BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069C24
Chromosome2 (Build37)16 (Build37)
Map Location 5,287,323 - 5,288,35479,993,516 - 79,993,813
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneCamk1d
Upstream geneFrmd4a, Prpf18, LOC623483, E130319B15Rik, LOC666973, Sephs1, Phyh, LOC381346, LOC100040250, LOC100040426, 1110017I16Rik, Mcm10, Optn, Ccdc3, LOC100040292
Downstream geneLOC666599, Cdc123, Nudt5, Sec61a2, Dhtkd1, Upf2, LOC100040343, 5430407P10Rik, LOC634939, Echdc3, 1700014B07Rik, Usp6nl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069C24.bB6Ng01-069C24.g
ACCDH887568DH887569
length1,023431
definitionDH887568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069C24, 5' end.DH887569|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069C24, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,287,323 - 5,288,354)(79,993,516 - 79,993,813)
sequence
tgatgtcctctagaacattattcaactctgtcgctcagtctcatcctctt
tgcctattatagtatatgctatcatagcatgtgtcaattttaaatatgca
aatgtgaaatactttgatttcataatctcagtacaattttggcttatttg
taaaacttttaagccatgtaaatccctgtgagtggaaaaaataattgtca
agagacataatattcaaaatttactgtactgagaaagctttaaacttaga
ttgccctattgcagactactgtaccatgtaactgtcaggacaccatgagt
tatagtactgtgcaaaccctatactttgcatgtatttgacttatccacct
gatattctctccttcccctccttccccctcatgttccccctgttgtgtac
acacacatgtgcacttgtatcagtatgtggaggccaatgtgtgtatgtgt
ggaggccagaggtcaatgttgcatatctccctcaatcacttcccaccttt
ctttttgagacaggctctctcactgaacctgatgctcgatgatttgctca
gactggctggccagtgagatgctgagacccgcccgtctcactcactcaat
gctgggtgctaggagtccaacatggatcctgaagcttgcataggaagtat
actgcccgctgagctgcttcctcagcccccaccacctgattttaaaagac
agtgttctgttaccttaaaatgtgatgcttatttattatgtaaaattgta
tggaaaactgttacggtgtgagtgtgaatgtgaaatgctagccatcaact
acatgtttgaacacttgtccctagctggtggtgttgctttggaggaagtg
aggaatggggactttggtattatacttcttgtggtgtcttccttccttga
ctgtggacccatgtggtcagctacttcatgttctgctgccatgccctgtc
tactatgatgggctatatccccttagccacagtctcagctatgcactaga
tatttacatgtactcataacagt
tcactccttagtcggtgatggtgagaggcttcaccggacctggggcagag
aggcgcacgttccttctgacgcttctcacacatttacttggcttgatgat
agcatttcaggggctgaggccagatcataccaaactaaacaatgaagcgt
tttaggctagcctagattacataataagttccaggtcagttggaggtcta
tatggctaaatgaatttcatccatctttctgctactgattttccttgaga
aatggaatgtgtgtatgtgtgcacatatattcacatgcacatttgaatgt
gtgtatgcatatgcatgtgtgcacatacttgtgtgtgtggatatgcattt
gtatgtgtgcatgtacatgcgtgtgtgagtgcatgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_5287323_5288354
seq2: B6Ng01-069C24.b_58_1080

seq1  TGATGTCCTCTAGAACATTATTCAACTCTGTCGCTCAGTCTCATCCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCCTCTAGAACATTATTCAACTCTGTCGCTCAGTCTCATCCTCTT  50

seq1  TGCCTATTATAGTATATGCTATCATAGCATGTGTCAATTTTAAATATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATTATAGTATATGCTATCATAGCATGTGTCAATTTTAAATATGCA  100

seq1  AATGTGAAATACTTTGATTTCATAATCTCAGTACAATTTTGGCTTATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAAATACTTTGATTTCATAATCTCAGTACAATTTTGGCTTATTTG  150

seq1  TAAAACTTTTAAGCCATGTAAATCCCTGTGAGTGGAAAAAATAATTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTTTAAGCCATGTAAATCCCTGTGAGTGGAAAAAATAATTGTCA  200

seq1  AGAGACATAATATTCAAAATTTACTGTACTGAGAAAGCTTTAAACTTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATAATATTCAAAATTTACTGTACTGAGAAAGCTTTAAACTTAGA  250

seq1  TTGCCCTATTGCAGACTACTGTACCATGTAACTGTCAGGACACCATGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTATTGCAGACTACTGTACCATGTAACTGTCAGGACACCATGAGT  300

