BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070A21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 84,615,008 - 84,787,270
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039634, Mrpl39, Jam2
Upstream geneEG621729, LOC640489, LOC665664, LOC547311, LOC100039893
Downstream geneAtp5j, LOC100039950, Gabpa, Gm311, App, Cyyr1, LOC100039994, LOC622000
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070A21.bB6Ng01-070A21.g
ACCDH888173DH888174
length1,1591,136
definitionDH888173|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070A21, 5' end.DH888174|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,615,008 - 84,616,169)(84,786,138 - 84,787,270)
sequence
gaattcttcatcttagaaagctcacagtctatagcttcataaaggtacat
tccccacccccaacccccagttctgccagctcttctgtgtcctttctacc
tgactctgctttgcacagcatgcatcatctgtaatggcttatttcactta
caacaatgcccttaacattgacctatgttttaccacaagcacagcctact
cctgacgttgtataggcttgaagacttggcagtatgctgctatgaatata
atgtcatcatttggtggataggactaaaatgcaaggcagaccttggtcac
aggatacctaagaacatgtccttccatcacaagcaagatcatcaactcta
ccataactctcataatagaaaaaacattggtaattttgtcatcaaatcaa
tagtctttatttataacaataggacattgtattgaatgtaaatactacca
ataaaactttctcttagaatacattcttgcattactttatctaagacatt
tttatttatagtttttttttaattttccatttttgtattggatattttct
ttaattacatttcaaatgttatcccattacctggttcaaacatagcattt
tctctccagactttgtattgtccttctcagggcctgaaatattgcttcct
accaccattcaccaacagtgagtgactattctcgcagcacagctgccttc
tccaagatgacacatcttaatccatagtctagctcgaaagtcttgcccaa
tgtcctcttacgaatctctgctttcttaaccacacccttcttcactgatg
accagcaactttagcagtatgactagaattttaacctcttaaaggaaaac
agtaaaaagtaatgctcaaaattatcagtgaatgaatgaaataaatgaag
atttaaatatagcaaatatccttaatcacattatatgtatggaaggccag
tcagatcatccctttggatgtatataaaatatacattcttgctacgtatg
aagtatatttaatgatatcttctatttaaggtgttttggtatcctaagta
gcggatggtcttgatatactaattcaaatatgatcaggtgacaacatttc
accgccaattcgccaatgtgcctgcctgctgtggttgcaggctttaaatg
acgtgactg
gaattcacagtgtatttggggaaagtggtacccagtatggaaatagcttc
tgacataaatggctggagaatgaatgtgtagatgtcgctgacacaggctt
tagactgcttctaatttggcaaccaaagacttgacttcttccactttccc
ccataaccactatcgtgttgaaaacattccgaggagcttgtgtgtcttca
aggttaaagcaagtgtgtccactcacttacataaagagtgcaaacggccc
tcaggaggttgttcagttagtcaagcgcttgctgtggacatgaggacttc
agttcaatcccctggcctgtgaggggaagccaggcatggtggtatgtttg
tgacgtcaagactgaggatgtgaggcaggaagatcccaggggcttgcagt
cagcaaccagactttcctcttaggaaagctccaggtcaactgaaaaccct
ttctcagaactcagggtgaatagctcttggtgagtggtactcaaagctga
cctctggcttccacatgcatattacacactcaggcacctataggaacaca
ctcatacacagagagagagagagagagaaaggggtgggggagagagaaag
agaaagagagaaaatccatatgaatctcaacattaaaatgttgagtatta
atgaattagaatgttaaatgagttatttcaggaagtatgaataattttaa
gtgtgctagagtttatgtcagatgttggctgtatgaccctatagatagat
ctctgtaagtattttcttttgtgatcagaagagggtcgacaagaaaggct
cagtcaaattgtcttcttttagcaaatcaaggagaaattttcagatattt
tttgagaataaatcaactttgaagtatttgactcttcttgccatcaatca
gtggttgcatgccacatgcgctgttgtatcagcaattttacatcctgggg
atcgaatgtggaagccccacttcgaaagcagtgcagcaagaagttgtggt
agcaggaacaaccacttacaggctgacatgcagtggggactaatgggcct
tggtcctagccgcagatcttccagttcttagacgacgaccaatagtaatt
taaaggagtcaattttcttagaccggaatagactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_84615008_84616169
seq2: B6Ng01-070A21.b_41_1199

seq1  GAATTCTTCATCTTAGAAAGCTCACAGTCTATAGCTTCATAAAGGTACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATCTTAGAAAGCTCACAGTCTATAGCTTCATAAAGGTACAT  50

seq1  TCCCCACCCCCAACCCCCAGTTCTGCCAGCTCTTCTGTGTCCTTTCTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCCCCAACCCCCAGTTCTGCCAGCTCTTCTGTGTCCTTTCTACC  100

seq1  TGACTCTGCTTTGCACAGCATGCATCATCTGTAATGGCTTATTTCACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGCTTTGCACAGCATGCATCATCTGTAATGGCTTATTTCACTTA  150

