BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059L07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 17,714,618 - 17,832,854
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcqap, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2
Upstream gene4933404G15Rik, Spag6, EG665562, EG436405, Vpreb1, Top3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1, Ypel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29, Crkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4, Smpd4, EG433050
Downstream geneCar15, Dgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2, Dgcr6, Prodh, Rtn4r, EG665975, Zdhhc8, Ranbp1, Htf9c, Dgcr8, D16H22S680E, LOC100042884, Arvcf, Comt, Txnrd2, Gnb1l, Tbx1, Gp1bb, Sept5, LOC622795, Cldn5, Cdc45l, Ufd1l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059L07.bB6Ng01-059L07.g
ACCDH880903DH880904
length1,134946
definitionDH880903|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059L07, 5' end.DH880904|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,714,618 - 17,715,760)(17,831,900 - 17,832,854)
sequence
gaattccttaaaaatgtccccttgtgtatctaactgaaagtattagccta
aagaatgcttaaatggcttcttcccagcaggtagataataacatacccac
agtccccaacctcaatatggctaatacccatcttcaactagacacagcct
tggtcaccatcaggcaacagcagaaagatctctggtcagaaaataaatat
aagattctcagctttcctccccccctccccacaagcagctgccaagacag
ttaaagtggggcagaaaacgtggaccttccccaagtccaccagtggacct
ggaccaactgtagaacatgtacaacacctgcagccttcagcagaatcagc
actcactacttgagcacctgagaaaagccaagaaggaggcaccactcatg
gggaagctggaggtggtgaagacccttctgagggacatgatcaccctgcc
caagacgatgggcaggatggtggatgtgtacagtggcaagatcttcaacc
aagaggaaatcaacccagagatgacctgggcaagttttccatcatctacc
aggacgtgaagcatgcccagcctggtatgggtgccacccactcctcccac
ttagatcccctcaagtaggaatgcttaataaggaatgtcagcaatactag
gtgggtgggtcacttgcaaaaagttcatgtagggctcagcctatgacaag
aggtcaaagatcatcaggaaaataggtgtggtgactgtaatcccaacatt
tgcaaggcagagaagccaagatctggaattcaaggccaacctgggctgca
tgagactctcgacctgctccgcacacaccaaaaaaaaaaaaaaaaggtat
tagtcttggcctatggagacttttctaaataataaattggaagctcagta
gcagcaggcccttcttctaaaacttccacttcacatggctgttagagata
ataccttctgtctgtatggatcttgggaactgtcaacaataaatttgggc
tatagcttaggaggagatggaacatctgcagcagaaaaattctgagaata
tgccaggcataggaaattgcaggagataatgatgagagactatgcttgta
ctaagccaggtaaccagcacttggcgaatgtagg
gaattcctcctgctctgcctcttgagtgctgggattacaggtgtctgtta
ccatgcccagttaatgcagtcagactggagattaaaccccggaatttctt
ccttccgaggaagcactccacctatcccagctagctctggtttttgttta
gtttgggggtgattttttttagaatttttattttatgcaaatgagtgttt
tgtgtgcatgtgtgtcatgtaccacttggtgcctgagcgggtggtgaggc
tccatgtaaatgctgggactcaaaccgaggcctttcgaatgagactttaa
ccatcaagccaattctccagtgcgtttctgtttagttctgagacaaggcc
ttgctatgttgcccagactggtcttgacctcctgcactcaaatgatccct
cctgcttcagcctcaccagtagccagggttgtaggctctaccattgcatc
tggcttacagtgatttttcagtgactctgcccttccacagtgaggtgcct
gaacccatggctggctcttctgtgttgtctggcacaaagctaggtcctta
gtgttgctaaatgtgctgaaggtttgacgaaggaataatatggaacatgg
ccgtccagggttaagcacttgcactcaccctgccgagccccgtaagggcc
catggctaccctagctaatctttcctcccctgactgtctttagtaccctt
tcactttctggggagcctggttctttcccagcccatacatcctgcgctgt
gcgtgcgcatggtacagtgggtcctgtgtccctctagagggcaggatctc
ctcaccaagcgtgagcatgttgttctcatcgtccctggggcgttgttagc
actctggtgctcagtgccctggaacctccgagaaatttgtaagaggaagg
ctctgtggggatccacatgctggaccgaggttgatctgtttgccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_17714618_17715760
seq2: B6Ng01-059L07.b_46_1179

seq1  GAATTCCTTAAAAATGTCCCCTTGTGTATCTAACTGAAAGTATTAGCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAAAATGTCCCCTTGTGTATCTAACTGAAAGTATTAGCCTA  50

seq1  AAGAATGCTTAAATGGCTTCTTCCCAGCAGGTAGATAATAACATACCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCTTAAATGGCTTCTTCCCAGCAGGTAGATAATAACATACCCAC  100

