BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069D06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 21,112,108 - 21,276,374
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310042E22Rik, Ephb3
Upstream geneKlhl24, Yeats2, LOC100043459, Map6d1, Parl, EG224044, Abcc5, Eif2b5, Dvl3, Ap2m1, LOC100042948, Abcf3, BC052055, EG328644, Alg3, 1810009K13Rik, Camk2n2, Ece2, Psmd2, LOC100043475, Eif4g1, 2900046G09Rik, Clcn2, Polr2h, Thpo, Chrd, LOC666255, LOC671504, EG666274, EG625060, LOC625123, LOC676915
Downstream gene6430590I03Rik, Vps8, 2510009E07Rik, Ehhadh, LOC100043489, LOC546659, Map3k13, LOC624037, Tmem41a, Liph, Senp2, EG239760, Igf2bp2, EG545152, EG666421, Sfrs10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069D06.bB6Ng01-069D06.g
ACCDH887580DH887581
length1,0571,059
definitionDH887580|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069D06, 5' end.DH887581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,112,108 - 21,113,171)(21,275,302 - 21,276,374)
sequence
gaattcaattaacgaacatatgttataattttaattgtgcttttaaacag
taatacaaatgcttaccatgtgtcaaggcattatttgaaccacaggatag
tagttggacttgagactattctctattaattgtaaggataggttgagccc
tgtcatcctccagtgcaggaccatctcagtgtctggttcaccctcaaaag
ttgagcactaatcttgacagagtccttgggggaggggagataaatctagg
caatattttggagtccttgccccataaagagcacaggtttgggacagttg
gcagtcaatgggaaggcagctggcaggatttcataaaaactgcatggaga
ggaaatgaatcatcctatactctctgcatacagctctgatgaatacccca
ggggacaagctcggggtgcagaatcctctgggaccctgcaaagcaatcta
gtttaaatactgaaaattttgaggcttgtagggacttggggcatcggtgc
agtgacagcagctgtaaggatgtgctatatatcagctacagactccccaa
gtctcctttggtaaagctgggttcacaggttaatgctattgggaggtggt
gacagttttggaaatgaggctttattggagatcctttaggttattacaag
aatgccccagaggggataatgggaccttggccattgctctttgctgtcat
attcctgtcaccatgagacacccttagctttcctccaaaagacccagcag
tgcctgcgttgttagactgctcaaaaaagaacacacataacaatcactta
tttcataaggtggcccctgttagcaaaggggaaacagaacaagaagaaaa
gtagggaatggagaggcagctcagcagttatgagaactgctgttcctgta
gaggtcctggcttcagttcactgcgcacctacatggcactcacatgctca
tattcccgtttgaaggggctccattaaacttttctggattctcagcacta
ggaacataaggatacatactgataggaagtagttgtgaggttgttgaagt
ttgatct
gaattccttcttggggctgaagggatggctgatcagataagagcccttgc
tgcattctgcttgctactcctgcagaggaccctggttcagttcccagcac
ccacatggtggcttacaaccacctgtaactctagttccaggggctctaac
gccctctcctggccttctcagtgcataaacagacatacaagctatacata
ttcataataaaactaaaaagactaatatgtatgtgtgtatatacatatat
atttcttctatatcccaaggtcatggacatctttgggggtcctatagatg
tcctattgttttgcttttcatacttagggaccctgtcccacatgtaatct
gcagcacatggtgactccctatgtttaatttaaatctcaactgtcttagt
cagggtttctattcctggacaaagcattatgaccaagaagcaagttgggg
aggaaagggtttattcggcttacatttccatactgctgttgatcacccaa
ggatgcaggactggaactcaggcaggtcaggaagtaggagctggtgcaga
ggccacggagggatgttctttactggcttgcttctcctggcttgctcagc
ctgctctcttatagaacccaagactaccagcccagagatggtcccaccca
caaggggcctttcccccttgatcactaattgagaaaatgccttacagttg
gatctcatggaggcatttcctcaactgaagctcctttctctgtgataact
ccagctgtgccaagttgacacaaaactagccagtacatcaactaaagaga
gatctttgtatccagtgcgcctcacatggagcctgacacatagtaggcat
tcagcaaatgttctcacatggaacctgacacacagtaggcattcagcaat
gtcctcccatggagcctgacacacaggagcactcacaaatgtcctcacat
gaagcctgacacacagtaggcattcagcaatgccctccatgagcctgaca
tacagtagcatcagcaatgtctcccatggagcctgcacacaggagcctcg
tgaatgtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_21112108_21113171
seq2: B6Ng01-069D06.b_48_1104

