BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056P19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,213,912 - 9,376,339
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056P19.bB6Ng01-056P19.g
ACCDH878985DH878986
length794488
definitionDH878985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056P19, 5' end.DH878986|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,375,547 - 9,376,339)(9,213,912 - 9,214,405)
sequence
gaattccaggaagtcatgcttgaaatctaacagctactaagtcttgatac
aagaagtggggtggctcctcttgattgttcctttgattgggtcgagcaga
caagtagagcatgcttcagggagcatctatgagggtgtttcaccctgtta
gatcccagggcctctgatctaatgaatgaggtaatggactgagagaactg
cactgtctggagggctgggaaggtggggcacagctggaggtagtgggcca
ctggtatgtgccttcgaagggtgtcttacctatagtcccttctgtcattc
ctctctgcttctcagccaccacgaatgagcagctttcctcctccaggtcc
ttctggctcccagcagacctgtgaccatggagccagagctccataggatg
acatctaggaaaggaagagcggaagtaaatctttccttctttaagctgct
cctcttagctatctgttacaaccgtgggcaatctaacacaaacccaatct
ctatccaaactttctactaacaaattccatatatgaggttcacacagcct
cacaaggaaacaatccgagttcctcttgtcaactggaatctgacatagct
ccttatctaaagagtgctcccagaaatctgcatagactgacatgcacttt
gcccagtcagccctcaaaagctgtctgaacatctgctccttgccatattc
taggtgtatgtgtgtgcctatgtgtggcatatgtgtatgtgtgtgcctat
gtgtggcatatgtgtgatgtgtgtgtatatatgtattttggtat
ctatttacacaggtcgatacgagcttcatgagaccctgtttccaccacaa
aacaaacaaacaaacaaacaaacatagcctggacacaatacatgtgtccc
tctgaactgtgagtcaaactaaattctttgggaaaaaacatctacaaaac
ccaaccaaccaatacaagagaaagagtgcaccaacccagccatgctctcg
tgtgcctttctaaaggctaaccctgttgctctctaagtgactattatcat
ttatattcatttaaaaagacttaaaattttaatttatcttctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtctgtatgtgtatttttcctaggtgtggtatgtgagtgcctttagaa
accagaagaggtctttggatcctttgaagctataggaggttgaaactatt
tggcttgtgtggataggaactgaacttaggtctgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9375547_9376339
seq2: B6Ng01-056P19.b_48_841 (reverse)

seq1  ATACC-AAATACATATATACACACACATCACACATATGCCACACATAGGC  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAAATACATATATACACACACATCACACATATGCCACACATAGGC  50

seq1  ACACACATACACATATGCCACACATAGGCACACACATACACCTAGAATAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACACATATGCCACACATAGGCACACACATACACCTAGAATAT  100

seq1  GGCAAGGAGCAGATGTTCAGACAGCTTTTGAGGGCTGACTGGGCAAAGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGAGCAGATGTTCAGACAGCTTTTGAGGGCTGACTGGGCAAAGTG  150

seq1  CATGTCAGTCTATGCAGATTTCTGGGAGCACTCTTTAGATAAGGAGCTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAGTCTATGCAGATTTCTGGGAGCACTCTTTAGATAAGGAGCTAT  200

seq1  GTCAGATTCCAGTTGACAAGAGGAACTCGGATTGTTTCCTTGTGAGGCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTCCAGTTGACAAGAGGAACTCGGATTGTTTCCTTGTGAGGCTG  250

seq1  TGTGAACCTCATATATGGAATTTGTTAGTAGAAAGTTTGGATAGAGATTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCTCATATATGGAATTTGTTAGTAGAAAGTTTGGATAGAGATTG  300

seq1  GGTTTGTGTTAGATTGCCCACGGTTGTAACAGATAGCTAAGAGGAGCAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGTTAGATTGCCCACGGTTGTAACAGATAGCTAAGAGGAGCAGC  350

