BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061L19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,527,712 - 40,691,696
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061L19.bB6Ng01-061L19.g
ACCDH882332DH882333
length1,134865
definitionDH882332|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061L19, 5' end.DH882333|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,690,539 - 40,691,696)(40,527,712 - 40,528,576)
sequence
gaattctttacaatatcttcttcccatgctctatccaccatgagtaaaat
cctaatagagaaaacaaggttttgtctaaatttgtccatgttactcaaat
attgtttagaataaaataatgaataaatggatgagtaagaaaatgtaagc
atgtcttgtaaataaactaacatggatatgcaatcataccacttgtgttt
tcaaacaaattaatcacaataaaaccaaggaagtcaacatttctgtcttt
aatacaattgtttggtatttatttctactatgtgtatgaagaattggcct
gcaggtatgaagttggacaatctgtatacctgattcccttagaggtcata
gtagcatcttggatcccctagaatgaatggctattagctgctgtgtgggt
gtcagaaacagaatgcatctctctgcaagagcaacaaatgctctaaacca
ctaggctgtctccccagcccttattaaaatataagttcgccattcctttg
tctgttttctccaccttgctttatgatagctgaccacatgaccctgacac
aaatgcattctcaacctatgttatgtaaaaatgatgtgtcataaccaaaa
ggtacttagaagtcaaactttattttgttgttacagttgctgattttctc
ttactggtataataaacattcatttctacacatcaatttatgtagccaga
ggcacagtggaagcttcttgtggtttatctcatctgtacattattcaaga
tgtatgatacatcctttccacatgtcttcctgccttcctacctagggtct
tgttatctaagccacttagtgtctatatgatttaaatatttttatacaca
aaataaggttttcagattatattgactccaagattaatcagaattaaaat
ttaattctataagaggaactcaaagaaatatatttattgtatattttctt
gcctacagtacttgtttcttgtttgtcattaaacttaatgccaaatcata
ttatattttggtttagatttctgctcatacctttatttccaagaaatcag
atttactacaagaacgtgttgctaattgttatgggaagtctaattatata
gagtgcataagtagaaatccaatttctaataagg
gaattcaatgactttctgggcatcagttcttatgtttttatgggatgtgc
tccagatatttactatcaactcttccgtgtggggaccacattaggatcat
ctgctggaaagacacctgcttggatactgagccatattcagtattgccca
ggcatttggtcttagtagattggtatcgagagaaactacatcaatttctg
gcacaagaaatagtggattttcaaagaaagttgtccagagatttccagaa
tgctggaacaattctctacatgatctgatgtttacatgtgtagactttat
ggaaggatgtgtgtgagtgttaagtgagtgtttggaaagtctgatacagc
tttgcatgtatcaacttaaatactagcagatctcatctatgggattggaa
tatctcaatgaacttagatttttaactggtttgtacagccccagactgat
ttactttttaaaaacatgtgacctacataaattgatgagtattgatagta
atattacattcagggagtgcttcaaatatctcaaatactccactagaata
tttgtttatgacattacaagtgatttttctcaacaatgatatgaatccaa
tgctattcttactgaaagaaaaatatatgggtatcaaatataatttctca
agtagcatagcatataaataaaaggtgtggctgaatacagaacacctaat
tctaggactaggtctcttaaactctagactatggaagaggagtgcatatg
tctacttcagccataaagcatcttatgctttgccctgttttcagtcctac
ttatccacagtcacgttggttgtctttaagtacatggaaacagtaccagt
tttatgccaccacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40690539_40691696
seq2: B6Ng01-061L19.b_48_1181 (reverse)

seq1  CCTTATTATAGAAAATTGGCATTTCTACCTAAATGGCACTCTATATAATT  50
      ||||||||    ||||||| |||||||| ||    |||||||||||||||
seq2  CCTTATTA---GAAATTGG-ATTTCTACTTA---TGCACTCTATATAATT  43

seq1  AGATTTTTCAATAACATATTAAGCAAAACCACTGTTCTTGTAGGTTAAAT  100
      |||  || | |||||| ||| ||||| ||    ||||||||||  |||||
seq2  AGA-CTTCCCATAACA-ATT-AGCAACAC----GTTCTTGTAG--TAAAT  84

