BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061A06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 24,051,898 - 24,205,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433009
Upstream geneKng1, LOC666493, Eif4a2, Rfc4, Adipoq, LOC100043541, EG625835, BC106179, St6gal1, Rtp1, Masp1, LOC100043018, Rtp4, EG625969, LOC100043023, Sst, Rtp2, Bcl6
Downstream geneLOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061A06.bB6Ng01-061A06.g
ACCDH881821DH881822
length1,0941,032
definitionDH881821|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061A06, 5' end.DH881822|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,051,898 - 24,053,004)(24,204,807 - 24,205,851)
sequence
gaattcttgcttcacacggtcctaggtcatggtttgtttgaagggccttg
ccacttggagagccaaccaaagtagaactccatatttgctgcctccctta
agactctatcaggggaagggaataaccaatatggaatcgcctctgattcc
cacttaccccagcacataacttaagcaaaaagtcacggcccacagctatt
aagtgcttaagaaatgcagatggtgctaaactgagaagagcttgccgata
gccagaaggtgacataggatgaccatctatggcaaaacgcagccatcgcc
tgggacaatgtgctcacaacatttcactactgctgattaaaggacaagag
acagaccggacttagaaacatattctactcactagcacactggatagaga
ttggaagatagaaacggcttgtgggcagagacagcctcaaccacgtgagc
ctgaccagcagatgacggcattgcaacccaccttggtctcccctgattgg
tcaggtcataacgtacaatcattgaaagagctccacttattattattgtt
gaggaaggtataggaagtatctccagcttatggctgagacagttccatta
cagggagtggagtacaatctaaacttcattgtagtttccttggttttatc
tgatttcgtggagttggaattatactgactctatatattaaaatgttaat
attctttttatagataacacatgcatcaggtacaaaatccagtcaatacc
aaagggtaaggcagcaagaagtcgatctccttccaacaccagctttcttc
caagtgtcatgttattctttctcgagtctctggcttgccattgtccagtt
tgagtgagttaatagcccttcctcctcctcgaaaattctcaggaaccaaa
tatgcctgtaaaatggaacgcatttttaatgcatatatctatgctgataa
gatgcaatatgccaccatctgcatgttgcttactgcattttatagtgtag
atctttctttaaattttccactgatagcagtgtgtggagtacccagtcag
acatgtcctttgacagtgtcttgtcccaaagattcttttgagag
gaattcattaagccctaccatgccatcagcacttggccaggtgtcgtatt
ggcccattaggtggacacgggccatagccctagggagcgtgccaaatgag
gtggggagtggcagctgagacctattgacatccggagatagttctgcggt
actgtctataaccacccccagctgtttccaactatgtgtatggagctttc
catacacactatgttcttctcatcccatggctttaggcttactccgtccc
cttgcctggaatgctcttctgctgcctgtttgacccataaactcactcct
aggtcgagtcttctctgccaacctcaggctgaattaccactataaattct
ctatgctgtgcagtgctctgaatttctggtatagcacataacctctgtgc
tgggagtcatggctttcgttattatctgccctgagtgtggattctacgta
ttcctcctctttccccagccagaatgtggtagacagtcagtcagctcctg
tgagctgactgaggagaagcagtccgtggcttgatttaaccctaccttgt
ggtataattggaagcaggccctatctttttgagtctgagtttccttttct
gcagaatgactgtggtggggccagatgagaaaaggcctttgaaggtttta
tgagcccctttgtctgtgactctcatcctctattggagaacagtgttcat
caattaaaaaaccaagataatgtttgactaaaacccaacctttccctcct
acttctgtctgtcacctttcaaaactatgtgtattagcagttttcaatct
ctgactaaagtttcaagagtttgttgaattgattgattacagaaagtatg
cacctttatcttcccaggaaatacacagagggactaattgattcattgaa
ggtgtttctaactgtattttctgatgaatttgtcactggatgtttgtggg
aatgaaccatggatagtgtgctgtacactgccgattgtctctcattttgt
cctgataggacatgagtacgttaaaacagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_24051898_24053004
seq2: B6Ng01-061A06.b_45_1138

seq1  GAATTCTTGCTTCACACGGTCCTAGGTCATGGTTTGTTTGAAGGGCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTTCACACGGTCCTAGGTCATGGTTTGTTTGAAGGGCCTTG  50

seq1  CCACTTGGAGAGCCAACCAAAGTAGAACTCCATATTTGCTGCCTCCCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGGAGAGCCAACCAAAGTAGAACTCCATATTTGCTGCCTCCCTTA  100

seq1  AGACTCTATCAGGGGAAGGGAATAACCAATATGGAATCGCCTCTGATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTATCAGGGGAAGGGAATAACCAATATGGAATCGCCTCTGATTCC  150

