BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066D05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 25,472,964 - 25,629,833
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLpp, A730098P11Rik, 5430420C16Rik
Downstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1, Cldn16, LOC100043057, Il1rap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066D05.bB6Ng01-066D05.g
ACCDH885442DH885443
length1,0331,099
definitionDH885442|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D05, 5' end.DH885443|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,628,796 - 25,629,833)(25,472,964 - 25,474,092)
sequence
gaattcttttctcaggggagatatgtgaggcacaaaattagttgggagag
gtgataattgttagtgcacaacatgattgcctgctgatcttattgttctt
attagtgttgctaagtgccgatggagcgaaaattaggtggcagaaaagca
gcgatagattcaaatcctagttccagtgggccaatacgtcagccagtttt
atcaattatagcatgaatgaacacagttggcaacagctgatttgaaacag
ggaagctcaatttcatgaagcccatttttatttctgtcctggatcttttg
gttgtgagttatctaaaaaatgttttgctacatactcactgatgacttga
aagaacttgggaaatcaacaggcaaaataccaaaggacaatcacagatat
atacagaggataatatcctttcaacccacaggatcattttctaagtaagt
aggaaaaaatgcaacattgagtatttccaggatgggaaggggaaactaaa
cacatctgcattttaacacctggaaacacagaatggcaaagcgagaggat
gagaaacaaaaccatggattaggaacatcagtggttggattttgatacaa
aatggtatagctaaattaaaaacaaacagctaagctacaaataagagctt
cagtcgtggaaggatggttgcaaacagatgactatgactttcagatcaaa
ataaagctgttgagcagtatgaacttggggttgtaggtaagtgtgattgt
ggaatgaggctttgagaatgttgactttaaattaaaaagagttcaggagc
aaagagacatgagtggctcagagagcaatgagaaattagagccactgcaa
ggtgggaaaatttcaccaggaaccaggctcactttatgaagcatgaatgg
cttaaggagactgggaatctcatgggatatgagtctgagtgcccagcctg
gttctatagggcaacccagaaactgctgtacactgcaattccttgggtcc
ttagacaaggaagcaataaaagagaaaatggaa
gaattctttccgtctccagttctcatgattctgcaataactacttcctga
acataaaaataggtggccgatgggccagtggaatggtggctgccttccac
tcagagagaaatgttctcttcagggtgagcagtccacggagctgggtata
catccaattctcaaggaggtctcttctccctcaagggagctacctcttag
cttccttatgagttgctttccctccgagggattgatacgaccaagaacgc
tgaggtactcgtgtattctcagaagggaaaggtcctctaaaaatatggat
tgccttgacctggcctcaacaggctggtactttatcctcttctccctacc
ccacccctgaatctatcttcagtaagagtggtatccaaatataaagtaga
tgggtcgaatcccattccacgggatcttgacatttctgtacttagaagag
gataaagcagcagtgtgctttaagtggcctaaacaagggctgcagaacag
ctgctcttacttccagcaggatccctcaggccttagggaaaccggcagac
gagggtcaccttgacaagtcctcttttcccaagcatttggagatcagatg
tacataatgcttaaggtgaaactctgacagagggaaccaaaacaaaaaca
aggactcaaaacaataacaaaagtctttcttaccccctccaccttaaaag
aaatgattcgtttaaaaacctagcaccacaaggttcaatgggttctattc
atcaccatacattttctaactttttttataacttatttaagtcaactgtc
tctgagcttatcaggtttttcgatgttcagaattgacacagttattaaaa
gtggttcatgcagattctggtgacagtattaaaaattaagatatgagcat
agaagcttggtttgccatattaggcttaaaataaagtggtggacttagca
gtttaaagcaaagcacacaaaaacacacccccccccccaagtagcaatcc
atgtcatttctaatttatacctagttactaggattcatctgatcatgact
ttccaaaatgcttgttttcccctagcttcccacctctacagaataagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_25628796_25629833
seq2: B6Ng01-066D05.b_47_1079 (reverse)

seq1  TTCCATCTTCTCCTTTTCTTTGCTTCCCTTGTCTTATGGACCCAAGGAAT  50
      |||||| |||||  |||  |||||| ||||||| || |||||||||||||
seq2  TTCCATTTTCTC--TTTTATTGCTT-CCTTGTC-TAAGGACCCAAGGAAT  46

seq1  TGCAGTGTACAGCAGTTTCTGGGTTGCCCTATAGAACCAGGCTGGGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTACAGCAGTTTCTGGGTTGCCCTATAGAACCAGGCTGGGCACT  96

seq1  CAGACTCATATCCCATGAGATTCCCAGTCTCCTTAAGCCATTCATGCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCATATCCCATGAGATTCCCAGTCTCCTTAAGCCATTCATGCTTC  146