seq1  AGTCCCCAACCTCAATATGGCTAATACCCATCTTCAACTAGACACAGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCAACCTCAATATGGCTAATACCCATCTTCAACTAGACACAGCCT  150

seq1  TGGTCACCATCAGGCAACAGCAGAAAGATCTCTGGTCAGAAAATAAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACCATCAGGCAACAGCAGAAAGATCTCTGGTCAGAAAATAAATAT  200

seq1  AAGATTCTCAGCTTTCCTCCCCCCCTCCCCACAAGCAGCTGCCAAGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTCAGCTTTCCTCCCCCCCTCCCCACAAGCAGCTGCCAAGACAG  250

seq1  TTAAAGTGGGGCAGAAAACGTGGACCTTCCCCAAGTCCACCAGTGGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGGGGCAGAAAACGTGGACCTTCCCCAAGTCCACCAGTGGACCT  300

seq1  GGACCAACTGTAGAACATGTACAACACCTGCAGCCTTCAGCAGAATCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAACTGTAGAACATGTACAACACCTGCAGCCTTCAGCAGAATCAGC  350

seq1  ACTCACTACTTGAGCACCTGAGAAAAGCCAAGAAGGAGGCACCACTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTACTTGAGCACCTGAGAAAAGCCAAGAAGGAGGCACCACTCATG  400

seq1  GGGAAGCTGGAGGTGGTGAAGACCCTTCTGAGGGACATGATCACCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCTGGAGGTGGTGAAGACCCTTCTGAGGGACATGATCACCCTGCC  450

seq1  CAAGACGATGGGCAGGATGGTGGATGTGTACAGTGGCAAGATCTTCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACGATGGGCAGGATGGTGGATGTGTACAGTGGCAAGATCTTCAACC  500

seq1  AAGAGGAAATCAACCCAGAGATGACCTGGGCAAGTTTTCCATCATCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAAATCAACCCAGAGATGACCTGGGCAAGTTTTCCATCATCTACC  550

seq1  AGGACGTGAAGCATGCCCAGCCTGGTATGGGTGCCACCCACTCCTCCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGTGAAGCATGCCCAGCCTGGTATGGGTGCCACCCACTCCTCCCAC  600

seq1  TTAGATCCCCTCAAGTAGGAATGCTTAATAAGGAATGTCAGCAATACTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCCCCTCAAGTAGGAATGCTTAATAAGGAATGTCAGCAATACTAG  650

seq1  GTGGGTGGGTCACTTGCAAAAAGTTCATGTAGGGCTCAGCCTATGACAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGGTCACTTGCAAAAAGTTCATGTAGGGCTCAGCCTATGACAAG  700

seq1  AGGTCAAAGATCATCAGGAAAATAGGTGTGGTGACTGTAATCCCAACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAAAGATCATCAGGAAAATAGGTGTGGTGACTGTAATCCCAACATT  750

seq1  TGCAAGGCAGAGAAGCCAAGATCTGGAATTCAAGGCCAACCTGGGCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGCAGAGAAGCCAAGATCTGGAATTCAAGGCCAACCTGGGCTGCA  800

seq1  TGAGACTCTCGACCTGCTCCGCACACACCAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCTCGACCTGCTCCGCACACACCAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAT  850

seq1  TAGTCTTGGCCTATGGAGACTTTCTAAAATAATAAATTGGAAGCTCAGTA  900
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTGGCCTATGGAGACTTTTCTAAATAATAAATTGGAAGCTCAGTA  900

seq1  GCAGCAGGCTCTTC-TCTAAAACTTCCACTTCACATGGCTG-TAGAGATA  948
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAGCAGGCCCTTCTTCTAAAACTTCCACTTCACATGGCTGTTAGAGATA  950

seq1  ATACCTTCTGTCTGTATGGATC-TGGGAACTGTCAACAATAAATTTGGCC  997
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATACCTTCTGTCTGTATGGATCTTGGGAACTGTCAACAATAAATTTGGGC  1000

seq1  TATAGCTTAGGTAGGAGATGGAACATCTGCCAAGCAGAAAAAATTCTGAG  1047
      ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||
seq2  TATAGCTTAGG-AGGAGATGGAACATCTGC--AGCAG-AAAAATTCTGAG  1046

seq1  ATAGTGCCAGGCATAGGAGATTTGCCAGGAAGAT-ATGATGAGAGACATA  1096
      |   |||||||||||||| |||   |||| |||| |||||||||||| ||
seq2  AATATGCCAGGCATAGGAAATT--GCAGG-AGATAATGATGAGAGAC-TA  1092