seq1  TTAAAGAAGGAAAGATTTACTTCCGCTCTTCCTTTCCTAGATGTCATCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAGGAAAGATTTACTTCCGCTCTTCCTTTCCTAGATGTCATCCT  400

seq1  ATGGAGCTCTGGCTCCATGGTCACAGGTCTGCTGGGAGCCAGAAGGACCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTCTGGCTCCATGGTCACAGGTCTGCTGGGAGCCAGAAGGACCT  450

seq1  GGAGGAGGAAAGCTGCTCATTCGTGGTGGCTGAGAAGCAGAGAGGAATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGAAAGCTGCTCATTCGTGGTGGCTGAGAAGCAGAGAGGAATGA  500

seq1  CAGAAGGGACTATAGGTAAGACACCCTTCGAAGGCACATACCAGTGGCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGACTATAGGTAAGACACCCTTCGAAGGCACATACCAGTGGCCC  550

seq1  ACTACCTCCAGCTGTGCCCCACCTTCCCAGCCCTCCAGACAGTGCAGTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTCCAGCTGTGCCCCACCTTCCCAGCCCTCCAGACAGTGCAGTTC  600

seq1  TCTCAGTCCATTACCTCATTCATTAGATCAGAGGCCCTGGGATCTAACAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTCCATTACCTCATTCATTAGATCAGAGGCCCTGGGATCTAACAG  650

seq1  GGTGAAACACCCTCATAGATGCTCCCTGAAGCATGCTCTACTTGTCTGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAACACCCTCATAGATGCTCCCTGAAGCATGCTCTACTTGTCTGCT  700

seq1  CGACCCAATCAAAGGAACAATCAAGAGGAGCCACCCCACTTCTTGTATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCCAATCAAAGGAACAATCAAGAGGAGCCACCCCACTTCTTGTATCA  750

seq1  AGACTTAGTAGCTGTTAGATTTCAAGCATGACTTCCTGGAATTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTAGTAGCTGTTAGATTTCAAGCATGACTTCCTGGAATTC  794

seq1: chr16_9213912_9214405
seq2: B6Ng01-056P19.g_70_563

seq1  GAATTCCTATCTACACAGGTCGATACGAGCTTCATGAGACCCTGTTTCCA  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTTACACAGGTCGATACGAGCTTCATGAGACCCTGTTTCCA  50

seq1  CCACAAAACAAACAAACAAACAAACAAACATAGCCTGGACACAATACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAACAAACAAACAAACAAACAAACATAGCCTGGACACAATACATG  100

seq1  TGTCCCTCTGAACTGTGAGTCAAACTAAATTCTTTGGGAAAAAACATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTCTGAACTGTGAGTCAAACTAAATTCTTTGGGAAAAAACATCTA  150

seq1  CAAAACCCAACCAACCAATACAAGAGAAAGAGTGCACCAACCCAGCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCAACCAACCAATACAAGAGAAAGAGTGCACCAACCCAGCCATG  200

seq1  CTCTCGTGTGCCTTTCTAAAGGCTAACCCTGTTGCTCTCTAAGTGACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGTGTGCCTTTCTAAAGGCTAACCCTGTTGCTCTCTAAGTGACTAT  250

seq1  TATCATTTATATTCATTTAAAAAGACTTAAAATTTTAATTTATCTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTATATTCATTTAAAAAGACTTAAAATTTTAATTTATCTTCTCT  300

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGT  350

seq1  GTGTGTGTGTCTGTATGTGTATTTTTCCTAGGTGTGGTATGTGAGTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTCTGTATGTGTATTTTTCCTAGGTGTGGTATGTGAGTGCCT  400

seq1  TTAGAAACCAGAAGAGGTCTTTGGATCCTTTGAAGCTATAGGAGGTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAACCAGAAGAGGTCTTTGGATCCTTTGAAGCTATAGGAGGTTGAA  450

seq1  ACTATTTGGCTTGTGTGGATAGGAACTGAACTCAGGTCTGTTGT  494
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTATTTGGCTTGTGTGGATAGGAACTGAACTTAGGTCTGTTGT  494