BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072K17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 94,881,787 - 95,024,163
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDyrk1a, Kcnj6
Upstream geneChaf1b, Cldn14, Sim2, Hlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3
Downstream geneLOC666201, Kcnj15, Erg, Ets2, LOC625548
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072K17.bB6Ng01-072K17.g
ACCDH890022DH890023
length9621,092
definitionDH890022|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072K17, 5' end.DH890023|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072K17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,023,202 - 95,024,163)(94,881,787 - 94,882,880)
sequence
gaattccaagccactgttgggagaccctgtctcaaaaggagggtaggaag
gtgtgaatgatactcaaggtcatctcatgacctccaagtataagcgctct
ctctctctcgctctctctctctccctctctctctctctctctctctctca
cacagacacacacacagcgggggcatgtcagccagttgtggtggtgcgtg
catgaaatcatacacttacaatgaaggcagagggatcaggcctctgcccc
agccccttccccaaggaaaagtgtagtgtcaatgtatccaagatcgtgta
cgtactgtgacctcagactattaatagggtaggcagagcctgtgtcttcc
agcagaaagcaccgaggaagggcttgcactgagagcaccagcacttctca
cagaaagcaagggagccagggctataaatcaaaggggaaaggtcaaatgg
gcagctgtctggacccaccagtgaggtgccagtgtacctgtcccacttcc
aactacctgcagcctggtctgcactgaagataaaatagttgaggattctg
tccaatgacaccaggactcagagacaaacttctacccagtcatcacagtg
atgaaaaagggtgtctgccatcctttgcaaggtagctggcttcagttagg
agatgcatgcctagttatactgccattttaaaggatgcccctcctccatc
attgggaacatccatcctgggccacagacccaaacacatggctgagatat
tagctgagccatagctgctcctcttgcttcctctcagcagggttacccca
gtccaggcactgcaagttataaagcctctgccatgctgtcctgacccaag
ccagctctgagagcagctatcatggcctgacacaattgccctaagtgcta
gaagtagccagcccccagccttaggagtcctggaggtctgaacaggcctc
cagtggcagcca
gaattcaccctgcccgaccgtagccgctgttttggggcagtctactcact
ggtcatgttgtgttgtcgttgtgctgagtaaggaacacaactgttgtgaa
cagatttaggatttggttggcatggctttctcagatccctgagtatagca
agtggttcctacgcggatgagttaggtgagatgtgctttctcttctcgag
cagcttgtggtggcaatgagtagttggctgtggttgcatgtctgtggtgt
gggcatcctttgccagaggcctctcgcagtacgcttgcaaagcaccgagt
gtgaacagcagcattgtgacagggtttagagttggtttcaggcagtcagc
tgctttagaagttaagtccatgtgttagaattgaagtcgttcatcagcac
tgctgttcaagtttagaaagctcttgctcatgtcccagagagaaacagaa
agtgagggaagtacagagtacacggtcaacctgaagtgtgcgccgaagaa
ccagggtgctcagggctagtctcccacttgcttcaaatcagtgggtcaca
cagacattgctttcaatacactttcagttgaagagacagaatttccgttt
ttgacttcttgatgtatgtgcatggtggtaggctttagagtccagtcctg
tgtgcttcctgtttagatgcagcactcttggatttatatcggtcgtcatt
tacagagagtcagaaaaaaattcctataacattattttttatccatatat
catgattgtttataatctacttagcagagtatctgttttcatattcagct
tacatctttaatcatttaaaatatatttttattatttctgatttaagcca
taaaatacttttaaagattcatgtgatgtaaaaagactataagtagaggc
gaggagtattgcacatgcctttagtcccagcatttgggatgcagaggcaa
gcagatctctaagtctgagcccagctttgtctacatagtgagtctaaccg
ccaggactacaagaacctacacaaaggcctattaataataaatctctgat
tccctttctaagtccagaagctctctggatctatgaagaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95023202_95024163
seq2: B6Ng01-072K17.b_45_1006 (reverse)

seq1  TGGCTGCCACTGGAGGCCTGTACAGACCTCCAAGGACTCCTAAGGCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCACTGGAGGCCTGTTCAGACCTCC-AGGACTCCTAAGGCTGGG  49

seq1  GGCTGGCTACTTCTAGCACTTAGGGCAATTGTGTCAGGCCCTGATAGCTG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCTGGCTACTTCTAGCACTTAGGGCAATTGTGTCAGGCCATGATAGCTG  99

