAAAGCTGAAATTTCA  738

seq1  AACAAATATAAAAGATGAACTACAAAGTTTAATGCTCCATTTGCCACGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATATAAAAGATGAACTACAAAGTTTAATGCTCCATTTGCCACGAA  788

seq1  CAGTGTTATTAGAGCATGATTGTTGTTCAATTTTAACTATATACTCAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTATTAGAGCATGATTGTTGTTCAATTTTAACTATATACTCAAAA  838

seq1  AAGTTACACATAAGTCATCAGACATACCAAGACTATATATACATAGGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACACATAAGTCATCAGACATACCAAGACTATATATACATAGGTCA  888

seq1  GTGTTGGGGGTGTTAAATAAATGGTAACTATAATATTGGACAACAGTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGGGTGTTAAATAAATGGTAACTATAATATTGGACAACAGTTAA  938

seq1  TCCAATATAAATGTTTTCATTTAACAATATAATGTAGAGTTCTTTCAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATATAAATGTTTTCATTTAACAATATAATGTAGAGTTCTTTCAAAG  988

seq1  TTATCAACCATATATCTATTCTATTTTGAAAAAAAAAAGAATCATTTAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAACCATATATCTATTCTATTTTGAAAAAAAAAAGAATCATTTAAC  1038

seq1  TGAATTC  1057
      |||||||
seq2  TGAATTC  1045

seq1: chr16_40686061_40687127
seq2: B6Ng01-054E17.g_68_1123

seq1  GAATTCCCATGGTTGATTACCTGTTAAACTCATTGAACCTGTGAACTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGGTTGATTACCTGTTAAACTCATTGAACCTGTGAACTCTA  50

seq1  AGTTCAATAAGAGACCTAGTCTCAAAAAATAAAACGGATATCAAATAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATAAGAGACCTAGTCTCAAAAAATAAAACGGATATCAAATAGCA  100

seq1  TTAACTTGTTGCTGCTGTGTGCACACATCCTTACATGTGCTACTGCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTGTTGCTGCTGTGTGCACACATCCTTACATGTGCTACTGCACAC  150

seq1  ATACCTACATATCTGCATGCACAAGCACACACAAAATTTCCGCTCCCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTACATATCTGCATGCACAAGCACACACAAAATTTCCGCTCCCCCT  200

seq1  AACACACACACACACACACACCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACACACACACACACCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  250

seq1  GAGTTCTGTGATCTATGTTTATATCTGCTCATTCAAAACTAATAAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTGTGATCTATGTTTATATCTGCTCATTCAAAACTAATAAGTAAA  300

seq1  CCAGTTCATTTCCAGATGAATGACATTAGTGGAAGGATCATCCACTGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCATTTCCAGATGAATGACATTAGTGGAAGGATCATCCACTGATA  350

seq1  AAAACAGAATATATAAATCAATCGATGAATATGGCAACATTTTGAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAATATATAAATCAATCGATGAATATGGCAACATTTTGAAATAA  400

seq1  AAAATTTGAACATTTTAAGTATTAAACTCATTTGTCTAAAGCTTTGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGAACATTTTAAGTATTAAACTCATTTGTCTAAAGCTTTGCAGA  450

seq1  CTCTTTAATAGAATGGTCATCTTATACCAGCTTAACTGCTCATATTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAATAGAATGGTCATCTTATACCAGCTTAACTGCTCATATTAAAG  500

seq1  CAGTGGACAGAGGTATCCACTATGATTTATTTAAGGAAATATTAAAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGACAGAGGTATCCACTATGATTTATTTAAGGAAATATTAAAATAC  550

seq1  TAATTCCCTCAGTTCTCTTCTATACTAATTGCCACCACCTTCTGCCCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCCTCAGTTCTCTTCTATACTAATTGCCACCACCTTCTGCCCAAT  600

seq1  ACCTTGCTCAAAGGGACACTTAAATTACAAAGAGATAAGAGTTTTTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTCAAAGGGACACTTAAATTACAAAGAGATAAGAGTTTTTGGAG  650

seq1  TTTATATTTTAAATATAACTGGAAAATAAATTATCATGAAAGGAATATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTTAAATATAACTGGAAAATAAATTATCATGAAAGGAATATAA  700

seq1  AGTAACAAAACTAAGGCGTTTAATTGCCATATTCTGTCTGGGAGACTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAAAACTAAGGCGTTTAATTGCCATATTCTGTCTGGGAGACTGAT  750

seq1  CTGTAGTTGTAACAGACCTACAGCTATATGATTTAGTAGATAAACAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTGTAACAGACCTACAGCTATATGATTTAGTAGATAAACAGGAA  800

seq1  CCTTTGACTAAGAATTCAGTGCATTTTTGATGGGTGGGGGTTTAGAAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGACTAAGAATTCAGTGCATTTTTGATGGGTGGGGGTTTAGAAAGA  850

seq1  GGGAGTTTAATCTTTGGGGAGAAAGGCTATGGAAAATTTTATGCATCACC  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTT-ATCTTTGGGGAGAAAGGCTATGGAAAATTTTATGCATCACC  899

seq1  AATGATTGTCAGTCTGAGAGGCTCAATAGGTTTAAGGGTAAGGATACAAC  950
      |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||
seq2  AATGATTGTCAGTCTGAGAGGCTC-ATAGG-TTCAGGGTTAGGATACAAC  947

seq1  AATGTCCATGTCCTCAAGAGGTGTTCCTCCTTTGCAATGGAAAGCTTCAG  1000
       ||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||| |||| |
seq2  -ATGTCCATGTCTTCAAGAGGTGT--CTTCTTTGCAATGGAAAACTTC-G  993

seq1  ACTCCATAACTGTGTGTACTCTGAGGACACCAAGTTCTTCATTTCCTTGG  1050
      ||||||  |||| | | ||  |||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTCCAATACTGGGGGGACCTTGAGGA-ACCAAGTTCTTCA-TTCCTTGG  1041

seq1  CCTTTAACCAACTGTTC  1067
      || |||||| |||||||
seq2  CC-TTAACC-ACTGTTC  1056