seq1  ATAAAGTGAGCCTGGTTCCTGGTGAAATTTTTCCCACCTTGCAGTGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTGAGCCTGGTTCCTGGTGAAA-TTTTCCCACCTTGCAGTGGCTC  195

seq1  TAATTTCTCATTGCTCTCTGAGCCACTCATGTCTCTTTGCTCCTGAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTCATTGCTCTCTGAGCCACTCATGTCTCTTTGCTCCTGAACTC  245

seq1  TTTTTAATTTAAAGTCAACATTCTCAAAGCCTCATTCCACAATCACACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATTTAAAGTCAACATTCTCAAAGCCTCATTCCACAATCACACTT  295

seq1  ACCTACAACCCCAAGTTCATACTGCTCAACAGCTTTATTTTGATCTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAACCCCAAGTTCATACTGCTCAACAGCTTTATTTTGATCTGAAA  345

seq1  GTCATAGTCATCTGTTTGCAACCATCCTTCCACGACTGAAGCTCTTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGTCATCTGTTTGCAACCATCCTTCCACGACTGAAGCTCTTATTT  395

seq1  GTAGCTTAGCTGTTTGTTTTTAATTTAGCTATACCATTTTGTATCAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTAGCTGTTTGTTTTTAATTTAGCTATACCATTTTGTATCAAAAT  445

seq1  CCAACCACTGATGTTCCTAATCCATGGTTTTGTTTCTCATCCTCTCGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCACTGATGTTCCTAATCCATGGTTTTGTTTCTCATCCTCTCGCTT  495

seq1  TGCCATTCTGTGTTTCCAGGTGTTAAAATGCAGATGTGTTTAGTTTCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTCTGTGTTTCCAGGTGTTAAAATGCAGATGTGTTTAGTTTCCCC  545

seq1  TTCCCATCCTGGAAATACTCAATGTTGCATTTTTTCCTACTTACTTAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCCTGGAAATACTCAATGTTGCATTTTTTCCTACTTACTTAGAA  595

seq1  AATGATCCTGTGGGTTGAAAGGATATTATCCTCTGTATATATCTGTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCCTGTGGGTTGAAAGGATATTATCCTCTGTATATATCTGTGATT  645

seq1  GTCCTTTGGTATTTTGCCTGTTGATTTCCCAAGTTCTTTCAAGTCATCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGGTATTTTGCCTGTTGATTTCCCAAGTTCTTTCAAGTCATCAG  695

seq1  TGAGTATGTAGCAAAACATTTTTTAGATAACTCACAACCAAAAGATCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATGTAGCAAAACATTTTTTAGATAACTCACAACCAAAAGATCCAG  745

seq1  GACAGAAATAAAAATGGGCTTCATGAAATTGAGCTTCCCTGTTTCAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAATAAAAATGGGCTTCATGAAATTGAGCTTCCCTGTTTCAAATC  795

seq1  AGCTGTTGCCAACTGTGTTCATTCATGCTATAATTGATAAAACTGGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGCCAACTGTGTTCATTCATGCTATAATTGATAAAACTGGCTGA  845

seq1  CGTATTGGCCCACTGGAACTAGGATTTGAATCTATCGCTGCTTTTCTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATTGGCCCACTGGAACTAGGATTTGAATCTATCGCTGCTTTTCTGCC  895

seq1  ACCTAATTTTCGCTCCATCGGCACTTAGCAACACTAATAAGAACAATAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATTTTCGCTCCATCGGCACTTAGCAACACTAATAAGAACAATAAG  945

seq1  ATCAGCAGGCAATCATGTTGTGCACTAACAATTATCACCTCTCCCAACTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAGGCAATCATGTTGTGCACTAACAATTATCACCTCTCCCAACTA  995

seq1  ATTTTGTGCCTCACATATCTCCCCTGAGAAAAGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGCCTCACATATCTCCCCTGAGAAAAGAATTC  1033

seq1: chr16_25472964_25474092
seq2: B6Ng01-066D05.g_67_1165

seq1  GAATTCTTTCCGTCTCCAGTTCTCATGATTCTGCAATAACTACTTCCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCGTCTCCAGTTCTCATGATTCTGCAATAACTACTTCCTGA  50

seq1  ACATAAAAATAGGTGGCCGATGGGCCAGTGGAATGGTGGCTGCCTTCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAATAGGTGGCCGATGGGCCAGTGGAATGGTGGCTGCCTTCCAC  100

seq1  TCAGAGAGAAATGTTCTCTTCAGGGTGAGCAGTCCACGGAGCTGGGTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGAAATGTTCTCTTCAGGGTGAGCAGTCCACGGAGCTGGGTATA  150