seq1  CAACAATGCCCTTAACATTGACCTATGTTTTACCACAAGCACAGCCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGCCCTTAACATTGACCTATGTTTTACCACAAGCACAGCCTACT  200

seq1  CCTGACGTTGTATAGGCTTGAAGACTTGGCAGTATGCTGCTATGAATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACGTTGTATAGGCTTGAAGACTTGGCAGTATGCTGCTATGAATATA  250

seq1  ATGTCATCATTTGGTGGATAGGACTAAAATGCAAGGCAGACCTTGGTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATCATTTGGTGGATAGGACTAAAATGCAAGGCAGACCTTGGTCAC  300

seq1  AGGATACCTAAGAACATGTCCTTCCATCACAAGCAAGATCATCAACTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACCTAAGAACATGTCCTTCCATCACAAGCAAGATCATCAACTCTA  350

seq1  CCATAACTCTCATAATAGAAAAAACATTGGTAATTTTGTCATCAAATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACTCTCATAATAGAAAAAACATTGGTAATTTTGTCATCAAATCAA  400

seq1  TAGTCTTTATTTATAACAATAGGACATTGTATTGAATGTAAATACTACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTTATTTATAACAATAGGACATTGTATTGAATGTAAATACTACCA  450

seq1  ATAAAACTTTCTCTTAGAATACATTCTTGCATTACTTTATCTAAGACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTTTCTCTTAGAATACATTCTTGCATTACTTTATCTAAGACATT  500

seq1  TTTATTTATAGTTTTTTTTTAATTTTCCATTTTTGTATTGGATATTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATAGTTTTTTTTTAATTTTCCATTTTTGTATTGGATATTTTCT  550

seq1  TTAATTACATTTCAAATGTTATCCCATTACCTGGTTCAAACATAGCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTACATTTCAAATGTTATCCCATTACCTGGTTCAAACATAGCATTT  600

seq1  TCTCTCCAGACTTTGTATTGTCCTTCTCAGGGCCTGAAATATTGCTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGACTTTGTATTGTCCTTCTCAGGGCCTGAAATATTGCTTCCT  650

seq1  ACCACCATTCACCAACAGTGAGTGACTATTCTCGCAGCACAGCTGCCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCATTCACCAACAGTGAGTGACTATTCTCGCAGCACAGCTGCCTTC  700

seq1  TCCAAGATGACACATCTTAATCCATAGTCTAGCTCGAAAGTCTTGCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGATGACACATCTTAATCCATAGTCTAGCTCGAAAGTCTTGCCCAA  750

seq1  TGTCCTCTTACGAATCTCTGCTTTCTTAACCACACCCTTCTTCACTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTTACGAATCTCTGCTTTCTTAACCACACCCTTCTTCACTGATG  800

seq1  ACCAGCAACTTTAGCAGTATGACTAGAATTTTAACCTCTTAAAGGAAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAACTTTAGCAGTATGACTAGAATTTTAACCTCTTAAAGGAAAAC  850

seq1  AGTAAAAAGTAATGCTCAAAATTATCAGTGAATGAATGAAATAAATGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAAGTAATGCTCAAAATTATCAGTGAATGAATGAAATAAATGAAG  900

seq1  ATTTAAATATAGCAAATATCCTTAATCACATTATATGTATGGAAGGCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATATAGCAAATATCCTTAATCACATTATATGTATGGAAGGCCAG  950

seq1  TCAAGATCATCCCTTTGAATGTATATAAAATATACATTCTTGCTACGTAT  1000
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AGATCATCCCTTTGGATGTATATAAAATATACATTCTTGCTACGTAT  999

seq1  GAAGTATATTTAATGATATCTTCTATTTAGGGTGTTTT-GTATCCTAAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GAAGTATATTTAATGATATCTTCTATTTAAGGTGTTTTGGTATCCTAAGT  1049

seq1  AGC-GAT-GTCTTGATATACTATTTCACATATGATCAGGTGACAACATTT  1097
      ||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGATGGTCTTGATATACTAATTCAAATATGATCAGGTGACAACATTT  1099

seq1  CA-CGCCATTTTGCCCAATGTGCACTGCCTGCTGT-GTTGCAGGTCTTTT  1145
      || ||||| || | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| 
seq2  CACCGCCAATTCG-CCAATGTGC-CTGCCTGCTGTGGTTGCAGG-CTTT-  1145

seq1  AAAATGCACGTGCACTG  1162
       ||||| ||||| ||||
seq2  -AAATG-ACGTG-ACTG  1159

seq1: chr16_84786138_84787270
seq2: B6Ng01-070A21.g_64_1199 (reverse)

seq1  TCAGTCTATTTCAGTCTAAGAAAATGAAACTCCTTTAAAATACTA-TCGT  49
      |||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||| ||||| | ||
seq2  TCAGTCTATTCCGGTCTAAGAAAAT-TGACTCCTTTAAATTACTATTGGT  49