seq1  CACTTACCCCAGCACATAACTTAAGCAAAAAGTCACGGCCCACAGCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACCCCAGCACATAACTTAAGCAAAAAGTCACGGCCCACAGCTATT  200

seq1  AAGTGCTTAAGAAATGCAGATGGTGCTAAACTGAGAAGAGCTTGCCGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTAAGAAATGCAGATGGTGCTAAACTGAGAAGAGCTTGCCGATA  250

seq1  GCCAGAAGGTGACATAGGATGACCATCTATGGCAAAACGCAGCCATCGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAGGTGACATAGGATGACCATCTATGGCAAAACGCAGCCATCGCC  300

seq1  TGGGACAATGTGCTCACAACATTTCACTACTGCTGATTAAAGGACAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAATGTGCTCACAACATTTCACTACTGCTGATTAAAGGACAAGAG  350

seq1  ACAGACCGGACTTAGAAACATATTCTACTCACTAGCACACTGGATAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCGGACTTAGAAACATATTCTACTCACTAGCACACTGGATAGAGA  400

seq1  TTGGAAGATAGAAACGGCTTGTGGGCAGAGACAGCCTCAACCACGTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGATAGAAACGGCTTGTGGGCAGAGACAGCCTCAACCACGTGAGC  450

seq1  CTGACCAGCAGATGACGGCATTGCAACCCACCTTGGTCTCCCCTGATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGCAGATGACGGCATTGCAACCCACCTTGGTCTCCCCTGATTGG  500

seq1  TCAGGTCATAACGTACAATCATTGAAAGAGCTCCACTTATTATTATTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCATAACGTACAATCATTGAAAGAGCTCCACTTATTATTATTGTT  550

seq1  GAGGAAGGTATAGGAAGTATCTCCAGCTTATGGCTGAGACAGTTCCATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGTATAGGAAGTATCTCCAGCTTATGGCTGAGACAGTTCCATTA  600

seq1  CAGGGAGTGGAGTACAATCTAAACTTCATTGTAGTTTCCTTGGTTTTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGTGGAGTACAATCTAAACTTCATTGTAGTTTCCTTGGTTTTATC  650

seq1  TGATTTCGTGGAGTTGGAATTATACTGACTCTATATATTAAAATGTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCGTGGAGTTGGAATTATACTGACTCTATATATTAAAATGTTAAT  700

seq1  ATTCTTTTTATAGATAACACATGCATCAGGTACAAAATCCAGTCAATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTTATAGATAACACATGCATCAGGTACAAAATCCAGTCAATACC  750

seq1  AAAGGGTAAGGCAGCAAGAAGTCGATCTCCTTCCAACACCAGCTTTCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAAGGCAGCAAGAAGTCGATCTCCTTCCAACACCAGCTTTCTTC  800

seq1  CAAGTGTCATGTTATTCTTTCTCGAGTCTCTGGCTTGCCATTGTCCAGTT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAAGTGTCATGTTATTCTTTCTCGAGTCTCTGGCTTGCCATTGTCCAG-T  849

seq1  TTGAGTGAGTTAATAGCCCTTCCTCCTCCTCGAAAATTCTCAGGAACCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGAGTGAGTTAATAGCCCTTCCTCCTCCTCGAAAATTCTCAGGAACC-A  898

seq1  AATATGCCTGTAAAAATGGAACGCATTTTTAATGCAATATATCTATGCTG  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATATGCCTGT-AAAATGGAACGCATTTTTAATGC-ATATATCTATGCTG  946

seq1  ATAAGATGCAATTATGCCACCATCTGCATGTTGCTTAACTGCAATTTTAT  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  ATAAGATGCAA-TATGCCACCATCTGCATGTTGCTT-ACTGC-ATTTTAT  993

seq1  AGTGTAGATCTTTCTTTAAAATATTTCCAACTGATAGCAGTGTGTGGAGG  1050
      |||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||||||||| |
seq2  AGTGTAGATCTTTCTTTAA---ATTTTCCACTGATAGCAGTGTGTGGA-G  1039

seq1  TACCCAGTCAAGACATGTTCCTTTGACAGGTGTC-TGTCCCAAAGATTCT  1099
      ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TACCCAGTC-AGACATG-TCCTTTGACA-GTGTCTTGTCCCAAAGATTCT  1086

seq1  TTTGAGAG  1107
      ||||||||
seq2  TTTGAGAG  1094

seq1: chr16_24204807_24205851
seq2: B6Ng01-061A06.g_69_1100 (reverse)