seq1  TATAGTACTGTGCAAACCCTATACTTTGCATGTATTTGACTTATCCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACTGTGCAAACCCTATACTTTGCATGTATTTGACTTATCCACCT  350

seq1  GATATTCTCTCCTTCCCCTCCTTCCCCCTCATGTTCCCCCTGTTGTGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCTCTCCTTCCCCTCCTTCCCCCTCATGTTCCCCCTGTTGTGTAC  400

seq1  ACACACATGTGCACTTGTATCAGTATGTGGAGGCCAATGTGTGTATGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGTGCACTTGTATCAGTATGTGGAGGCCAATGTGTGTATGTGT  450

seq1  GGAGGCCAGAGGTCAATGTTGCATATCTCCCTCAATCACTTCCCACCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGAGGTCAATGTTGCATATCTCCCTCAATCACTTCCCACCTTT  500

seq1  CTTTTTGAGACAGGCTCTCTCACTGAACCTGATGCTCGATGATTTGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAGACAGGCTCTCTCACTGAACCTGATGCTCGATGATTTGCTCA  550

seq1  GACTGGCTGGCCAGTGAGATGCTGAGACCCGCCCGTCTCACTCACTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCTGGCCAGTGAGATGCTGAGACCCGCCCGTCTCACTCACTCAAT  600

seq1  GCTGGGTGCTAGGAGTCCAACATGGATCCTGAAGCTTGCATAGGAAGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGCTAGGAGTCCAACATGGATCCTGAAGCTTGCATAGGAAGTAT  650

seq1  ACTGCCCGCTGAGCTGCTTCCTCAGCCCCCACCACCTGATTTTAAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCGCTGAGCTGCTTCCTCAGCCCCCACCACCTGATTTTAAAAGAC  700

seq1  AGTGTTCTGTTACCTTAAAATGTGATGCTTATTTATTATGTAAAATTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTGTTACCTTAAAATGTGATGCTTATTTATTATGTAAAATTGTA  750

seq1  TGGAAAACTGTTACGGTGTGAGTGTGAATGTGAAATGCTAGCCATCAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGAAAACTGTTACGGTGTGAGTGTGAATGTGAAATGCTAGCCATCAAC-  799

seq1  TACATGTTTGAACACTTGTCCCTAGCTGGTGGTGTTGCTTTGGAGGAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTTGAACACTTGTCCCTAGCTGGTGGTGTTGCTTTGGAGGAAGT  849

seq1  GAGGAATGGGGACTTTGGTATTATACTTCTTGTGGTGTCTTCCTTCCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGGGGACTTTGGTATTATACTTCTTGTGGTGTCTTCCTTCCTTG  899

seq1  ACTGTGGACCCAATGTGGTCAGCTACTTCATGTTTCTGCTGCCATGCCCT  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGACCC-ATGTGGTCAGCTACTTCATG-TTCTGCTGCCATGCCCT  947

seq1  GTCTACTATGATGGGCTATATCCCCTTAAGCCAACAGTTCTCAACCTATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | |||||
seq2  GTCTACTATGATGGGCTATATCCCCTT-AGCC-ACAG-TCTC-AGCTATG  993

seq1  CACTAGATATTTACATTGTAACTCATAACAGT  1032
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  CACTAGATATTTACA-TGT-ACTCATAACAGT  1023

seq1: chr16_79993516_79993813
seq2: B6Ng01-069C24.g_328_501 (reverse)

seq1  CACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACATACA  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  
seq2  CACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACATG  50

seq1  CACACACACACACACATACACACACACACACACACACACACGCACACACA  100
      ||| ||||||| ||  ||||  |||||| ||| |  || |  ||||    
seq2  CACTCACACACGCATGTACATGCACACATACAAATGCATATCCACA----  96

seq1  TGCACACACACACATGCACACA--CACATGCACACACACATACACACATG  148
        ||||||   |  ||||||||  || ||||| |||||||| || |  ||
seq2  --CACACAAGTATGTGCACACATGCATATGCATACACACATTCAAATGTG  144

seq1  CACACACACACATGTACACACACACATGCACACACACATGCACACACACA  198
      ||     | | |||| |||||| |||  ||                    
seq2  CATGTGAATATATGTGCACACATACACACA--------------------  174

seq1  CATGTACACACACACACATGCACACACACACATGCACACACACAAACATG  248
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  174

seq1  CACACACACACATGCACACACACACACGCACACACACACACATACACACA  298
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  174