BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-064N12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,098,583 - 92,264,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrps6
Upstream geneH3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939, LOC665947, Ifngr2, Tmem50b, ORF28, Gart, Son, Donson, Cryzl1, LOC100040653, Itsn1, Atp5o, Slc5a3
Downstream geneKcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1, EG666023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-064N12.bB6Ng01-064N12.g
ACCDH884510DH884511
length9851,031
definitionDH884510|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064N12, 5' end.DH884511|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064N12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,098,583 - 92,099,572)(92,263,244 - 92,264,287)
sequence
gaattcactttctatctcagtcactggcttggctgatttgtggtaccttt
tagggtgaatggactgaggccctgctggcacagaggttggctacatagta
attatcgggtttggggccatctggtctctgttgtaactacaaatctgctt
taagcacaaacagccataaacacttcaaatgcgtgagctggctgtgttcc
cataaaatttaatttgccaaaacaaagtttgaggccctgtctttgggagt
ctgctttattttgaggtaaggtatataaaaagtattaagcaaccttaata
accaaaaatcttttgtttctcttgcagtttcttcttaaaaagtctatcta
tttaacgtgcatgcgtgtaggctcactccccacaatgtgcatttagaggg
taacttgtgtgagccaagcctttccatctaccgtgtgggtcccaggaatt
aagctcagcttgggtactgagtgctcttagccactgagcagtctcaccag
ccctcgggcgttctttaaactgctgactaatttgaaattacagcagaacg
agtaggtcctctcaggcagctcacgccttggttttgatacaaagtgaaag
aatgtgccttccttagggagctgttttcttttttgacagatggtgtactt
acctgtgcctgtaggggttgggtgggggtaagaacacaggtttacttcag
gtatcgtctaagttttacctgccaccttcattttttgggacttggtctct
caccagacctgtgctcagagtttggctagactggctgaccagtgaggcct
gggatctgggcactcacacaagtgcagccacatgcacatgtctgtatcaa
gaccactgtccttttctgctgtcttgtcccgtcccatgtgtcttgttaaa
ctctttattagattattagctcacgagggtgtaggtggacctttgtcctt
ctgattacatcaaccatgtttcctttggaattgaa
gaattcaaagtaggaagattcacttctaatctggatcttttgaggtggga
aggcctacctctaatctgggccatgcccgctgctgacagcctatataaag
acatggaagaaggaaggaagctttcactctttgttctcaccttgatgtgc
agtccatgccttcactgacattagagcctacttctttgggattctggtgc
atactggagaccagctgagacacacagcctcctggactgaaaaactactg
gactcttggaccttctgttggtagatagccattgttggactctgttactc
tagagagaactctgaccaatacagtgaggtatagggctttgattcgtaga
ccccaggaagagttagaccctgttggaggcaggggaacagctgtggctga
gttaagggcaagcatcatgtgcttctgccgatggctagccaaaggatgga
tctgtcttgtcctgagagagtgtgggcttgcaccactgagaaacatcagc
atcaccaggagatagatcacagcataagaacatggcaggagactggtaac
gcacaggaattcttcatgtaaagggaaggtgccttcctcatgtgacattc
aaattcggtctaatctggaaggacctgaaggaaaaccaactatgtgttta
ttctatagtcctgtaacaagcaatggtctccctgtagggctttcttgaaa
acaatgttgtgttttgctttttaaagatgaacagttagaaccagactgca
caagacacgaatgattgatgggggagaatagtagacggcatctatagatg
aacaaaacagctttcagcacacatgaagactccaaccaggctcattaagt
ccattccgtgcctatgagacgcttatgtaagaacattcgggaacttgtta
gtttctgtgaaatgagcatactcccaattcacttccaaagttaatttgaa
cctgaataacatcaattcctcactcaccatgctatgcatctgtgaagcca
agtcaaacaattttctattttaggaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92098583_92099572
seq2: B6Ng01-064N12.b_47_1031

seq1  GAATTCACTTTCTATCTCAGTCACTGGCTTGGCTGATTTGTGGTACCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTCTATCTCAGTCACTGGCTTGGCTGATTTGTGGTACCTTT  50

seq1  TAGGGTGAATGGACTGAGGCCCTGCTGGCACAGAGGTTGGCTACATAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGAATGGACTGAGGCCCTGCTGGCACAGAGGTTGGCTACATAGTA  100

seq1  ATTATCGGGTTTGGGGCCATCTGGTCTCTGTTGTAACTACAAATCTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCGGGTTTGGGGCCATCTGGTCTCTGTTGTAACTACAAATCTGCTT  150