seq1  CTGATATTCTTTGAAATAAAGGGTATGAAGCAGAAAATTCTAAACCAAAA  150
      ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||
seq2  CTGAT-TTCTTGGAAATAAA-GGTATG-AGCAGAAA--TCTAAACCAAAA  129

seq1  TATAATATTGATTTGGCATTAAGTTTAATGACAAACAAGAAACAAGTACT  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATA-TGATTTGGCATTAAGTTTAATGACAAACAAGAAACAAGTACT  178

seq1  GTAGGCAAGAAAATAATACAATAAATATATTTCTTTTGAGTTCCTCTTAT  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAAGAAAAT-ATACAATAAATATATTTC-TTTGAGTTCCTCTTAT  226

seq1  AGAATTAAATTTTAATTCTGATTAATCTTGGAGTCAATATAATCTGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAAATTTTAATTCTGATTAATCTTGGAGTCAATATAATCTGAAAA  276

seq1  CCTTATTTTGTGTATAAAAATATTTAAATCATATAGACACTAAGTGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTTGTGTATAAAAATATTTAAATCATATAGACACTAAGTGGCTT  326

seq1  AGATAACAAGACCCTAGGTAGGAAGGCAGGAAGACATGTGGAAAGGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACAAGACCCTAGGTAGGAAGGCAGGAAGACATGTGGAAAGGATGT  376

seq1  ATCATACATCTTGAATAATGTACAGATGAGATAAACCACAAGAAGCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACATCTTGAATAATGTACAGATGAGATAAACCACAAGAAGCTTCC  426

seq1  ACTGTGCCTCTGGCTACATAAATTGATGTGTAGAAATGAATGTTTATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCCTCTGGCTACATAAATTGATGTGTAGAAATGAATGTTTATTAT  476

seq1  ACCAGTAAGAGAAAATCAGCAACTGTAACAACAAAATAAAGTTTGACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTAAGAGAAAATCAGCAACTGTAACAACAAAATAAAGTTTGACTTC  526

seq1  TAAGTACCTTTTGGTTATGACACATCATTTTTACATAACATAGGTTGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACCTTTTGGTTATGACACATCATTTTTACATAACATAGGTTGAGA  576

seq1  ATGCATTTGTGTCAGGGTCATGTGGTCAGCTATCATAAAGCAAGGTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTGTGTCAGGGTCATGTGGTCAGCTATCATAAAGCAAGGTGGAG  626

seq1  AAAACAGACAAAGGAATGGCGAACTTATATTTTAATAAGGGCTGGGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGACAAAGGAATGGCGAACTTATATTTTAATAAGGGCTGGGGAGA  676

seq1  CAGCCTAGTGGTTTAGAGCATTTGTTGCTCTTGCAGAGAGATGCATTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTAGTGGTTTAGAGCATTTGTTGCTCTTGCAGAGAGATGCATTCTG  726

seq1  TTTCTGACACCCACACAGCAGCTAATAGCCATTCATTCTAGGGGATCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACACCCACACAGCAGCTAATAGCCATTCATTCTAGGGGATCCAA  776

seq1  GATGCTACTATGACCTCTAAGGGAATCAGGTATACAGATTGTCCAACTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTACTATGACCTCTAAGGGAATCAGGTATACAGATTGTCCAACTTC  826

seq1  ATACCTGCAGGCCAATTCTTCATACACATAGTAGAAATAAATACCAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCAGGCCAATTCTTCATACACATAGTAGAAATAAATACCAAACA  876

seq1  ATTGTATTAAAGACAGAAATGTTGACTTCCTTGGTTTTATTGTGATTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATTAAAGACAGAAATGTTGACTTCCTTGGTTTTATTGTGATTAAT  926

seq1  TTGTTTGAAAACACAAGTGGTATGATTGCATATCCATGTTAGTTTATTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGAAAACACAAGTGGTATGATTGCATATCCATGTTAGTTTATTTA  976

seq1  CAAGACATGCTTACATTTTCTTACTCATCCATTTATTCATTATTTTATTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACATGCTTACATTTTCTTACTCATCCATTTATTCATTATTTTATTC  1026

seq1  TAAACAATATTTGAGTAACATGGACAAATTTAGACAAAACCTTGTTTTCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATATTTGAGTAACATGGACAAATTTAGACAAAACCTTGTTTTCT  1076