seq1  CTCTCAGAGCTGGCTTGGGTCAGGACAGCATGGCAGAGGCTTTATAACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGAGCTGGCTTGGGTCAGGACAGCATGGCAGAGGCTTTATAACTT  149

seq1  GCAGTGCCTGGACTGGGGTAACCCTGCTGAGAGGAAGCAAGAGGAGCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCCTGGACTGGGGTAACCCTGCTGAGAGGAAGCAAGAGGAGCAGC  199

seq1  TATGGCTCAGCTAATATCTCAGCCATGTGTTTGGGTCTGTGGCCCAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTCAGCTAATATCTCAGCCATGTGTTTGGGTCTGTGGCCCAGGAT  249

seq1  GGATGTTCCCAATGATGGAGGAGGGGCATCCTTT-AAATGGCAGTATAAC  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGATGTTCCCAATGATGGAGGAGGGGCATCCTTTAAAATGGCAGTATAAC  299

seq1  TAGGCATGCATCTCCTAACTGAAGCCAGCTACCTTGCAAAGGATGGCAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATGCATCTCCTAACTGAAGCCAGCTACCTTGCAAAGGATGGCAGA  349

seq1  CACCCTTTTTCATCACTGTGATGACTGGGTAGAAGTTTGTCTCTGAGTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTTTTCATCACTGTGATGACTGGGTAGAAGTTTGTCTCTGAGTCC  399

seq1  TGGTGTCATTGGACAGAATCCTCAACTATTTTATCTTCAGTGCAGACCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCATTGGACAGAATCCTCAACTATTTTATCTTCAGTGCAGACCAG  449

seq1  GCTGCAGGTAGTTGGAAGTGGGACAGGTACACTGGCACCTCACTGGTGGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGTAGTTGGAAGTGGGACAGGTACACTGGCACCTCACTGGTGGG  499

seq1  TCCAGACAGCTGCCCATTTGACCTTTCCCCTTTGATTTATAGCCCTGGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACAGCTGCCCATTTGACCTTTCCCCTTTGATTTATAGCCCTGGCT  549

seq1  CCCTTGCTTTCTGTGAGAAGTGCTGGTGCTCTCAGTGCAAGCCCTTCCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCTTTCTGTGAGAAGTGCTGGTGCTCTCAGTGCAAGCCCTTCCTC  599

seq1  GGTGCTTTCTGCTGGAAGACACAGGCTCTGCCTACCCTATTAATAGTCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTCTGCTGGAAGACACAGGCTCTGCCTACCCTATTAATAGTCTG  649

seq1  AGGTCACAGTACGTACACGATCTTGGATACATTGACACTACACTTTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAGTACGTACACGATCTTGGATACATTGACACTACACTTTTCCT  699

seq1  TGGGGAAGGGGCTGGGGCAGAGGCCTGATCCCTCTGCCTTCATTGTAAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGGGGCTGGGGCAGAGGCCTGATCCCTCTGCCTTCATTGTAAGT  749

seq1  GTATGATTTCATGCACGCACCACCACAACTGGCTGACATGCCCCCGCTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTTCATGCACGCACCACCACAACTGGCTGACATGCCCCCGCTGT  799

seq1  GTGTGTGTCTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTCTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGA  849

seq1  GAGCGAGAGAGAGAGAGCGCTTATACTTGGAGGTCATGAGATGACCTTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAGAGAGAGAGAGCGCTTATACTTGGAGGTCATGAGATGACCTTGA  899

seq1  GTATCATTCACACCTTCCTACCCTCCTTTTGAGACAGGGTCTCCCAACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTCACACCTTCCTACCCTCCTTTTGAGACAGGGTCTCCCAACAG  949

seq1  TGGCTTGGAATTC  962
      |||||||||||||
seq2  TGGCTTGGAATTC  962

seq1: chr16_94881787_94882880
seq2: B6Ng01-072K17.g_69_1160

seq1  GAATTCACCCTGCCCGACCGTAGCCGCTGTTTTGGGGCAGTCTACTCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTGCCCGACCGTAGCCGCTGTTTTGGGGCAGTCTACTCACT  50

seq1  GGTCATGTTGTGTTGTCGTTGTGCTGAGTAAGGAACACAACTGTTGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGTTGTGTTGTCGTTGTGCTGAGTAAGGAACACAACTGTTGTGAA  100

seq1  CAGATTTAGGATTTGGTTGGCATGGCTTTCTCAGATCCCTGAGTATAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTAGGATTTGGTTGGCATGGCTTTCTCAGATCCCTGAGTATAGCA  150

seq1  AGTGGTTCCTACGCGGATGAGTTAGGTGAGATGTGCTTTCTCTTCTCGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTCCTACGCGGATGAGTTAGGTGAGATGTGCTTTCTCTTCTCGAG  200

seq1  CAGCTTGTGGTGGCAATGAGTAGTTGGCTGTGGTTGCATGTCTGTGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTGGTGGCAATGAGTAGTTGGCTGTGGTTGCATGTCTGTGGTGT  250

seq1  GGGCATCCTTTGCCAGAGGCCTCTCGCAGTACGCTTGCAAAGCACCGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCTTTGCCAGAGGCCTCTCGCAGTACGCTTGCAAAGCACCGAGT  300

seq1  GTGAACAGCAGCATTGTGACAGGGTTTAGAGTTGGTTTCAGGCAGTCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACAGCAGCATTGTGACAGGGTTTAGAGTTGGTTTCAGGCAGTCAGC  350

seq1  TGCTTTAGAAGTTAAGTCCATGTGTTAGAATTGAAGTCGTTCATCAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGAAGTTAAGTCCATGTGTTAGAATTGAAGTCGTTCATCAGCAC  400

seq1  TGCTGTTCAAGTTTAGAAAGCTCTTGCTCATGTCCCAGAGAGAAACAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCAAGTTTAGAAAGCTCTTGCTCATGTCCCAGAGAGAAACAGAA  450

seq1  AGTGAGGGAAGTACAGAGTACACGGTCAACCTGAAGTGTGCGCCGAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGGAAGTACAGAGTACACGGTCAACCTGAAGTGTGCGCCGAAGAA  500

seq1  CCAGGGTGCTCAGGGCTAGTCTCCCACTTGCTTCAAATCAGTGGGTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGCTCAGGGCTAGTCTCCCACTTGCTTCAAATCAGTGGGTCACA  550

seq1  CAGACATTGCTTTCAATACACTTTCAGTTGAAGAGACAGAATTTCCGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATTGCTTTCAATACACTTTCAGTTGAAGAGACAGAATTTCCGTTT  600

seq1  TTGACTTCTTGATGTATGTGCATGGTGGTAGGCTTTAGAGTCCAGTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTCTTGATGTATGTGCATGGTGGTAGGCTTTAGAGTCCAGTCCTG  650

seq1  TGTGCTTCCTGTTTAGATGCAGCACTCTTGGATTTATATCGGTCGTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCCTGTTTAGATGCAGCACTCTTGGATTTATATCGGTCGTCATT  700

seq1  TACAGAGAGTCAGAAAAAAATTCCTATAACATTATTTTTTATCCATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGAGTCAGAAAAAAATTCCTATAACATTATTTTTTATCCATATAT  750

seq1  CATGATTGTTTATAATCTACTTAGCAGAGTATCTGTTTTCATATTCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGTTTATAATCTACTTAGCAGAGTATCTGTTTTCATATTCAGCT  800

seq1  TACATCTTTAATCATTTAAAATATA-TTTTATTATTTCTGATTTAAGCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTTAATCATTTAAAATATATTTTTATTATTTCTGATTTAAGCCA  850

seq1  TAAAATACTTTTAAAGATTCATGTGATGTAAAAAGACTATTAAGTAGAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAAATACTTTTAAAGATTCATGTGATGTAAAAAGACTA-TAAGTAGAGG  899

seq1  CGAGGAGTATTGCACATGCTTTTAGTCCCAGCATTTGGGATGCAGAGGCA  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAGTATTGCACATGCCTTTAGTCCCAGCATTTGGGATGCAGAGGCA  949

seq1  AGCAGATCTCTAAGTCTGAGCCCAGCTTTGTCTACATAGTGAGTTCTAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |
seq2  AGCAGATCTCTAAGTCTGAGCCCAGCTTTGTCTACATAGTGAG-TCT--A  996

seq1  ACAGCCAGGACTACAAGAACATACACAAAAGCTTATTAATAAATAAT-TC  1048
      || ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||  ||| ||
seq2  ACCGCCAGGACTACAAGAACCTACACAAAGGCCTATTAATAATAAATCTC  1046

seq1  AGTATTCCTTTCAAAGTCCAGAAGCT-TCTGAATCTAATGAAGAAGG  1094
       |  | |||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||
seq2  TGATTCCCTTTCTAAGTCCAGAAGCTCTCTGGATCT-ATGAAGAAGG  1092