seq1  CGTCGTCT-AGAACTTGAAGATCCTGCGCTTAGGACAAAGG-CCATTAGT  97
      |||||||| |||||| |||||| |||||  |||||| |||| ||||||||
seq2  CGTCGTCTAAGAACTGGAAGAT-CTGCGGCTAGGACCAAGGCCCATTAGT  98

seq1  CCCCACTGCATGTCAGCTTGTAAGT-GTTGTTCTTGCTACCAC-ACTTCT  145
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||
seq2  CCCCACTGCATGTCAGCCTGTAAGTGGTTGTTCCTGCTACCACAACTTCT  148

seq1  TGCTGCACTGCTTTCGAAGTGGGGCTTCCACATTCGATCCCCAGGATGTA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCACTGCTTTCGAAGTGGGGCTTCCACATTCGATCCCCAGGATGTA  198

seq1  AAATTGCTGATACAACAGCGCATGTGGCATGCAACCACTGATTGATGGCA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTGATACAACAGCGCATGTGGCATGCAACCACTGATTGATGGCA  248

seq1  AGAAGAGTCAAATACTTCAAAGTTGATTTATTCTCAAAAAATATCTGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGTCAAATACTTCAAAGTTGATTTATTCTCAAAAAATATCTGAAA  298

seq1  ATTTCTCCTTGATTTGCTAAAAGAAGACAATTTGACTGAGCCTTTCTTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCTTGATTTGCTAAAAGAAGACAATTTGACTGAGCCTTTCTTGT  348

seq1  CGACCCTCTTCTGATCACAAAAGAAAATACTTACAGAGATCTATCTATAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCCTCTTCTGATCACAAAAGAAAATACTTACAGAGATCTATCTATAG  398

seq1  GGTCATACAGCCAACATCTGACATAAACTCTAGCACACTTAAAATTATTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATACAGCCAACATCTGACATAAACTCTAGCACACTTAAAATTATTC  448

seq1  ATACTTCCTGAAATAACTCATTTAACATTCTAATTCATTAATACTCAACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCCTGAAATAACTCATTTAACATTCTAATTCATTAATACTCAACA  498

seq1  TTTTAATGTTGAGATTCATATGGATTTTCTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGTTGAGATTCATATGGATTTTCTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCC  548

seq1  CCCACCCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTATGAGTGTGTTCCTATA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTATGAGTGTGTTCCTATA  598

seq1  GGTGCCTGAGTGTGTAATATGCATGTGGAAGCCAGAGGTCAGCTTTGAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTGAGTGTGTAATATGCATGTGGAAGCCAGAGGTCAGCTTTGAGT  648

seq1  ACCACTCACCAAGAGCTATTCACCCTGAGTTCTGAGAAAGGGTTTTCAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCACCAAGAGCTATTCACCCTGAGTTCTGAGAAAGGGTTTTCAGT  698

seq1  TGACCTGGAGCTTTCCTAAGAGGAAAGTCTGGTTGCTGACTGCAAGCCCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGGAGCTTTCCTAAGAGGAAAGTCTGGTTGCTGACTGCAAGCCCC  748

seq1  TGGGATCTTCCTGCCTCACATCCTCAGTCTTGACGTCACAAACATACCAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCTTCCTGCCTCACATCCTCAGTCTTGACGTCACAAACATACCAC  798

seq1  CATGCCTGGCTTCCCCTCACAGGCCAGGGGATTGAACTGAAGTCCTCATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGGCTTCCCCTCACAGGCCAGGGGATTGAACTGAAGTCCTCATG  848

seq1  TCCACAGCAAGCGCTTGACTAACTGAACAACCTCCTGAGGGCCGTTTGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCAAGCGCTTGACTAACTGAACAACCTCCTGAGGGCCGTTTGCA  898

seq1  CTCTTTATGTAAGTGAGTGGACACACTTGCTTTAACCTTGAAGACACACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATGTAAGTGAGTGGACACACTTGCTTTAACCTTGAAGACACACA  948

seq1  AGCTCCTCGGAATGTTTTCAACACGATAGTGGTTATGGGGGAAAGTGGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCGGAATGTTTTCAACACGATAGTGGTTATGGGGGAAAGTGGAA  998

seq1  GAAGTCAAGTCTTTGGTTGCCAAATTAGAAGCAGTCTAAAGCCTGTGTCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAGTCTTTGGTTGCCAAATTAGAAGCAGTCTAAAGCCTGTGTCA  1048

seq1  GCGACATCTACACATTCATTCTCCAGCCATTTATGTCAGAAGCTATTTCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACATCTACACATTCATTCTCCAGCCATTTATGTCAGAAGCTATTTCC  1098

seq1  ATACTGGGTACCACTTTCCCCAAATACACTGTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGGTACCACTTTCCCCAAATACACTGTGAATTC  1136