seq1  GAGCTGTCTTATACGTACCTCATGTCCTGTACAGTGACAAAATGAGAGAC  50
      ||||||| ||| ||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||
seq2  GAGCTGTTTTA-ACGTA-CTCATGTCCTAT-CAG-GACAAAATGAGAGAC  46

seq1  AGTCGGCAGTGTGACAGCCACAACTATCCAATGGTTCCTTCCCACAAACA  100
      | |||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AATCGGCAGTGT-ACAG-CAC-ACTATCC-ATGGTTCATTCCCACAAACA  92

seq1  TCCAGGTGACAAATTCATCAGAAAATACAGTTAGAAACACCTTCCAATGA  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCA-GTGACAAATTCATCAGAAAATACAGTTAGAAACACCTT-CAATGA  140

seq1  ATCAATTAGTCCCTCTGTTGTATTTCCTGGGGAAGATAAAGGTGCATACT  200
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTAGTCCCTCTG-TGTATTTCCT-GGGAAGATAAAGGTGCATACT  188

seq1  TTCTGTAATCAATCAATTCAACAAACCTCTTGAAACTTTAGTCAGAGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCTGTAATCAATCAATTCAACAAA-CTCTTGAAACTTTAGTCAGAGA-T  236

seq1  TGAAAACTGCTAATACACATAGTTTTGAAAGGTGACAGACAGAAGTAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACTGCTAATACACATAGTTTTGAAAGGTGACAGACAGAAGTAGGA  286

seq1  GGGAAAGGTTGGGTTTTAGTCAAACATTATCTTGG-TTTTTAATTGATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGTTGGGTTTTAGTCAAACATTATCTTGGTTTTTTAATTGATGA  336

seq1  ACACTGTTCTCCAATAGAGGATGAGAGTCACAGACAAAGGGGCTCATAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTTCTCCAATAGAGGATGAGAGTCACAGACAAAGGGGCTCATAAA  386

seq1  ACCTTCAAAGGCCTTTTCTCATCTGGCCCCACCACAGTCATTCTGCAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAAGGCCTTTTCTCATCTGGCCCCACCACAGTCATTCTGCAGAA  436

seq1  AAGGAAACTCAGACTCAAAAAGATAGGGCCTGCTTCCAATTATACCACAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACTCAGACTCAAAAAGATAGGGCCTGCTTCCAATTATACCACAA  486

seq1  GGTAGGGTTAAATCAAGCCACGGACTGCTTCTCCTCAGTCAGCTCACAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGTTAAATCAAGCCACGGACTGCTTCTCCTCAGTCAGCTCACAGG  536

seq1  AGCTGACTGACTGTCTACCACATTCTGGCTGGGGAAAGAGGAGGAATACG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTGACTGTCTACCACATTCTGGCTGGGGAAAGAGGAGGAATACG  586

seq1  TAGAATCCACACTCAGGGCAGATAATAACGAAAGCCATGACTCCCAGCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCCACACTCAGGGCAGATAATAACGAAAGCCATGACTCCCAGCAC  636

seq1  AGAGGTTATGTGCTATACCAGAAATTCAGAGCACTGCACAGCATAGAGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTATGTGCTATACCAGAAATTCAGAGCACTGCACAGCATAGAGAA  686

seq1  TTTATAGTGGTAATTCAGCCTGAGGTTGGCAGAGAAGACTCGACCTAGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGTGGTAATTCAGCCTGAGGTTGGCAGAGAAGACTCGACCTAGGA  736

seq1  GTGAGTTTATGGGTCAAACAGGCAGCAGAAGAGCATTCCAGGCAAGGGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTATGGGTCAAACAGGCAGCAGAAGAGCATTCCAGGCAAGGGGA  786

seq1  CGGAGTAAGCCTAAAGCCATGGGATGAGAAGAACATAGTGTGTATGGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGTAAGCCTAAAGCCATGGGATGAGAAGAACATAGTGTGTATGGAAA  836

seq1  GCTCCATACACATAGTTGGAAACAGCTGGGGGTGGTTATAGACAGTACCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATACACATAGTTGGAAACAGCTGGGGGTGGTTATAGACAGTACCG  886

seq1  CAGAACTATCTCCGGATGTCAATAGGTCTCAGCTGCCACTCCCCACCTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTATCTCCGGATGTCAATAGGTCTCAGCTGCCACTCCCCACCTCA  936

seq1  TTTGGCACGCTCCCTAGGGCTATGGCCCGTGTCCACCTAATGGGCCAATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCACGCTCCCTAGGGCTATGGCCCGTGTCCACCTAATGGGCCAATA  986

seq1  CGACACCTGGCCAAGTGCTGATGGCATGGTAGGGCTTAATGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACACCTGGCCAAGTGCTGATGGCATGGTAGGGCTTAATGAATTC  1032