seq1  TAAGCACAAACAGCCATAAACACTTCAAATGCGTGAGCTGGCTGTGTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACAAACAGCCATAAACACTTCAAATGCGTGAGCTGGCTGTGTTCC  200

seq1  CATAAAATTTAATTTGCCAAAACAAAGTTTGAGGCCCTGTCTTTGGGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATTTAATTTGCCAAAACAAAGTTTGAGGCCCTGTCTTTGGGAGT  250

seq1  CTGCTTTATTTTGAGGTAAGGTATATAAAAAGTATTAAGCAACCTTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTATTTTGAGGTAAGGTATATAAAAAGTATTAAGCAACCTTAATA  300

seq1  ACCAAAAATCTTTTGTTTCTCTTGCAGTTTCTTCTTAAAAAGTCTATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAATCTTTTGTTTCTCTTGCAGTTTCTTCTTAAAAAGTCTATCTA  350

seq1  TTTAACGTGCATGCGTGTAGGCTCACTCCCCACAATGTGCATTTAGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACGTGCATGCGTGTAGGCTCACTCCCCACAATGTGCATTTAGAGGG  400

seq1  TAACTTGTGTGAGCCAAGCCTTTCCATCTACCGTGTGGGTCCCAGGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTGTGAGCCAAGCCTTTCCATCTACCGTGTGGGTCCCAGGAATT  450

seq1  AAGCTCAGCTTGGGTACTGAGTGCTCTTAGCCACTGAGCAGTCTCACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGCTTGGGTACTGAGTGCTCTTAGCCACTGAGCAGTCTCACCAG  500

seq1  CCCTCGGGCGTTCTTTAAACTGCTGACTAATTTGAAATTACAGCAGAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGGCGTTCTTTAAACTGCTGACTAATTTGAAATTACAGCAGAACG  550

seq1  AGTAGGTCCTCTCAGGCAGCTCACGCCTTGGTTTTGATACAAAGTGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTCCTCTCAGGCAGCTCACGCCTTGGTTTTGATACAAAGTGAAAG  600

seq1  AATGTGCCTTCCTTAGGGAGCTGTTTTCTTTTTTGACAGATGGTGTACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCCTTCCTTAGGGAGCTGTTTTCTTTTTTGACAGATGGTGTACTT  650

seq1  ACCTGTGCCTGTAGGGGTTGGGTGGGGGTAAGAACACAGGTTTACTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGCCTGTAGGGGTTGGGTGGGGGTAAGAACACAGGTTTACTTCAG  700

seq1  GTATCGTCTAAGTTTTACCTGCCACCTTCATTTTTTGGGACTTGGTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTCTAAGTTTTACCTGCCACCTTCATTTTTTGGGACTTGGTCTCT  750

seq1  CACCAGACCTGTGCTCAGAGTTTGGCTAGACTGGCTGACCAGTGAGGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGACCTGTGCTCAGAGTTTGGCTAGACTGGCTGACCAGTGAGGCCT  800

seq1  GGGATCTGGGCACTCACACAAGTGCAGCCACATGCACATGTCTGTATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGGGCACTCACACAAGTGCAGCCACATGCACATGTCTGTATCAA  850

seq1  GACCACTGTCCTTTTCTGCTGTCTTGTCCCGTCCCATGTGTCTTTGTTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACCACTGTCCTTTTCTGCTGTCTTGTCCCGTCCCATGTGTC-TTGTTAA  899

seq1  ACTCTTTATTAGATTATTAGCTCCACGAGGGTGTAGGTTGGACCCTTTGC  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| 
seq2  ACTCTTTATTAGATTATTAGCT-CACGAGGGTGTAGG-TGGA-CCTTTGT  946

seq1  CCTTCTGATTACGATCAACCAGTTTTCCTTTGGAATTGAA  990
      |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGATTAC-ATCAACCATGTTTCCTTTGGAATTGAA  985

seq1: chr16_92263244_92264287
seq2: B6Ng01-064N12.g_70_1100 (reverse)

seq1  TTTTTGTCCTACAATAGAAAATTTGTTTTGACTTTGCTTCCAACAGATGC  50
      ||||| ||||| |||||||||||   |||||||| |||||  ||||||||
seq2  TTTTTTTCCTAAAATAGAAAATT--GTTTGACTTGGCTTC--ACAGATGC  46