seq1  GAATTCAATTAACGAACATATGTTATAATTTTAATTGTGCTTTTAAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTAACGAACATATGTTATAATTTTAATTGTGCTTTTAAACAG  50

seq1  TAATACAAATGCTTACCATGTGTCAAGGCATTATTTGAACCACAGGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAATGCTTACCATGTGTCAAGGCATTATTTGAACCACAGGATAG  100

seq1  TAGTTGGACTTGAGACTATTCTCTATTAATTGTAAGGATAGGTTGAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGACTTGAGACTATTCTCTATTAATTGTAAGGATAGGTTGAGCCC  150

seq1  TGTCATCCTCCAGTGCAGGACCATCTCAGTGTCTGGTTCACCCTCAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCCTCCAGTGCAGGACCATCTCAGTGTCTGGTTCACCCTCAAAAG  200

seq1  TTGAGCACTAATCTTGACAGAGTCCTTGGGGGAGGGGAGATAAATCTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACTAATCTTGACAGAGTCCTTGGGGGAGGGGAGATAAATCTAGG  250

seq1  CAATATTTTGGAGTCCTTGCCCCATAAAGAGCACAGGTTTGGGACAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTTGGAGTCCTTGCCCCATAAAGAGCACAGGTTTGGGACAGTTG  300

seq1  GCAGTCAATGGGAAGGCAGCTGGCAGGATTTCATAAAAACTGCATGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAATGGGAAGGCAGCTGGCAGGATTTCATAAAAACTGCATGGAGA  350

seq1  GGAAATGAATCATCCTATACTCTCTGCATACAGCTCTGATGAATACCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAATCATCCTATACTCTCTGCATACAGCTCTGATGAATACCCCA  400

seq1  GGGGACAAGCTCGGGGTGCAGAATCCTCTGGGACCCTGCAAAGCAATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACAAGCTCGGGGTGCAGAATCCTCTGGGACCCTGCAAAGCAATCTA  450

seq1  GTTTAAATACTGAAAATTTTGAGGCTTGTAGGGACTTGGGGCATCGGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAATACTGAAAATTTTGAGGCTTGTAGGGACTTGGGGCATCGGTGC  500

seq1  AGTGACAGCAGCTGTAAGGATGTGCTATATATCAGCTACAGACTCCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGCAGCTGTAAGGATGTGCTATATATCAGCTACAGACTCCCCAA  550

seq1  GTCTCCTTTGGTAAAGCTGGGTTCACAGGTTAATGCTATTGGGAGGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTTTGGTAAAGCTGGGTTCACAGGTTAATGCTATTGGGAGGTGGT  600

seq1  GACAGTTTTGGAAATGAGGCTTTATTGGAGATCC-TTAGGTTATTACAAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GACAGTTTTGGAAATGAGGCTTTATTGGAGATCCTTTAGGTTATTACAAG  650

seq1  AATGCCCCAGAGGGGATAATGGGACCTTGGCCATTGCTCTTTGCTGTCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCCAGAGGGGATAATGGGACCTTGGCCATTGCTCTTTGCTGTCAT  700

seq1  ATTCCTGTCACCATGAGACACCCTTAGCTTTCCTCCAAAAGACCCAGCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGTCACCATGAGACACCCTTAGCTTTCCTCCAAAAGACCCAGCAG  750

seq1  TGCCTGCGTTGTTAGACTGCTCAAAAAAGAACACACATAACAATCACTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCGTTGTTAGACTGCTCAAAAAAGAACACACATAACAATCACTTA  800

seq1  TTTCATAAGGTGGCCCCTGTTAGCAAAGGGGAAACAGAACAAGAAGAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAAGGTGGCCCCTGTTAGCAAAGGGGAAACAGAACAAGAAGAAAA  850

seq1  GTAGGGAATGGAGAGGCAGCTCAGCAGTTATGAGAACTTGCTGTTCCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTAGGGAATGGAGAGGCAGCTCAGCAGTTATGAGAAC-TGCTGTTCCTGT  899

seq1  AGAGGTCCTGGCTTCAGTTCACTGCGCACCTACATGGCAACTCACATGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGGTCCTGGCTTCAGTTCACTGCGCACCTACATGGC-ACTCACATGCT  948

seq1  CCATAATTCCAGTTTG-AGGGGCTCCATTATACTTTTCTGGATTCCTCAG  998
       ||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| 
seq2  -CAT-ATTCCCGTTTGAAGGGGCTCCATTAAACTTTTCTGGATT-CTCA-  994