seq1  CATCCAATTCTCAAGGAGGTCTCTTCTCCCTCAAGGGAGCTACCTCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAATTCTCAAGGAGGTCTCTTCTCCCTCAAGGGAGCTACCTCTTAG  200

seq1  CTTCCTTATGAGTTGCTTTCCCTCCGAGGGATTGATACGACCAAGAACGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTATGAGTTGCTTTCCCTCCGAGGGATTGATACGACCAAGAACGC  250

seq1  TGAGGTACTCGTGTATTCTCAGAAGGGAAAGGTCCTCTAAAAATATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTACTCGTGTATTCTCAGAAGGGAAAGGTCCTCTAAAAATATGGAT  300

seq1  TGCCTTGACCTGGCCTCAACAGGCTGGTACTTTATCCTCTTCTCCCTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGACCTGGCCTCAACAGGCTGGTACTTTATCCTCTTCTCCCTACC  350

seq1  CCACCCCTGAATCTATCTTCAGTAAGAGTGGTATCCAAATATAAAGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTGAATCTATCTTCAGTAAGAGTGGTATCCAAATATAAAGTAGA  400

seq1  TGGGTCGAATCCCATTCCACGGGATCTTGACATTTCTGTACTTAGAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCGAATCCCATTCCACGGGATCTTGACATTTCTGTACTTAGAAGAG  450

seq1  GATAAAGCAGCAGTGTGCTTTAAGTGGCCTAAACAAGGGCTGCAGAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCAGCAGTGTGCTTTAAGTGGCCTAAACAAGGGCTGCAGAACAG  500

seq1  CTGCTCTTACTTCCAGCAGGATCCCTCAGGCCTTAGGGAAACCGGCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTACTTCCAGCAGGATCCCTCAGGCCTTAGGGAAACCGGCAGAC  550

seq1  GAGGGTCACCTTGACAAGTCCTCTTTTCCCAAGCATTTGGAGATCAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCACCTTGACAAGTCCTCTTTTCCCAAGCATTTGGAGATCAGATG  600

seq1  TACATAATGCTTAAGGTGAAACTCTGACAGAGGGAACCAAAACAAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATGCTTAAGGTGAAACTCTGACAGAGGGAACCAAAACAAAAACA  650

seq1  AGGACTCAAAACAATAACAAAAGTCTTTCTTACCCCCTCCACCTTAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCAAAACAATAACAAAAGTCTTTCTTACCCCCTCCACCTTAAAAG  700

seq1  AAATGATTCGTTTAAAAACCTAGCACCACAAGGTTCAATGGGTTCTATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTCGTTTAAAAACCTAGCACCACAAGGTTCAATGGGTTCTATTC  750

seq1  ATCACCATACATTTTCTAACTTTTTTTATAACTTATTTAAGTCAACTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCATACATTTTCTAACTTTTTTTATAACTTATTTAAGTCAACTGTC  800

seq1  TCTGAGCTTATCAGGTTTTTCGATGTTCAGAATTGACACAGTTATTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTTATCAGGTTTTTCGATGTTCAGAATTGACACAGTTATTAAAA  850

seq1  GTGGTTCATGCAGATTCTGGTGACAGTATTAAAAATTAAGATATGAGCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCATGCAGATTCTGGTGACAGTATTAAAAATTAAGATATGAGCAT  900

seq1  AGAAGCTTGGTTTGCCATATTAGGCTTAAAATTATAGTGGTGGACTTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTGGTTTGCCATATTAGGCTTAAAA-TAAAGTGGTGGACTTAGC  949

seq1  AGTTTAAAGCAAAAGCAACAACAAAAACAACAACCCCCCCCCCCAAGTTA  1000
      |||||||||| ||||||   |||||||||   ||||||||||||||||  
seq2  AGTTTAAAGC-AAAGCA--CACAAAAACA--CACCCCCCCCCCCAAGT--  992

seq1  AGCAAAATCCCATGTCATTTTCTTATTTTATACCTAGTTACTAGGATTTC  1050
      |||||    |||||||||||   || |||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCAA---TCCATGTCATTT--CTAATTTATACCTAGTTACTAGGA-TTC  1036

seq1  ATCTTGTATCAATGACTATTCTCAAAAATGCTTGTTTTTTTCCCCCCTAA  1100
      ||||   ||| |||||   | || ||||||||||||||     |||||| 
seq2  ATCT--GATC-ATGAC---TTTCCAAAATGCTTGTTTT-----CCCCTA-  1074

seq1  GGCCTTTCTCCACCTCTACAAGATAAGTC  1129
       ||  ||| |||||||||||  |||||||
seq2  -GC--TTC-CCACCTCTACAGAATAAGTC  1099