seq1  ATAGCATGGTGAGTGAGGAATTGAATGTTATTCCAGGTTCAAATTTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
seq2  ATAGCATGGTGAGTGAGGAATTG-ATGTTATT-CAGGTTCAAA-TTAACT  93

seq1  TTGGAAGTGAAATTTGGGAAGGTATGCCTCATTTCACAGAAACTAAACAA  150
      |||||||||||  ||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGGAAGTGAA--TTGGGA--GTATG-CTCATTTCACAGAAACT-AACAA  137

seq1  GTTCCCGAATGTTCTTACATAAGCGTCTCATAGGCACGGATTGGACTTAA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTCCCGAATGTTCTTACATAAGCGTCTCATAGGCACGGAATGGACTTAA  187

seq1  TGAGCCTGGTTGGAGTCTTCATGTGTGCTGAAAGCTGTTTTGTTCATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGGTTGGAGTCTTCATGTGTGCTGAAAGCTGTTTTGTTCATCTA  237

seq1  TAGATGCCGTCTACTATTCTCCCCCATCAATCATTCGTGTCTTGTGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCCGTCTACTATTCTCCCCCATCAATCATTCGTGTCTTGTGCAGT  287

seq1  CTGGTTCTAACTGTTCATCTTTAAAAAGCAAAACACAACATTGTTTTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCTAACTGTTCATCTTTAAAAAGCAAAACACAACATTGTTTTCAA  337

seq1  GAAAGCCCTACAGGGAGACCATTGCTTGTTACAGGACTATAGAATAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCCTACAGGGAGACCATTGCTTGTTACAGGACTATAGAATAAACA  387

seq1  CATAGTTGGTTTTCCTTCAGGTCCTTCCAGATTAGACCGAATTTGAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTGGTTTTCCTTCAGGTCCTTCCAGATTAGACCGAATTTGAATGT  437

seq1  CACATGAGGAAGGCACCTTCCCTTTACATGAAGAATTCCTGTGCGTTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAGGAAGGCACCTTCCCTTTACATGAAGAATTCCTGTGCGTTACC  487

seq1  AGTCTCCTGCCATGTTCTTATGCTGTGATCTATCTCCTGGTGATGCTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCTGCCATGTTCTTATGCTGTGATCTATCTCCTGGTGATGCTGAT  537

seq1  GTTTCTCAGTGGTGCAAGCCCACACTCTCTCAGGACAAGACAGATCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAGTGGTGCAAGCCCACACTCTCTCAGGACAAGACAGATCCATC  587

seq1  CTTTGGCTAGCCATCGGCAGAAGCACATGATGCTTGCCCTTAACTCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCTAGCCATCGGCAGAAGCACATGATGCTTGCCCTTAACTCAGCC  637

seq1  ACAGCTGTTCCCCTGCCTCCAACAGGGTCTAACTCTTCCTGGGGTCTACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGTTCCCCTGCCTCCAACAGGGTCTAACTCTTCCTGGGGTCTACG  687

seq1  AATCAAAGCCCTATACCTCACTGTATTGGTCAGAGTTCTCTCTAGAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGCCCTATACCTCACTGTATTGGTCAGAGTTCTCTCTAGAGTAA  737

seq1  CAGAGTCCAACAATGGCTATCTACCAACAGAAGGTCCAAGAGTCCAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCAACAATGGCTATCTACCAACAGAAGGTCCAAGAGTCCAGTAG  787

seq1  TTTTTCAGTCCAGGAGGCTGTGTGTCTCAGCTGGTCTCCAGTATGCACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGTCCAGGAGGCTGTGTGTCTCAGCTGGTCTCCAGTATGCACCA  837

seq1  GAATCCCAAAGAAGTAGGCTCTAATGTCAGTGAAGGCATGGACTGCACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCAAAGAAGTAGGCTCTAATGTCAGTGAAGGCATGGACTGCACAT  887

seq1  CAAGGTGAGAACAAAGAGTGAAAGCTTCCTTCCTTCTTCCATGTCTTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGAGAACAAAGAGTGAAAGCTTCCTTCCTTCTTCCATGTCTTTAT  937

seq1  ATAGGCTGTCAGCAGCGGGCATGGCCCAGATTAGAGGTAGGCCTTCCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTGTCAGCAGCGGGCATGGCCCAGATTAGAGGTAGGCCTTCCCAC  987

seq1  CTCAAAAGATCCAGATTAGAAGTGAATCTTCCTACTTTGAATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGATCCAGATTAGAAGTGAATCTTCCTACTTTGAATTC  1031