seq1  TGCATGGTACCTAAGCACAGGTAACCAGCCACCTGGCAGAATGTAGG  1143
      ||| | ||| |||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  TGC-TTGTA-CTAAGC-CAGGTAACCAG-CACTTGGC-GAATGTAGG  1134

seq1: chr16_17831900_17832854
seq2: B6Ng01-059L07.g_68_1013 (reverse)

seq1  TGGGCACACAGATCCAGCCTCGGCTCCCAGCACTGCTGGATCCCCACAGA  50
      | |||| |||||| || ||||||   |||||| || ||||||||||||||
seq2  TTGGCAAACAGAT-CAACCTCGG--TCCAGCA-TG-TGGATCCCCACAGA  45

seq1  GCCCTCCCTCCTTACAATTTTCTTCGGAGGTTCCAGGGCACTGAGCACCC  100
      ||| |||   ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCTTCC--TCTTACAAATTTC-TCGGAGGTTCCAGGGCACTGAGCA-CC  91

seq1  AGAGTGCTAACAACGCCCCAGGGACGATGAGAACAACATGCTCACGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTAACAACGCCCCAGGGACGATGAGAACAACATGCTCACGCTTG  141

seq1  GTGGGGAGATCCTGCCCTCTAGAGGGACACAGGACCCACTGTACCATGCG  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGATCCTGCCCTCTAGAGGGACACAGGACCCACTGTACCATGCG  191

seq1  CACGCACAGCGCAGGATGTATGGGCTGGGAAAGAACCAGGCTCCCCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCACAGCGCAGGATGTATGGGCTGGGAAAGAACCAGGCTCCCCAGAA  241

seq1  AGTGAAAGGGTACTAAAGACAGTCAGGGGAGGAAAGATTAGCTAGGGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGGGTACTAAAGACAGTCAGGGGAGGAAAGATTAGCTAGGGTAG  291

seq1  CCATGGGCCCTTACGGGGCTCGGCAGGGTGAGTGCAAGTGCTTAACCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGCCCTTACGGGGCTCGGCAGGGTGAGTGCAAGTGCTTAACCCTG  341

seq1  GACGGCCATGTTCCATATTATTCCTTCGTCAAACCTTCAGCACATTTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGCCATGTTCCATATTATTCCTTCGTCAAACCTTCAGCACATTTAGC  391

seq1  AACACTAAGGACCTAGCTTTGTGCCAGACAACACAGAAGAGCCAGCCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAAGGACCTAGCTTTGTGCCAGACAACACAGAAGAGCCAGCCATG  441

seq1  GGTTCAGGCACCTCACTGTGGAAGGGCAGAGTCACTGAAAAATCACTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGGCACCTCACTGTGGAAGGGCAGAGTCACTGAAAAATCACTGTA  491

seq1  AGCCAGATGCAATGGTAGAGCCTACAACCCTGGCTACTGGTGAGGCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGATGCAATGGTAGAGCCTACAACCCTGGCTACTGGTGAGGCTGAA  541

seq1  GCAGGAGGGATCATTTGAGTGCAGGAGGTCAAGACCAGTCTGGGCAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGGATCATTTGAGTGCAGGAGGTCAAGACCAGTCTGGGCAACAT  591

seq1  AGCAAGGCCTTGTCTCAGAACTAAACAGAAACGCACTGGAGAATTGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGCCTTGTCTCAGAACTAAACAGAAACGCACTGGAGAATTGGCTT  641

seq1  GATGGTTAAAGTCTCATTCGAAAGGCCTCGGTTTGAGTCCCAGCATTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTAAAGTCTCATTCGAAAGGCCTCGGTTTGAGTCCCAGCATTTAC  691

seq1  ATGGAGCCTCACCACCCGCTCAGGCACCAAGTGGTACATGACACACATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCCTCACCACCCGCTCAGGCACCAAGTGGTACATGACACACATGC  741

seq1  ACACAAAACACTCATTTGCATAAAATAAAAATTCTAAAAAAAATCACCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAACACTCATTTGCATAAAATAAAAATTCTAAAAAAAATCACCCC  791

seq1  CAAACTAAACAAAAACCAGAGCTAGCTGGGATAGGTGGAGTGCTTCCTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAAACAAAAACCAGAGCTAGCTGGGATAGGTGGAGTGCTTCCTCG  841

seq1  GAAGGAAGAAATTCCGGGGTTTAATCTCCAGTCTGACTGCATTAACTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGAAATTCCGGGGTTTAATCTCCAGTCTGACTGCATTAACTGGG  891

seq1  CATGGTAACAGACACCTGTAATCCCAGCACTCAAGAGGCAGAGCAGGAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAACAGACACCTGTAATCCCAGCACTCAAGAGGCAGAGCAGGAGG  941

seq1  AATTC  955
      |||||
seq2  AATTC  946