seq1  CTATTAGGATTTTACTCATGGTGGATAGAGCATGGGAAGAAGATATTGTA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGGATTTTACTCATGGTGGATAGAGCATGGGAAGAAGATATTGTA  1126

seq1  AAGAATTC  1158
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1134

seq1: chr16_40527712_40528576
seq2: B6Ng01-061L19.g_68_932

seq1  GAATTCAATGACTTTCTGGGCATCAGTTCTTATGTTTTTATGGGATGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGACTTTCTGGGCATCAGTTCTTATGTTTTTATGGGATGTGC  50

seq1  TCCAGATATTTACTATCAACTCTTCCGTGTGGGGACCACATTAGGATCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATATTTACTATCAACTCTTCCGTGTGGGGACCACATTAGGATCAT  100

seq1  CTGCTGGAAAGACACCTGCTTGGATACTGAGCCATATTCAGTATTGCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAAAGACACCTGCTTGGATACTGAGCCATATTCAGTATTGCCCA  150

seq1  GGCATTTGGTCTTAGTAGATTGGTATCGAGAGAAACTACATCAATTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTGGTCTTAGTAGATTGGTATCGAGAGAAACTACATCAATTTCTG  200

seq1  GCACAAGAAATAGTGGATTTTCAAAGAAAGTTGTCCAGAGATTTCCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGAAATAGTGGATTTTCAAAGAAAGTTGTCCAGAGATTTCCAGAA  250

seq1  TGCTGGAACAATTCTCTACATGATCTGATGTTTACATGTGTAGACTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAACAATTCTCTACATGATCTGATGTTTACATGTGTAGACTTTAT  300

seq1  GGAAGGATGTGTGTGAGTGTTAAGTGAGTGTTTGGAAAGTCTGATACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGATGTGTGTGAGTGTTAAGTGAGTGTTTGGAAAGTCTGATACAGC  350

seq1  TTTGCATGTATCAACTTAAATACTAGCAGATCTCATCTATGGGATTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGTATCAACTTAAATACTAGCAGATCTCATCTATGGGATTGGAA  400

seq1  TATCTCAATGAACTTAGATTTTTAACTGGTTTGTACAGCCCCAGACTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAATGAACTTAGATTTTTAACTGGTTTGTACAGCCCCAGACTGAT  450

seq1  TTACTTTTTAAAAACATGTGACCTACATAAATTGATGAGTATTGATAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTTTAAAAACATGTGACCTACATAAATTGATGAGTATTGATAGTA  500

seq1  ATATTACATTCAGGGAGTGCTTCAAATATCTCAAATACTCCACTAGAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACATTCAGGGAGTGCTTCAAATATCTCAAATACTCCACTAGAATA  550

seq1  TTTGTTTATGACATTACAAGTGATTTTTCTCAACAATGATATGAATCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTATGACATTACAAGTGATTTTTCTCAACAATGATATGAATCCAA  600

seq1  TGCTATTCTTACTGAAAGAAAAATATATGGGTATCAAATATAATTTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTCTTACTGAAAGAAAAATATATGGGTATCAAATATAATTTCTCA  650

seq1  AGTAGCATAGCATATAAATAAAAGGTGTGGCTGAATACAGAACACCTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCATAGCATATAAATAAAAGGTGTGGCTGAATACAGAACACCTAAT  700

seq1  TCTAGGACTAGGTCTCTTAAACTCTAGACTATGGAAGAGGAGTGCATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGACTAGGTCTCTTAAACTCTAGACTATGGAAGAGGAGTGCATATG  750

seq1  TCTACTTCAGCCATAAAGCATCTTATGCTTTGCCCTGTTTTCAGTCCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTCAGCCATAAAGCATCTTATGCTTTGCCCTGTTTTCAGTCCTAC  800

seq1  TCATCCACAGTCACGTTGGTTGTTCTTTAAGTACATGGAAACAGTACCAG  850
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCACAGTCACGTTGGTTG-TCTTTAAGTACATGGAAACAGTACCAG  849

seq1  -TTTATGCCAACACAC  865
       ||||||||| |||||
seq2  TTTTATGCCACCACAC  865