seq1  GCACTAGGAACATAAGGTATACATACTGATAGGTATGTAGTTGTTGAGGT  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||
seq2  GCACTAGGAACATAAGG-ATACATACTGATAGG-AAGTAGTTG-TGAGGT  1041

seq1  TGTTGAGGTTTGGTCT  1064
      |||||| ||||| |||
seq2  TGTTGAAGTTTGATCT  1057

seq1: chr16_21275302_21276374
seq2: B6Ng01-069D06.g_68_1126 (reverse)

seq1  GGACATTCACTGAGTGCCTCCTGTGTGTCAGGCTCCATGTGAGGACATTT  50
      ||||||||||   | | |||||||||| ||||||||||| || |||| ||
seq2  GGACATTCAC---GAGGCTCCTGTGTG-CAGGCTCCATGGGA-GACA-TT  44

seq1  GCTGAATGCCTACTGTATGTCAGGCTCCATGTGAGGGCATTTGCTGAATG  100
      |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||
seq2  GCTG-ATG-CTACTGTATGTCAGGCT-CATG-GAGGGCA-TTGCTGAATG  89

seq1  CCTACTGTGTGTCAGGCTCCATGTGAGGACATTTGCTGAGTGCCTCCTGT  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCTACTGTGTGTCAGGCTTCATGTGAGGACATTTG-TGAGTG-CTCCTGT  137

seq1  GTGTCAGGCTCCATGGGAGGACATTTGCTGAATGCCTACTGTGTGTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGGCTCCATGGGAGGACA-TTGCTGAATGCCTACTGTGTGTCAGG  186

seq1  TTCCATGTGAGAACATTTGCTGAATGCCTACTATGTGTCAGGCTCCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGAGAACATTTGCTGAATGCCTACTATGTGTCAGGCTCCATGT  236

seq1  GAGGCGCACTGGATACAAAGATCTCTCTTTAGTTGATGTACTGGCTAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGCACTGGATACAAAGATCTCTCTTTAGTTGATGTACTGGCTAGTT  286

seq1  TTGTGTCAACTTGGCACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCAACTTGGCACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGT  336

seq1  TGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGT  386

seq1  GATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAG  436

seq1  TCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCA  486

seq1  GTAAAGAACATCCCTCCGTGGCCTCTGCACCAGCTCCTACTTCCTGACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAACATCCCTCCGTGGCCTCTGCACCAGCTCCTACTTCCTGACCT  536

seq1  GCCTGAGTTCCAGTCCTGCATCCTTGGGTGATCAACAGCAGTATGGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGTTCCAGTCCTGCATCCTTGGGTGATCAACAGCAGTATGGAAAT  586

seq1  GTAAGCCGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATAATGC  636

seq1  TTTGTCCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGTTGAGATTTAAATTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGTTGAGATTTAAATTAAA  686

seq1  CATAGGGAGTCACCATGTGCTGCAGATTACATGTGGGACAGGGTCCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGAGTCACCATGTGCTGCAGATTACATGTGGGACAGGGTCCCTAA  736

seq1  GTATGAAAAGCAAAACAATAGGACATCTATAGGACCCCCAAAGATGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAAAGCAAAACAATAGGACATCTATAGGACCCCCAAAGATGTCCA  786

seq1  TGACCTTGGGATATAGAAGAAATATATATGTATATACACACATACATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGGGATATAGAAGAAATATATATGTATATACACACATACATATT  836

seq1  AGTCTTTTTAGTTTTATTATGAATATGTATAGCTTGTATGTCTGTTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTTAGTTTTATTATGAATATGTATAGCTTGTATGTCTGTTTATG  886

seq1  CACTGAGAAGGCCAGGAGAGGGCGTTAGAGCCCCTGGAACTAGAGTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGAAGGCCAGGAGAGGGCGTTAGAGCCCCTGGAACTAGAGTTACA  936

seq1  GGTGGTTGTAAGCCACCATGTGGGTGCTGGGAACTGAACCAGGGTCCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTGTAAGCCACCATGTGGGTGCTGGGAACTGAACCAGGGTCCTCT  986

seq1  GCAGGAGTAGCAAGCAGAATGCAGCAAGGGCTCTTATCTGATCAGCCATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGTAGCAAGCAGAATGCAGCAAGGGCTCTTATCTGATCAGCCATC  1036

seq1  CCTTCAGCCCCAAGAAGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCCCCAAGAAGGAATTC  1059