BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076G23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,553,733 - 6,713,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076G23.bB6Ng01-076G23.g
ACCDH892703DH892704
length993770
definitionDH892703|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076G23, 5' end.DH892704|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,712,686 - 6,713,672)(6,553,733 - 6,554,497)
sequence
gaattctgttgaagaggggagactctaaaacagttgagttccccacaact
catggagagatccccagggctccaacctgtgctcatcagtactggcatcg
gcattcagtgatgtggctgcctttgagtgactgacactcctgtaactcac
cttttatctatacttctataagtaatccaaaaggtagttgttcacaaaga
tggtgtgtgaaggtattcactggtctgctctaagttcctatcttgactcg
gtagacatttactcacatcttccccagggacagtgtcaaacaacacatac
cccattcttttgtatattccccccaggttccaggctgcctggggtctgat
gtttctatgtgatactgggcaagaggcaaattaaaggaccagacatcttt
gctgtgaacagagctcatggatcactgtgagaaaggagcagtacctcatg
agatttgctaagcaaacaaaaaaacacatcctttctaagcatatttagtt
attggagatgaaggcaaacaaaagtctcccacgagcagtcagagcagaca
gcctggctggacccttggcttcaggtaagcaggcttccggctgcaggtgt
gaagagtataatgaggaagggagcaacagctattttagttaccagggttt
agcatgttttactttgcatgtgaacttgtgagaatcccaggtcagtcacc
cttgtgagcagttaggtcccagttgaaacatcgtatcctgcagagaggtt
cattaagggctcaagaagttggaagatgaacctttcctttcagtaaagag
tgggggtggtcattagatacaaggggtaaatctcaggaaattcctaaaca
gagcaagattcagtggggcccttccccaaggttctagaagtagtcaatga
cttgctggcaggggcttatggggctgattctcccaaccagctagaatact
taggaaagcctcttcaatctgttcggaactgcctcttaagcat

gaattcctccttctggtgtaaagcttgaattcaaagataaatactgaaag
tgtgaatagctctaatatcatagaacagtggccaaggcagaaatgaaggg
cttattctagaggaagtggaagtctagcctcaggttgaggataagtggtc
tgacagaggtgtggagggggagattaaaaggtaaatgaagaggctgctga
gacactgttccatcacaggcagaacatgcccattctctcatgtgtgttct
atgtgtagtatatgactgcaccttagaaacacagtatcagagactattag
tcacaatactctaaaggaagagaactgaaaaatgaacatcaagtttcaaa
acatttcttagattgacttacatgatacagactgggtagcccaactttgg
ctaccttcataatgggaaggccgagaatataactgttcccttcatgagac
ccagagtttacagcagtctcagtgtagtgttgacggaggccagcaagatt
tcaggagaaccaccatctttagtccaggatggaagctgacgatgctgggc
accaatgtcaatgaaggaatgtagcgatattgggaacaatggcatagaag
cactctcaaggagctggaggtgcatttgcagcaaatctcaggaatcccat
tcagaaaatcctttcctggatatgactaaacatctctttctcgtatttga
tttttagatccacccatacttgataactatgattaatcaagttatctgtt
gcagaggcattcattcttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6712686_6713672
seq2: B6Ng01-076G23.b_50_1042 (reverse)

seq1  ATGCTT-AGAGGCAG-TCCG-ACAGATTGGAGAGGCTTTCCTAGGTATCT  47
      |||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||  
seq2  ATGCTTAAGAGGCAGTTCCGAACAGATTGAAGAGGCTTTCCTAAGTATTC  50

seq1  TAGCTGGTT-GGAGAATCTGCCCCATAAGCCCCTGCCAGC-AGTCATTGA  95
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAGCTGGTTGGGAGAATCAGCCCCATAAGCCCCTGCCAGCAAGTCATTGA  100

seq1  CTACTTCTAGAACCTTGGGGAAGGG-CCCACTGAATCTTGCTCTGTTTAG  144
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTAGAACCTTGGGGAAGGGCCCCACTGAATCTTGCTCTGTTTAG  150

seq1  GAATTTCTTGAGATTTACCCCTTGTATCTAATGACCACCCCCACTCTTTA  194
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCCTGAGATTTACCCCTTGTATCTAATGACCACCCCCACTCTTTA  200

seq1  CTGAAAGGAAAGGTTCATCTTCCAACTTCCTGAGCCC-TAATGAACCTCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CTGAAAGGAAAGGTTCATCTTCCAACTTCTTGAGCCCTTAATGAACCTCT  250

seq1  CTGCAGGATACGATGTTTCAACTGGGACCTAACTGCTCACAAGGGTGACT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGATACGATGTTTCAACTGGGACCTAACTGCTCACAAGGGTGACT  300

seq1  GACCTGGGATTCTCACAAGTTCACATGCAAAGTAAAACATGCTAAACCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGATTCTCACAAGTTCACATGCAAAGTAAAACATGCTAAACCCT  350

seq1  GGTAACTAAAATAGCTGTTGCTCCCTTCCTCATTATACTCTTCACACCTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTAAAATAGCTGTTGCTCCCTTCCTCATTATACTCTTCACACCTG  400

seq1  CAGCCGGAAGCCTGCTTACCTGAAGCCAAGGGTCCAGCCAGGCTGTCTGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGGAAGCCTGCTTACCTGAAGCCAAGGGTCCAGCCAGGCTGTCTGC  450

seq1  TCTGACTGCTCGTGGGAGACTTTTGTTTGCCTTCATCTCCAATAACTAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGCTCGTGGGAGACTTTTGTTTGCCTTCATCTCCAATAACTAAA  500

seq1  TATGCTTAGAAAGGATGTGTTTTTTTGTTTGCTTAGCAAATCTCATGAGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTAGAAAGGATGTGTTTTTTTGTTTGCTTAGCAAATCTCATGAGG  550

seq1  TACTGCTCCTTTCTCACAGTGATCCATGAGCTCTGTTCACAGCAAAGATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTCCTTTCTCACAGTGATCCATGAGCTCTGTTCACAGCAAAGATG  600

seq1  TCTGGTCCTTTAATTTGCCTCTTGCCCAGTATCACATAGAAACATCAGAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCCTTTAATTTGCCTCTTGCCCAGTATCACATAGAAACATCAGAC  650

seq1  CCCAGGCAGCCTGGAACCTGGGGGGAATATACAAAAGAATGGGGTATGTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCAGCCTGGAACCTGGGGGGAATATACAAAAGAATGGGGTATGTG  700

seq1  TTGTTTGACACTGTCCCTGGGGAAGATGTGAGTAAATGTCTACCGAGTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGACACTGTCCCTGGGGAAGATGTGAGTAAATGTCTACCGAGTCA  750

seq1  AGATAGGAACTTAGAGCAGACCAGTGAATACCTTCACACACCATCTTTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAACTTAGAGCAGACCAGTGAATACCTTCACACACCATCTTTGT  800

seq1  GAACAACTACCTTTTGGATTACTTATAGAAGTATAGATAAAAGGTGAGTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACTACCTTTTGGATTACTTATAGAAGTATAGATAAAAGGTGAGTT  850

seq1  ACAGGAGTGTCAGTCACTCAAAGGCAGCCACATCACTGAATGCCGATGCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGTGTCAGTCACTCAAAGGCAGCCACATCACTGAATGCCGATGCC  900

seq1  AGTACTGATGAGCACAGGTTGGAGCCCTGGGGATCTCTCCATGAGTTGTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGATGAGCACAGGTTGGAGCCCTGGGGATCTCTCCATGAGTTGTG  950

seq1  GGGAACTCAACTGTTTATAGAGTCTCCCCTCTTCAACAGAATTC  987
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCAACTGTTT-TAGAGTCTCCCCTCTTCAACAGAATTC  993


seq1: chr16_6553733_6554497
seq2: B6Ng01-076G23.g_69_838

seq1  GAATTCCTCCTTCTGGTGTAAAGCTTGAATTCAAAGATAAATACTGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTCTGGTGTAAAGCTTGAATTCAAAGATAAATACTGAAAG  50

seq1  TGTGAATAGCTCTAATATCATAGAACAGTGGCCAAGGCAGAAATGAAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATAGCTCTAATATCATAGAACAGTGGCCAAGGCAGAAATGAAGGG  100

seq1  CTTATTCTAGAGGAAGTGGAAGTCTAGCCTCAGGTTGAGGATAAGTGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTAGAGGAAGTGGAAGTCTAGCCTCAGGTTGAGGATAAGTGGTC  150

seq1  TGACAGAGGTGTGGAGGGGGAGATTAAAAGGTAAATGAAGAGGCTGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAGGTGTGGAGGGGGAGATTAAAAGGTAAATGAAGAGGCTGCTGA  200

seq1  GACACTGTTCCATCACAGGCAGAACATGCCCATTCTCTCATGTGTGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTTCCATCACAGGCAGAACATGCCCATTCTCTCATGTGTGTTCT  250

seq1  ATGTGTAGTATATGACTGCACCTTAGAAACACAGTATCAGAGACTATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAGTATATGACTGCACCTTAGAAACACAGTATCAGAGACTATTAG  300

seq1  TCACAATACTCTAAAGGAAGAGAACTGAAAAATGAACATCAAGTTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATACTCTAAAGGAAGAGAACTGAAAAATGAACATCAAGTTTCAAA  350

seq1  ACATTTCTTAGATTGACTTACATGATACAGACTGGGTAGCCCAACTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTTAGATTGACTTACATGATACAGACTGGGTAGCCCAACTTTGG  400

seq1  CTACCTTCATAATGGGAAGGCCGAGAATATAACTGTTCCCTTCATGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTCATAATGGGAAGGCCGAGAATATAACTGTTCCCTTCATGAGAC  450

seq1  CCAGAGTTTACAGCAGTCTCAGTGTAGTGTTGACGGAGGCCAGCAAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTTACAGCAGTCTCAGTGTAGTGTTGACGGAGGCCAGCAAGATT  500

seq1  TCAGGAGAACCACCATCTTTAGTCCAGGATGGAAGCTGACGATGCTGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAACCACCATCTTTAGTCCAGGATGGAAGCTGACGATGCTGGGC  550

seq1  ACCAATGTCAATGAAGGAATGTAGCGATATTGGGAACAATGGCATAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGTCAATGAAGGAATGTAGCGATATTGGGAACAATGGCATAGAAG  600

seq1  CACTCTCAAGGAGCTGGAGGTGCA-GTGCAGCAAATCTCAGGAATCCCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCAAGGAGCTGGAGGTGCATTTGCAGCAAATCTCAGGAATCCCAT  650

seq1  TCAGAAAATCC-TTCCTGGATATGACT-AACATCTC-TTCTCGTATTTGA  696
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TCAGAAAATCCTTTCCTGGATATGACTAAACATCTCTTTCTCGTATTTGA  700

seq1  -TTTTAGATCCACCCATACTTGATAACTATGATTAATCAAGTTATCTGTT  745
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGATCCACCCATACTTGATAACTATGATTAATCAAGTTATCTGTT  750

seq1  GCAGAGGCAGTCATTCTTGT  765
      ||||||||| ||||||||||
seq2  GCAGAGGCATTCATTCTTGT  770


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |